ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54950

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.005, 0.010, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.009, 0.015, 0.022, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.015 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.010, 0.018, 0.026, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.010, 0.018, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.011, 0.019, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.019 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.022, 0.038, 0.055, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.038 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.018, 0.036, 0.054, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.036 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.018, 0.037, 0.057, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.037 std_dev=0.019
OP2 B 0, 0.091, 0.188, 0.284, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.188 std_dev=0.096
O4' A 0, -0.008, 0.088, 0.184, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.088 std_dev=0.096
OP2 A 0, 0.061, 0.157, 0.254, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.157 std_dev=0.096
O5' A 0, 0.132, 0.230, 0.328, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.230 std_dev=0.098
P B 0, 0.085, 0.183, 0.280, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.183 std_dev=0.098
OP1 B 0, 0.086, 0.185, 0.283, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.185 std_dev=0.098
C3' A 0, 0.053, 0.152, 0.251, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.152 std_dev=0.099
P A 0, 0.050, 0.155, 0.261, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.155 std_dev=0.105
O5' B 0, 0.097, 0.204, 0.311, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.204 std_dev=0.107
OP1 A 0, 0.052, 0.167, 0.282, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.167 std_dev=0.115
C4' A 0, 0.081, 0.207, 0.333, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.207 std_dev=0.126
O3' A 0, 0.079, 0.208, 0.337, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.208 std_dev=0.129
C5' B 0, 0.080, 0.210, 0.341, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.210 std_dev=0.131
C2' A 0, -0.028, 0.111, 0.250, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.111 std_dev=0.139
O2' B 0, 0.142, 0.299, 0.456, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.299 std_dev=0.157
C3' B 0, 0.080, 0.239, 0.399, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.239 std_dev=0.160
C4' B 0, 0.083, 0.246, 0.408, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.246 std_dev=0.163
C2' B 0, 0.082, 0.248, 0.413, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.248 std_dev=0.165
O3' B 0, 0.078, 0.255, 0.433, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.255 std_dev=0.177
O4' B 0, 0.097, 0.274, 0.452, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.274 std_dev=0.178
C1' B 0, 0.075, 0.262, 0.449, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.262 std_dev=0.187
C8 B 0, 0.076, 0.269, 0.462, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.269 std_dev=0.193
N3 B 0, 0.153, 0.348, 0.542, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.348 std_dev=0.194
N9 B 0, 0.073, 0.267, 0.462, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.267 std_dev=0.195
C4 B 0, 0.097, 0.297, 0.497, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.297 std_dev=0.200
N7 B 0, 0.074, 0.279, 0.485, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.279 std_dev=0.206
C2 B 0, 0.166, 0.373, 0.581, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.373 std_dev=0.208
O2' A 0, -0.010, 0.203, 0.416, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.203 std_dev=0.213
C5 B 0, 0.069, 0.286, 0.503, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.286 std_dev=0.217
N2 B 0, 0.219, 0.437, 0.655, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.437 std_dev=0.218
N1 B 0, 0.125, 0.350, 0.574, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.350 std_dev=0.225
C6 B 0, 0.074, 0.310, 0.546, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.310 std_dev=0.236
O6 B 0, 0.070, 0.329, 0.589, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.329 std_dev=0.260
C5' A 0, 0.171, 0.441, 0.712, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.441 std_dev=0.270

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.12 0.06 0.08 0.08
C2 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.04 0.06 0.07 0.04 0.10 0.04
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.08 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.27 0.20 0.17 0.22
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.18 0.15 0.11 0.16
C4 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.10 0.04 0.10 0.05
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.05 0.07 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.06 0.13 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.11 0.03 0.09 0.03
C5' 0.06 0.06 0.08 0.03 0.07 0.01 0.12 0.00 0.10 0.20 0.06 0.05 0.13 0.19 0.11 0.07 0.02 0.02 0.01 0.06 0.19 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.04 0.03 0.10 0.03 0.10 0.03
C8 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.07 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.05 0.04 0.14 0.03 0.09 0.05
N1 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.04 0.05 0.08 0.03 0.10 0.03
N3 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.03 0.06 0.08 0.05 0.10 0.05
N6 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.04 0.03 0.11 0.04 0.09 0.03
N7 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.06 0.00 0.19 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.05 0.03 0.13 0.03 0.09 0.03
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.13 0.04 0.09 0.06
O2' 0.02 0.11 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.07 0.06 0.10 0.09 0.10 0.07 0.09 0.04 0.00 0.05 0.02 0.28 0.24 0.21 0.25
O3' 0.03 0.04 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.05 0.00 0.04 0.07 0.11 0.09 0.08
O4' 0.00 0.06 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.05 0.06 0.03 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.04 0.13 0.04
O5' 0.12 0.07 0.27 0.18 0.10 0.02 0.11 0.01 0.10 0.14 0.08 0.08 0.11 0.13 0.13 0.28 0.07 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.04 0.20 0.15 0.04 0.06 0.03 0.06 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.04 0.24 0.11 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.10 0.17 0.11 0.10 0.13 0.09 0.19 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.21 0.09 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.04 0.22 0.16 0.05 0.03 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.03 0.06 0.25 0.08 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.09 0.07 0.09 0.08 0.07 0.08 0.06 0.12 0.07 0.05 0.06 0.10 0.06 0.07 0.06
C2 0.06 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.12 0.07 0.05 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08
C2' 0.09 0.12 0.11 0.09 0.10 0.08 0.11 0.08 0.13 0.10 0.13 0.12 0.11 0.11 0.10 0.16 0.10 0.07 0.08 0.14 0.08 0.07 0.08
C3' 0.08 0.11 0.10 0.08 0.10 0.07 0.11 0.07 0.13 0.09 0.13 0.11 0.10 0.11 0.09 0.14 0.08 0.06 0.07 0.14 0.07 0.06 0.07
C4 0.05 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.08 0.07 0.06 0.07 0.06 0.11 0.06 0.05 0.06 0.09 0.06 0.08 0.07
C4' 0.06 0.12 0.07 0.05 0.10 0.04 0.12 0.04 0.14 0.09 0.14 0.12 0.10 0.12 0.08 0.12 0.05 0.04 0.04 0.16 0.04 0.05 0.04
C5 0.05 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.05 0.10 0.06 0.05 0.06 0.09 0.05 0.08 0.06
C5' 0.18 0.27 0.18 0.13 0.25 0.13 0.28 0.12 0.31 0.23 0.31 0.28 0.25 0.27 0.22 0.22 0.13 0.15 0.13 0.34 0.13 0.14 0.12
C6 0.05 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.05 0.10 0.06 0.05 0.07 0.09 0.06 0.08 0.07
C8 0.04 0.07 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.08 0.05 0.08 0.07 0.06 0.07 0.05 0.10 0.05 0.05 0.05 0.09 0.04 0.06 0.05
N1 0.06 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.11 0.07 0.05 0.08 0.08 0.07 0.09 0.08
N3 0.06 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.12 0.07 0.05 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08
N6 0.04 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.05 0.07 0.05 0.09 0.05 0.05 0.06 0.09 0.05 0.09 0.07
N7 0.04 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05 0.07 0.06 0.08 0.05 0.07 0.06 0.05 0.06 0.05 0.09 0.05 0.05 0.04 0.09 0.04 0.07 0.05
N9 0.05 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.09 0.06 0.08 0.07 0.06 0.07 0.06 0.11 0.06 0.05 0.06 0.10 0.05 0.07 0.06
O2' 0.11 0.12 0.13 0.13 0.11 0.11 0.11 0.11 0.12 0.10 0.12 0.12 0.11 0.11 0.11 0.17 0.13 0.11 0.11 0.12 0.11 0.10 0.11
O3' 0.07 0.09 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.09 0.08 0.08 0.07 0.12 0.08 0.06 0.07 0.10 0.08 0.06 0.07
O4' 0.04 0.08 0.06 0.04 0.07 0.04 0.08 0.04 0.10 0.06 0.09 0.08 0.06 0.08 0.05 0.10 0.04 0.03 0.04 0.11 0.04 0.05 0.04
O5' 0.10 0.11 0.07 0.08 0.11 0.09 0.11 0.08 0.12 0.11 0.11 0.10 0.10 0.12 0.10 0.05 0.08 0.12 0.09 0.13 0.11 0.07 0.08
OP1 0.03 0.06 0.04 0.03 0.05 0.04 0.06 0.04 0.08 0.04 0.08 0.07 0.05 0.05 0.04 0.08 0.03 0.05 0.04 0.09 0.02 0.07 0.03
OP2 0.09 0.10 0.11 0.10 0.09 0.09 0.10 0.10 0.11 0.09 0.11 0.11 0.09 0.10 0.09 0.15 0.10 0.08 0.10 0.12 0.07 0.11 0.09
P 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.05 0.02 0.05 0.04 0.02 0.04 0.01 0.06 0.03 0.05 0.03 0.07 0.04 0.05 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02
C2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.03 0.05 0.00 0.06 0.07 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.05
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.07 0.06
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.08 0.09 0.08
C5' 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.06 0.00 0.08 0.09 0.08
C8 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.08 0.07
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.06 0.00 0.07 0.09 0.07
N2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.04 0.05 0.01 0.06 0.07 0.06
N3 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.05 0.01 0.05 0.06 0.05
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.07 0.01 0.08 0.10 0.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.06 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03 0.06 0.05 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.09 0.06 0.07
O3' 0.03 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.05 0.03 0.03 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02
O5' 0.02 0.05 0.04 0.03 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.05 0.03 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.06 0.00 0.08 0.10 0.08
OP1 0.03 0.06 0.05 0.02 0.06 0.01 0.08 0.01 0.08 0.07 0.07 0.06 0.05 0.08 0.05 0.09 0.02 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.07 0.05 0.04 0.07 0.03 0.09 0.04 0.09 0.08 0.09 0.07 0.06 0.10 0.06 0.06 0.04 0.03 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.06 0.05 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.08 0.07 0.07 0.06 0.05 0.08 0.05 0.07 0.02 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00