ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54949

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.008, 0.023, 0.039, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.004, 0.021, 0.037, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.021 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.006, 0.024, 0.041, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.024 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.003, 0.024, 0.045, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.024 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.001, 0.022, 0.043, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.022 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.006, 0.041, 0.076, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.041 std_dev=0.035
N6 A 0, 0.016, 0.054, 0.092, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.054 std_dev=0.038
N7 A 0, 0.018, 0.056, 0.094, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.056 std_dev=0.038
C8 A 0, 0.016, 0.058, 0.101, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.058 std_dev=0.043
P B 0, 0.118, 0.341, 0.564, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.341 std_dev=0.223
O4' A 0, 0.007, 0.233, 0.458, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.233 std_dev=0.225
C2' A 0, 0.049, 0.315, 0.581, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.315 std_dev=0.266
C4' A 0, 0.055, 0.331, 0.606, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.331 std_dev=0.275
OP2 B 0, 0.121, 0.435, 0.748, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.435 std_dev=0.314
C3' A 0, 0.135, 0.459, 0.782, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.459 std_dev=0.323
C3' B 0, 0.211, 0.629, 1.048, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.629 std_dev=0.419
C4' B 0, 0.154, 0.574, 0.994, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.574 std_dev=0.420
O5' B 0, 0.131, 0.554, 0.976, 1.376 max_d=1.376 avg_d=0.554 std_dev=0.423
O2' A 0, 0.096, 0.551, 1.007, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.551 std_dev=0.455
C5' B 0, 0.247, 0.738, 1.229, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.738 std_dev=0.491
OP1 B 0, 0.037, 0.533, 1.028, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.533 std_dev=0.495
C6 B 0, 0.082, 0.608, 1.135, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.608 std_dev=0.527
O4' B 0, 0.111, 0.644, 1.177, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.644 std_dev=0.533
C5 B 0, 0.002, 0.545, 1.088, 1.687 max_d=1.687 avg_d=0.545 std_dev=0.543
C5' A 0, 0.174, 0.722, 1.271, 1.600 max_d=1.600 avg_d=0.722 std_dev=0.548
O6 B 0, 0.149, 0.711, 1.273, 1.547 max_d=1.547 avg_d=0.711 std_dev=0.562
N1 B 0, 0.071, 0.638, 1.204, 1.732 max_d=1.732 avg_d=0.638 std_dev=0.567
C4 B 0, -0.077, 0.508, 1.094, 1.834 max_d=1.834 avg_d=0.508 std_dev=0.586
O5' A 0, 0.125, 0.717, 1.309, 1.613 max_d=1.613 avg_d=0.717 std_dev=0.592
N9 B 0, -0.039, 0.557, 1.154, 1.853 max_d=1.853 avg_d=0.557 std_dev=0.596
N7 B 0, 0.005, 0.609, 1.212, 1.821 max_d=1.821 avg_d=0.609 std_dev=0.603
C8 B 0, 0.001, 0.610, 1.218, 1.844 max_d=1.844 avg_d=0.610 std_dev=0.608
C1' B 0, 0.045, 0.676, 1.308, 1.983 max_d=1.983 avg_d=0.676 std_dev=0.631
O3' B 0, 0.266, 0.904, 1.541, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.904 std_dev=0.638
C2 B 0, -0.022, 0.637, 1.296, 2.082 max_d=2.082 avg_d=0.637 std_dev=0.659
N3 B 0, -0.107, 0.567, 1.241, 2.119 max_d=2.119 avg_d=0.567 std_dev=0.674
C2' B 0, 0.165, 0.864, 1.563, 2.166 max_d=2.166 avg_d=0.864 std_dev=0.699
P A 0, -0.012, 0.777, 1.567, 2.524 max_d=2.524 avg_d=0.777 std_dev=0.789
O3' A 0, -0.192, 0.598, 1.389, 2.461 max_d=2.461 avg_d=0.598 std_dev=0.790
N2 B 0, -0.015, 0.784, 1.584, 2.496 max_d=2.496 avg_d=0.784 std_dev=0.800
OP2 A 0, -0.047, 0.824, 1.695, 2.552 max_d=2.552 avg_d=0.824 std_dev=0.871
OP1 A 0, -0.183, 0.952, 2.087, 3.612 max_d=3.612 avg_d=0.952 std_dev=1.135
O2' B 0, 0.305, 1.466, 2.627, 3.534 max_d=3.534 avg_d=1.466 std_dev=1.161

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.08 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.03 0.30 0.01 0.23 0.27 0.62 0.17
C2 0.04 0.00 0.21 0.23 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.33 0.43 0.04 0.43 0.72 0.60 0.14
C2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.08 0.04 0.03 0.18 0.06 0.17 0.14 0.22 0.03 0.13 0.04 0.00 0.08 0.02 0.31 0.38 0.70 0.31
C3' 0.04 0.23 0.01 0.00 0.10 0.01 0.06 0.02 0.09 0.17 0.17 0.23 0.08 0.14 0.03 0.02 0.02 0.02 0.14 0.22 0.62 0.28
C4 0.02 0.01 0.08 0.10 0.00 0.02 0.01 0.17 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.20 0.33 0.03 0.41 0.58 0.64 0.12
C4' 0.02 0.07 0.04 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.03 0.13 0.04 0.08 0.05 0.12 0.04 0.14 0.07 0.01 0.02 0.16 0.47 0.16
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.05 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.19 0.27 0.02 0.45 0.62 0.71 0.18
C5' 0.08 0.16 0.18 0.02 0.17 0.01 0.24 0.00 0.22 0.32 0.17 0.14 0.26 0.33 0.18 0.10 0.20 0.03 0.00 0.33 0.31 0.02
C6 0.03 0.01 0.06 0.09 0.02 0.03 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.24 0.31 0.02 0.46 0.70 0.71 0.15
C8 0.02 0.01 0.17 0.17 0.00 0.13 0.01 0.32 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.14 0.18 0.02 0.45 0.40 0.72 0.30
N1 0.04 0.01 0.14 0.17 0.02 0.04 0.01 0.17 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.30 0.38 0.03 0.45 0.75 0.65 0.12
N3 0.04 0.01 0.22 0.23 0.00 0.08 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.32 0.43 0.04 0.40 0.63 0.59 0.14
N6 0.03 0.02 0.03 0.08 0.03 0.05 0.02 0.26 0.01 0.04 0.02 0.03 0.00 0.03 0.03 0.24 0.27 0.03 0.47 0.70 0.77 0.21
N7 0.02 0.01 0.13 0.14 0.01 0.12 0.00 0.33 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.17 0.19 0.02 0.48 0.52 0.76 0.31
N9 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.18 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.10 0.26 0.01 0.37 0.44 0.65 0.15
O2' 0.03 0.33 0.00 0.02 0.20 0.14 0.19 0.10 0.24 0.14 0.30 0.32 0.24 0.17 0.10 0.00 0.10 0.08 0.27 0.43 0.70 0.31
O3' 0.30 0.43 0.08 0.02 0.33 0.07 0.27 0.20 0.31 0.18 0.38 0.43 0.27 0.19 0.26 0.10 0.00 0.22 0.26 0.38 0.59 0.32
O4' 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.08 0.22 0.00 0.16 0.16 0.59 0.27
O5' 0.23 0.43 0.31 0.14 0.41 0.02 0.45 0.00 0.46 0.45 0.45 0.40 0.47 0.48 0.37 0.27 0.26 0.16 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.27 0.72 0.38 0.22 0.58 0.16 0.62 0.33 0.70 0.40 0.75 0.63 0.70 0.52 0.44 0.43 0.38 0.16 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.62 0.60 0.70 0.62 0.64 0.47 0.71 0.31 0.71 0.72 0.65 0.59 0.77 0.76 0.65 0.70 0.59 0.59 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.17 0.14 0.31 0.28 0.12 0.16 0.18 0.02 0.15 0.30 0.12 0.14 0.21 0.31 0.15 0.31 0.32 0.27 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.18 0.15 0.23 0.12 0.31 0.21 0.70 0.27 0.20 0.19 0.27 0.15 0.28 0.10 0.17 0.27 0.16 0.46 0.40 0.24 0.18 0.17
C2 0.27 0.24 0.48 0.35 0.27 0.31 0.29 0.67 0.27 0.33 0.25 0.24 0.24 0.35 0.28 0.55 0.35 0.24 0.38 0.27 0.26 0.19 0.15
C2' 0.18 0.19 0.30 0.31 0.24 0.39 0.35 0.75 0.40 0.34 0.28 0.18 0.16 0.41 0.24 0.27 0.39 0.25 0.44 0.54 0.25 0.18 0.16
C3' 0.12 0.28 0.14 0.18 0.17 0.29 0.21 0.68 0.27 0.20 0.27 0.38 0.23 0.26 0.14 0.21 0.27 0.16 0.39 0.38 0.28 0.20 0.16
C4 0.12 0.15 0.22 0.25 0.09 0.30 0.12 0.70 0.12 0.14 0.11 0.20 0.14 0.18 0.08 0.23 0.27 0.14 0.44 0.18 0.23 0.17 0.16
C4' 0.08 0.17 0.08 0.19 0.10 0.30 0.20 0.70 0.25 0.18 0.17 0.27 0.14 0.26 0.09 0.22 0.26 0.18 0.46 0.39 0.20 0.15 0.13
C5 0.12 0.14 0.14 0.24 0.10 0.29 0.11 0.70 0.12 0.09 0.11 0.17 0.14 0.13 0.08 0.16 0.25 0.11 0.45 0.15 0.22 0.18 0.17
C5' 0.16 0.19 0.21 0.23 0.23 0.36 0.33 0.75 0.38 0.32 0.27 0.23 0.18 0.38 0.24 0.29 0.38 0.32 0.49 0.51 0.10 0.19 0.15
C6 0.14 0.15 0.25 0.26 0.13 0.28 0.12 0.70 0.13 0.09 0.14 0.15 0.15 0.10 0.11 0.24 0.27 0.15 0.42 0.12 0.21 0.16 0.15
C8 0.21 0.30 0.09 0.23 0.24 0.31 0.29 0.68 0.37 0.21 0.34 0.31 0.27 0.28 0.20 0.29 0.24 0.18 0.48 0.43 0.24 0.22 0.19
N1 0.25 0.23 0.45 0.33 0.24 0.30 0.25 0.66 0.25 0.27 0.24 0.21 0.23 0.27 0.25 0.50 0.33 0.25 0.37 0.25 0.24 0.16 0.13
N3 0.21 0.21 0.38 0.31 0.21 0.32 0.24 0.69 0.22 0.27 0.21 0.23 0.20 0.30 0.21 0.42 0.32 0.20 0.41 0.24 0.26 0.18 0.16
N6 0.18 0.15 0.17 0.26 0.19 0.26 0.21 0.70 0.18 0.22 0.15 0.13 0.16 0.22 0.20 0.14 0.26 0.16 0.43 0.18 0.20 0.20 0.15
N7 0.23 0.28 0.10 0.23 0.27 0.30 0.30 0.69 0.34 0.23 0.31 0.26 0.28 0.27 0.23 0.30 0.23 0.16 0.47 0.34 0.24 0.23 0.19
N9 0.12 0.18 0.12 0.23 0.11 0.31 0.18 0.70 0.23 0.15 0.17 0.25 0.16 0.23 0.09 0.17 0.26 0.15 0.46 0.33 0.23 0.18 0.17
O2' 0.45 0.32 0.64 0.56 0.49 0.57 0.63 0.88 0.63 0.66 0.44 0.20 0.35 0.74 0.53 0.64 0.63 0.45 0.58 0.79 0.36 0.39 0.36
O3' 0.15 0.23 0.26 0.29 0.14 0.42 0.23 0.83 0.25 0.29 0.23 0.36 0.15 0.34 0.18 0.24 0.39 0.27 0.58 0.36 0.43 0.43 0.42
O4' 0.18 0.26 0.08 0.22 0.15 0.32 0.17 0.70 0.22 0.14 0.20 0.36 0.24 0.21 0.12 0.28 0.24 0.19 0.49 0.34 0.22 0.17 0.17
O5' 0.36 0.31 0.41 0.36 0.40 0.43 0.50 0.70 0.53 0.49 0.41 0.27 0.33 0.54 0.42 0.48 0.55 0.45 0.45 0.63 0.36 0.48 0.38
OP1 0.86 0.85 0.80 0.91 0.89 1.04 0.94 1.28 0.97 0.92 0.94 0.71 0.83 0.94 0.88 0.70 1.11 1.06 1.08 0.98 0.87 0.77 0.84
OP2 0.91 0.95 0.92 0.85 0.95 0.80 0.96 0.93 0.96 0.94 0.99 0.91 0.94 0.94 0.94 1.07 0.77 0.83 0.83 0.91 0.76 0.76 0.76
P 0.20 0.28 0.13 0.26 0.30 0.42 0.41 0.76 0.50 0.36 0.43 0.27 0.24 0.44 0.29 0.28 0.43 0.44 0.53 0.61 0.15 0.12 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.13 0.03 0.03 0.06 0.10 0.07 0.03 0.00 0.03 0.28 0.01 0.09 0.04 0.20 0.40 0.19
C2 0.07 0.00 0.16 0.09 0.02 0.27 0.01 0.56 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.35 0.38 0.32 0.27 0.01 0.22 0.32 0.12
C2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.07 0.03 0.05 0.17 0.07 0.16 0.12 0.21 0.15 0.12 0.04 0.01 0.08 0.02 0.24 0.06 0.52 0.29 0.30
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.05 0.01 0.08 0.04 0.07 0.14 0.07 0.14 0.09 0.13 0.07 0.02 0.01 0.03 0.10 0.10 0.49 0.17 0.20
C4 0.03 0.02 0.07 0.05 0.00 0.17 0.00 0.44 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.15 0.27 0.18 0.13 0.02 0.25 0.36 0.18
C4' 0.01 0.27 0.03 0.01 0.17 0.00 0.14 0.01 0.18 0.11 0.24 0.32 0.25 0.11 0.08 0.19 0.03 0.01 0.02 0.16 0.25 0.24 0.10
C5 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.14 0.00 0.47 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.18 0.18 0.09 0.15 0.02 0.35 0.34 0.24
C5' 0.13 0.56 0.17 0.04 0.44 0.01 0.47 0.00 0.53 0.30 0.57 0.59 0.49 0.39 0.31 0.10 0.21 0.04 0.01 0.52 0.08 0.06 0.02
C6 0.03 0.01 0.07 0.07 0.01 0.18 0.01 0.53 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.17 0.22 0.15 0.19 0.01 0.36 0.32 0.22
C8 0.03 0.03 0.16 0.14 0.01 0.11 0.01 0.30 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.39 0.07 0.12 0.22 0.04 0.38 0.39 0.32
N1 0.06 0.01 0.12 0.07 0.03 0.24 0.02 0.57 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.24 0.31 0.25 0.24 0.01 0.28 0.32 0.17
N2 0.10 0.01 0.21 0.14 0.03 0.32 0.02 0.59 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.47 0.45 0.39 0.34 0.02 0.21 0.31 0.11
N3 0.07 0.01 0.15 0.09 0.01 0.25 0.01 0.49 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.34 0.38 0.32 0.22 0.01 0.20 0.34 0.11
N7 0.03 0.01 0.12 0.13 0.01 0.11 0.00 0.39 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.35 0.09 0.05 0.19 0.04 0.44 0.35 0.31
N9 0.00 0.03 0.04 0.07 0.01 0.08 0.01 0.31 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.14 0.19 0.02 0.10 0.03 0.26 0.39 0.23
O2' 0.03 0.35 0.01 0.02 0.15 0.19 0.18 0.10 0.17 0.39 0.24 0.47 0.34 0.35 0.14 0.00 0.12 0.12 0.19 0.19 0.68 0.35 0.33
O3' 0.28 0.38 0.08 0.01 0.27 0.03 0.18 0.21 0.22 0.07 0.31 0.45 0.38 0.09 0.19 0.12 0.00 0.17 0.26 0.17 0.74 0.29 0.39
O4' 0.01 0.32 0.02 0.03 0.18 0.01 0.09 0.04 0.15 0.12 0.25 0.39 0.32 0.05 0.02 0.12 0.17 0.00 0.18 0.11 0.29 0.67 0.42
O5' 0.09 0.27 0.24 0.10 0.13 0.02 0.15 0.01 0.19 0.22 0.24 0.34 0.22 0.19 0.10 0.19 0.26 0.18 0.00 0.20 0.02 0.03 0.01
O6 0.04 0.01 0.06 0.10 0.02 0.16 0.02 0.52 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.19 0.17 0.11 0.20 0.00 0.43 0.32 0.26
OP1 0.20 0.22 0.52 0.49 0.25 0.25 0.35 0.08 0.36 0.38 0.28 0.21 0.20 0.44 0.26 0.68 0.74 0.29 0.02 0.43 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 0.32 0.29 0.17 0.36 0.24 0.34 0.06 0.32 0.39 0.32 0.31 0.34 0.35 0.39 0.35 0.29 0.67 0.03 0.32 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.12 0.30 0.20 0.18 0.10 0.24 0.02 0.22 0.32 0.17 0.11 0.11 0.31 0.23 0.33 0.39 0.42 0.01 0.26 0.01 0.00 0.00