ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54942

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 3, 3, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.008, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.008 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.005, 0.009, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.007, 0.013, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.013 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.006, 0.012, 0.017, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.011, 0.018, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.009, 0.016, 0.023, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.007
C8 A 0, 0.009, 0.017, 0.026, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.008
N6 A 0, 0.019, 0.034, 0.049, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.034 std_dev=0.015
O4' A 0, 0.017, 0.073, 0.130, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.073 std_dev=0.056
C2' A 0, 0.027, 0.083, 0.140, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.083 std_dev=0.057
O2' A 0, 0.065, 0.145, 0.225, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.145 std_dev=0.080
C3' A 0, 0.024, 0.110, 0.196, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.110 std_dev=0.086
C4' A 0, 0.031, 0.119, 0.207, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.119 std_dev=0.088
O5' A 0, 0.146, 0.249, 0.352, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.249 std_dev=0.103
P A 0, 0.148, 0.258, 0.368, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.258 std_dev=0.110
OP1 A 0, 0.152, 0.285, 0.418, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.285 std_dev=0.133
C5' A 0, 0.071, 0.208, 0.345, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.208 std_dev=0.137
OP2 A 0, 0.151, 0.289, 0.427, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.289 std_dev=0.138
O3' A 0, 0.025, 0.165, 0.305, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.165 std_dev=0.140
P B 0, 0.241, 0.404, 0.567, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.404 std_dev=0.163
OP2 B 0, 0.272, 0.474, 0.677, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.474 std_dev=0.202
O5' B 0, 0.210, 0.417, 0.625, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.417 std_dev=0.207
OP1 B 0, 0.291, 0.502, 0.712, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.502 std_dev=0.211
C5' B 0, 0.263, 0.479, 0.694, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.479 std_dev=0.215
O4' B 0, 0.223, 0.484, 0.746, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.484 std_dev=0.261
C4' B 0, 0.240, 0.504, 0.769, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.504 std_dev=0.264
C8 B 0, 0.171, 0.459, 0.747, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.459 std_dev=0.288
N7 B 0, 0.162, 0.468, 0.774, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.468 std_dev=0.306
N9 B 0, 0.152, 0.473, 0.794, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.473 std_dev=0.321
C3' B 0, 0.235, 0.558, 0.880, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.558 std_dev=0.323
C1' B 0, 0.176, 0.502, 0.827, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.502 std_dev=0.326
C5 B 0, 0.186, 0.522, 0.859, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.522 std_dev=0.337
O3' B 0, 0.178, 0.520, 0.862, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.520 std_dev=0.342
C4 B 0, 0.159, 0.508, 0.857, 1.498 max_d=1.498 avg_d=0.508 std_dev=0.349
C6 B 0, 0.259, 0.624, 0.989, 1.616 max_d=1.616 avg_d=0.624 std_dev=0.365
O6 B 0, 0.304, 0.680, 1.056, 1.647 max_d=1.647 avg_d=0.680 std_dev=0.376
N3 B 0, 0.183, 0.563, 0.943, 1.654 max_d=1.654 avg_d=0.563 std_dev=0.380
C2' B 0, 0.204, 0.586, 0.968, 1.542 max_d=1.542 avg_d=0.586 std_dev=0.382
N1 B 0, 0.291, 0.687, 1.084, 1.752 max_d=1.752 avg_d=0.687 std_dev=0.397
C2 B 0, 0.251, 0.651, 1.050, 1.766 max_d=1.766 avg_d=0.651 std_dev=0.400
O2' B 0, 0.220, 0.650, 1.080, 1.751 max_d=1.751 avg_d=0.650 std_dev=0.430
N2 B 0, 0.299, 0.736, 1.174, 1.916 max_d=1.916 avg_d=0.736 std_dev=0.437

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.04 0.07 0.05
C2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.06 0.03 0.05 0.05 0.06 0.03
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.03
C4 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.04 0.02 0.04 0.04 0.06 0.03
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.06 0.02 0.02 0.04 0.05 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.05 0.06 0.07 0.04
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.09 0.11 0.07 0.04 0.11 0.12 0.06 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.05 0.03 0.05 0.06 0.07 0.04
C8 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.03 0.05 0.06 0.08 0.06
N1 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.03 0.05 0.05 0.06 0.03
N3 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.06 0.03 0.05 0.05 0.06 0.04
N6 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.03 0.06 0.07 0.09 0.06
N7 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.06 0.07 0.08 0.06
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.04 0.04 0.07 0.04
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.06 0.03 0.05 0.03 0.07 0.03 0.08 0.09 0.07 0.04 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.07 0.05 0.04
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.04 0.02 0.03 0.00 0.02 0.09 0.09 0.10 0.09
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.05 0.04 0.09 0.06
O5' 0.05 0.05 0.02 0.03 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.04 0.04 0.09 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.06 0.02 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.07 0.04 0.07 0.09 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.06 0.04 0.05 0.06 0.03 0.07 0.05 0.07 0.08 0.06 0.06 0.09 0.08 0.07 0.05 0.10 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.06 0.03 0.04 0.06 0.06 0.04 0.04 0.09 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.18 0.19 0.16 0.12 0.16 0.15 0.13 0.10 0.13 0.12 0.16 0.21 0.19 0.11 0.15 0.25 0.11 0.18 0.08 0.12 0.10 0.08 0.07
C2 0.20 0.22 0.18 0.13 0.19 0.15 0.17 0.10 0.17 0.15 0.20 0.23 0.22 0.15 0.18 0.25 0.12 0.19 0.11 0.16 0.10 0.10 0.10
C2' 0.14 0.15 0.13 0.08 0.12 0.11 0.10 0.07 0.10 0.09 0.13 0.17 0.15 0.09 0.12 0.21 0.09 0.14 0.05 0.09 0.07 0.08 0.05
C3' 0.14 0.14 0.13 0.08 0.12 0.12 0.10 0.08 0.10 0.09 0.12 0.16 0.15 0.09 0.12 0.21 0.09 0.15 0.06 0.09 0.07 0.07 0.05
C4 0.17 0.18 0.15 0.11 0.15 0.14 0.13 0.10 0.13 0.12 0.16 0.19 0.18 0.11 0.15 0.23 0.11 0.17 0.08 0.12 0.11 0.08 0.07
C4' 0.18 0.18 0.15 0.11 0.16 0.14 0.13 0.10 0.13 0.12 0.16 0.20 0.19 0.11 0.15 0.23 0.10 0.17 0.08 0.12 0.10 0.08 0.07
C5 0.14 0.14 0.12 0.09 0.12 0.12 0.11 0.09 0.11 0.10 0.13 0.15 0.14 0.10 0.12 0.19 0.09 0.14 0.07 0.10 0.13 0.08 0.07
C5' 0.21 0.21 0.19 0.15 0.19 0.18 0.16 0.15 0.16 0.15 0.18 0.22 0.21 0.14 0.18 0.26 0.14 0.21 0.13 0.14 0.16 0.11 0.12
C6 0.14 0.14 0.12 0.09 0.13 0.11 0.11 0.09 0.12 0.11 0.13 0.15 0.15 0.11 0.12 0.18 0.09 0.14 0.07 0.11 0.13 0.08 0.08
C8 0.14 0.13 0.12 0.09 0.11 0.12 0.10 0.10 0.10 0.09 0.11 0.14 0.14 0.09 0.11 0.19 0.10 0.14 0.06 0.09 0.13 0.08 0.06
N1 0.17 0.18 0.15 0.11 0.16 0.13 0.15 0.09 0.15 0.13 0.17 0.20 0.18 0.13 0.15 0.21 0.10 0.16 0.09 0.14 0.11 0.10 0.09
N3 0.20 0.21 0.18 0.13 0.18 0.15 0.16 0.10 0.16 0.14 0.19 0.23 0.21 0.14 0.17 0.26 0.12 0.19 0.10 0.15 0.10 0.09 0.09
N6 0.10 0.11 0.09 0.07 0.10 0.09 0.10 0.08 0.10 0.09 0.11 0.12 0.11 0.09 0.10 0.14 0.09 0.11 0.06 0.09 0.16 0.08 0.07
N7 0.12 0.12 0.10 0.08 0.10 0.11 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.13 0.12 0.09 0.10 0.17 0.10 0.13 0.06 0.09 0.14 0.08 0.06
N9 0.16 0.17 0.15 0.10 0.14 0.14 0.12 0.10 0.12 0.11 0.14 0.18 0.17 0.11 0.14 0.23 0.11 0.16 0.07 0.11 0.11 0.08 0.07
O2' 0.13 0.15 0.12 0.07 0.12 0.09 0.10 0.06 0.11 0.09 0.13 0.17 0.15 0.09 0.11 0.20 0.08 0.12 0.05 0.10 0.09 0.09 0.06
O3' 0.12 0.12 0.10 0.07 0.10 0.09 0.09 0.06 0.09 0.08 0.11 0.14 0.13 0.08 0.10 0.19 0.08 0.12 0.05 0.08 0.06 0.08 0.05
O4' 0.19 0.20 0.17 0.12 0.17 0.15 0.15 0.11 0.15 0.13 0.18 0.22 0.20 0.13 0.16 0.25 0.11 0.19 0.09 0.13 0.13 0.10 0.09
O5' 0.18 0.19 0.15 0.11 0.17 0.14 0.14 0.11 0.15 0.13 0.17 0.21 0.19 0.12 0.16 0.23 0.10 0.18 0.08 0.13 0.12 0.08 0.08
OP1 0.19 0.20 0.16 0.12 0.17 0.15 0.14 0.12 0.14 0.12 0.17 0.22 0.20 0.12 0.16 0.25 0.11 0.19 0.10 0.12 0.14 0.08 0.09
OP2 0.13 0.12 0.11 0.09 0.11 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.14 0.12 0.11 0.10 0.17 0.10 0.13 0.09 0.12 0.11 0.11 0.09
P 0.15 0.15 0.13 0.09 0.13 0.13 0.11 0.10 0.11 0.10 0.13 0.17 0.15 0.09 0.12 0.20 0.10 0.15 0.08 0.10 0.12 0.07 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.07 0.06
C2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.04 0.02 0.07 0.01 0.07 0.10 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.07 0.04 0.02
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.09 0.06 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.09 0.08
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.00 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.07 0.01 0.08 0.11 0.09
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.05 0.04 0.03 0.03 0.06 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.07 0.00 0.08 0.11 0.09
C8 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.08 0.02 0.08 0.10 0.09
N1 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02 0.07 0.01 0.08 0.11 0.09
N2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.05 0.02 0.06 0.01 0.07 0.09 0.08
N3 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.02 0.06 0.01 0.06 0.09 0.08
N7 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.08 0.02 0.09 0.12 0.10
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.08 0.08
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.02 0.06 0.09 0.07 0.02 0.01 0.00 0.04 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.05
O3' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.04 0.00 0.02 0.07 0.04 0.14 0.11 0.08
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.05 0.02 0.05 0.08 0.07
O5' 0.04 0.07 0.03 0.04 0.06 0.02 0.07 0.01 0.07 0.08 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06 0.04 0.07 0.05 0.00 0.07 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.04 0.02 0.07 0.00 0.08 0.11 0.08
OP1 0.05 0.07 0.07 0.09 0.07 0.05 0.08 0.06 0.08 0.08 0.08 0.07 0.06 0.09 0.07 0.06 0.14 0.05 0.02 0.08 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.10 0.04 0.06 0.09 0.02 0.11 0.02 0.11 0.10 0.11 0.09 0.09 0.12 0.08 0.05 0.11 0.08 0.01 0.11 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.08 0.02 0.04 0.08 0.01 0.09 0.01 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.10 0.08 0.05 0.08 0.07 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00