ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54948

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 1, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.005, 0.008, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.005, 0.010, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N6 A 0, 0.010, 0.022, 0.035, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.009, 0.024, 0.040, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.016
O4' A 0, 0.013, 0.060, 0.107, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.060 std_dev=0.047
C4' A 0, 0.029, 0.084, 0.138, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.084 std_dev=0.055
C2' A 0, -0.007, 0.052, 0.110, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.052 std_dev=0.058
C3' A 0, 0.021, 0.086, 0.152, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.086 std_dev=0.066
O2' A 0, 0.011, 0.098, 0.186, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.098 std_dev=0.088
O3' A 0, 0.008, 0.096, 0.184, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.096 std_dev=0.088
C5' A 0, 0.047, 0.154, 0.262, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.154 std_dev=0.107
C4' B 0, 0.118, 0.232, 0.347, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.232 std_dev=0.114
C3' B 0, 0.123, 0.239, 0.354, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.239 std_dev=0.116
O5' A 0, 0.084, 0.201, 0.318, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.201 std_dev=0.117
C5' B 0, 0.086, 0.209, 0.332, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.209 std_dev=0.123
C2' B 0, 0.146, 0.269, 0.393, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.269 std_dev=0.124
O4' B 0, 0.146, 0.275, 0.404, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.275 std_dev=0.129
C1' B 0, 0.149, 0.282, 0.414, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.282 std_dev=0.132
O5' B 0, 0.054, 0.195, 0.337, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.195 std_dev=0.142
O3' B 0, 0.117, 0.272, 0.426, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.272 std_dev=0.154
P B 0, 0.063, 0.217, 0.372, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.217 std_dev=0.154
OP2 A 0, 0.111, 0.266, 0.421, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.266 std_dev=0.155
OP2 B 0, 0.095, 0.253, 0.410, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.253 std_dev=0.158
OP1 B 0, 0.046, 0.208, 0.369, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.208 std_dev=0.161
P A 0, 0.085, 0.251, 0.417, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.251 std_dev=0.166
N9 B 0, 0.110, 0.296, 0.483, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.296 std_dev=0.186
C8 B 0, 0.104, 0.294, 0.485, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.294 std_dev=0.191
O2' B 0, 0.094, 0.291, 0.487, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.291 std_dev=0.196
OP1 A 0, 0.073, 0.295, 0.517, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.295 std_dev=0.222
N7 B 0, 0.105, 0.331, 0.558, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.331 std_dev=0.226
C4 B 0, 0.098, 0.334, 0.570, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.334 std_dev=0.236
C5 B 0, 0.110, 0.360, 0.609, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.360 std_dev=0.249
N3 B 0, 0.095, 0.355, 0.615, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.355 std_dev=0.260
C6 B 0, 0.131, 0.415, 0.699, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.415 std_dev=0.284
C2 B 0, 0.110, 0.407, 0.704, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.407 std_dev=0.297
O6 B 0, 0.152, 0.451, 0.750, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.451 std_dev=0.299
N1 B 0, 0.134, 0.436, 0.739, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.436 std_dev=0.302
N2 B 0, 0.106, 0.446, 0.785, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.446 std_dev=0.339

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.06 0.03 0.03
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.03
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.05 0.04 0.04
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.05 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.05 0.06 0.04 0.05
C8 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04
N1 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.07 0.04 0.04
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.05 0.02 0.03
N6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.06 0.07 0.06 0.06
N7 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.04 0.05
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.09 0.04 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.05 0.07 0.06
O5' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.04 0.04 0.03 0.06 0.05 0.03 0.03 0.03 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.06 0.05 0.06 0.05 0.03 0.05 0.03 0.06 0.04 0.07 0.05 0.07 0.05 0.04 0.05 0.09 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.02 0.06 0.04 0.03 0.02 0.04 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.04 0.03 0.06 0.05 0.03 0.03 0.06 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.06 0.03 0.07 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.03 0.05 0.04 0.03 0.07 0.03 0.07 0.03
C2 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.11 0.09 0.08 0.08 0.11 0.09 0.07 0.09 0.07 0.07 0.10 0.07 0.10 0.08
C2' 0.03 0.05 0.03 0.04 0.05 0.03 0.06 0.02 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.02 0.05 0.03 0.02 0.07 0.04 0.07 0.03
C3' 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.06 0.03 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.03 0.06 0.04 0.03 0.07 0.03 0.07 0.04
C4 0.04 0.06 0.05 0.05 0.06 0.04 0.07 0.04 0.07 0.07 0.06 0.05 0.05 0.07 0.06 0.04 0.06 0.04 0.04 0.07 0.03 0.08 0.04
C4' 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.03 0.05 0.03 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.04 0.03 0.06 0.04 0.02 0.06 0.02 0.07 0.03
C5 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.03 0.05 0.03 0.02 0.06 0.02 0.06 0.02
C5' 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.07 0.04 0.04 0.06 0.03 0.07 0.04
C6 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04 0.04 0.06 0.03 0.03 0.06 0.03 0.07 0.03
C8 0.02 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.05 0.02 0.02 0.05 0.03 0.05 0.02
N1 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.08 0.09 0.07 0.06 0.07 0.09 0.07 0.06 0.08 0.05 0.06 0.08 0.06 0.09 0.06
N3 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.10 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.06 0.08 0.07 0.06 0.10 0.06 0.09 0.07
N6 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.05 0.03 0.06 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.06 0.04 0.04 0.04 0.06 0.05 0.04
N7 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.04 0.05 0.03 0.03 0.04 0.05 0.05 0.03
N9 0.03 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.06 0.03 0.06 0.05 0.05 0.04 0.04 0.06 0.04 0.03 0.05 0.03 0.02 0.06 0.02 0.07 0.03
O2' 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.06 0.06 0.05 0.04 0.04 0.07 0.04 0.03 0.06 0.03 0.02 0.07 0.04 0.06 0.03
O3' 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.03 0.06 0.03 0.07 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.03 0.06 0.04 0.03 0.07 0.04 0.07 0.04
O4' 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.06 0.03 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.07 0.02 0.07 0.03
O5' 0.05 0.05 0.07 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.07 0.09 0.05 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05
OP1 0.11 0.09 0.13 0.13 0.09 0.11 0.08 0.10 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.08 0.09 0.14 0.15 0.10 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09
OP2 0.08 0.07 0.10 0.11 0.07 0.09 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.11 0.13 0.08 0.08 0.06 0.09 0.06 0.07
P 0.08 0.06 0.10 0.10 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.07 0.10 0.12 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.00 0.03 0.05 0.03
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.05 0.01 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.03 0.05 0.03
C8 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.00 0.03 0.05 0.03
N2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.03 0.05 0.02
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.04 0.06 0.01 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03
O5' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.05 0.03
OP1 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.05 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00