ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54946

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 1, 2, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.008, 0.020, 0.031, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.010, 0.021, 0.033, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.011, 0.026, 0.041, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.026 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.015, 0.030, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.030 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.027 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.011, 0.029, 0.046, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.029 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.012, 0.032, 0.051, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.032 std_dev=0.019
O4' A 0, 0.051, 0.123, 0.196, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.123 std_dev=0.073
C4' A 0, 0.105, 0.208, 0.311, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.208 std_dev=0.103
C3' A 0, 0.125, 0.260, 0.395, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.260 std_dev=0.135
O3' A 0, 0.160, 0.320, 0.479, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.320 std_dev=0.159
C2' A 0, 0.124, 0.304, 0.484, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.304 std_dev=0.180
C5' A 0, 0.168, 0.363, 0.558, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.363 std_dev=0.195
OP1 B 0, 0.150, 0.366, 0.583, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.366 std_dev=0.216
P B 0, 0.213, 0.448, 0.683, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.448 std_dev=0.235
O5' B 0, 0.312, 0.557, 0.803, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.557 std_dev=0.245
O5' A 0, 0.191, 0.460, 0.729, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.460 std_dev=0.269
O2' A 0, 0.261, 0.581, 0.901, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.581 std_dev=0.320
P A 0, 0.039, 0.460, 0.880, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.460 std_dev=0.420
OP2 B 0, 0.258, 0.798, 1.339, 1.669 max_d=1.669 avg_d=0.798 std_dev=0.541
OP2 A 0, 0.068, 0.654, 1.239, 1.790 max_d=1.790 avg_d=0.654 std_dev=0.586
OP1 A 0, 0.058, 0.656, 1.254, 1.530 max_d=1.530 avg_d=0.656 std_dev=0.598
C5' B 0, 0.073, 1.202, 2.330, 2.908 max_d=2.908 avg_d=1.202 std_dev=1.128
C3' B 0, -0.057, 1.141, 2.339, 3.053 max_d=3.053 avg_d=1.141 std_dev=1.198
C4' B 0, -0.041, 1.169, 2.379, 3.069 max_d=3.069 avg_d=1.169 std_dev=1.210
O2' B 0, 0.101, 1.372, 2.643, 3.428 max_d=3.428 avg_d=1.372 std_dev=1.271
C2' B 0, -0.136, 1.164, 2.463, 3.254 max_d=3.254 avg_d=1.164 std_dev=1.300
O3' B 0, -0.092, 1.268, 2.628, 3.461 max_d=3.461 avg_d=1.268 std_dev=1.360
O4' B 0, -0.152, 1.280, 2.711, 3.370 max_d=3.370 avg_d=1.280 std_dev=1.431
C1' B 0, -0.257, 1.382, 3.020, 3.949 max_d=3.949 avg_d=1.382 std_dev=1.638
N9 B 0, -0.376, 1.559, 3.495, 4.583 max_d=4.583 avg_d=1.559 std_dev=1.936
C8 B 0, -0.348, 1.620, 3.589, 4.730 max_d=4.730 avg_d=1.620 std_dev=1.968
C4 B 0, -0.531, 1.830, 4.191, 5.456 max_d=5.456 avg_d=1.830 std_dev=2.361
N7 B 0, -0.451, 1.937, 4.324, 5.668 max_d=5.668 avg_d=1.937 std_dev=2.387
C5 B 0, -0.539, 2.034, 4.608, 5.997 max_d=5.997 avg_d=2.034 std_dev=2.573
N3 B 0, -0.612, 1.978, 4.567, 5.909 max_d=5.909 avg_d=1.978 std_dev=2.589
C2 B 0, -0.679, 2.272, 5.224, 6.711 max_d=6.711 avg_d=2.272 std_dev=2.952
C6 B 0, -0.617, 2.373, 5.363, 6.924 max_d=6.924 avg_d=2.373 std_dev=2.990
N1 B 0, -0.671, 2.443, 5.558, 7.130 max_d=7.130 avg_d=2.443 std_dev=3.115
N2 B 0, -0.731, 2.500, 5.732, 7.345 max_d=7.345 avg_d=2.500 std_dev=3.232
O6 B 0, -0.637, 2.653, 5.944, 7.655 max_d=7.655 avg_d=2.653 std_dev=3.291

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.12 0.01 0.08 0.09 0.44 0.15
C2 0.03 0.00 0.10 0.07 0.01 0.03 0.02 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.13 0.13 0.03 0.16 0.25 0.42 0.16
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.03 0.05 0.06 0.05 0.09 0.07 0.10 0.06 0.08 0.04 0.01 0.03 0.02 0.06 0.14 0.29 0.13
C3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.07 0.05 0.06 0.06 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.10 0.16 0.26 0.14
C4 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.12 0.02 0.17 0.21 0.46 0.15
C4' 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.06 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.02 0.04 0.00 0.04 0.15 0.29 0.07
C5 0.01 0.02 0.05 0.04 0.00 0.04 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.12 0.01 0.21 0.26 0.46 0.16
C5' 0.05 0.08 0.06 0.03 0.09 0.02 0.12 0.00 0.12 0.14 0.10 0.07 0.14 0.14 0.09 0.06 0.04 0.02 0.01 0.24 0.15 0.03
C6 0.02 0.01 0.05 0.05 0.01 0.04 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.12 0.02 0.21 0.28 0.42 0.16
C8 0.01 0.02 0.09 0.07 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.10 0.12 0.05 0.22 0.21 0.55 0.18
N1 0.02 0.00 0.07 0.05 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.12 0.02 0.19 0.27 0.41 0.15
N3 0.02 0.01 0.10 0.06 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.12 0.03 0.15 0.21 0.43 0.16
N6 0.02 0.01 0.06 0.06 0.01 0.05 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.12 0.02 0.24 0.31 0.41 0.17
N7 0.01 0.02 0.08 0.06 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.09 0.12 0.03 0.24 0.26 0.51 0.18
N9 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.12 0.02 0.15 0.17 0.49 0.15
O2' 0.02 0.13 0.01 0.02 0.06 0.02 0.06 0.06 0.06 0.10 0.10 0.13 0.07 0.09 0.04 0.00 0.02 0.02 0.07 0.20 0.28 0.15
O3' 0.12 0.13 0.03 0.01 0.12 0.04 0.12 0.04 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.02 0.00 0.12 0.10 0.23 0.27 0.14
O4' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.12 0.00 0.09 0.09 0.49 0.17
O5' 0.08 0.16 0.06 0.10 0.17 0.04 0.21 0.01 0.21 0.22 0.19 0.15 0.24 0.24 0.15 0.07 0.10 0.09 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.09 0.25 0.14 0.16 0.21 0.15 0.26 0.24 0.28 0.21 0.27 0.21 0.31 0.26 0.17 0.20 0.23 0.09 0.02 0.00 0.03 0.02
OP2 0.44 0.42 0.29 0.26 0.46 0.29 0.46 0.15 0.42 0.55 0.41 0.43 0.41 0.51 0.49 0.28 0.27 0.49 0.03 0.03 0.00 0.02
P 0.15 0.16 0.13 0.14 0.15 0.07 0.16 0.03 0.16 0.18 0.15 0.16 0.17 0.18 0.15 0.15 0.14 0.17 0.01 0.02 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.21 0.38 0.12 0.25 0.18 0.24 0.75 0.27 0.91 0.72 0.31 0.97 0.41 1.06 0.23 0.28 0.70 0.23 0.16 1.43 0.12 0.19 0.14
C2 0.69 1.48 0.22 0.37 0.90 0.53 0.57 0.20 0.74 0.16 1.22 1.70 1.34 0.20 0.58 0.32 0.71 0.74 0.13 0.47 0.12 0.18 0.13
C2' 0.26 0.54 0.12 0.34 0.15 0.31 0.83 0.22 1.03 0.80 0.29 1.29 0.54 1.19 0.21 0.34 0.82 0.27 0.17 1.71 0.16 0.21 0.17
C3' 0.19 0.33 0.11 0.31 0.24 0.26 0.89 0.25 1.11 0.83 0.44 1.01 0.38 1.22 0.28 0.33 0.80 0.19 0.17 1.75 0.15 0.20 0.15
C4 0.27 0.58 0.10 0.23 0.06 0.30 0.55 0.23 0.60 0.60 0.15 1.04 0.57 0.89 0.12 0.22 0.65 0.34 0.15 0.97 0.12 0.19 0.14
C4' 0.09 0.21 0.18 0.16 0.52 0.10 1.11 0.36 1.38 0.95 0.88 0.37 0.09 1.32 0.48 0.24 0.63 0.09 0.17 1.93 0.13 0.19 0.14
C5 0.11 0.13 0.24 0.13 0.43 0.19 0.92 0.30 0.99 0.84 0.55 0.40 0.12 1.13 0.42 0.21 0.53 0.18 0.16 1.23 0.13 0.20 0.15
C5' 0.30 0.81 0.33 0.13 0.94 0.12 1.53 0.46 1.91 1.23 1.54 0.38 0.52 1.65 0.79 0.30 0.53 0.27 0.23 2.45 0.17 0.18 0.15
C6 0.18 0.29 0.20 0.13 0.13 0.28 0.51 0.22 0.48 0.60 0.17 0.55 0.34 0.78 0.19 0.18 0.49 0.35 0.14 0.67 0.12 0.20 0.14
C8 0.26 0.73 0.34 0.11 0.89 0.08 1.44 0.41 1.73 1.13 1.38 0.30 0.48 1.51 0.74 0.30 0.50 0.18 0.17 2.06 0.13 0.21 0.15
N1 0.55 1.03 0.10 0.28 0.65 0.49 0.34 0.18 0.42 0.13 0.77 1.21 1.01 0.23 0.41 0.18 0.60 0.69 0.13 0.26 0.12 0.19 0.13
N3 0.56 1.31 0.18 0.35 0.61 0.45 0.20 0.18 0.33 0.21 0.92 1.70 1.15 0.39 0.34 0.32 0.74 0.59 0.13 0.27 0.12 0.18 0.13
N6 0.20 0.26 0.44 0.13 0.49 0.13 0.73 0.31 0.70 0.77 0.47 0.14 0.21 0.88 0.50 0.38 0.30 0.19 0.15 0.79 0.12 0.20 0.15
N7 0.36 0.91 0.44 0.12 1.04 0.09 1.51 0.45 1.70 1.19 1.42 0.51 0.68 1.53 0.85 0.36 0.41 0.25 0.18 1.90 0.13 0.21 0.16
N9 0.14 0.16 0.17 0.19 0.35 0.20 0.93 0.30 1.11 0.83 0.56 0.67 0.22 1.17 0.35 0.23 0.63 0.18 0.16 1.55 0.13 0.20 0.14
O2' 0.47 1.22 0.22 0.44 0.30 0.45 0.38 0.21 0.41 0.56 0.53 2.03 1.04 0.90 0.10 0.43 0.91 0.46 0.19 1.10 0.19 0.23 0.19
O3' 0.28 0.68 0.11 0.30 0.04 0.26 0.57 0.25 0.65 0.65 0.10 1.35 0.63 0.96 0.11 0.36 0.79 0.26 0.22 1.23 0.21 0.27 0.21
O4' 0.09 0.15 0.18 0.15 0.45 0.11 0.99 0.37 1.21 0.85 0.75 0.40 0.07 1.19 0.41 0.22 0.60 0.10 0.16 1.69 0.12 0.20 0.14
O5' 0.38 1.02 0.38 0.17 1.11 0.18 1.76 0.51 2.21 1.38 1.86 0.54 0.67 1.84 0.93 0.34 0.53 0.34 0.31 2.77 0.27 0.24 0.24
OP1 0.59 1.44 0.52 0.47 1.31 0.46 1.89 0.64 2.37 1.44 2.18 1.15 1.00 1.89 1.07 0.46 0.78 0.58 0.49 2.87 0.45 0.49 0.45
OP2 0.55 1.71 0.41 0.18 1.48 0.28 2.10 0.53 2.63 1.56 2.54 1.38 1.15 2.04 1.16 0.33 0.53 0.50 0.48 3.05 0.47 0.56 0.50
P 0.52 1.55 0.42 0.13 1.39 0.23 1.99 0.55 2.49 1.50 2.33 1.24 1.06 1.97 1.10 0.31 0.50 0.47 0.34 2.96 0.30 0.34 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.27 0.03 0.35 0.11 0.19
C2 0.04 0.00 0.08 0.09 0.02 0.28 0.02 0.39 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.29 0.09 0.26 0.29 0.02 0.22 0.42 0.12
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.07 0.04 0.08 0.06 0.10 0.07 0.06 0.02 0.01 0.04 0.04 0.61 0.05 0.74 0.53 0.64
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.07 0.11 0.09 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.41 0.03 0.76 0.42 0.56
C4 0.02 0.02 0.04 0.04 0.00 0.12 0.00 0.20 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.13 0.09 0.13 0.29 0.02 0.16 0.34 0.10
C4' 0.03 0.28 0.02 0.00 0.12 0.00 0.07 0.00 0.11 0.14 0.21 0.34 0.26 0.10 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.08 0.24 0.16 0.06
C5 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.07 0.00 0.20 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.05 0.28 0.02 0.14 0.43 0.16
C5' 0.06 0.39 0.07 0.02 0.20 0.00 0.20 0.00 0.23 0.33 0.32 0.48 0.34 0.30 0.16 0.05 0.04 0.01 0.01 0.22 0.07 0.25 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.11 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.09 0.10 0.27 0.01 0.15 0.51 0.19
C8 0.02 0.03 0.08 0.05 0.01 0.14 0.01 0.33 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.22 0.10 0.11 0.28 0.03 0.13 0.25 0.12
N1 0.03 0.00 0.06 0.07 0.02 0.21 0.02 0.32 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.21 0.09 0.20 0.28 0.02 0.15 0.49 0.16
N2 0.04 0.01 0.10 0.11 0.02 0.34 0.02 0.48 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.37 0.09 0.30 0.27 0.03 0.27 0.42 0.12
N3 0.03 0.01 0.07 0.09 0.01 0.26 0.01 0.34 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.27 0.09 0.26 0.29 0.02 0.26 0.33 0.12
N7 0.01 0.02 0.06 0.04 0.01 0.10 0.01 0.30 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.16 0.10 0.06 0.28 0.03 0.20 0.38 0.18
N9 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.16 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.05 0.10 0.01 0.28 0.03 0.17 0.22 0.10
O2' 0.03 0.29 0.01 0.02 0.13 0.02 0.07 0.05 0.12 0.22 0.21 0.37 0.27 0.16 0.05 0.00 0.05 0.03 0.64 0.12 0.94 0.73 0.77
O3' 0.10 0.09 0.04 0.01 0.09 0.03 0.09 0.04 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.05 0.00 0.10 0.21 0.09 0.77 0.34 0.44
O4' 0.01 0.26 0.04 0.01 0.13 0.01 0.05 0.01 0.10 0.11 0.20 0.30 0.26 0.06 0.01 0.03 0.10 0.00 0.12 0.07 0.12 0.41 0.15
O5' 0.27 0.29 0.61 0.41 0.29 0.02 0.28 0.01 0.27 0.28 0.28 0.27 0.29 0.28 0.28 0.64 0.21 0.12 0.00 0.25 0.02 0.03 0.01
O6 0.03 0.02 0.05 0.03 0.02 0.08 0.02 0.22 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.12 0.09 0.07 0.25 0.00 0.22 0.57 0.24
OP1 0.35 0.22 0.74 0.76 0.16 0.24 0.14 0.07 0.15 0.13 0.15 0.27 0.26 0.20 0.17 0.94 0.77 0.12 0.02 0.22 0.00 0.00 0.01
OP2 0.11 0.42 0.53 0.42 0.34 0.16 0.43 0.25 0.51 0.25 0.49 0.42 0.33 0.38 0.22 0.73 0.34 0.41 0.03 0.57 0.00 0.00 0.01
P 0.19 0.12 0.64 0.56 0.10 0.06 0.16 0.02 0.19 0.12 0.16 0.12 0.12 0.18 0.10 0.77 0.44 0.15 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00