ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54961

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.000, 0.027, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.000, 0.072, 0.143, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.072 std_dev=0.072
O2' A 0, 0.000, 0.085, 0.170, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.085 std_dev=0.085
C2' A 0, 0.000, 0.090, 0.180, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.090 std_dev=0.090
C4' A 0, 0.000, 0.169, 0.339, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.169 std_dev=0.169
C3' A 0, 0.000, 0.174, 0.349, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.174 std_dev=0.174
O3' A 0, 0.000, 0.184, 0.369, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.184 std_dev=0.184
N7 B 0, 0.000, 0.197, 0.393, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.197 std_dev=0.197
C5' A 0, 0.000, 0.221, 0.442, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.221 std_dev=0.221
C5 B 0, 0.000, 0.235, 0.471, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.235 std_dev=0.235
O6 B 0, 0.000, 0.236, 0.472, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.236 std_dev=0.236
C8 B 0, 0.000, 0.241, 0.483, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.241 std_dev=0.241
C6 B 0, 0.000, 0.248, 0.495, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.248 std_dev=0.248
C4 B 0, 0.000, 0.298, 0.596, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.298 std_dev=0.298
N9 B 0, 0.000, 0.307, 0.615, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.307 std_dev=0.307
N1 B 0, 0.000, 0.310, 0.621, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.310 std_dev=0.310
N3 B 0, 0.000, 0.354, 0.707, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.354 std_dev=0.354
C2 B 0, 0.000, 0.355, 0.711, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.355 std_dev=0.355
P A 0, 0.000, 0.381, 0.762, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.381 std_dev=0.381
O5' A 0, 0.000, 0.384, 0.768, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.384 std_dev=0.384
C1' B 0, 0.000, 0.392, 0.784, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.392 std_dev=0.392
O4' B 0, 0.000, 0.393, 0.787, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.393 std_dev=0.393
OP2 B 0, 0.000, 0.407, 0.815, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.407 std_dev=0.407
OP2 A 0, 0.000, 0.418, 0.837, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.418 std_dev=0.418
N2 B 0, 0.000, 0.420, 0.839, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.420 std_dev=0.420
OP1 A 0, 0.000, 0.436, 0.872, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.436 std_dev=0.436
C5' B 0, 0.000, 0.471, 0.943, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.471 std_dev=0.471
P B 0, 0.000, 0.477, 0.953, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.477 std_dev=0.477
C2' B 0, 0.000, 0.485, 0.970, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.485 std_dev=0.485
OP1 B 0, 0.000, 0.490, 0.980, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.490 std_dev=0.490
C4' B 0, 0.000, 0.496, 0.993, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.496 std_dev=0.496
O5' B 0, 0.000, 0.500, 1.000, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.500 std_dev=0.500
O2' B 0, 0.000, 0.539, 1.079, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.539 std_dev=0.539
C3' B 0, 0.000, 0.546, 1.091, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.546 std_dev=0.546
O3' B 0, 0.000, 0.588, 1.177, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.588 std_dev=0.588

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.00
C2 0.02 0.00 0.05 0.09 0.00 0.09 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.04 0.19 0.24 0.20 0.18
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.03 0.06 0.04 0.06 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.09 0.08 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02
C4 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.11 0.14 0.12 0.09
C4' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.07 0.08 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01
C5 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.11 0.17 0.14 0.11
C5' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.10 0.03 0.13 0.12 0.10 0.05 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.15 0.22 0.18 0.16
C8 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.10 0.08 0.05
N1 0.02 0.00 0.06 0.09 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.03 0.19 0.25 0.21 0.19
N3 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.04 0.16 0.18 0.15 0.13
N6 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.16 0.23 0.19 0.16
N7 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.08 0.14 0.11 0.08
N9 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.09 0.08 0.04
O2' 0.03 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.02 0.05 0.05 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.05 0.01 0.07 0.08 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01
O5' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.11 0.01 0.11 0.00 0.15 0.04 0.19 0.16 0.16 0.08 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.04 0.24 0.02 0.01 0.14 0.02 0.17 0.02 0.22 0.10 0.25 0.18 0.23 0.14 0.09 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.20 0.01 0.01 0.12 0.06 0.14 0.06 0.18 0.08 0.21 0.15 0.19 0.11 0.08 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.00 0.18 0.02 0.02 0.09 0.01 0.11 0.01 0.16 0.05 0.19 0.13 0.16 0.08 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.19 0.02 0.04
C2 0.02 0.15 0.05 0.02 0.08 0.02 0.05 0.00 0.08 0.04 0.13 0.18 0.14 0.02 0.03 0.05 0.01 0.02 0.05 0.06 0.29 0.04 0.14
C2' 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.17 0.02 0.04
C3' 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.06 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.16 0.05 0.03
C4 0.04 0.06 0.03 0.05 0.00 0.06 0.02 0.06 0.03 0.08 0.06 0.08 0.04 0.07 0.04 0.02 0.05 0.06 0.05 0.02 0.21 0.02 0.04
C4' 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.06 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.18 0.05 0.04
C5 0.11 0.04 0.11 0.13 0.06 0.15 0.05 0.15 0.01 0.12 0.06 0.07 0.01 0.09 0.10 0.09 0.12 0.13 0.14 0.03 0.16 0.07 0.03
C5' 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.06 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.16 0.08 0.02
C6 0.13 0.10 0.12 0.15 0.04 0.19 0.03 0.19 0.04 0.12 0.10 0.14 0.03 0.08 0.10 0.10 0.15 0.17 0.17 0.05 0.19 0.07 0.03
C8 0.10 0.04 0.11 0.11 0.09 0.12 0.09 0.12 0.05 0.10 0.03 0.02 0.07 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.14 0.03 0.12 0.08 0.05
N1 0.06 0.15 0.03 0.08 0.04 0.13 0.02 0.12 0.08 0.08 0.13 0.19 0.11 0.05 0.04 0.02 0.10 0.12 0.05 0.07 0.28 0.01 0.09
N3 0.03 0.12 0.04 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.10 0.13 0.10 0.02 0.03 0.05 0.01 0.01 0.03 0.04 0.27 0.03 0.12
N6 0.18 0.06 0.19 0.23 0.08 0.25 0.05 0.27 0.02 0.14 0.08 0.13 0.03 0.10 0.14 0.17 0.22 0.21 0.27 0.04 0.10 0.13 0.14
N7 0.13 0.04 0.14 0.15 0.10 0.16 0.09 0.17 0.04 0.12 0.01 0.01 0.08 0.11 0.12 0.13 0.14 0.14 0.18 0.01 0.10 0.10 0.08
N9 0.05 0.01 0.05 0.05 0.03 0.06 0.04 0.07 0.01 0.07 0.01 0.03 0.01 0.08 0.05 0.04 0.05 0.05 0.07 0.01 0.18 0.04 0.02
O2' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.16 0.01 0.04
O3' 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.16 0.04 0.03
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.20 0.03 0.05
O5' 0.07 0.04 0.08 0.08 0.06 0.07 0.07 0.08 0.05 0.09 0.04 0.03 0.06 0.09 0.08 0.06 0.08 0.07 0.08 0.05 0.10 0.13 0.02
OP1 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.09 0.07 0.09 0.06 0.05 0.06 0.09 0.07 0.05 0.07 0.06 0.10 0.07 0.05 0.18 0.06
OP2 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02 0.04 0.02 0.10 0.14 0.01
P 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.01 0.11 0.12 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.08 0.03 0.05
C2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.16 0.11 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.02 0.06 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02
C4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.14 0.06 0.05
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.14 0.04 0.04
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.16 0.05 0.04
C8 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.12 0.01 0.03
N1 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.16 0.08 0.05
N2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.15 0.14 0.08
N3 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.14 0.10 0.07
N7 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.13 0.01 0.03
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.03 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.07 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.07 0.03
O3' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.01 0.04
O5' 0.03 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.16 0.04 0.04
OP1 0.08 0.16 0.02 0.03 0.14 0.00 0.14 0.01 0.16 0.12 0.16 0.15 0.14 0.13 0.11 0.01 0.05 0.08 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.11 0.06 0.03 0.06 0.03 0.04 0.04 0.05 0.01 0.08 0.14 0.10 0.01 0.03 0.07 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.07 0.04 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.08 0.07 0.03 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00