ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54955

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.001, 0.013, 0.025, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.007, 0.020, 0.032, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.004, 0.019, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.002, 0.020, 0.037, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.018 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.001, 0.019, 0.038, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C2 A 0, -0.004, 0.018, 0.040, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.018 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.002, 0.027, 0.052, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.027 std_dev=0.025
C1' A 0, -0.006, 0.028, 0.061, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.028 std_dev=0.033
N6 A 0, 0.002, 0.039, 0.076, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.039 std_dev=0.037
O4' A 0, 0.002, 0.050, 0.097, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.050 std_dev=0.047
C2' A 0, -0.016, 0.056, 0.128, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.056 std_dev=0.072
O2' A 0, -0.009, 0.064, 0.136, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.064 std_dev=0.073
C4' A 0, -0.009, 0.070, 0.149, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.070 std_dev=0.079
C3' A 0, -0.019, 0.072, 0.163, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.072 std_dev=0.091
C5' A 0, -0.004, 0.106, 0.216, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.106 std_dev=0.110
O3' A 0, -0.005, 0.129, 0.262, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.129 std_dev=0.133
P B 0, 0.025, 0.222, 0.419, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.222 std_dev=0.197
OP2 B 0, 0.019, 0.242, 0.465, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.242 std_dev=0.223
O5' B 0, 0.028, 0.256, 0.484, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.256 std_dev=0.228
OP1 B 0, 0.026, 0.265, 0.504, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.265 std_dev=0.239
C5' B 0, 0.017, 0.274, 0.531, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.274 std_dev=0.257
O5' A 0, -0.015, 0.283, 0.582, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.283 std_dev=0.299
P A 0, 0.004, 0.343, 0.682, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.343 std_dev=0.339
C4' B 0, -0.003, 0.347, 0.698, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.347 std_dev=0.351
O4' B 0, 0.007, 0.373, 0.738, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.373 std_dev=0.365
N9 B 0, 0.042, 0.417, 0.792, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.417 std_dev=0.375
C8 B 0, 0.031, 0.414, 0.797, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.414 std_dev=0.383
C1' B 0, 0.027, 0.431, 0.835, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.431 std_dev=0.404
C3' B 0, -0.004, 0.415, 0.834, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.415 std_dev=0.419
C4 B 0, 0.043, 0.495, 0.947, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.495 std_dev=0.452
N7 B 0, 0.023, 0.495, 0.966, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.495 std_dev=0.472
O3' B 0, -0.026, 0.447, 0.920, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.447 std_dev=0.473
OP2 A 0, 0.039, 0.515, 0.991, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.515 std_dev=0.476
C2' B 0, 0.010, 0.496, 0.982, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.496 std_dev=0.486
C5 B 0, 0.025, 0.523, 1.021, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.523 std_dev=0.498
N3 B 0, 0.056, 0.593, 1.130, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.593 std_dev=0.537
O2' B 0, -0.009, 0.589, 1.187, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.589 std_dev=0.598
C6 B 0, 0.019, 0.634, 1.250, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.634 std_dev=0.615
OP1 A 0, 0.020, 0.642, 1.265, 1.474 max_d=1.474 avg_d=0.642 std_dev=0.622
C2 B 0, 0.051, 0.689, 1.328, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.689 std_dev=0.638
N1 B 0, 0.031, 0.696, 1.361, 1.556 max_d=1.556 avg_d=0.696 std_dev=0.665
O6 B 0, 0.011, 0.719, 1.426, 1.647 max_d=1.647 avg_d=0.719 std_dev=0.707
N2 B 0, 0.064, 0.821, 1.578, 1.697 max_d=1.697 avg_d=0.821 std_dev=0.757

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.05 0.01 0.05 0.06 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.16 0.19 0.36 0.10
C2 0.06 0.00 0.09 0.09 0.02 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.09 0.10 0.05 0.23 0.30 0.39 0.18
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.08 0.01 0.09 0.09 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.28 0.33 0.13
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.08 0.03 0.09 0.09 0.08 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.08 0.32 0.28 0.14
C4 0.03 0.02 0.05 0.06 0.00 0.04 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.07 0.03 0.24 0.25 0.41 0.16
C4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.03 0.07 0.07 0.07 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.26 0.24 0.05
C5 0.04 0.01 0.05 0.06 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.08 0.03 0.27 0.24 0.39 0.16
C5' 0.03 0.10 0.02 0.02 0.08 0.01 0.09 0.00 0.10 0.07 0.10 0.10 0.11 0.08 0.06 0.02 0.02 0.02 0.00 0.26 0.13 0.01
C6 0.05 0.01 0.08 0.08 0.02 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.10 0.04 0.27 0.26 0.37 0.16
C8 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.30 0.16 0.40 0.13
N1 0.05 0.00 0.09 0.09 0.02 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.11 0.04 0.25 0.29 0.38 0.18
N3 0.06 0.00 0.09 0.09 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.09 0.05 0.22 0.29 0.41 0.18
N6 0.05 0.01 0.08 0.08 0.02 0.07 0.02 0.11 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.08 0.10 0.05 0.30 0.25 0.31 0.14
N7 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.06 0.03 0.30 0.20 0.38 0.14
N9 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.06 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.24 0.20 0.40 0.14
O2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.07 0.01 0.09 0.09 0.08 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.29 0.31 0.11
O3' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.10 0.04 0.11 0.09 0.10 0.06 0.03 0.03 0.00 0.01 0.19 0.40 0.23 0.16
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.17 0.16 0.32 0.06
O5' 0.16 0.23 0.05 0.08 0.24 0.03 0.27 0.00 0.27 0.30 0.25 0.22 0.30 0.30 0.24 0.04 0.19 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.19 0.30 0.28 0.32 0.25 0.26 0.24 0.26 0.26 0.16 0.29 0.29 0.25 0.20 0.20 0.29 0.40 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.39 0.33 0.28 0.41 0.24 0.39 0.13 0.37 0.40 0.38 0.41 0.31 0.38 0.40 0.31 0.23 0.32 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.18 0.13 0.14 0.16 0.05 0.16 0.01 0.16 0.13 0.18 0.18 0.14 0.14 0.14 0.11 0.16 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 0.24 0.12 0.11 0.25 0.12 0.34 0.12 0.38 0.31 0.32 0.21 0.20 0.38 0.23 0.14 0.06 0.15 0.13 0.45 0.25 0.17 0.17
C2 0.19 0.28 0.17 0.14 0.27 0.14 0.34 0.12 0.37 0.30 0.33 0.26 0.24 0.36 0.24 0.21 0.10 0.18 0.04 0.42 0.19 0.12 0.11
C2' 0.18 0.24 0.16 0.15 0.26 0.16 0.35 0.16 0.37 0.33 0.32 0.21 0.20 0.39 0.25 0.19 0.10 0.19 0.15 0.44 0.26 0.19 0.19
C3' 0.18 0.23 0.15 0.15 0.25 0.16 0.34 0.17 0.36 0.33 0.30 0.18 0.19 0.39 0.25 0.17 0.11 0.19 0.18 0.43 0.27 0.20 0.20
C4 0.15 0.25 0.12 0.11 0.25 0.12 0.33 0.11 0.37 0.30 0.32 0.22 0.20 0.37 0.22 0.15 0.07 0.15 0.09 0.43 0.23 0.15 0.14
C4' 0.13 0.21 0.10 0.10 0.23 0.11 0.32 0.12 0.35 0.30 0.29 0.16 0.16 0.37 0.21 0.12 0.06 0.14 0.15 0.42 0.25 0.17 0.17
C5 0.13 0.24 0.10 0.09 0.24 0.09 0.33 0.09 0.36 0.29 0.31 0.21 0.19 0.37 0.21 0.11 0.06 0.12 0.10 0.43 0.23 0.14 0.14
C5' 0.13 0.19 0.10 0.12 0.22 0.11 0.31 0.14 0.34 0.30 0.27 0.15 0.15 0.37 0.20 0.04 0.10 0.13 0.20 0.42 0.28 0.21 0.21
C6 0.15 0.26 0.12 0.10 0.25 0.10 0.34 0.09 0.37 0.30 0.32 0.24 0.21 0.37 0.22 0.12 0.06 0.13 0.07 0.43 0.20 0.12 0.12
C8 0.10 0.21 0.07 0.07 0.21 0.07 0.31 0.08 0.35 0.28 0.29 0.17 0.16 0.36 0.19 0.08 0.04 0.10 0.12 0.42 0.23 0.14 0.14
N1 0.18 0.28 0.15 0.12 0.27 0.12 0.34 0.11 0.37 0.30 0.33 0.26 0.23 0.36 0.24 0.17 0.08 0.16 0.04 0.42 0.18 0.11 0.11
N3 0.19 0.27 0.16 0.14 0.27 0.15 0.34 0.13 0.37 0.31 0.33 0.25 0.23 0.37 0.24 0.21 0.10 0.18 0.07 0.43 0.21 0.13 0.13
N6 0.14 0.27 0.11 0.10 0.26 0.08 0.35 0.08 0.38 0.31 0.34 0.24 0.22 0.38 0.22 0.09 0.07 0.12 0.08 0.44 0.20 0.13 0.13
N7 0.10 0.21 0.07 0.07 0.21 0.06 0.31 0.07 0.35 0.28 0.29 0.18 0.16 0.36 0.19 0.06 0.05 0.09 0.12 0.42 0.23 0.14 0.14
N9 0.13 0.23 0.10 0.09 0.24 0.10 0.33 0.10 0.36 0.30 0.31 0.20 0.18 0.37 0.21 0.12 0.05 0.13 0.12 0.43 0.25 0.16 0.16
O2' 0.20 0.26 0.17 0.15 0.27 0.17 0.35 0.16 0.38 0.33 0.33 0.22 0.22 0.39 0.26 0.21 0.11 0.20 0.14 0.44 0.26 0.19 0.19
O3' 0.22 0.25 0.21 0.20 0.28 0.22 0.36 0.22 0.38 0.37 0.32 0.20 0.22 0.42 0.28 0.23 0.17 0.24 0.21 0.44 0.29 0.22 0.23
O4' 0.11 0.21 0.08 0.07 0.22 0.08 0.31 0.09 0.35 0.28 0.29 0.17 0.16 0.36 0.19 0.10 0.04 0.12 0.12 0.43 0.23 0.15 0.15
O5' 0.16 0.21 0.14 0.17 0.23 0.15 0.31 0.20 0.34 0.31 0.28 0.18 0.19 0.37 0.23 0.04 0.15 0.16 0.30 0.41 0.40 0.36 0.34
OP1 0.41 0.45 0.38 0.38 0.48 0.41 0.57 0.42 0.59 0.57 0.52 0.40 0.41 0.63 0.48 0.34 0.34 0.42 0.46 0.66 0.42 0.37 0.40
OP2 0.29 0.35 0.24 0.25 0.39 0.28 0.50 0.32 0.53 0.50 0.45 0.30 0.31 0.57 0.38 0.18 0.21 0.32 0.40 0.61 0.37 0.35 0.36
P 0.24 0.29 0.21 0.22 0.32 0.24 0.42 0.25 0.44 0.41 0.37 0.25 0.26 0.47 0.32 0.16 0.18 0.26 0.32 0.51 0.31 0.25 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.07 0.09 0.05
C2 0.03 0.00 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.13 0.02 0.02 0.12 0.01 0.15 0.29 0.20
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.03 0.05 0.05 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.08 0.09 0.04
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.06 0.03 0.03 0.02 0.07 0.04 0.00 0.00 0.00 0.08 0.05 0.09 0.07 0.04
C4 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.03 0.01 0.11 0.02 0.13 0.25 0.18
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.07 0.02 0.02 0.02 0.08 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.05 0.10 0.03 0.01
C5 0.02 0.02 0.05 0.05 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.01 0.15 0.01 0.20 0.32 0.24
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.12 0.13 0.09 0.05 0.04 0.15 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00 0.14 0.09 0.02 0.01
C6 0.03 0.01 0.06 0.04 0.01 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.05 0.01 0.16 0.01 0.24 0.36 0.27
C8 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.13 0.01 0.16 0.22 0.19
N1 0.03 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.03 0.01 0.15 0.00 0.20 0.34 0.25
N2 0.03 0.00 0.05 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.14 0.03 0.03 0.12 0.01 0.14 0.29 0.19
N3 0.04 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.12 0.02 0.03 0.10 0.01 0.12 0.24 0.16
N7 0.01 0.02 0.04 0.07 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.08 0.02 0.16 0.01 0.24 0.33 0.27
N9 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.09 0.02 0.10 0.18 0.13
O2' 0.00 0.13 0.01 0.00 0.08 0.03 0.07 0.02 0.10 0.03 0.12 0.14 0.12 0.04 0.03 0.00 0.02 0.04 0.04 0.10 0.10 0.07 0.03
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.07 0.03 0.03 0.02 0.08 0.04 0.02 0.00 0.00 0.13 0.06 0.11 0.07 0.04
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.08 0.03 0.08 0.03 0.01
O5' 0.04 0.12 0.04 0.08 0.11 0.00 0.15 0.00 0.16 0.13 0.15 0.12 0.10 0.16 0.09 0.04 0.13 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00
O6 0.04 0.01 0.07 0.05 0.02 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.06 0.03 0.17 0.00 0.29 0.40 0.31
OP1 0.07 0.15 0.08 0.09 0.13 0.10 0.20 0.09 0.24 0.16 0.20 0.14 0.12 0.24 0.10 0.10 0.11 0.08 0.01 0.29 0.00 0.02 0.01
OP2 0.09 0.29 0.09 0.07 0.25 0.03 0.32 0.02 0.36 0.22 0.34 0.29 0.24 0.33 0.18 0.07 0.07 0.03 0.01 0.40 0.02 0.00 0.01
P 0.05 0.20 0.04 0.04 0.18 0.01 0.24 0.01 0.27 0.19 0.25 0.19 0.16 0.27 0.13 0.03 0.04 0.01 0.00 0.31 0.01 0.01 0.00