ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54956

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.018, 0.054, 0.089, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.054 std_dev=0.035
N6 A 0, -0.001, 0.035, 0.070, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C2 A 0, 0.004, 0.041, 0.078, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.041 std_dev=0.037
N3 A 0, -0.008, 0.032, 0.072, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.032 std_dev=0.040
C4 A 0, -0.002, 0.040, 0.082, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.040 std_dev=0.042
N7 A 0, 0.028, 0.074, 0.120, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.074 std_dev=0.046
N1 A 0, 0.020, 0.070, 0.120, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.070 std_dev=0.050
C8 A 0, 0.008, 0.058, 0.109, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.058 std_dev=0.051
N9 A 0, -0.001, 0.051, 0.102, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.051 std_dev=0.051
C1' A 0, -0.009, 0.047, 0.103, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.047 std_dev=0.056
OP2 B 0, 0.106, 0.301, 0.496, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.301 std_dev=0.195
P B 0, 0.147, 0.495, 0.844, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.495 std_dev=0.349
OP1 B 0, 0.072, 0.688, 1.304, 1.686 max_d=1.686 avg_d=0.688 std_dev=0.616
O3' A 0, -0.186, 0.514, 1.215, 1.721 max_d=1.721 avg_d=0.514 std_dev=0.700
C3' A 0, -0.206, 0.555, 1.316, 1.868 max_d=1.868 avg_d=0.555 std_dev=0.761
O5' B 0, 0.087, 0.925, 1.762, 2.286 max_d=2.286 avg_d=0.925 std_dev=0.837
O4' A 0, -0.318, 0.718, 1.754, 2.508 max_d=2.508 avg_d=0.718 std_dev=1.036
C2' A 0, -0.385, 0.731, 1.846, 2.660 max_d=2.660 avg_d=0.731 std_dev=1.115
C4' A 0, -0.341, 0.804, 1.949, 2.781 max_d=2.781 avg_d=0.804 std_dev=1.145
O4' B 0, 0.591, 1.902, 3.213, 3.706 max_d=3.706 avg_d=1.902 std_dev=1.311
C5' B 0, -0.132, 1.430, 2.992, 4.072 max_d=4.072 avg_d=1.430 std_dev=1.562
C4' B 0, -0.029, 1.816, 3.661, 4.900 max_d=4.900 avg_d=1.816 std_dev=1.845
O2' A 0, -0.727, 1.237, 3.202, 4.638 max_d=4.638 avg_d=1.237 std_dev=1.964
C1' B 0, 0.760, 2.865, 4.969, 5.945 max_d=5.945 avg_d=2.865 std_dev=2.105
C5' A 0, -0.834, 1.542, 3.918, 5.653 max_d=5.653 avg_d=1.542 std_dev=2.376
N9 B 0, 0.971, 3.668, 6.364, 7.616 max_d=7.616 avg_d=3.668 std_dev=2.696
O5' A 0, -1.077, 1.789, 4.656, 6.752 max_d=6.752 avg_d=1.789 std_dev=2.867
O2' B 0, 0.090, 3.029, 5.967, 7.894 max_d=7.894 avg_d=3.029 std_dev=2.939
C2' B 0, 0.031, 2.974, 5.917, 7.868 max_d=7.868 avg_d=2.974 std_dev=2.943
C8 B 0, 1.485, 4.436, 7.387, 8.308 max_d=8.308 avg_d=4.436 std_dev=2.951
C3' B 0, -0.449, 2.516, 5.481, 7.576 max_d=7.576 avg_d=2.516 std_dev=2.965
C4 B 0, 0.699, 4.134, 7.569, 9.546 max_d=9.546 avg_d=4.134 std_dev=3.435
N7 B 0, 1.575, 5.225, 8.874, 10.320 max_d=10.320 avg_d=5.225 std_dev=3.649
N3 B 0, 0.187, 4.053, 7.918, 10.428 max_d=10.428 avg_d=4.053 std_dev=3.865
O3' B 0, -1.100, 2.792, 6.684, 9.508 max_d=9.508 avg_d=2.792 std_dev=3.892
C5 B 0, 1.130, 5.049, 8.969, 11.010 max_d=11.010 avg_d=5.049 std_dev=3.919
P A 0, -1.539, 2.560, 6.659, 9.656 max_d=9.656 avg_d=2.560 std_dev=4.099
OP1 A 0, -1.532, 2.710, 6.953, 10.053 max_d=10.053 avg_d=2.710 std_dev=4.243
C2 B 0, 0.270, 4.939, 9.608, 12.623 max_d=12.623 avg_d=4.939 std_dev=4.669
C6 B 0, 1.076, 5.859, 10.642, 13.334 max_d=13.334 avg_d=5.859 std_dev=4.783
OP2 A 0, -1.803, 2.985, 7.774, 11.276 max_d=11.276 avg_d=2.985 std_dev=4.789
N1 B 0, 0.660, 5.724, 10.787, 13.897 max_d=13.897 avg_d=5.724 std_dev=5.064
N2 B 0, 0.109, 5.357, 10.605, 14.066 max_d=14.066 avg_d=5.357 std_dev=5.248
O6 B 0, 1.401, 6.780, 12.158, 15.063 max_d=15.063 avg_d=6.780 std_dev=5.378

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.08 0.09 0.03 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.29 0.21 0.14 0.08
C2 0.08 0.00 0.13 0.18 0.01 0.41 0.02 0.80 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.17 0.32 0.53 1.53 1.23 1.14
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.03 0.14 0.07 0.14 0.03 0.11 0.03 0.00 0.02 0.02 0.16 0.27 0.03 0.03
C3' 0.03 0.18 0.01 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01 0.04 0.16 0.11 0.19 0.02 0.12 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.30 0.04 0.09
C4 0.04 0.01 0.06 0.08 0.00 0.17 0.01 0.25 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.02 0.17 0.13 0.56 0.22 0.24
C4' 0.02 0.41 0.01 0.01 0.17 0.00 0.00 0.01 0.09 0.33 0.26 0.42 0.01 0.25 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.30 0.02 0.04
C5 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.03 0.56 0.08 0.34 0.30
C5' 0.03 0.80 0.03 0.01 0.25 0.01 0.09 0.00 0.12 0.72 0.51 0.79 0.08 0.59 0.16 0.02 0.01 0.01 0.01 0.24 0.02 0.02
C6 0.04 0.01 0.03 0.04 0.02 0.09 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03 0.10 0.33 0.30 0.04 0.05
C8 0.03 0.02 0.14 0.16 0.01 0.33 0.01 0.72 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.19 0.22 0.23 1.26 0.96 1.27 1.18
N1 0.08 0.01 0.07 0.11 0.02 0.26 0.01 0.51 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.19 0.10 0.22 0.15 1.01 0.73 0.67
N3 0.09 0.01 0.14 0.19 0.01 0.42 0.01 0.79 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.26 0.16 0.34 0.52 1.45 1.11 1.06
N6 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.03 0.58 0.13 0.37 0.32
N7 0.01 0.01 0.11 0.12 0.01 0.25 0.00 0.59 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.20 0.16 1.16 0.91 1.20 1.09
N9 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.01 0.16 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.10 0.02 0.56 0.05 0.37 0.31
O2' 0.02 0.26 0.00 0.01 0.10 0.01 0.03 0.02 0.07 0.19 0.19 0.26 0.04 0.15 0.04 0.00 0.03 0.02 0.09 0.29 0.03 0.08
O3' 0.10 0.17 0.02 0.01 0.02 0.02 0.08 0.01 0.03 0.22 0.10 0.16 0.07 0.20 0.10 0.03 0.00 0.02 0.11 0.29 0.04 0.09
O4' 0.01 0.32 0.02 0.01 0.17 0.01 0.03 0.01 0.10 0.23 0.22 0.34 0.03 0.16 0.02 0.02 0.02 0.00 0.22 0.30 0.09 0.03
O5' 0.29 0.53 0.16 0.07 0.13 0.02 0.56 0.01 0.33 1.26 0.15 0.52 0.58 1.16 0.56 0.09 0.11 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.21 1.53 0.27 0.30 0.56 0.30 0.08 0.24 0.30 0.96 1.01 1.45 0.13 0.91 0.05 0.29 0.29 0.30 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.14 1.23 0.03 0.04 0.22 0.02 0.34 0.02 0.04 1.27 0.73 1.11 0.37 1.20 0.37 0.03 0.04 0.09 0.00 0.02 0.00 0.00
P 0.08 1.14 0.03 0.09 0.24 0.04 0.30 0.02 0.05 1.18 0.67 1.06 0.32 1.09 0.31 0.08 0.09 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.45 1.98 1.07 1.35 0.81 0.91 0.85 0.80 1.51 0.44 2.05 2.54 1.35 0.30 0.26 1.32 2.04 0.32 0.42 1.62 0.36 0.13 0.16
C2 0.81 0.90 1.61 1.95 0.09 1.25 0.07 1.09 0.53 0.80 0.92 1.30 0.48 0.46 0.54 1.74 2.64 0.56 0.57 0.59 0.51 0.08 0.27
C2' 0.70 1.78 1.33 1.56 0.62 1.12 0.69 0.93 1.34 0.65 1.87 2.36 1.14 0.34 0.38 1.65 2.28 0.54 0.46 1.46 0.40 0.25 0.11
C3' 0.66 1.85 1.31 1.55 0.68 1.09 0.78 0.90 1.45 0.58 1.98 2.42 1.19 0.35 0.35 1.64 2.29 0.49 0.47 1.61 0.43 0.15 0.16
C4 0.52 1.68 1.16 1.46 0.59 0.97 0.59 0.86 1.17 0.55 1.70 2.21 1.13 0.21 0.25 1.36 2.12 0.36 0.46 1.23 0.41 0.09 0.20
C4' 0.56 1.96 1.21 1.47 0.80 0.99 0.91 0.81 1.59 0.51 2.10 2.51 1.30 0.41 0.34 1.52 2.22 0.40 0.48 1.76 0.48 0.08 0.26
C5 0.40 1.91 0.92 1.20 0.75 0.81 0.69 0.75 1.28 0.54 1.87 2.49 1.35 0.24 0.23 1.09 1.76 0.28 0.42 1.28 0.36 0.07 0.18
C5' 0.64 1.95 1.28 1.48 0.80 0.98 0.93 0.73 1.62 0.59 2.12 2.51 1.27 0.51 0.41 1.63 2.26 0.43 0.43 1.81 0.49 0.13 0.22
C6 0.47 1.58 1.03 1.33 0.51 0.88 0.42 0.83 0.94 0.66 1.50 2.11 1.10 0.32 0.26 1.14 1.86 0.32 0.47 0.92 0.41 0.05 0.22
C8 0.33 2.36 0.72 0.97 1.05 0.68 1.02 0.62 1.71 0.47 2.36 3.01 1.70 0.40 0.36 0.94 1.53 0.25 0.37 1.75 0.32 0.06 0.16
N1 0.73 1.01 1.44 1.78 0.12 1.14 0.07 1.04 0.53 0.83 0.97 1.44 0.60 0.51 0.50 1.52 2.38 0.49 0.57 0.54 0.51 0.06 0.28
N3 0.71 1.21 1.48 1.80 0.28 1.17 0.30 1.02 0.82 0.67 1.26 1.65 0.72 0.29 0.41 1.67 2.52 0.49 0.53 0.91 0.47 0.09 0.24
N6 0.31 1.78 0.72 0.99 0.66 0.64 0.48 0.65 0.99 0.64 1.61 2.34 1.32 0.33 0.18 0.80 1.38 0.20 0.40 0.90 0.29 0.04 0.19
N7 0.30 2.38 0.61 0.85 1.07 0.60 0.99 0.56 1.65 0.48 2.32 3.04 1.75 0.38 0.37 0.81 1.35 0.22 0.35 1.65 0.28 0.05 0.15
N9 0.44 2.00 1.00 1.28 0.81 0.87 0.82 0.77 1.46 0.48 2.03 2.58 1.38 0.28 0.26 1.23 1.93 0.31 0.42 1.54 0.37 0.09 0.18
O2' 0.75 1.68 1.37 1.60 0.54 1.19 0.59 1.01 1.21 0.70 1.75 2.25 1.06 0.34 0.41 1.68 2.28 0.61 0.46 1.33 0.33 0.46 0.05
O3' 0.58 1.87 1.23 1.51 0.71 1.07 0.78 0.93 1.46 0.50 1.98 2.42 1.22 0.28 0.28 1.52 2.23 0.45 0.50 1.61 0.42 0.16 0.20
O4' 0.48 1.99 1.11 1.40 0.83 0.93 0.91 0.79 1.58 0.45 2.10 2.53 1.34 0.37 0.31 1.38 2.12 0.34 0.50 1.73 0.49 0.15 0.31
O5' 0.41 2.29 0.98 1.12 1.10 0.62 1.23 0.30 1.94 0.47 2.45 2.86 1.59 0.69 0.46 1.37 1.91 0.23 0.08 2.12 0.09 0.48 0.34
OP1 0.99 1.67 1.61 1.66 0.59 1.17 0.74 0.74 1.33 0.94 1.83 2.28 0.98 0.68 0.68 2.04 2.43 0.71 0.39 1.52 0.51 0.10 0.10
OP2 0.64 2.02 1.26 1.33 0.89 0.81 1.09 0.41 1.78 0.64 2.25 2.58 1.31 0.71 0.48 1.70 2.14 0.36 0.17 2.02 0.29 0.05 0.07
P 0.74 1.92 1.38 1.45 0.78 0.95 0.95 0.55 1.62 0.70 2.11 2.50 1.21 0.62 0.50 1.82 2.25 0.47 0.22 1.83 0.31 0.17 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00 0.05 0.06 0.05 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.23 0.03 0.11 0.54 0.22
C2 0.06 0.00 0.16 0.73 0.01 0.87 0.01 1.39 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.28 0.65 0.59 0.80 0.00 1.42 0.23 0.92
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.08 0.01 0.04 0.02 0.08 0.04 0.12 0.19 0.15 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.20 0.06 0.38 0.65 0.36
C3' 0.02 0.73 0.00 0.00 0.30 0.00 0.11 0.02 0.25 0.34 0.52 0.94 0.71 0.22 0.04 0.01 0.01 0.01 0.21 0.16 0.62 0.62 0.43
C4 0.03 0.01 0.08 0.30 0.00 0.39 0.00 0.59 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.12 0.25 0.30 0.04 0.01 0.58 0.73 0.10
C4' 0.00 0.87 0.01 0.00 0.39 0.00 0.15 0.00 0.33 0.40 0.64 1.10 0.83 0.24 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.22 0.16 0.09 0.05
C5 0.02 0.01 0.04 0.11 0.00 0.15 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.09 0.13 0.41 0.01 0.26 1.31 0.46
C5' 0.03 1.39 0.02 0.02 0.59 0.00 0.26 0.00 0.54 0.60 1.05 1.79 1.27 0.38 0.07 0.05 0.04 0.02 0.01 0.38 0.17 0.02 0.03
C6 0.03 0.00 0.08 0.25 0.01 0.33 0.01 0.54 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.10 0.22 0.24 0.16 0.00 0.58 1.12 0.19
C8 0.00 0.01 0.04 0.34 0.00 0.40 0.00 0.60 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.16 0.27 0.31 1.20 0.01 0.59 1.88 1.25
N1 0.05 0.00 0.12 0.52 0.01 0.64 0.01 1.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.20 0.46 0.44 0.40 0.00 1.12 0.50 0.49
N2 0.06 0.00 0.19 0.94 0.02 1.10 0.01 1.79 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.36 0.87 0.71 1.25 0.00 1.86 0.66 1.45
N3 0.05 0.00 0.15 0.71 0.00 0.83 0.00 1.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.27 0.60 0.59 0.71 0.00 1.21 0.18 0.78
N7 0.01 0.01 0.02 0.22 0.00 0.24 0.00 0.38 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.20 0.17 1.07 0.01 0.43 2.01 1.19
N9 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.47 0.02 0.09 1.04 0.48
O2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.12 0.04 0.05 0.05 0.10 0.16 0.20 0.36 0.27 0.12 0.03 0.00 0.08 0.05 0.04 0.07 0.32 0.30 0.18
O3' 0.04 0.65 0.03 0.01 0.25 0.02 0.09 0.04 0.22 0.27 0.46 0.87 0.60 0.20 0.03 0.08 0.00 0.03 0.07 0.13 0.84 0.41 0.36
O4' 0.00 0.59 0.01 0.01 0.30 0.00 0.13 0.02 0.24 0.31 0.44 0.71 0.59 0.17 0.02 0.05 0.03 0.00 0.12 0.17 0.28 0.21 0.01
O5' 0.23 0.80 0.20 0.21 0.04 0.03 0.41 0.01 0.16 1.20 0.40 1.25 0.71 1.07 0.47 0.04 0.07 0.12 0.00 0.36 0.02 0.03 0.01
O6 0.03 0.00 0.06 0.16 0.01 0.22 0.01 0.38 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.13 0.17 0.36 0.00 0.39 1.43 0.42
OP1 0.11 1.42 0.38 0.62 0.58 0.16 0.26 0.17 0.58 0.59 1.12 1.86 1.21 0.43 0.09 0.32 0.84 0.28 0.02 0.39 0.00 0.01 0.01
OP2 0.54 0.23 0.65 0.62 0.73 0.09 1.31 0.02 1.12 1.88 0.50 0.66 0.18 2.01 1.04 0.30 0.41 0.21 0.03 1.43 0.01 0.00 0.00
P 0.22 0.92 0.36 0.43 0.10 0.05 0.46 0.03 0.19 1.25 0.49 1.45 0.78 1.19 0.48 0.18 0.36 0.01 0.01 0.42 0.01 0.00 0.00