ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54954

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.001, 0.008, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.001, 0.012, 0.022, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.007, 0.021, 0.036, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.008, 0.024, 0.039, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.024 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.012, 0.037, 0.062, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.037 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.011, 0.037, 0.062, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.037 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.006, 0.031, 0.057, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.031 std_dev=0.026
O2' A 0, 0.018, 0.061, 0.105, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.061 std_dev=0.043
O4' A 0, 0.031, 0.075, 0.119, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.075 std_dev=0.044
C2' A 0, 0.033, 0.081, 0.129, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.081 std_dev=0.048
C4' A 0, 0.060, 0.144, 0.229, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.144 std_dev=0.084
O5' A 0, 0.011, 0.099, 0.188, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.099 std_dev=0.088
C3' A 0, 0.063, 0.152, 0.241, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.152 std_dev=0.089
C5' A 0, 0.083, 0.206, 0.329, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.206 std_dev=0.123
O3' A 0, 0.098, 0.236, 0.375, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.236 std_dev=0.138
P A 0, 0.106, 0.252, 0.399, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.252 std_dev=0.147
P B 0, 0.079, 0.257, 0.435, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.257 std_dev=0.178
N2 B 0, 0.105, 0.312, 0.518, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.312 std_dev=0.207
O5' B 0, 0.167, 0.400, 0.632, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.400 std_dev=0.233
C2 B 0, 0.134, 0.371, 0.609, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.371 std_dev=0.238
N3 B 0, 0.141, 0.384, 0.627, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.384 std_dev=0.243
OP2 A 0, 0.146, 0.400, 0.653, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.400 std_dev=0.253
O3' B 0, 0.175, 0.440, 0.705, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.440 std_dev=0.265
OP1 A 0, 0.194, 0.468, 0.742, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.468 std_dev=0.274
C5' B 0, 0.181, 0.455, 0.729, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.455 std_dev=0.274
N1 B 0, 0.166, 0.441, 0.716, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.441 std_dev=0.275
C4 B 0, 0.184, 0.481, 0.778, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.481 std_dev=0.297
OP2 B 0, 0.215, 0.512, 0.810, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.512 std_dev=0.297
C3' B 0, 0.207, 0.506, 0.806, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.506 std_dev=0.300
C1' B 0, 0.214, 0.528, 0.843, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.528 std_dev=0.314
C6 B 0, 0.203, 0.524, 0.844, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.524 std_dev=0.321
C4' B 0, 0.232, 0.556, 0.879, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.556 std_dev=0.324
N9 B 0, 0.218, 0.553, 0.889, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.553 std_dev=0.335
C5 B 0, 0.214, 0.552, 0.889, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.552 std_dev=0.338
C2' B 0, 0.189, 0.530, 0.871, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.530 std_dev=0.341
O4' B 0, 0.243, 0.588, 0.932, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.588 std_dev=0.344
O6 B 0, 0.228, 0.576, 0.925, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.576 std_dev=0.349
OP1 B 0, 0.179, 0.548, 0.917, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.548 std_dev=0.369
C8 B 0, 0.258, 0.653, 1.049, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.653 std_dev=0.395
N7 B 0, 0.257, 0.653, 1.049, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.653 std_dev=0.396
O2' B 0, 0.182, 0.582, 0.982, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.582 std_dev=0.400

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.07 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.12 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.03
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.02
C4 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.12 0.04
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.02
C5 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.14 0.05
C5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.08 0.01 0.02
C6 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.14 0.06
C8 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.13 0.03
N1 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.13 0.06
N3 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.11 0.04
N6 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.06 0.14 0.07
N7 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.15 0.05
N9 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.10 0.03
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.02 0.06 0.05 0.03
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03 0.04 0.00 0.01 0.02 0.10 0.05 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.10 0.04 0.05
O5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.07 0.04 0.03 0.05 0.06 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.03 0.08 0.04 0.02 0.03 0.01 0.06 0.03 0.03 0.06 0.10 0.10 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.12 0.07 0.04 0.12 0.02 0.14 0.01 0.14 0.13 0.13 0.11 0.14 0.15 0.10 0.05 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.05 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.03 0.06 0.04 0.07 0.05 0.03 0.03 0.05 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.05 0.20 0.09 0.05 0.14 0.05 0.12 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.43 0.08 0.18 0.08 0.06 0.10 0.14 0.04
C2 0.08 0.05 0.19 0.10 0.05 0.13 0.05 0.07 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.45 0.06 0.17 0.09 0.06 0.11 0.13 0.02
C2' 0.09 0.06 0.20 0.09 0.06 0.13 0.06 0.10 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.46 0.07 0.17 0.09 0.07 0.07 0.15 0.04
C3' 0.08 0.04 0.20 0.10 0.04 0.15 0.04 0.12 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.44 0.09 0.20 0.07 0.05 0.07 0.14 0.07
C4 0.08 0.05 0.21 0.08 0.05 0.13 0.05 0.09 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.45 0.06 0.18 0.07 0.06 0.09 0.14 0.03
C4' 0.08 0.05 0.20 0.09 0.05 0.14 0.05 0.12 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.43 0.08 0.19 0.07 0.06 0.09 0.13 0.05
C5 0.07 0.04 0.23 0.07 0.04 0.12 0.05 0.09 0.05 0.05 0.05 0.03 0.04 0.05 0.05 0.44 0.06 0.19 0.06 0.06 0.07 0.13 0.04
C5' 0.05 0.05 0.19 0.09 0.04 0.15 0.05 0.13 0.06 0.04 0.06 0.05 0.04 0.05 0.04 0.41 0.09 0.20 0.03 0.08 0.10 0.10 0.07
C6 0.07 0.04 0.23 0.07 0.05 0.12 0.05 0.07 0.05 0.06 0.05 0.03 0.04 0.06 0.05 0.43 0.06 0.19 0.06 0.06 0.06 0.13 0.04
C8 0.08 0.03 0.23 0.07 0.04 0.12 0.04 0.10 0.05 0.05 0.05 0.03 0.04 0.05 0.05 0.43 0.06 0.18 0.06 0.06 0.07 0.14 0.05
N1 0.07 0.04 0.21 0.08 0.05 0.12 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.45 0.06 0.18 0.07 0.06 0.09 0.12 0.02
N3 0.08 0.06 0.19 0.09 0.05 0.13 0.05 0.09 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.45 0.07 0.17 0.09 0.06 0.11 0.13 0.03
N6 0.07 0.06 0.24 0.08 0.07 0.13 0.08 0.09 0.08 0.09 0.06 0.05 0.06 0.09 0.07 0.40 0.09 0.20 0.07 0.08 0.06 0.13 0.08
N7 0.08 0.03 0.24 0.06 0.04 0.12 0.04 0.09 0.05 0.05 0.04 0.02 0.03 0.05 0.05 0.43 0.06 0.19 0.06 0.06 0.05 0.13 0.05
N9 0.08 0.05 0.22 0.08 0.05 0.13 0.05 0.10 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.06 0.44 0.07 0.18 0.07 0.06 0.09 0.14 0.04
O2' 0.10 0.09 0.19 0.08 0.08 0.12 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.46 0.05 0.15 0.10 0.09 0.10 0.14 0.02
O3' 0.08 0.04 0.20 0.10 0.04 0.15 0.04 0.12 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.46 0.07 0.20 0.07 0.05 0.07 0.15 0.08
O4' 0.07 0.05 0.20 0.08 0.04 0.14 0.04 0.13 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.42 0.08 0.18 0.07 0.06 0.11 0.13 0.05
O5' 0.02 0.05 0.17 0.12 0.04 0.18 0.06 0.16 0.08 0.04 0.07 0.05 0.03 0.06 0.02 0.38 0.13 0.25 0.06 0.09 0.10 0.13 0.11
OP1 0.08 0.07 0.25 0.05 0.06 0.09 0.08 0.08 0.11 0.06 0.11 0.08 0.05 0.08 0.05 0.44 0.05 0.18 0.03 0.14 0.07 0.09 0.04
OP2 0.11 0.17 0.19 0.16 0.16 0.22 0.19 0.20 0.20 0.17 0.19 0.16 0.15 0.19 0.15 0.35 0.18 0.30 0.15 0.21 0.17 0.16 0.19
P 0.07 0.08 0.24 0.04 0.07 0.11 0.09 0.09 0.11 0.08 0.10 0.08 0.07 0.09 0.07 0.43 0.05 0.19 0.01 0.13 0.08 0.08 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.12 0.01 0.05 0.10 0.09
C2 0.01 0.00 0.07 0.12 0.00 0.12 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.29 0.06 0.17 0.04 0.01 0.10 0.07 0.06
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.17 0.01 0.05 0.04 0.09 0.08 0.04 0.02 0.01 0.05 0.01 0.36 0.02 0.19 0.31 0.29
C3' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.06 0.00 0.05 0.04 0.07 0.02 0.10 0.14 0.11 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.18 0.07 0.12 0.14 0.08
C4 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.17 0.03 0.10 0.07 0.01 0.09 0.08 0.08
C4' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.05 0.08 0.14 0.12 0.03 0.01 0.06 0.05 0.01 0.02 0.03 0.15 0.03 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.03 0.04 0.08 0.01 0.12 0.09 0.09
C5' 0.08 0.03 0.17 0.04 0.08 0.01 0.11 0.00 0.10 0.15 0.06 0.02 0.03 0.14 0.11 0.09 0.08 0.02 0.01 0.12 0.07 0.07 0.02
C6 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.03 0.07 0.07 0.01 0.13 0.09 0.10
C8 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.05 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.08 0.09 0.01 0.10 0.10 0.11
N1 0.01 0.00 0.04 0.10 0.00 0.08 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.23 0.05 0.13 0.06 0.01 0.12 0.08 0.08
N2 0.02 0.00 0.09 0.14 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.34 0.08 0.20 0.03 0.01 0.08 0.08 0.06
N3 0.01 0.00 0.08 0.11 0.00 0.12 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.28 0.05 0.18 0.05 0.01 0.07 0.07 0.05
N7 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.04 0.09 0.01 0.12 0.10 0.11
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.08 0.01 0.07 0.08 0.09
O2' 0.01 0.29 0.01 0.02 0.17 0.06 0.11 0.09 0.15 0.05 0.23 0.34 0.28 0.03 0.05 0.00 0.10 0.02 0.36 0.12 0.28 0.34 0.32
O3' 0.05 0.06 0.05 0.01 0.03 0.05 0.03 0.08 0.03 0.08 0.05 0.08 0.05 0.06 0.04 0.10 0.00 0.05 0.13 0.03 0.16 0.08 0.05
O4' 0.00 0.17 0.01 0.00 0.10 0.01 0.04 0.02 0.07 0.08 0.13 0.20 0.18 0.04 0.01 0.02 0.05 0.00 0.14 0.05 0.20 0.12 0.13
O5' 0.12 0.04 0.36 0.18 0.07 0.02 0.08 0.01 0.07 0.09 0.06 0.03 0.05 0.09 0.08 0.36 0.13 0.14 0.00 0.08 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.03 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.03 0.05 0.08 0.00 0.15 0.10 0.11
OP1 0.05 0.10 0.19 0.12 0.09 0.15 0.12 0.07 0.13 0.10 0.12 0.08 0.07 0.12 0.07 0.28 0.16 0.20 0.02 0.15 0.00 0.02 0.01
OP2 0.10 0.07 0.31 0.14 0.08 0.03 0.09 0.07 0.09 0.10 0.08 0.08 0.07 0.10 0.08 0.34 0.08 0.12 0.01 0.10 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.06 0.29 0.08 0.08 0.03 0.09 0.02 0.10 0.11 0.08 0.06 0.05 0.11 0.09 0.32 0.05 0.13 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00