ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54944

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 4, 4, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.017, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.017 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.008, 0.020, 0.031, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.012, 0.025, 0.039, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.012, 0.026, 0.040, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.026 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.014, 0.029, 0.043, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.029 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.018, 0.033, 0.047, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.033 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.008, 0.025, 0.041, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.020, 0.040, 0.060, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.040 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.022, 0.043, 0.064, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.043 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.015, 0.039, 0.062, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.039 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.022, 0.046, 0.070, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.046 std_dev=0.024
O4' A 0, 0.066, 0.110, 0.154, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.110 std_dev=0.044
C4' A 0, 0.096, 0.173, 0.251, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.173 std_dev=0.077
C2' A 0, 0.108, 0.185, 0.263, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.185 std_dev=0.078
C3' A 0, 0.131, 0.223, 0.316, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.223 std_dev=0.092
O3' A 0, 0.161, 0.275, 0.389, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.275 std_dev=0.114
O2' A 0, 0.178, 0.293, 0.407, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.293 std_dev=0.115
C5' A 0, 0.215, 0.382, 0.550, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.382 std_dev=0.167
O5' A 0, 0.303, 0.473, 0.642, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.473 std_dev=0.170
P B 0, 0.188, 0.397, 0.607, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.397 std_dev=0.209
C1' B 0, 0.373, 0.662, 0.950, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.662 std_dev=0.289
P A 0, 0.529, 0.822, 1.114, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.822 std_dev=0.293
N9 B 0, 0.336, 0.666, 0.996, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.666 std_dev=0.330
OP2 A 0, 0.587, 0.928, 1.269, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.928 std_dev=0.341
OP1 A 0, 0.581, 0.925, 1.268, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.925 std_dev=0.344
C4 B 0, 0.461, 0.806, 1.150, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.806 std_dev=0.345
C8 B 0, 0.452, 0.803, 1.155, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.803 std_dev=0.352
N3 B 0, 0.462, 0.829, 1.195, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.829 std_dev=0.366
O3' B 0, 0.190, 0.559, 0.929, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.559 std_dev=0.369
N7 B 0, 0.604, 0.981, 1.359, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.981 std_dev=0.378
C5 B 0, 0.610, 0.991, 1.373, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.991 std_dev=0.382
OP2 B 0, 0.776, 1.171, 1.565, 1.441 max_d=1.441 avg_d=1.171 std_dev=0.395
C3' B 0, 0.522, 0.919, 1.316, 1.763 max_d=1.763 avg_d=0.919 std_dev=0.397
C2 B 0, 0.625, 1.060, 1.495, 1.524 max_d=1.524 avg_d=1.060 std_dev=0.435
C2' B 0, 0.757, 1.205, 1.653, 1.745 max_d=1.745 avg_d=1.205 std_dev=0.448
C6 B 0, 0.752, 1.205, 1.657, 1.564 max_d=1.564 avg_d=1.205 std_dev=0.453
N1 B 0, 0.757, 1.231, 1.706, 1.596 max_d=1.596 avg_d=1.231 std_dev=0.475
N2 B 0, 0.684, 1.182, 1.681, 1.715 max_d=1.715 avg_d=1.182 std_dev=0.498
O6 B 0, 0.859, 1.375, 1.891, 1.830 max_d=1.830 avg_d=1.375 std_dev=0.516
C4' B 0, 0.832, 1.349, 1.866, 2.307 max_d=2.307 avg_d=1.349 std_dev=0.517
O4' B 0, 1.110, 1.696, 2.283, 2.477 max_d=2.477 avg_d=1.696 std_dev=0.587
OP1 B 0, 1.064, 1.656, 2.249, 2.554 max_d=2.554 avg_d=1.656 std_dev=0.593
O5' B 0, 1.258, 1.855, 2.452, 2.221 max_d=2.221 avg_d=1.855 std_dev=0.597
C5' B 0, 1.627, 2.438, 3.249, 3.370 max_d=3.370 avg_d=2.438 std_dev=0.811
O2' B 0, 1.879, 2.849, 3.818, 3.581 max_d=3.581 avg_d=2.849 std_dev=0.970

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.08 0.04 0.05
C2 0.04 0.00 0.05 0.06 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.04 0.08 0.15 0.11 0.10
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.06 0.03 0.06 0.04 0.07 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.11 0.06 0.06
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.07 0.05
C4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.07 0.13 0.10 0.09
C4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01
C5 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.01 0.08 0.14 0.13 0.11
C5' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01
C6 0.03 0.01 0.06 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.07 0.02 0.09 0.16 0.14 0.12
C8 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.07 0.11 0.11 0.09
N1 0.04 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.09 0.03 0.09 0.16 0.13 0.12
N3 0.03 0.00 0.04 0.05 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.04 0.07 0.13 0.09 0.09
N6 0.03 0.01 0.07 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.09 0.07 0.02 0.09 0.17 0.16 0.13
N7 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.08 0.13 0.14 0.11
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.10 0.09 0.08
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.08 0.04 0.09 0.06 0.09 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.13 0.06 0.07
O3' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.09 0.08 0.07 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.07 0.07 0.05
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.03 0.04
O5' 0.04 0.08 0.05 0.05 0.07 0.00 0.08 0.01 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.08 0.07 0.06 0.04 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.08 0.15 0.11 0.07 0.13 0.02 0.14 0.03 0.16 0.11 0.16 0.13 0.17 0.13 0.10 0.13 0.07 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.11 0.06 0.07 0.10 0.04 0.13 0.04 0.14 0.11 0.13 0.09 0.16 0.14 0.09 0.06 0.07 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.10 0.06 0.05 0.09 0.01 0.11 0.01 0.12 0.09 0.12 0.09 0.13 0.11 0.08 0.07 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.13 0.13 0.10 0.11 0.12 0.15 0.20 0.13 0.19 0.12 0.17 0.11 0.21 0.13 0.18 0.10 0.09 0.20 0.18 0.10 0.11 0.10
C2 0.18 0.19 0.21 0.16 0.20 0.11 0.24 0.14 0.22 0.28 0.20 0.18 0.18 0.30 0.21 0.26 0.15 0.13 0.21 0.23 0.14 0.14 0.14
C2' 0.10 0.11 0.13 0.10 0.09 0.13 0.12 0.21 0.10 0.17 0.10 0.16 0.08 0.19 0.11 0.18 0.12 0.11 0.20 0.15 0.11 0.12 0.11
C3' 0.10 0.11 0.12 0.10 0.09 0.13 0.13 0.20 0.11 0.17 0.09 0.16 0.08 0.19 0.11 0.18 0.11 0.11 0.20 0.16 0.10 0.12 0.11
C4 0.12 0.15 0.15 0.10 0.15 0.10 0.19 0.19 0.17 0.22 0.15 0.17 0.14 0.25 0.16 0.20 0.10 0.08 0.20 0.17 0.10 0.11 0.10
C4' 0.10 0.12 0.12 0.09 0.11 0.12 0.15 0.21 0.14 0.18 0.11 0.17 0.11 0.20 0.12 0.18 0.10 0.09 0.20 0.20 0.10 0.11 0.10
C5 0.10 0.12 0.12 0.09 0.13 0.10 0.16 0.20 0.12 0.20 0.10 0.14 0.11 0.22 0.14 0.16 0.08 0.07 0.20 0.12 0.10 0.11 0.09
C5' 0.09 0.11 0.12 0.07 0.11 0.11 0.16 0.20 0.16 0.17 0.11 0.16 0.10 0.20 0.12 0.19 0.08 0.09 0.19 0.23 0.08 0.11 0.08
C6 0.12 0.13 0.12 0.09 0.14 0.09 0.16 0.18 0.12 0.21 0.12 0.14 0.12 0.21 0.15 0.15 0.08 0.08 0.20 0.11 0.10 0.11 0.10
C8 0.10 0.10 0.11 0.10 0.12 0.14 0.17 0.23 0.17 0.19 0.09 0.14 0.10 0.22 0.13 0.17 0.11 0.11 0.20 0.22 0.11 0.11 0.10
N1 0.17 0.16 0.18 0.14 0.18 0.11 0.21 0.15 0.18 0.26 0.17 0.16 0.16 0.27 0.20 0.21 0.13 0.13 0.21 0.17 0.12 0.12 0.12
N3 0.16 0.18 0.19 0.14 0.18 0.10 0.22 0.15 0.22 0.26 0.20 0.19 0.17 0.28 0.19 0.25 0.13 0.10 0.20 0.23 0.12 0.13 0.12
N6 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.10 0.11 0.20 0.09 0.17 0.09 0.11 0.08 0.16 0.12 0.11 0.07 0.06 0.20 0.09 0.11 0.14 0.10
N7 0.09 0.08 0.10 0.10 0.12 0.14 0.17 0.24 0.15 0.18 0.07 0.12 0.09 0.21 0.13 0.16 0.11 0.11 0.20 0.18 0.12 0.12 0.10
N9 0.10 0.13 0.13 0.09 0.12 0.12 0.17 0.21 0.15 0.20 0.11 0.16 0.11 0.23 0.14 0.18 0.10 0.09 0.20 0.19 0.10 0.11 0.10
O2' 0.11 0.12 0.13 0.11 0.08 0.13 0.09 0.20 0.08 0.16 0.13 0.17 0.09 0.17 0.11 0.18 0.12 0.12 0.20 0.09 0.12 0.14 0.13
O3' 0.10 0.11 0.12 0.10 0.08 0.13 0.11 0.21 0.09 0.16 0.09 0.16 0.08 0.18 0.11 0.17 0.12 0.11 0.20 0.12 0.12 0.13 0.12
O4' 0.10 0.13 0.13 0.10 0.12 0.13 0.16 0.22 0.15 0.19 0.11 0.18 0.12 0.22 0.13 0.18 0.10 0.10 0.20 0.20 0.10 0.11 0.10
O5' 0.09 0.11 0.11 0.08 0.10 0.14 0.15 0.22 0.16 0.15 0.09 0.18 0.10 0.19 0.11 0.18 0.11 0.12 0.19 0.25 0.10 0.12 0.10
OP1 0.11 0.10 0.14 0.12 0.11 0.16 0.16 0.22 0.20 0.14 0.14 0.17 0.10 0.17 0.11 0.20 0.15 0.16 0.18 0.27 0.12 0.16 0.12
OP2 0.11 0.11 0.13 0.14 0.10 0.19 0.14 0.26 0.17 0.13 0.12 0.16 0.11 0.17 0.11 0.20 0.17 0.17 0.19 0.26 0.13 0.15 0.12
P 0.09 0.10 0.12 0.09 0.09 0.14 0.14 0.21 0.17 0.13 0.10 0.17 0.10 0.17 0.10 0.19 0.12 0.13 0.18 0.25 0.09 0.13 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.06 0.05 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.06 0.02 0.08 0.16 0.05
C2 0.05 0.00 0.08 0.09 0.00 0.15 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.13 0.16 0.17 0.01 0.11 0.14 0.09
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.04 0.03 0.08 0.06 0.11 0.09 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.14 0.04 0.21 0.09 0.12
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.07 0.12 0.08 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.03 0.19 0.07 0.09
C4 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.07 0.08 0.14 0.01 0.07 0.14 0.06
C4' 0.00 0.15 0.01 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.06 0.13 0.19 0.13 0.03 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01 0.07 0.07 0.13 0.04
C5 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.04 0.05 0.15 0.01 0.08 0.15 0.07
C5' 0.02 0.20 0.04 0.01 0.10 0.00 0.09 0.00 0.13 0.06 0.19 0.24 0.17 0.05 0.04 0.03 0.05 0.01 0.01 0.13 0.04 0.08 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.09 0.16 0.00 0.07 0.13 0.07
C8 0.02 0.01 0.08 0.06 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.03 0.06 0.13 0.01 0.14 0.20 0.14
N1 0.04 0.00 0.06 0.07 0.01 0.13 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.10 0.13 0.18 0.01 0.09 0.13 0.08
N2 0.06 0.00 0.11 0.12 0.01 0.19 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.16 0.18 0.18 0.01 0.15 0.15 0.12
N3 0.05 0.00 0.09 0.08 0.00 0.13 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.12 0.15 0.15 0.01 0.10 0.14 0.07
N7 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.03 0.02 0.15 0.01 0.13 0.19 0.13
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.11 0.01 0.08 0.16 0.07
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.05 0.06 0.07 0.03 0.08 0.12 0.09 0.17 0.13 0.11 0.03 0.00 0.05 0.04 0.07 0.10 0.19 0.11 0.09
O3' 0.06 0.13 0.02 0.01 0.07 0.02 0.04 0.05 0.06 0.03 0.10 0.16 0.12 0.03 0.04 0.05 0.00 0.05 0.04 0.05 0.18 0.08 0.06
O4' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.08 0.00 0.05 0.01 0.09 0.06 0.13 0.18 0.15 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.08 0.07 0.24 0.11
O5' 0.06 0.17 0.14 0.08 0.14 0.01 0.15 0.01 0.16 0.13 0.18 0.18 0.15 0.15 0.11 0.07 0.04 0.03 0.00 0.17 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.05 0.08 0.17 0.00 0.08 0.14 0.08
OP1 0.08 0.11 0.21 0.19 0.07 0.07 0.08 0.04 0.07 0.14 0.09 0.15 0.10 0.13 0.08 0.19 0.18 0.07 0.02 0.08 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.14 0.09 0.07 0.14 0.13 0.15 0.08 0.13 0.20 0.13 0.15 0.14 0.19 0.16 0.11 0.08 0.24 0.01 0.14 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.09 0.12 0.09 0.06 0.04 0.07 0.01 0.07 0.14 0.08 0.12 0.07 0.13 0.07 0.09 0.06 0.11 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00