ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54943

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 2, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.006, 0.012, 0.019, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.008, 0.015, 0.023, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.009, 0.017, 0.026, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.012, 0.024, 0.035, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.024 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.012, 0.024, 0.037, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.024 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.012, 0.026, 0.040, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.026 std_dev=0.014
P B 0, 0.094, 0.431, 0.768, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.431 std_dev=0.337
OP1 B 0, 0.158, 0.567, 0.975, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.567 std_dev=0.408
OP2 B 0, 0.120, 0.532, 0.943, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.532 std_dev=0.411
O5' B 0, 0.065, 0.690, 1.314, 1.821 max_d=1.821 avg_d=0.690 std_dev=0.624
O4' A 0, -0.137, 0.512, 1.162, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.512 std_dev=0.650
C2' A 0, -0.121, 0.569, 1.259, 1.657 max_d=1.657 avg_d=0.569 std_dev=0.690
C3' A 0, -0.140, 0.781, 1.703, 2.172 max_d=2.172 avg_d=0.781 std_dev=0.921
C4' A 0, -0.186, 0.806, 1.798, 2.328 max_d=2.328 avg_d=0.806 std_dev=0.992
C5' B 0, -0.030, 0.970, 1.970, 2.536 max_d=2.536 avg_d=0.970 std_dev=1.000
O2' A 0, -0.184, 0.904, 1.993, 2.567 max_d=2.567 avg_d=0.904 std_dev=1.088
O3' A 0, -0.123, 0.993, 2.109, 2.572 max_d=2.572 avg_d=0.993 std_dev=1.116
N7 B 0, 0.001, 1.206, 2.411, 2.878 max_d=2.878 avg_d=1.206 std_dev=1.205
O5' A 0, -0.160, 1.060, 2.280, 3.041 max_d=3.041 avg_d=1.060 std_dev=1.220
C8 B 0, -0.062, 1.255, 2.571, 3.225 max_d=3.225 avg_d=1.255 std_dev=1.317
C5' A 0, -0.252, 1.164, 2.579, 3.404 max_d=3.404 avg_d=1.164 std_dev=1.416
C4' B 0, -0.192, 1.416, 3.023, 3.692 max_d=3.692 avg_d=1.416 std_dev=1.608
P A 0, -0.250, 1.407, 3.064, 4.032 max_d=4.032 avg_d=1.407 std_dev=1.657
OP2 A 0, -0.222, 1.450, 3.123, 4.034 max_d=4.034 avg_d=1.450 std_dev=1.672
O6 B 0, -0.017, 1.670, 3.357, 4.277 max_d=4.277 avg_d=1.670 std_dev=1.687
C5 B 0, -0.091, 1.617, 3.325, 4.095 max_d=4.095 avg_d=1.617 std_dev=1.708
C3' B 0, -0.231, 1.557, 3.345, 4.184 max_d=4.184 avg_d=1.557 std_dev=1.788
O4' B 0, -0.241, 1.607, 3.455, 4.289 max_d=4.289 avg_d=1.607 std_dev=1.848
N9 B 0, -0.191, 1.673, 3.538, 4.371 max_d=4.371 avg_d=1.673 std_dev=1.865
C6 B 0, -0.090, 1.808, 3.705, 4.664 max_d=4.664 avg_d=1.808 std_dev=1.897
O3' B 0, -0.278, 1.673, 3.623, 4.629 max_d=4.629 avg_d=1.673 std_dev=1.951
C4 B 0, -0.201, 1.894, 3.989, 4.881 max_d=4.881 avg_d=1.894 std_dev=2.095
C1' B 0, -0.291, 1.898, 4.086, 5.127 max_d=5.127 avg_d=1.898 std_dev=2.189
OP1 A 0, -0.332, 1.874, 4.081, 5.297 max_d=5.297 avg_d=1.874 std_dev=2.207
C2' B 0, -0.335, 2.037, 4.408, 5.572 max_d=5.572 avg_d=2.037 std_dev=2.372
N1 B 0, -0.193, 2.240, 4.673, 5.896 max_d=5.896 avg_d=2.240 std_dev=2.433
N3 B 0, -0.297, 2.324, 4.944, 6.110 max_d=6.110 avg_d=2.324 std_dev=2.620
C2 B 0, -0.284, 2.473, 5.230, 6.546 max_d=6.546 avg_d=2.473 std_dev=2.757
O2' B 0, -0.430, 2.525, 5.480, 6.977 max_d=6.977 avg_d=2.525 std_dev=2.955
N2 B 0, -0.357, 2.896, 6.148, 7.724 max_d=7.724 avg_d=2.896 std_dev=3.252

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.32 0.00 0.08 0.10 0.07 0.05
C2 0.02 0.00 0.41 0.32 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.14 0.27 0.21 0.31 0.57 0.32
C2' 0.00 0.41 0.00 0.00 0.21 0.01 0.09 0.21 0.18 0.23 0.32 0.41 0.12 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01 0.42 0.45 0.58 0.48
C3' 0.01 0.32 0.00 0.00 0.30 0.00 0.37 0.01 0.40 0.28 0.38 0.27 0.43 0.35 0.23 0.02 0.01 0.01 0.03 0.16 0.10 0.08
C4 0.01 0.01 0.21 0.30 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.10 0.14 0.21 0.29 0.46 0.29
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.09 0.23 0.04 0.08 0.13 0.21 0.10 0.31 0.01 0.00 0.01 0.07 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.09 0.37 0.00 0.12 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.28 0.10 0.05 0.33 0.46 0.67 0.46
C5' 0.05 0.08 0.21 0.01 0.04 0.00 0.12 0.00 0.10 0.22 0.05 0.09 0.16 0.23 0.06 0.08 0.22 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.18 0.40 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.10 0.12 0.36 0.52 0.79 0.51
C8 0.01 0.01 0.23 0.28 0.00 0.23 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.48 0.12 0.18 0.32 0.37 0.42 0.38
N1 0.02 0.00 0.32 0.38 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.21 0.29 0.44 0.73 0.44
N3 0.02 0.00 0.41 0.27 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.20 0.19 0.26 0.15 0.22 0.42 0.23
N6 0.01 0.01 0.12 0.43 0.01 0.13 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.31 0.17 0.07 0.42 0.64 0.93 0.62
N7 0.01 0.01 0.13 0.35 0.00 0.21 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.47 0.17 0.10 0.40 0.53 0.70 0.53
N9 0.00 0.01 0.02 0.23 0.00 0.10 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.22 0.11 0.01 0.16 0.20 0.27 0.20
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.11 0.31 0.28 0.08 0.22 0.48 0.09 0.20 0.31 0.47 0.22 0.00 0.02 0.23 0.34 0.39 0.75 0.47
O3' 0.32 0.14 0.02 0.01 0.10 0.01 0.10 0.22 0.10 0.12 0.07 0.19 0.17 0.17 0.11 0.02 0.00 0.22 0.20 0.30 0.17 0.21
O4' 0.00 0.27 0.01 0.01 0.14 0.00 0.05 0.01 0.12 0.18 0.21 0.26 0.07 0.10 0.01 0.23 0.22 0.00 0.09 0.08 0.15 0.12
O5' 0.08 0.21 0.42 0.03 0.21 0.01 0.33 0.01 0.36 0.32 0.29 0.15 0.42 0.40 0.16 0.34 0.20 0.09 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.10 0.31 0.45 0.16 0.29 0.07 0.46 0.04 0.52 0.37 0.44 0.22 0.64 0.53 0.20 0.39 0.30 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.07 0.57 0.58 0.10 0.46 0.02 0.67 0.01 0.79 0.42 0.73 0.42 0.93 0.70 0.27 0.75 0.17 0.15 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.05 0.32 0.48 0.08 0.29 0.01 0.46 0.01 0.51 0.38 0.44 0.23 0.62 0.53 0.20 0.47 0.21 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.32 1.23 1.38 1.11 1.07 1.17 0.80 0.73 0.77 0.71 1.00 1.40 1.30 0.58 1.04 1.81 1.20 1.21 0.35 0.59 0.41 0.42 0.24
C2 1.59 1.42 1.69 1.42 1.27 1.47 0.96 0.94 0.93 0.87 1.18 1.58 1.50 0.71 1.25 2.11 1.51 1.48 0.50 0.73 0.38 0.41 0.25
C2' 0.87 0.81 1.00 0.79 0.65 0.77 0.42 0.38 0.41 0.34 0.61 0.97 0.86 0.24 0.62 1.39 0.94 0.74 0.10 0.26 0.49 0.55 0.40
C3' 0.61 0.61 0.64 0.36 0.44 0.40 0.23 0.11 0.23 0.14 0.42 0.77 0.64 0.09 0.39 1.02 0.42 0.49 0.31 0.12 0.90 0.83 0.71
C4 1.30 1.16 1.36 1.13 1.02 1.21 0.76 0.79 0.73 0.70 0.94 1.30 1.23 0.56 1.01 1.75 1.22 1.23 0.38 0.56 0.41 0.42 0.24
C4' 1.06 1.04 1.00 0.70 0.89 0.81 0.68 0.44 0.67 0.59 0.86 1.19 1.08 0.49 0.85 1.37 0.67 0.97 0.17 0.53 0.61 0.48 0.35
C5 1.10 0.92 1.13 0.95 0.83 1.07 0.61 0.74 0.58 0.59 0.74 1.03 1.00 0.46 0.85 1.46 1.02 1.08 0.33 0.43 0.41 0.42 0.24
C5' 0.82 0.79 0.69 0.41 0.68 0.58 0.51 0.29 0.50 0.46 0.65 0.90 0.82 0.38 0.65 1.00 0.33 0.78 0.13 0.39 0.67 0.50 0.38
C6 1.14 0.93 1.17 1.02 0.85 1.15 0.63 0.84 0.59 0.61 0.75 1.03 1.01 0.48 0.88 1.48 1.08 1.13 0.39 0.44 0.40 0.42 0.24
C8 0.99 0.84 0.99 0.80 0.75 0.93 0.54 0.62 0.50 0.52 0.66 0.95 0.91 0.40 0.76 1.33 0.86 0.97 0.26 0.37 0.42 0.42 0.23
N1 1.43 1.21 1.50 1.30 1.10 1.40 0.83 0.96 0.79 0.78 1.00 1.33 1.29 0.62 1.11 1.85 1.37 1.38 0.49 0.61 0.38 0.41 0.25
N3 1.53 1.40 1.62 1.34 1.23 1.38 0.93 0.88 0.90 0.83 1.15 1.57 1.47 0.68 1.20 2.06 1.44 1.40 0.45 0.70 0.39 0.41 0.25
N6 0.88 0.68 0.88 0.79 0.64 0.95 0.47 0.76 0.43 0.48 0.54 0.75 0.75 0.36 0.67 1.12 0.84 0.91 0.33 0.32 0.40 0.42 0.23
N7 0.90 0.72 0.88 0.72 0.66 0.87 0.47 0.61 0.43 0.47 0.57 0.81 0.79 0.35 0.68 1.19 0.77 0.90 0.24 0.31 0.41 0.42 0.23
N9 1.21 1.08 1.25 1.02 0.95 1.11 0.70 0.72 0.67 0.65 0.87 1.22 1.15 0.51 0.94 1.64 1.10 1.14 0.33 0.50 0.41 0.42 0.24
O2' 1.45 1.39 1.69 1.49 1.19 1.38 0.91 0.94 0.90 0.81 1.15 1.58 1.45 0.68 1.15 2.14 1.73 1.27 0.58 0.71 0.13 0.16 0.11
O3' 1.00 1.08 1.03 0.71 0.87 0.72 0.65 0.32 0.67 0.51 0.89 1.25 1.10 0.44 0.80 1.42 0.74 0.84 0.15 0.53 0.67 0.54 0.45
O4' 1.41 1.35 1.36 1.05 1.20 1.19 0.96 0.78 0.94 0.88 1.15 1.50 1.40 0.76 1.17 1.75 1.04 1.33 0.43 0.77 0.41 0.32 0.18
O5' 0.34 0.28 0.23 0.09 0.20 0.18 0.10 0.15 0.11 0.08 0.16 0.37 0.32 0.14 0.19 0.52 0.14 0.33 0.39 0.16 0.95 0.81 0.69
OP1 0.22 0.29 0.41 0.64 0.33 0.41 0.43 0.60 0.45 0.43 0.37 0.24 0.25 0.49 0.32 0.20 0.79 0.20 0.80 0.52 1.28 1.08 0.99
OP2 0.62 0.75 0.78 0.96 0.77 0.74 0.88 0.90 0.92 0.86 0.85 0.70 0.70 0.93 0.75 0.54 1.05 0.58 1.13 1.00 1.53 1.41 1.30
P 0.12 0.21 0.28 0.50 0.25 0.27 0.37 0.47 0.40 0.36 0.32 0.17 0.17 0.44 0.24 0.11 0.61 0.10 0.70 0.49 1.20 1.04 0.92

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.01 0.11 0.09 0.04
C2 0.03 0.00 0.10 0.13 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.17 0.02 0.16 0.01 0.17 0.15 0.14
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.05 0.08 0.13 0.10 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.05 0.15 0.11 0.06
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.07 0.00 0.04 0.01 0.06 0.06 0.11 0.17 0.13 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.16 0.10 0.06
C4 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.01 0.14 0.01 0.14 0.12 0.11
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.05 0.08 0.06 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.11 0.06 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.15 0.00 0.13 0.12 0.12
C5' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.09 0.07 0.10 0.11 0.09 0.08 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.09 0.10 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.08 0.01 0.15 0.00 0.15 0.14 0.14
C8 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.03 0.14 0.01 0.12 0.08 0.09
N1 0.03 0.00 0.08 0.11 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.13 0.02 0.16 0.01 0.17 0.16 0.15
N2 0.05 0.00 0.13 0.17 0.01 0.08 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.21 0.04 0.17 0.02 0.19 0.16 0.15
N3 0.03 0.01 0.10 0.13 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.15 0.03 0.15 0.01 0.16 0.13 0.12
N7 0.00 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.15 0.01 0.12 0.10 0.11
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.12 0.01 0.12 0.09 0.08
O2' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.05 0.04 0.05 0.04 0.08 0.03 0.10 0.14 0.09 0.04 0.02 0.00 0.04 0.05 0.02 0.08 0.14 0.08 0.03
O3' 0.02 0.17 0.02 0.01 0.08 0.01 0.04 0.02 0.08 0.07 0.13 0.21 0.15 0.05 0.01 0.04 0.00 0.01 0.06 0.06 0.18 0.10 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.02 0.06 0.13 0.06
O5' 0.07 0.16 0.05 0.04 0.14 0.01 0.15 0.01 0.15 0.14 0.16 0.17 0.15 0.15 0.12 0.02 0.06 0.05 0.00 0.15 0.02 0.03 0.01
O6 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.02 0.15 0.00 0.14 0.14 0.14
OP1 0.11 0.17 0.15 0.16 0.14 0.11 0.13 0.10 0.15 0.12 0.17 0.19 0.16 0.12 0.12 0.14 0.18 0.06 0.02 0.14 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.15 0.11 0.10 0.12 0.06 0.12 0.02 0.14 0.08 0.16 0.16 0.13 0.10 0.09 0.08 0.10 0.13 0.03 0.14 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.14 0.06 0.06 0.11 0.02 0.12 0.01 0.14 0.09 0.15 0.15 0.12 0.11 0.08 0.03 0.05 0.06 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00