ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54947

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.006, 0.019, 0.031, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.009, 0.026, 0.042, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.026 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.012, 0.031, 0.050, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.031 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.009, 0.028, 0.047, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.028 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.002, 0.025, 0.048, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.025 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.004, 0.029, 0.055, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.029 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.009, 0.047, 0.085, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.047 std_dev=0.038
C8 A 0, 0.009, 0.049, 0.089, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.049 std_dev=0.040
N9 A 0, -0.002, 0.039, 0.079, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.039 std_dev=0.040
N6 A 0, 0.009, 0.050, 0.091, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.050 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.033, 0.132, 0.232, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.132 std_dev=0.099
C2' A 0, 0.029, 0.148, 0.267, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.148 std_dev=0.119
O2' A 0, 0.088, 0.248, 0.408, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.248 std_dev=0.160
C4' A 0, 0.057, 0.234, 0.410, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.234 std_dev=0.176
C3' A 0, 0.057, 0.244, 0.430, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.244 std_dev=0.187
O3' A 0, 0.101, 0.360, 0.619, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.360 std_dev=0.259
C5' A 0, 0.103, 0.370, 0.638, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.370 std_dev=0.268
P B 0, 0.202, 0.494, 0.785, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.494 std_dev=0.292
OP2 B 0, 0.225, 0.728, 1.231, 1.793 max_d=1.793 avg_d=0.728 std_dev=0.503
O5' B 0, 0.111, 0.615, 1.119, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.615 std_dev=0.504
C5' B 0, 0.104, 0.698, 1.292, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.698 std_dev=0.594
C4' B 0, 0.139, 0.806, 1.474, 1.728 max_d=1.728 avg_d=0.806 std_dev=0.667
O4' B 0, 0.167, 0.842, 1.518, 1.629 max_d=1.629 avg_d=0.842 std_dev=0.675
N9 B 0, 0.185, 0.863, 1.541, 1.809 max_d=1.809 avg_d=0.863 std_dev=0.678
C4 B 0, 0.213, 0.905, 1.597, 1.897 max_d=1.897 avg_d=0.905 std_dev=0.692
C8 B 0, 0.167, 0.880, 1.593, 1.864 max_d=1.864 avg_d=0.880 std_dev=0.713
C5 B 0, 0.193, 0.922, 1.652, 1.990 max_d=1.990 avg_d=0.922 std_dev=0.729
N1 B 0, 0.234, 0.971, 1.707, 2.077 max_d=2.077 avg_d=0.971 std_dev=0.737
C1' B 0, 0.169, 0.915, 1.660, 1.831 max_d=1.831 avg_d=0.915 std_dev=0.746
OP1 B 0, 0.342, 1.090, 1.839, 2.064 max_d=2.064 avg_d=1.090 std_dev=0.749
C3' B 0, 0.169, 0.932, 1.695, 2.024 max_d=2.024 avg_d=0.932 std_dev=0.763
C2 B 0, 0.239, 1.013, 1.787, 2.177 max_d=2.177 avg_d=1.013 std_dev=0.774
C6 B 0, 0.199, 0.989, 1.779, 2.212 max_d=2.212 avg_d=0.989 std_dev=0.790
N3 B 0, 0.217, 1.011, 1.805, 2.146 max_d=2.146 avg_d=1.011 std_dev=0.794
N7 B 0, 0.172, 0.974, 1.776, 2.202 max_d=2.202 avg_d=0.974 std_dev=0.802
C2' B 0, 0.172, 1.002, 1.832, 1.942 max_d=1.942 avg_d=1.002 std_dev=0.830
N2 B 0, 0.225, 1.128, 2.031, 2.472 max_d=2.472 avg_d=1.128 std_dev=0.903
O6 B 0, 0.194, 1.145, 2.095, 2.670 max_d=2.670 avg_d=1.145 std_dev=0.951
O3' B 0, 0.193, 1.152, 2.112, 2.396 max_d=2.396 avg_d=1.152 std_dev=0.959
O5' A 0, 0.320, 1.328, 2.336, 2.758 max_d=2.758 avg_d=1.328 std_dev=1.008
O2' B 0, 0.126, 1.164, 2.202, 2.400 max_d=2.400 avg_d=1.164 std_dev=1.038
P A 0, 0.240, 1.894, 3.548, 3.828 max_d=3.828 avg_d=1.894 std_dev=1.654
OP1 A 0, 0.337, 2.245, 4.153, 4.278 max_d=4.278 avg_d=2.245 std_dev=1.908
OP2 A 0, 0.139, 2.905, 5.671, 6.187 max_d=6.187 avg_d=2.905 std_dev=2.766

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.37 0.22 0.61 0.33
C2 0.05 0.00 0.15 0.18 0.02 0.11 0.02 0.13 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.14 0.19 0.04 0.66 0.50 1.25 0.77
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.07 0.02 0.04 0.01 0.08 0.06 0.13 0.14 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.25 0.20 0.46 0.19
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.10 0.01 0.08 0.01 0.12 0.09 0.17 0.16 0.11 0.07 0.05 0.02 0.01 0.02 0.31 0.43 0.40 0.22
C4 0.02 0.02 0.07 0.10 0.00 0.07 0.01 0.10 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.10 0.02 0.72 0.53 1.25 0.80
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.07 0.00 0.06 0.01 0.08 0.05 0.10 0.10 0.09 0.05 0.04 0.06 0.03 0.01 0.03 0.11 0.52 0.13
C5 0.02 0.02 0.04 0.08 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.08 0.05 0.87 0.74 1.64 1.05
C5' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.10 0.01 0.10 0.00 0.13 0.08 0.14 0.11 0.14 0.09 0.07 0.06 0.01 0.02 0.01 0.36 0.39 0.01
C6 0.04 0.01 0.08 0.12 0.02 0.08 0.01 0.13 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.08 0.12 0.05 0.88 0.78 1.74 1.10
C8 0.03 0.04 0.06 0.09 0.02 0.05 0.03 0.08 0.04 0.00 0.05 0.03 0.06 0.01 0.01 0.03 0.12 0.05 0.91 0.70 1.48 1.01
N1 0.05 0.01 0.13 0.17 0.03 0.10 0.02 0.14 0.01 0.05 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.13 0.17 0.05 0.78 0.66 1.54 0.96
N3 0.05 0.01 0.14 0.16 0.01 0.10 0.01 0.11 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.12 0.17 0.04 0.59 0.40 1.06 0.65
N6 0.04 0.01 0.06 0.11 0.02 0.09 0.02 0.14 0.00 0.06 0.02 0.02 0.00 0.06 0.04 0.07 0.12 0.08 0.95 0.92 1.99 1.26
N7 0.02 0.03 0.03 0.07 0.01 0.05 0.01 0.09 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.10 0.06 0.98 0.86 1.82 1.20
N9 0.00 0.03 0.02 0.05 0.02 0.04 0.02 0.07 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.69 0.47 1.09 0.72
O2' 0.03 0.14 0.01 0.02 0.07 0.06 0.05 0.06 0.08 0.03 0.13 0.12 0.07 0.01 0.02 0.00 0.03 0.08 0.13 0.24 0.62 0.26
O3' 0.02 0.19 0.02 0.01 0.10 0.03 0.08 0.01 0.12 0.12 0.17 0.17 0.12 0.10 0.05 0.03 0.00 0.02 0.41 0.44 0.54 0.18
O4' 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.05 0.05 0.04 0.08 0.06 0.01 0.08 0.02 0.00 0.32 0.25 0.53 0.26
O5' 0.37 0.66 0.25 0.31 0.72 0.03 0.87 0.01 0.88 0.91 0.78 0.59 0.95 0.98 0.69 0.13 0.41 0.32 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.22 0.50 0.20 0.43 0.53 0.11 0.74 0.36 0.78 0.70 0.66 0.40 0.92 0.86 0.47 0.24 0.44 0.25 0.03 0.00 0.03 0.02
OP2 0.61 1.25 0.46 0.40 1.25 0.52 1.64 0.39 1.74 1.48 1.54 1.06 1.99 1.82 1.09 0.62 0.54 0.53 0.01 0.03 0.00 0.01
P 0.33 0.77 0.19 0.22 0.80 0.13 1.05 0.01 1.10 1.01 0.96 0.65 1.26 1.20 0.72 0.26 0.18 0.26 0.01 0.02 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.45 0.45 0.71 0.77 0.39 0.58 0.32 0.47 0.32 0.29 0.38 0.51 0.47 0.27 0.37 0.78 0.98 0.40 0.20 0.28 0.74 0.20 0.32
C2 0.51 0.51 0.74 0.79 0.46 0.61 0.41 0.44 0.42 0.37 0.47 0.55 0.53 0.36 0.44 0.79 0.94 0.44 0.20 0.39 0.71 0.18 0.34
C2' 0.34 0.37 0.62 0.72 0.31 0.51 0.27 0.44 0.27 0.24 0.32 0.41 0.37 0.23 0.30 0.64 0.96 0.30 0.13 0.24 0.71 0.20 0.30
C3' 0.32 0.34 0.56 0.66 0.30 0.47 0.27 0.43 0.27 0.25 0.31 0.38 0.34 0.24 0.29 0.56 0.88 0.29 0.10 0.25 0.73 0.27 0.30
C4 0.51 0.50 0.72 0.77 0.45 0.62 0.39 0.50 0.40 0.37 0.45 0.54 0.52 0.34 0.44 0.77 0.94 0.46 0.23 0.36 0.73 0.20 0.31
C4' 0.39 0.40 0.63 0.70 0.34 0.52 0.29 0.44 0.29 0.28 0.34 0.45 0.41 0.25 0.33 0.67 0.91 0.35 0.15 0.26 0.74 0.24 0.31
C5 0.54 0.52 0.70 0.74 0.49 0.65 0.44 0.54 0.44 0.43 0.48 0.55 0.54 0.40 0.49 0.72 0.86 0.51 0.28 0.42 0.71 0.20 0.28
C5' 0.41 0.41 0.62 0.68 0.37 0.53 0.32 0.45 0.32 0.31 0.36 0.45 0.42 0.28 0.36 0.65 0.86 0.38 0.16 0.28 0.73 0.29 0.29
C6 0.56 0.54 0.68 0.72 0.52 0.66 0.49 0.54 0.49 0.47 0.52 0.56 0.56 0.45 0.52 0.67 0.79 0.54 0.29 0.47 0.71 0.19 0.27
C8 0.52 0.49 0.70 0.75 0.46 0.63 0.40 0.53 0.40 0.39 0.45 0.53 0.51 0.36 0.45 0.74 0.89 0.49 0.28 0.36 0.70 0.23 0.28
N1 0.56 0.54 0.71 0.75 0.51 0.66 0.48 0.51 0.48 0.45 0.51 0.56 0.56 0.43 0.50 0.71 0.83 0.52 0.23 0.46 0.71 0.18 0.32
N3 0.49 0.49 0.74 0.79 0.44 0.59 0.38 0.45 0.38 0.34 0.44 0.54 0.51 0.32 0.42 0.81 0.98 0.42 0.20 0.35 0.72 0.18 0.33
N6 0.57 0.56 0.62 0.64 0.56 0.63 0.54 0.56 0.54 0.54 0.56 0.57 0.57 0.52 0.56 0.59 0.66 0.57 0.38 0.53 0.67 0.22 0.21
N7 0.54 0.52 0.68 0.72 0.49 0.64 0.44 0.54 0.44 0.43 0.48 0.54 0.54 0.41 0.49 0.70 0.84 0.52 0.31 0.41 0.67 0.23 0.25
N9 0.49 0.48 0.71 0.76 0.43 0.61 0.37 0.50 0.37 0.35 0.42 0.52 0.50 0.32 0.42 0.76 0.94 0.45 0.24 0.33 0.73 0.21 0.32
O2' 0.37 0.41 0.68 0.78 0.34 0.53 0.29 0.46 0.29 0.26 0.35 0.46 0.41 0.24 0.32 0.72 1.05 0.32 0.17 0.26 0.69 0.19 0.30
O3' 0.26 0.29 0.50 0.64 0.26 0.43 0.24 0.42 0.25 0.23 0.27 0.32 0.29 0.23 0.25 0.47 0.86 0.24 0.10 0.24 0.70 0.28 0.30
O4' 0.47 0.46 0.71 0.75 0.40 0.58 0.34 0.48 0.33 0.32 0.40 0.52 0.48 0.29 0.39 0.78 0.95 0.42 0.23 0.29 0.74 0.23 0.33
O5' 1.08 0.97 1.25 1.40 1.01 1.30 1.00 1.32 0.97 1.05 0.96 0.94 1.00 1.02 1.05 1.21 1.55 1.12 1.05 0.96 0.47 0.73 0.69
OP1 0.91 0.74 1.16 1.40 0.81 1.26 0.80 1.35 0.76 0.88 0.73 0.71 0.79 0.84 0.87 1.09 1.63 0.97 1.05 0.74 0.57 0.73 0.71
OP2 1.70 1.46 1.79 2.06 1.64 2.04 1.72 2.23 1.66 1.87 1.54 1.34 1.51 1.85 1.73 1.59 2.14 1.85 2.03 1.70 1.59 1.78 1.79
P 1.23 1.06 1.39 1.59 1.16 1.52 1.18 1.61 1.13 1.27 1.08 0.99 1.10 1.24 1.22 1.28 1.73 1.31 1.36 1.14 0.80 1.03 1.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.03 0.20 0.65 0.31
C2 0.04 0.00 0.07 0.08 0.02 0.05 0.02 0.09 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.10 0.10 0.03 0.13 0.05 0.41 0.89 0.46
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.06 0.02 0.08 0.08 0.07 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.09 0.45 0.19
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.09 0.06 0.09 0.08 0.07 0.07 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.09 0.08 0.25 0.11
C4 0.02 0.02 0.05 0.06 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.15 0.01 0.44 0.92 0.48
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.03 0.06 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.22 0.09
C5 0.03 0.02 0.05 0.07 0.01 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.06 0.08 0.01 0.19 0.01 0.59 1.04 0.57
C5' 0.02 0.09 0.02 0.02 0.09 0.01 0.13 0.00 0.13 0.13 0.12 0.08 0.07 0.15 0.08 0.07 0.04 0.01 0.01 0.15 0.09 0.08 0.03
C6 0.03 0.03 0.06 0.09 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.07 0.10 0.02 0.20 0.02 0.63 1.05 0.58
C8 0.01 0.03 0.02 0.06 0.02 0.06 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.21 0.01 0.59 1.04 0.57
N1 0.04 0.01 0.08 0.09 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.09 0.11 0.03 0.17 0.04 0.53 0.99 0.53
N2 0.04 0.01 0.08 0.08 0.03 0.05 0.04 0.08 0.04 0.04 0.03 0.00 0.02 0.04 0.02 0.11 0.11 0.04 0.11 0.07 0.34 0.85 0.42
N3 0.04 0.01 0.07 0.07 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.09 0.08 0.03 0.12 0.03 0.35 0.84 0.42
N7 0.02 0.03 0.04 0.07 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.04 0.08 0.01 0.23 0.01 0.69 1.10 0.62
N9 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.14 0.02 0.40 0.87 0.45
O2' 0.02 0.10 0.01 0.03 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.02 0.09 0.11 0.09 0.04 0.03 0.00 0.05 0.04 0.10 0.07 0.17 0.33 0.10
O3' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.06 0.02 0.08 0.04 0.10 0.07 0.11 0.11 0.08 0.08 0.03 0.05 0.00 0.02 0.10 0.10 0.16 0.14 0.10
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.09 0.02 0.18 0.55 0.28
O5' 0.08 0.13 0.03 0.03 0.15 0.02 0.19 0.01 0.20 0.21 0.17 0.11 0.12 0.23 0.14 0.10 0.10 0.09 0.00 0.23 0.03 0.02 0.01
O6 0.03 0.05 0.06 0.09 0.01 0.07 0.01 0.15 0.02 0.01 0.04 0.07 0.03 0.01 0.02 0.07 0.10 0.02 0.23 0.00 0.73 1.10 0.64
OP1 0.20 0.41 0.09 0.08 0.44 0.02 0.59 0.09 0.63 0.59 0.53 0.34 0.35 0.69 0.40 0.17 0.16 0.18 0.03 0.73 0.00 0.03 0.02
OP2 0.65 0.89 0.45 0.25 0.92 0.22 1.04 0.08 1.05 1.04 0.99 0.85 0.84 1.10 0.87 0.33 0.14 0.55 0.02 1.10 0.03 0.00 0.02
P 0.31 0.46 0.19 0.11 0.48 0.09 0.57 0.03 0.58 0.57 0.53 0.42 0.42 0.62 0.45 0.10 0.10 0.28 0.01 0.64 0.02 0.02 0.00