ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54957

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.006, 0.020, 0.035, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.006, 0.021, 0.035, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.003, 0.019, 0.034, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.016
C2 A 0, -0.002, 0.016, 0.034, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.016 std_dev=0.018
C5 A 0, -0.002, 0.020, 0.042, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.020 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.007, 0.029, 0.052, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.029 std_dev=0.023
C2' A 0, 0.012, 0.040, 0.069, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.040 std_dev=0.028
N6 A 0, 0.012, 0.043, 0.073, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.043 std_dev=0.030
O2' A 0, 0.010, 0.045, 0.080, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.045 std_dev=0.035
C3' A 0, 0.018, 0.070, 0.122, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.070 std_dev=0.052
O4' A 0, 0.005, 0.058, 0.110, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.058 std_dev=0.053
C4' A 0, 0.034, 0.121, 0.208, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.121 std_dev=0.087
O3' A 0, 0.033, 0.160, 0.288, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.160 std_dev=0.127
C5' A 0, 0.065, 0.245, 0.426, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.245 std_dev=0.180
OP2 A 0, 0.024, 0.213, 0.402, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.213 std_dev=0.189
OP2 B 0, 0.053, 0.258, 0.462, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.258 std_dev=0.204
P A 0, 0.084, 0.290, 0.496, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.290 std_dev=0.206
C5' B 0, 0.081, 0.300, 0.518, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.300 std_dev=0.218
P B 0, 0.073, 0.321, 0.569, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.321 std_dev=0.248
OP1 B 0, 0.081, 0.335, 0.588, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.335 std_dev=0.253
OP1 A 0, 0.111, 0.380, 0.649, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.380 std_dev=0.269
C4' B 0, 0.088, 0.366, 0.643, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.366 std_dev=0.277
O4' B 0, 0.095, 0.378, 0.661, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.378 std_dev=0.283
O5' A 0, 0.047, 0.334, 0.622, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.334 std_dev=0.288
C8 B 0, 0.107, 0.436, 0.766, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.436 std_dev=0.330
O5' B 0, 0.066, 0.403, 0.740, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.403 std_dev=0.337
C1' B 0, 0.102, 0.466, 0.830, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.466 std_dev=0.364
C3' B 0, 0.064, 0.431, 0.798, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.431 std_dev=0.367
N7 B 0, 0.127, 0.499, 0.872, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.499 std_dev=0.373
N9 B 0, 0.106, 0.483, 0.859, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.483 std_dev=0.377
O3' B 0, 0.056, 0.464, 0.873, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.464 std_dev=0.409
C2' B 0, 0.081, 0.503, 0.925, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.503 std_dev=0.422
C5 B 0, 0.142, 0.594, 1.045, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.594 std_dev=0.451
O2' B 0, 0.081, 0.537, 0.993, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.537 std_dev=0.456
C4 B 0, 0.130, 0.588, 1.046, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.588 std_dev=0.458
N3 B 0, 0.160, 0.693, 1.225, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.693 std_dev=0.533
C6 B 0, 0.174, 0.708, 1.242, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.708 std_dev=0.534
O6 B 0, 0.193, 0.758, 1.324, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.758 std_dev=0.565
C2 B 0, 0.184, 0.774, 1.365, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.774 std_dev=0.590
N1 B 0, 0.191, 0.783, 1.374, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.783 std_dev=0.591
N2 B 0, 0.214, 0.873, 1.531, 1.590 max_d=1.590 avg_d=0.873 std_dev=0.658

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.24 0.06 0.10
C2 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.16 0.19 0.11 0.08
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.19 0.09 0.05
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.11 0.02
C4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.16 0.19 0.11 0.07
C4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.02 0.19 0.06 0.05
C5 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.19 0.16 0.13 0.08
C5' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.08 0.09 0.07 0.04 0.07 0.09 0.06 0.05 0.05 0.00 0.01 0.13 0.07 0.01
C6 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.18 0.15 0.13 0.07
C8 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.20 0.17 0.11 0.08
N1 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.03 0.17 0.16 0.13 0.07
N3 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.14 0.20 0.11 0.07
N6 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.01 0.20 0.13 0.13 0.07
N7 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.22 0.15 0.12 0.09
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.16 0.19 0.10 0.07
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.02 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.07 0.26 0.04 0.10
O3' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.06 0.06 0.02 0.02 0.00 0.00 0.06 0.09 0.10 0.04
O4' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.27 0.03 0.13
O5' 0.13 0.16 0.06 0.01 0.16 0.02 0.19 0.01 0.18 0.20 0.17 0.14 0.20 0.22 0.16 0.07 0.06 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.24 0.19 0.19 0.12 0.19 0.19 0.16 0.13 0.15 0.17 0.16 0.20 0.13 0.15 0.19 0.26 0.09 0.27 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.11 0.09 0.11 0.11 0.06 0.13 0.07 0.13 0.11 0.13 0.11 0.13 0.12 0.10 0.04 0.10 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.08 0.05 0.02 0.07 0.05 0.08 0.01 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.10 0.04 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.16 0.19 0.16 0.17 0.18 0.16 0.19 0.18 0.19 0.20 0.19 0.19 0.19 0.20 0.19 0.12 0.16 0.16 0.13 0.21 0.18 0.09 0.13
C2 0.21 0.23 0.21 0.21 0.22 0.20 0.21 0.22 0.21 0.23 0.23 0.25 0.24 0.22 0.22 0.18 0.20 0.21 0.18 0.22 0.22 0.11 0.18
C2' 0.18 0.20 0.18 0.19 0.20 0.17 0.21 0.19 0.21 0.22 0.21 0.20 0.20 0.22 0.20 0.14 0.18 0.17 0.16 0.23 0.21 0.12 0.16
C3' 0.20 0.22 0.20 0.20 0.23 0.19 0.24 0.21 0.24 0.25 0.23 0.22 0.23 0.26 0.23 0.15 0.19 0.19 0.17 0.27 0.22 0.14 0.17
C4 0.17 0.20 0.16 0.17 0.19 0.16 0.19 0.18 0.19 0.20 0.20 0.20 0.20 0.20 0.19 0.13 0.16 0.17 0.13 0.20 0.16 0.08 0.12
C4' 0.16 0.19 0.15 0.16 0.19 0.15 0.21 0.17 0.21 0.22 0.20 0.19 0.19 0.23 0.19 0.10 0.14 0.15 0.12 0.24 0.17 0.10 0.13
C5 0.16 0.19 0.15 0.15 0.18 0.15 0.18 0.16 0.18 0.19 0.19 0.19 0.19 0.19 0.18 0.12 0.13 0.16 0.11 0.19 0.12 0.06 0.10
C5' 0.10 0.14 0.08 0.09 0.14 0.08 0.17 0.12 0.18 0.18 0.16 0.13 0.14 0.20 0.14 0.03 0.07 0.09 0.05 0.21 0.10 0.04 0.06
C6 0.16 0.19 0.15 0.15 0.18 0.15 0.18 0.16 0.18 0.19 0.19 0.20 0.20 0.19 0.18 0.12 0.13 0.16 0.10 0.19 0.09 0.05 0.09
C8 0.15 0.18 0.14 0.14 0.17 0.14 0.17 0.16 0.18 0.19 0.18 0.18 0.18 0.19 0.17 0.11 0.13 0.15 0.11 0.19 0.12 0.06 0.10
N1 0.20 0.23 0.19 0.19 0.21 0.19 0.20 0.20 0.20 0.22 0.22 0.24 0.23 0.21 0.21 0.16 0.17 0.20 0.15 0.21 0.15 0.07 0.13
N3 0.20 0.22 0.20 0.21 0.21 0.19 0.21 0.21 0.21 0.22 0.22 0.23 0.23 0.21 0.21 0.16 0.20 0.19 0.17 0.22 0.22 0.11 0.17
N6 0.13 0.17 0.11 0.10 0.15 0.11 0.15 0.11 0.15 0.16 0.16 0.18 0.17 0.15 0.15 0.09 0.09 0.13 0.09 0.16 0.08 0.08 0.08
N7 0.15 0.17 0.13 0.13 0.16 0.13 0.17 0.14 0.17 0.18 0.17 0.18 0.18 0.18 0.16 0.11 0.11 0.14 0.11 0.18 0.10 0.07 0.09
N9 0.16 0.19 0.16 0.17 0.18 0.16 0.19 0.18 0.19 0.20 0.19 0.20 0.20 0.20 0.19 0.12 0.15 0.16 0.13 0.20 0.16 0.08 0.12
O2' 0.16 0.19 0.17 0.18 0.18 0.16 0.19 0.18 0.20 0.20 0.19 0.19 0.19 0.20 0.18 0.13 0.17 0.15 0.15 0.22 0.20 0.10 0.15
O3' 0.23 0.26 0.23 0.24 0.26 0.22 0.28 0.24 0.28 0.29 0.27 0.25 0.26 0.30 0.27 0.19 0.22 0.23 0.21 0.31 0.25 0.18 0.21
O4' 0.16 0.19 0.15 0.15 0.18 0.15 0.19 0.17 0.19 0.20 0.19 0.19 0.19 0.20 0.18 0.11 0.14 0.16 0.12 0.21 0.15 0.08 0.11
O5' 0.30 0.33 0.30 0.31 0.33 0.30 0.34 0.33 0.34 0.36 0.33 0.32 0.33 0.36 0.33 0.25 0.29 0.30 0.25 0.36 0.30 0.21 0.25
OP1 0.22 0.22 0.22 0.26 0.24 0.25 0.26 0.30 0.26 0.29 0.24 0.21 0.23 0.30 0.25 0.17 0.26 0.23 0.21 0.28 0.31 0.19 0.22
OP2 0.08 0.06 0.09 0.06 0.04 0.07 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.07 0.06 0.03 0.04 0.14 0.08 0.07 0.12 0.04 0.05 0.12 0.10
P 0.15 0.16 0.14 0.17 0.17 0.16 0.19 0.20 0.19 0.22 0.17 0.15 0.17 0.22 0.18 0.10 0.16 0.15 0.11 0.21 0.18 0.08 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.06 0.08 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01
C2 0.07 0.00 0.11 0.09 0.02 0.07 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.14 0.10 0.05 0.06 0.04 0.04 0.10 0.07
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.09 0.13 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.05 0.02
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.07 0.12 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.03 0.06 0.04
C4 0.03 0.02 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02 0.04 0.00 0.02 0.09 0.06
C4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.10 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.02
C5 0.02 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.10 0.07
C5' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.05 0.01 0.06 0.03 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.03 0.01
C6 0.03 0.02 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.03 0.02 0.05 0.01 0.04 0.12 0.08
C8 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.10 0.07
N1 0.06 0.01 0.09 0.07 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.11 0.07 0.05 0.06 0.03 0.04 0.12 0.08
N2 0.08 0.00 0.13 0.12 0.02 0.10 0.00 0.06 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.18 0.14 0.07 0.07 0.06 0.05 0.10 0.08
N3 0.06 0.01 0.10 0.08 0.01 0.07 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.12 0.09 0.05 0.05 0.03 0.03 0.09 0.06
N7 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.04 0.11 0.08
N9 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.04
O2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.07 0.01 0.11 0.18 0.12 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.08 0.01 0.04
O3' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.07 0.14 0.09 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.02 0.04 0.05 0.03
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.07 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.01 0.06 0.00 0.03
O5' 0.02 0.06 0.02 0.06 0.04 0.02 0.04 0.00 0.05 0.04 0.06 0.07 0.05 0.05 0.02 0.03 0.06 0.06 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.06 0.03 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.06 0.00 0.06 0.13 0.10
OP1 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.07 0.03 0.05 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.04 0.01 0.08 0.04 0.06 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01
OP2 0.03 0.10 0.05 0.06 0.09 0.01 0.10 0.03 0.12 0.10 0.12 0.10 0.09 0.11 0.07 0.01 0.05 0.00 0.02 0.13 0.02 0.00 0.02
P 0.01 0.07 0.02 0.04 0.06 0.02 0.07 0.01 0.08 0.07 0.08 0.08 0.06 0.08 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00