ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54960

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.000, 0.022, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N6 A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.000, 0.067, 0.134, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.067 std_dev=0.067
C2' A 0, 0.000, 0.150, 0.300, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.150 std_dev=0.150
C3' A 0, 0.000, 0.180, 0.361, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.180 std_dev=0.180
C4' A 0, 0.000, 0.183, 0.366, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.183 std_dev=0.183
O3' A 0, 0.000, 0.202, 0.405, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.202 std_dev=0.202
O2' A 0, 0.000, 0.204, 0.408, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.204 std_dev=0.204
OP1 A 0, 0.000, 0.250, 0.500, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.250 std_dev=0.250
P A 0, 0.000, 0.268, 0.536, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.268 std_dev=0.268
OP2 A 0, 0.000, 0.286, 0.572, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.286 std_dev=0.286
OP1 B 0, 0.000, 0.388, 0.776, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.388 std_dev=0.388
C2' B 0, 0.000, 0.389, 0.779, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.389 std_dev=0.389
P B 0, 0.000, 0.390, 0.780, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.390 std_dev=0.390
OP2 B 0, 0.000, 0.403, 0.807, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.403 std_dev=0.403
O5' B 0, 0.000, 0.403, 0.807, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.403 std_dev=0.403
O6 B 0, 0.000, 0.415, 0.831, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.415 std_dev=0.415
N7 B 0, 0.000, 0.419, 0.838, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.419 std_dev=0.419
C5 B 0, 0.000, 0.422, 0.843, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.422 std_dev=0.422
C8 B 0, 0.000, 0.423, 0.845, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.423 std_dev=0.423
C6 B 0, 0.000, 0.423, 0.846, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.423 std_dev=0.423
N9 B 0, 0.000, 0.432, 0.864, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.432 std_dev=0.432
C4 B 0, 0.000, 0.434, 0.868, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.434 std_dev=0.434
N1 B 0, 0.000, 0.439, 0.879, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.439 std_dev=0.439
C1' B 0, 0.000, 0.442, 0.885, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.442 std_dev=0.442
N3 B 0, 0.000, 0.446, 0.891, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.446 std_dev=0.446
C2 B 0, 0.000, 0.453, 0.905, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.453 std_dev=0.453
C5' B 0, 0.000, 0.454, 0.909, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.454 std_dev=0.454
C4' B 0, 0.000, 0.462, 0.924, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.462 std_dev=0.462
O4' B 0, 0.000, 0.466, 0.932, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.466 std_dev=0.466
N2 B 0, 0.000, 0.476, 0.952, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.476 std_dev=0.476
C3' B 0, 0.000, 0.513, 1.027, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.513 std_dev=0.513
O5' A 0, 0.000, 0.517, 1.033, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.517 std_dev=0.517
O2' B 0, 0.000, 0.540, 1.080, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.540 std_dev=0.540
C5' A 0, 0.000, 0.609, 1.217, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.609 std_dev=0.609
O3' B 0, 0.000, 1.045, 2.090, 2.090 max_d=2.090 avg_d=1.045 std_dev=1.045

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.10 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.21 0.18 0.10 0.10
C2 0.03 0.00 0.06 0.09 0.01 0.05 0.00 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.01 0.28 0.16 0.03 0.13
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.06 0.04 0.06 0.02 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.24 0.25 0.04 0.15
C3' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03 0.07 0.09 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.24 0.27 0.04 0.16
C4 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.29 0.17 0.04 0.14
C4' 0.00 0.05 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.05 0.06 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.01 0.00 0.02 0.12 0.23 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.29 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.34 0.18 0.01 0.16
C5' 0.10 0.24 0.05 0.04 0.25 0.00 0.29 0.00 0.30 0.28 0.28 0.22 0.31 0.31 0.23 0.03 0.05 0.02 0.01 0.17 0.41 0.05
C6 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.30 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.34 0.18 0.03 0.17
C8 0.02 0.01 0.06 0.03 0.01 0.05 0.01 0.28 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.05 0.35 0.18 0.02 0.16
N1 0.02 0.00 0.04 0.07 0.01 0.06 0.01 0.28 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.31 0.17 0.00 0.15
N3 0.02 0.00 0.06 0.09 0.00 0.04 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.01 0.26 0.16 0.06 0.12
N6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.01 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.37 0.19 0.08 0.20
N7 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.05 0.00 0.31 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.37 0.18 0.03 0.18
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.23 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.29 0.17 0.06 0.13
O2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.05 0.13 0.20 0.09 0.09
O3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03 0.06 0.08 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.26 0.06 0.13
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.05 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.05 0.01 0.00 0.16 0.17 0.10 0.09
O5' 0.21 0.28 0.24 0.24 0.29 0.02 0.34 0.01 0.34 0.35 0.31 0.26 0.37 0.37 0.29 0.13 0.13 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.18 0.16 0.25 0.27 0.17 0.12 0.18 0.17 0.18 0.18 0.17 0.16 0.19 0.18 0.17 0.20 0.26 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.03 0.04 0.04 0.04 0.23 0.01 0.41 0.03 0.02 0.00 0.06 0.08 0.03 0.06 0.09 0.06 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.13 0.15 0.16 0.14 0.01 0.16 0.05 0.17 0.16 0.15 0.12 0.20 0.18 0.13 0.09 0.13 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.04 0.02 0.07 0.07 0.01 0.11 0.03 0.11 0.12 0.07 0.02 0.04 0.14 0.08 0.03 0.02 0.01 0.02 0.13 0.01 0.04 0.00
C2 0.14 0.14 0.10 0.14 0.17 0.08 0.20 0.12 0.19 0.21 0.16 0.11 0.13 0.23 0.17 0.13 0.09 0.12 0.12 0.21 0.09 0.03 0.09
C2' 0.07 0.07 0.05 0.10 0.10 0.01 0.14 0.05 0.14 0.15 0.11 0.05 0.07 0.17 0.11 0.06 0.04 0.04 0.04 0.17 0.01 0.03 0.01
C3' 0.02 0.04 0.00 0.06 0.06 0.04 0.10 0.02 0.11 0.09 0.08 0.02 0.03 0.12 0.06 0.00 0.00 0.02 0.02 0.14 0.07 0.08 0.05
C4 0.07 0.08 0.04 0.09 0.10 0.01 0.14 0.04 0.14 0.14 0.10 0.05 0.07 0.17 0.11 0.06 0.01 0.04 0.04 0.16 0.01 0.03 0.00
C4' 0.04 0.04 0.06 0.00 0.02 0.09 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.06 0.04 0.03 0.02 0.06 0.08 0.07 0.06 0.03 0.08 0.09 0.07
C5 0.05 0.07 0.02 0.07 0.09 0.02 0.13 0.00 0.13 0.13 0.10 0.05 0.06 0.16 0.09 0.03 0.02 0.01 0.00 0.16 0.07 0.08 0.05
C5' 0.33 0.29 0.35 0.28 0.29 0.37 0.27 0.35 0.25 0.29 0.27 0.29 0.30 0.26 0.30 0.35 0.37 0.36 0.35 0.23 0.35 0.35 0.34
C6 0.08 0.10 0.05 0.09 0.13 0.00 0.17 0.02 0.17 0.17 0.14 0.08 0.09 0.20 0.13 0.06 0.02 0.04 0.02 0.19 0.07 0.08 0.04
C8 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.07 0.07 0.04 0.08 0.07 0.05 0.01 0.01 0.10 0.03 0.02 0.07 0.04 0.04 0.11 0.09 0.10 0.07
N1 0.14 0.14 0.10 0.14 0.17 0.07 0.20 0.10 0.20 0.22 0.17 0.12 0.14 0.23 0.18 0.12 0.08 0.11 0.10 0.22 0.04 0.01 0.05
N3 0.11 0.11 0.08 0.12 0.14 0.05 0.17 0.09 0.17 0.18 0.13 0.08 0.11 0.20 0.15 0.10 0.06 0.09 0.09 0.18 0.06 0.02 0.07
N6 0.06 0.11 0.03 0.06 0.13 0.04 0.17 0.04 0.18 0.17 0.15 0.08 0.09 0.20 0.12 0.04 0.01 0.01 0.05 0.21 0.18 0.15 0.13
N7 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.07 0.09 0.05 0.09 0.08 0.06 0.01 0.02 0.11 0.04 0.02 0.06 0.05 0.06 0.12 0.12 0.12 0.09
N9 0.04 0.05 0.02 0.07 0.07 0.02 0.11 0.01 0.11 0.11 0.07 0.02 0.04 0.14 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.13 0.03 0.05 0.02
O2' 0.09 0.07 0.08 0.13 0.11 0.04 0.14 0.09 0.14 0.17 0.10 0.04 0.07 0.18 0.12 0.09 0.07 0.06 0.08 0.16 0.04 0.02 0.06
O3' 0.04 0.05 0.02 0.09 0.07 0.02 0.11 0.01 0.12 0.11 0.09 0.03 0.04 0.14 0.07 0.02 0.04 0.00 0.00 0.14 0.05 0.06 0.03
O4' 0.05 0.06 0.04 0.08 0.08 0.01 0.12 0.03 0.12 0.12 0.09 0.03 0.05 0.15 0.09 0.04 0.03 0.02 0.03 0.15 0.01 0.03 0.00
O5' 0.32 0.29 0.33 0.39 0.33 0.28 0.36 0.32 0.34 0.38 0.31 0.26 0.30 0.39 0.35 0.31 0.28 0.29 0.31 0.36 0.25 0.25 0.28
OP1 0.08 0.05 0.09 0.17 0.08 0.05 0.10 0.09 0.09 0.12 0.06 0.03 0.06 0.13 0.09 0.06 0.06 0.05 0.08 0.10 0.06 0.06 0.08
OP2 0.06 0.10 0.07 0.12 0.11 0.01 0.15 0.00 0.17 0.14 0.14 0.09 0.09 0.17 0.10 0.05 0.01 0.00 0.01 0.20 0.09 0.07 0.05
P 0.13 0.12 0.13 0.19 0.15 0.08 0.17 0.11 0.17 0.18 0.14 0.10 0.12 0.20 0.15 0.11 0.08 0.08 0.10 0.19 0.06 0.06 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.30 0.03 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.07 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.04 0.05
C3' 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.08 0.01 0.07 0.05 0.07 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01
C4 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.20 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.05 0.04 0.00 0.01 0.04 0.04 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.15 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C5' 0.03 0.04 0.07 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.03 0.02 0.09 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.18 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01
C8 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
N1 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.25 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02
N2 0.02 0.00 0.03 0.07 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.35 0.03 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.29 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02
N7 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.14 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
O2' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.05 0.02 0.05 0.07 0.03 0.02 0.00 0.07 0.04 0.00 0.04 0.02 0.01 0.06 0.00 0.03 0.00
O3' 0.18 0.30 0.04 0.01 0.20 0.04 0.15 0.09 0.18 0.04 0.25 0.35 0.29 0.06 0.14 0.04 0.00 0.11 0.01 0.15 0.05 0.03 0.00
O4' 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.11 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00
O5' 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.15 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.02 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00