Doublet Group distance statistics: 54953

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.007, 0.014, 0.020, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N1	A	0, 0.009, 0.019, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C5	A	0, 0.008, 0.018, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C4	A	0, 0.014, 0.028, 0.043, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.028 std_dev=0.015
C2	A	0, 0.017, 0.033, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.033 std_dev=0.016
N7	A	0, 0.016, 0.033, 0.049, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.033 std_dev=0.017
N3	A	0, 0.021, 0.041, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.041 std_dev=0.020
C1'	A	0, 0.019, 0.041, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.041 std_dev=0.021
N9	A	0, 0.018, 0.040, 0.062, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.040 std_dev=0.022
C8	A	0, 0.024, 0.047, 0.071, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.047 std_dev=0.023
N6	A	0, 0.033, 0.062, 0.091, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.062 std_dev=0.029
P	B	0, 0.254, 0.474, 0.695, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.474 std_dev=0.221
OP2	B	0, 0.305, 0.557, 0.810, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.557 std_dev=0.253
OP1	B	0, 0.381, 0.706, 1.031, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.706 std_dev=0.325
O5'	B	0, 0.360, 0.703, 1.046, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.703 std_dev=0.343
C2'	A	0, 0.615, 1.114, 1.614, 1.390 max_d=1.390 avg_d=1.114 std_dev=0.500
C5'	B	0, 0.563, 1.073, 1.582, 1.483 max_d=1.483 avg_d=1.073 std_dev=0.509
O4'	A	0, 0.661, 1.198, 1.736, 1.487 max_d=1.487 avg_d=1.198 std_dev=0.538
C8	B	0, 0.525, 1.118, 1.711, 1.736 max_d=1.736 avg_d=1.118 std_dev=0.593
C3'	B	0, 0.616, 1.241, 1.865, 1.821 max_d=1.821 avg_d=1.241 std_dev=0.625
C4'	B	0, 0.636, 1.262, 1.888, 1.802 max_d=1.802 avg_d=1.262 std_dev=0.626
N7	B	0, 0.579, 1.218, 1.856, 1.887 max_d=1.887 avg_d=1.218 std_dev=0.639
O4'	B	0, 0.647, 1.309, 1.971, 1.898 max_d=1.898 avg_d=1.309 std_dev=0.662
O3'	B	0, 0.670, 1.337, 2.005, 1.917 max_d=1.917 avg_d=1.337 std_dev=0.667
N9	B	0, 0.624, 1.346, 2.069, 2.068 max_d=2.068 avg_d=1.346 std_dev=0.722
O2'	A	0, 0.901, 1.634, 2.367, 2.024 max_d=2.024 avg_d=1.634 std_dev=0.733
C1'	B	0, 0.699, 1.464, 2.230, 2.181 max_d=2.181 avg_d=1.464 std_dev=0.766
C2'	B	0, 0.730, 1.511, 2.293, 2.248 max_d=2.248 avg_d=1.511 std_dev=0.781
C5	B	0, 0.699, 1.490, 2.280, 2.297 max_d=2.297 avg_d=1.490 std_dev=0.791
C4	B	0, 0.726, 1.561, 2.396, 2.400 max_d=2.400 avg_d=1.561 std_dev=0.835
C3'	A	0, 1.057, 1.915, 2.772, 2.370 max_d=2.370 avg_d=1.915 std_dev=0.857
C6	B	0, 0.868, 1.795, 2.722, 2.712 max_d=2.712 avg_d=1.795 std_dev=0.927
O2'	B	0, 0.875, 1.805, 2.734, 2.634 max_d=2.634 avg_d=1.805 std_dev=0.929
O6	B	0, 0.944, 1.902, 2.859, 2.827 max_d=2.827 avg_d=1.902 std_dev=0.958
C4'	A	0, 1.199, 2.174, 3.148, 2.715 max_d=2.715 avg_d=2.174 std_dev=0.975
N3	B	0, 0.900, 1.881, 2.862, 2.844 max_d=2.844 avg_d=1.881 std_dev=0.981
O3'	A	0, 1.262, 2.316, 3.371, 3.186 max_d=3.186 avg_d=2.316 std_dev=1.055
N1	B	0, 1.006, 2.068, 3.130, 3.104 max_d=3.104 avg_d=2.068 std_dev=1.062
C2	B	0, 1.018, 2.099, 3.181, 3.152 max_d=3.152 avg_d=2.099 std_dev=1.082
N2	B	0, 1.200, 2.433, 3.665, 3.602 max_d=3.602 avg_d=2.433 std_dev=1.232
C5'	A	0, 1.674, 3.041, 4.407, 3.799 max_d=3.799 avg_d=3.041 std_dev=1.366
O5'	A	0, 2.647, 4.789, 6.932, 5.841 max_d=5.841 avg_d=4.789 std_dev=2.143
P	A	0, 3.976, 7.195, 10.414, 8.727 max_d=8.727 avg_d=7.195 std_dev=3.219
OP1	A	0, 4.330, 7.842, 11.354, 9.601 max_d=9.601 avg_d=7.842 std_dev=3.512
OP2	A	0, 4.492, 8.129, 11.767, 9.929 max_d=9.929 avg_d=8.129 std_dev=3.637

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.00	0.01	0.05	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.10	0.00	0.08	0.11	0.05	0.04
C2	0.02	0.00	0.11	0.06	0.00	0.06	0.01	0.10	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.02	0.00	0.11	0.11	0.13	0.20	0.11	0.16	0.10
C2'	0.00	0.11	0.00	0.00	0.06	0.01	0.04	0.06	0.06	0.04	0.09	0.10	0.06	0.02	0.01	0.00	0.02	0.01	0.05	0.10	0.06	0.11
C3'	0.02	0.06	0.00	0.00	0.09	0.00	0.14	0.01	0.14	0.16	0.10	0.04	0.16	0.17	0.10	0.02	0.00	0.01	0.12	0.09	0.15	0.17
C4	0.01	0.00	0.06	0.09	0.00	0.03	0.00	0.13	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.06	0.06	0.07	0.10	0.22	0.05	0.06
C4'	0.00	0.06	0.01	0.00	0.03	0.00	0.08	0.00	0.06	0.17	0.03	0.07	0.10	0.16	0.07	0.12	0.02	0.00	0.01	0.12	0.04	0.02
C5	0.01	0.01	0.04	0.14	0.00	0.08	0.00	0.21	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.09	0.07	0.03	0.06	0.41	0.09	0.17
C5'	0.05	0.10	0.06	0.01	0.13	0.00	0.21	0.00	0.20	0.29	0.14	0.08	0.24	0.30	0.15	0.06	0.05	0.01	0.00	0.03	0.06	0.01
C6	0.01	0.01	0.06	0.14	0.01	0.06	0.00	0.20	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.09	0.07	0.06	0.08	0.39	0.06	0.13
C8	0.01	0.01	0.04	0.16	0.01	0.17	0.01	0.29	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.15	0.12	0.07	0.14	0.51	0.20	0.31
N1	0.02	0.00	0.09	0.10	0.01	0.03	0.01	0.14	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.09	0.07	0.10	0.15	0.23	0.09	0.04
N3	0.02	0.00	0.10	0.04	0.00	0.07	0.01	0.08	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.02	0.01	0.11	0.13	0.13	0.20	0.10	0.16	0.11
N6	0.01	0.01	0.06	0.16	0.01	0.10	0.01	0.24	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.10	0.09	0.04	0.08	0.51	0.12	0.22
N7	0.01	0.02	0.02	0.17	0.01	0.16	0.00	0.30	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.00	0.00	0.14	0.13	0.04	0.14	0.59	0.21	0.33
N9	0.00	0.00	0.01	0.10	0.00	0.07	0.01	0.15	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.07	0.05	0.01	0.03	0.25	0.05	0.12
O2'	0.02	0.11	0.00	0.02	0.06	0.12	0.09	0.06	0.09	0.15	0.09	0.11	0.10	0.14	0.07	0.00	0.06	0.10	0.12	0.11	0.11	0.14
O3'	0.10	0.11	0.02	0.00	0.06	0.02	0.07	0.05	0.07	0.12	0.07	0.13	0.09	0.13	0.05	0.06	0.00	0.09	0.22	0.15	0.27	0.24
O4'	0.00	0.13	0.01	0.01	0.07	0.00	0.03	0.01	0.06	0.07	0.10	0.13	0.04	0.04	0.01	0.10	0.09	0.00	0.14	0.16	0.13	0.12
O5'	0.08	0.20	0.05	0.12	0.10	0.01	0.06	0.00	0.08	0.14	0.15	0.20	0.08	0.14	0.03	0.12	0.22	0.14	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.11	0.11	0.10	0.09	0.22	0.12	0.41	0.03	0.39	0.51	0.23	0.10	0.51	0.59	0.25	0.11	0.15	0.16	0.01	0.00	0.00	0.00
OP2	0.05	0.16	0.06	0.15	0.05	0.04	0.09	0.06	0.06	0.20	0.09	0.16	0.12	0.21	0.05	0.11	0.27	0.13	0.01	0.00	0.00	0.00
P	0.04	0.10	0.11	0.17	0.06	0.02	0.17	0.01	0.13	0.31	0.04	0.11	0.22	0.33	0.12	0.14	0.24	0.12	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.10	0.02	0.11	0.12	0.03	0.13	0.03	0.13	0.06	0.03	0.05	0.03	0.04	0.03	0.05	0.15	0.17	0.12	0.10	0.11	0.12	0.07	0.09
C2	0.10	0.02	0.12	0.13	0.04	0.14	0.01	0.14	0.03	0.05	0.02	0.03	0.04	0.02	0.07	0.15	0.17	0.13	0.10	0.06	0.11	0.07	0.07
C2'	0.07	0.15	0.03	0.01	0.12	0.05	0.17	0.05	0.21	0.12	0.19	0.14	0.11	0.17	0.10	0.04	0.06	0.08	0.05	0.25	0.07	0.12	0.06
C3'	0.14	0.27	0.11	0.10	0.24	0.09	0.30	0.09	0.35	0.24	0.32	0.26	0.23	0.30	0.20	0.08	0.12	0.11	0.11	0.40	0.07	0.18	0.12
C4	0.10	0.02	0.11	0.12	0.03	0.13	0.02	0.13	0.05	0.04	0.03	0.02	0.04	0.03	0.06	0.14	0.16	0.12	0.10	0.08	0.11	0.06	0.08
C4'	0.07	0.16	0.06	0.07	0.14	0.06	0.20	0.06	0.23	0.15	0.21	0.15	0.12	0.20	0.11	0.09	0.13	0.07	0.05	0.29	0.10	0.11	0.06
C5	0.10	0.04	0.11	0.12	0.05	0.13	0.05	0.13	0.06	0.05	0.05	0.04	0.06	0.05	0.07	0.14	0.14	0.12	0.10	0.09	0.11	0.07	0.09
C5'	0.22	0.32	0.17	0.14	0.31	0.15	0.36	0.15	0.40	0.32	0.37	0.31	0.29	0.38	0.28	0.13	0.08	0.21	0.20	0.45	0.20	0.27	0.22
C6	0.11	0.06	0.12	0.12	0.07	0.14	0.07	0.14	0.07	0.07	0.06	0.06	0.07	0.07	0.08	0.14	0.15	0.13	0.11	0.09	0.11	0.08	0.09
C8	0.09	0.03	0.10	0.10	0.04	0.11	0.04	0.11	0.07	0.03	0.05	0.03	0.05	0.05	0.05	0.12	0.13	0.11	0.09	0.11	0.10	0.07	0.08
N1	0.11	0.04	0.12	0.13	0.05	0.14	0.04	0.14	0.05	0.07	0.03	0.04	0.06	0.05	0.08	0.15	0.16	0.13	0.10	0.07	0.11	0.08	0.08
N3	0.10	0.03	0.11	0.12	0.03	0.14	0.01	0.13	0.04	0.04	0.04	0.03	0.04	0.01	0.06	0.14	0.16	0.12	0.09	0.08	0.11	0.07	0.07
N6	0.12	0.10	0.13	0.13	0.10	0.14	0.11	0.14	0.12	0.11	0.11	0.10	0.10	0.12	0.11	0.14	0.14	0.14	0.12	0.13	0.09	0.11	0.11
N7	0.09	0.05	0.10	0.10	0.05	0.11	0.06	0.11	0.08	0.05	0.07	0.05	0.06	0.07	0.06	0.12	0.12	0.11	0.10	0.11	0.10	0.08	0.09
N9	0.09	0.02	0.11	0.12	0.03	0.13	0.03	0.13	0.06	0.03	0.05	0.02	0.04	0.04	0.05	0.14	0.15	0.12	0.10	0.10	0.11	0.06	0.08
O2'	0.20	0.16	0.17	0.15	0.17	0.19	0.16	0.20	0.16	0.17	0.16	0.17	0.17	0.16	0.18	0.17	0.14	0.22	0.19	0.17	0.20	0.21	0.19
O3'	0.08	0.19	0.10	0.12	0.16	0.12	0.21	0.12	0.27	0.15	0.25	0.18	0.15	0.21	0.12	0.13	0.19	0.08	0.08	0.32	0.12	0.06	0.07
O4'	0.14	0.05	0.18	0.19	0.06	0.19	0.04	0.18	0.06	0.05	0.04	0.05	0.07	0.03	0.08	0.22	0.25	0.15	0.14	0.10	0.17	0.08	0.12
O5'	0.12	0.18	0.13	0.14	0.16	0.14	0.23	0.13	0.28	0.18	0.24	0.16	0.14	0.25	0.14	0.18	0.23	0.12	0.09	0.35	0.18	0.12	0.10
OP1	0.61	0.77	0.49	0.43	0.75	0.47	0.83	0.48	0.88	0.77	0.84	0.76	0.72	0.84	0.71	0.42	0.30	0.60	0.54	0.94	0.38	0.59	0.54
OP2	0.17	0.39	0.05	0.05	0.36	0.04	0.47	0.06	0.55	0.38	0.49	0.36	0.32	0.49	0.30	0.06	0.16	0.15	0.14	0.64	0.04	0.26	0.16
P	0.26	0.45	0.14	0.09	0.43	0.12	0.53	0.13	0.59	0.45	0.54	0.43	0.39	0.55	0.37	0.06	0.08	0.24	0.22	0.67	0.11	0.33	0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.03	0.03	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.01	0.03	0.02	0.02
C2	0.03	0.00	0.06	0.04	0.00	0.02	0.00	0.03	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.08	0.05	0.02	0.04	0.02	0.06	0.08	0.06
C2'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.03	0.00	0.02	0.01	0.03	0.02	0.04	0.07	0.06	0.02	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.02	0.06	0.05	0.04
C3'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.05	0.02	0.06	0.04	0.05	0.02	0.01	0.00	0.00	0.03	0.02	0.08	0.06	0.05
C4	0.02	0.00	0.03	0.01	0.00	0.01	0.00	0.03	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.04	0.01	0.01	0.04	0.01	0.05	0.06	0.05
C4'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.02	0.04	0.01	0.04	0.03	0.04	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.03	0.02	0.01
C5	0.01	0.00	0.02	0.02	0.00	0.02	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.03	0.03	0.01	0.06	0.00	0.07	0.08	0.07
C5'	0.01	0.03	0.01	0.01	0.03	0.00	0.05	0.00	0.06	0.06	0.04	0.03	0.02	0.07	0.03	0.01	0.02	0.00	0.00	0.07	0.01	0.01	0.01
C6	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.02	0.00	0.06	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.04	0.02	0.00	0.07	0.00	0.08	0.10	0.08
C8	0.01	0.00	0.02	0.05	0.00	0.04	0.00	0.06	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.06	0.02	0.06	0.01	0.05	0.04	0.04
N1	0.02	0.00	0.04	0.02	0.00	0.01	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.07	0.03	0.01	0.06	0.01	0.08	0.10	0.08
N2	0.03	0.00	0.07	0.06	0.01	0.04	0.00	0.03	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.10	0.08	0.02	0.04	0.02	0.06	0.09	0.06
N3	0.03	0.00	0.06	0.04	0.00	0.03	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.08	0.05	0.02	0.04	0.01	0.05	0.06	0.05
N7	0.01	0.01	0.02	0.05	0.01	0.04	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.06	0.02	0.07	0.01	0.07	0.07	0.07
N9	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.03	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.03	0.00	0.04	0.03	0.03
O2'	0.01	0.08	0.00	0.01	0.04	0.01	0.03	0.01	0.04	0.02	0.07	0.10	0.08	0.02	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.04	0.07	0.04	0.04
O3'	0.00	0.05	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.02	0.02	0.06	0.03	0.08	0.05	0.06	0.02	0.02	0.00	0.00	0.04	0.03	0.13	0.10	0.09
O4'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.01	0.02	0.04	0.04
O5'	0.02	0.04	0.02	0.03	0.04	0.01	0.06	0.00	0.07	0.06	0.06	0.04	0.04	0.07	0.03	0.02	0.04	0.02	0.00	0.08	0.01	0.01	0.00
O6	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.03	0.00	0.07	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.04	0.03	0.01	0.08	0.00	0.10	0.11	0.10
OP1	0.03	0.06	0.06	0.08	0.05	0.03	0.07	0.01	0.08	0.05	0.08	0.06	0.05	0.07	0.04	0.07	0.13	0.02	0.01	0.10	0.00	0.01	0.00
OP2	0.02	0.08	0.05	0.06	0.06	0.02	0.08	0.01	0.10	0.04	0.10	0.09	0.06	0.07	0.03	0.04	0.10	0.04	0.01	0.11	0.01	0.00	0.01
P	0.02	0.06	0.04	0.05	0.05	0.01	0.07	0.01	0.08	0.04	0.08	0.06	0.05	0.07	0.03	0.04	0.09	0.04	0.00	0.10	0.00	0.01	0.00