ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54968

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 6, 4, 3, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.013, 0.029, 0.045, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.029 std_dev=0.016
O4' A 0, 0.037, 0.093, 0.148, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.093 std_dev=0.055
C2' A 0, 0.036, 0.092, 0.148, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.092 std_dev=0.056
O4 A 0, 0.053, 0.115, 0.178, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.115 std_dev=0.062
C3' A 0, 0.057, 0.126, 0.195, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.126 std_dev=0.069
C4' A 0, 0.041, 0.113, 0.186, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.113 std_dev=0.072
O3' A 0, 0.066, 0.145, 0.225, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.145 std_dev=0.079
O2' A 0, 0.058, 0.147, 0.236, 0.325 max_d=0.325 avg_d=0.147 std_dev=0.089
C5' A 0, 0.077, 0.204, 0.331, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.204 std_dev=0.127
O5' A 0, 0.100, 0.240, 0.381, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.240 std_dev=0.140
N2 B 0, 0.114, 0.262, 0.411, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.262 std_dev=0.149
P A 0, 0.119, 0.291, 0.462, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.291 std_dev=0.171
OP2 A 0, 0.075, 0.261, 0.448, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.261 std_dev=0.186
OP1 A 0, 0.165, 0.363, 0.562, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.363 std_dev=0.198
C2 B 0, 0.111, 0.310, 0.509, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.310 std_dev=0.199
N1 B 0, 0.111, 0.336, 0.562, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.336 std_dev=0.225
N3 B 0, 0.129, 0.356, 0.584, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.356 std_dev=0.227
C6 B 0, 0.116, 0.396, 0.675, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.396 std_dev=0.280
C4 B 0, 0.143, 0.423, 0.702, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.423 std_dev=0.280
O6 B 0, 0.121, 0.424, 0.727, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.424 std_dev=0.303
C5 B 0, 0.133, 0.438, 0.743, 1.493 max_d=1.493 avg_d=0.438 std_dev=0.305
O4' B 0, 0.187, 0.496, 0.805, 1.534 max_d=1.534 avg_d=0.496 std_dev=0.309
N9 B 0, 0.174, 0.501, 0.828, 1.643 max_d=1.643 avg_d=0.501 std_dev=0.327
C1' B 0, 0.185, 0.514, 0.843, 1.657 max_d=1.657 avg_d=0.514 std_dev=0.329
O3' B 0, 0.169, 0.518, 0.867, 1.760 max_d=1.760 avg_d=0.518 std_dev=0.349
C4' B 0, 0.185, 0.534, 0.883, 1.735 max_d=1.735 avg_d=0.534 std_dev=0.349
N7 B 0, 0.161, 0.525, 0.888, 1.813 max_d=1.813 avg_d=0.525 std_dev=0.364
C8 B 0, 0.188, 0.565, 0.942, 1.902 max_d=1.902 avg_d=0.565 std_dev=0.377
C5' B 0, 0.219, 0.600, 0.981, 1.916 max_d=1.916 avg_d=0.600 std_dev=0.381
C3' B 0, 0.177, 0.561, 0.946, 1.929 max_d=1.929 avg_d=0.561 std_dev=0.384
C2' B 0, 0.174, 0.565, 0.956, 1.974 max_d=1.974 avg_d=0.565 std_dev=0.391
O5' B 0, 0.239, 0.648, 1.058, 2.076 max_d=2.076 avg_d=0.648 std_dev=0.409
O2' B 0, 0.150, 0.561, 0.972, 2.078 max_d=2.078 avg_d=0.561 std_dev=0.411
P B 0, 0.270, 0.720, 1.169, 2.245 max_d=2.245 avg_d=0.720 std_dev=0.450
OP2 B 0, 0.287, 0.748, 1.209, 2.272 max_d=2.272 avg_d=0.748 std_dev=0.461
OP1 B 0, 0.297, 0.766, 1.234, 2.323 max_d=2.323 avg_d=0.766 std_dev=0.469

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.07 0.06 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.04 0.04 0.06 0.08 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.09 0.07 0.06
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.08 0.06 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.06 0.07 0.11 0.07
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.07 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.07 0.08 0.11 0.08
C5' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.06 0.08 0.09 0.07
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.07 0.07 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.01 0.03 0.05 0.06 0.09 0.06
O2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.07 0.01 0.05 0.05 0.07 0.07 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.06 0.09 0.00 0.03 0.06 0.01 0.05 0.11 0.10 0.08
O3' 0.03 0.05 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.07 0.03 0.00 0.04 0.02 0.02 0.09 0.06 0.04
O4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.00 0.03 0.06 0.08 0.12 0.08
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.05 0.05 0.03
O5' 0.04 0.04 0.05 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.06 0.04 0.05 0.05 0.05 0.02 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.06 0.09 0.08 0.07 0.07 0.08 0.05 0.08 0.07 0.06 0.07 0.11 0.09 0.08 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.08 0.07 0.06 0.11 0.02 0.11 0.01 0.09 0.07 0.09 0.07 0.10 0.06 0.12 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.05 0.06 0.04 0.07 0.02 0.08 0.01 0.07 0.05 0.06 0.05 0.08 0.04 0.08 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.05 0.07 0.05 0.04 0.06 0.05 0.07 0.07 0.09 0.06 0.09 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07 0.05 0.05 0.08 0.09 0.09 0.10 0.07
C2 0.07 0.10 0.07 0.06 0.09 0.07 0.10 0.08 0.10 0.09 0.11 0.11 0.09 0.09 0.08 0.08 0.07 0.08 0.09 0.11 0.10 0.11 0.08
C2' 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.05 0.08 0.06 0.09 0.08 0.09 0.07 0.07 0.08 0.07 0.11 0.07 0.06 0.07 0.10 0.09 0.09 0.06
C3' 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.05 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.10 0.07 0.06 0.08 0.09 0.09 0.10 0.07
C4 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11 0.12 0.11 0.12 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.10 0.12 0.12 0.13 0.11 0.13 0.14 0.12
C4' 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.10 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.10 0.09 0.11 0.12 0.09
C5 0.08 0.10 0.08 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.12 0.10 0.12 0.13 0.11
C5' 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.11 0.08 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.12 0.09 0.12 0.13 0.10
C6 0.06 0.09 0.06 0.06 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.10 0.10 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.10 0.10 0.11 0.08
N1 0.06 0.09 0.05 0.05 0.07 0.05 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.10 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.10 0.09 0.10 0.07
N3 0.10 0.11 0.09 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.09 0.10 0.11 0.12 0.11 0.12 0.13 0.11
O2 0.07 0.11 0.06 0.06 0.09 0.06 0.10 0.08 0.11 0.09 0.12 0.13 0.09 0.10 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.12 0.10 0.11 0.08
O2' 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.14 0.09 0.08 0.07 0.11 0.10 0.09 0.07
O3' 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.06 0.07 0.08 0.08 0.11 0.07 0.06 0.08 0.09 0.09 0.11 0.07
O4 0.13 0.11 0.13 0.14 0.12 0.15 0.12 0.16 0.11 0.12 0.11 0.11 0.12 0.12 0.12 0.12 0.14 0.15 0.16 0.11 0.16 0.17 0.15
O4' 0.06 0.08 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.10 0.09 0.07 0.09 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.11 0.09 0.12 0.12 0.10
O5' 0.06 0.08 0.06 0.05 0.07 0.06 0.08 0.09 0.09 0.07 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.06 0.06 0.10 0.10 0.11 0.12 0.09
OP1 0.08 0.10 0.08 0.08 0.10 0.09 0.11 0.12 0.12 0.10 0.11 0.09 0.09 0.11 0.09 0.11 0.08 0.09 0.14 0.13 0.14 0.17 0.14
OP2 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.08 0.11 0.09 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.12 0.10 0.09 0.09 0.12 0.10 0.11 0.08
P 0.07 0.09 0.07 0.06 0.08 0.07 0.09 0.09 0.10 0.08 0.10 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.07 0.07 0.10 0.11 0.11 0.13 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.11 0.07 0.06
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.04 0.08 0.00 0.11 0.12 0.09
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.14 0.11 0.09
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.13 0.08 0.07
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.06 0.01 0.12 0.11 0.09
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.03 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.08 0.01 0.13 0.13 0.11
C5' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.07 0.04 0.07 0.07 0.05 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.08 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.09 0.00 0.14 0.15 0.11
C8 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.06 0.01 0.13 0.11 0.09
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.03 0.09 0.00 0.13 0.14 0.11
N2 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.05 0.05 0.08 0.01 0.11 0.12 0.09
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.04 0.07 0.01 0.11 0.11 0.08
N7 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.07 0.01 0.14 0.14 0.11
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.12 0.09 0.08
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.05 0.07 0.05 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.05 0.18 0.15 0.13
O3' 0.04 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.05 0.03 0.04 0.04 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.13 0.09 0.07
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.07 0.04 0.03
O5' 0.02 0.08 0.04 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.09 0.06 0.09 0.08 0.07 0.07 0.05 0.05 0.02 0.02 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.10 0.00 0.15 0.16 0.13
OP1 0.11 0.11 0.14 0.13 0.12 0.08 0.13 0.03 0.14 0.13 0.13 0.11 0.11 0.14 0.12 0.18 0.13 0.07 0.01 0.15 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.12 0.11 0.08 0.11 0.03 0.13 0.01 0.15 0.11 0.14 0.12 0.11 0.14 0.09 0.15 0.09 0.04 0.01 0.16 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.09 0.09 0.07 0.09 0.03 0.11 0.01 0.11 0.09 0.11 0.09 0.08 0.11 0.08 0.13 0.07 0.03 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00