ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54969

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.009, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.003, 0.014, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N1 A 0, -0.003, 0.011, 0.025, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.011 std_dev=0.014
O4 A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C2 A 0, -0.002, 0.014, 0.030, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.014 std_dev=0.016
O2 A 0, -0.005, 0.040, 0.085, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.040 std_dev=0.045
O3' A 0, 0.002, 0.151, 0.299, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.151 std_dev=0.148
C3' A 0, -0.040, 0.288, 0.615, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.288 std_dev=0.327
O4' A 0, -0.013, 0.353, 0.720, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.353 std_dev=0.366
C2' A 0, -0.019, 0.355, 0.729, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.355 std_dev=0.374
C4' A 0, -0.013, 0.417, 0.846, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.417 std_dev=0.430
O2' B 0, 0.042, 0.490, 0.938, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.490 std_dev=0.448
O5' A 0, -0.019, 0.446, 0.910, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.446 std_dev=0.465
C1' B 0, 0.035, 0.609, 1.183, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.609 std_dev=0.574
C2' B 0, 0.038, 0.642, 1.245, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.642 std_dev=0.603
O2' A 0, 0.000, 0.624, 1.248, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.624 std_dev=0.624
N3 B 0, 0.005, 0.639, 1.273, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.639 std_dev=0.634
N9 B 0, 0.033, 0.710, 1.386, 1.547 max_d=1.547 avg_d=0.710 std_dev=0.676
C4 B 0, 0.024, 0.729, 1.433, 1.644 max_d=1.644 avg_d=0.729 std_dev=0.704
O5' B 0, 0.035, 0.742, 1.449, 1.596 max_d=1.596 avg_d=0.742 std_dev=0.707
O4' B 0, 0.053, 0.815, 1.578, 1.640 max_d=1.640 avg_d=0.815 std_dev=0.762
C2 B 0, 0.014, 0.796, 1.578, 1.839 max_d=1.839 avg_d=0.796 std_dev=0.782
P A 0, -0.017, 0.772, 1.560, 1.844 max_d=1.844 avg_d=0.772 std_dev=0.789
C5' A 0, -0.032, 0.780, 1.592, 1.936 max_d=1.936 avg_d=0.780 std_dev=0.812
N2 B 0, 0.006, 0.819, 1.632, 1.906 max_d=1.906 avg_d=0.819 std_dev=0.813
C8 B 0, 0.050, 0.892, 1.735, 1.908 max_d=1.908 avg_d=0.892 std_dev=0.843
C5 B 0, 0.043, 0.916, 1.790, 2.011 max_d=2.011 avg_d=0.916 std_dev=0.873
OP1 A 0, -0.074, 0.836, 1.745, 2.218 max_d=2.218 avg_d=0.836 std_dev=0.910
C3' B 0, 0.046, 0.966, 1.885, 1.982 max_d=1.982 avg_d=0.966 std_dev=0.919
N7 B 0, 0.057, 0.997, 1.936, 2.143 max_d=2.143 avg_d=0.997 std_dev=0.939
N1 B 0, 0.035, 0.987, 1.938, 2.207 max_d=2.207 avg_d=0.987 std_dev=0.951
O3' B 0, 0.047, 1.043, 2.039, 2.232 max_d=2.232 avg_d=1.043 std_dev=0.996
C6 B 0, 0.052, 1.050, 2.047, 2.300 max_d=2.300 avg_d=1.050 std_dev=0.998
C4' B 0, 0.046, 1.071, 2.096, 2.164 max_d=2.164 avg_d=1.071 std_dev=1.025
OP2 A 0, -0.096, 0.939, 1.974, 2.524 max_d=2.524 avg_d=0.939 std_dev=1.035
P B 0, 0.063, 1.163, 2.264, 2.343 max_d=2.343 avg_d=1.163 std_dev=1.100
O6 B 0, 0.075, 1.232, 2.388, 2.643 max_d=2.643 avg_d=1.232 std_dev=1.156
OP2 B 0, 0.078, 1.313, 2.547, 2.560 max_d=2.560 avg_d=1.313 std_dev=1.234
OP1 B 0, 0.090, 1.427, 2.763, 2.833 max_d=2.833 avg_d=1.427 std_dev=1.337
C5' B 0, 0.044, 1.473, 2.903, 2.956 max_d=2.956 avg_d=1.473 std_dev=1.430

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.06 0.02 0.05 0.02 0.01 0.13 0.28 0.15 0.06
C2 0.03 0.00 0.11 0.05 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.17 0.04 0.01 0.07 0.13 0.19 0.14 0.05
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.02 0.00 0.09 0.02 0.12 0.01 0.08 0.19 0.00 0.02 0.02 0.00 0.38 0.27 0.24 0.16
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.07 0.01 0.04 0.10 0.02 0.02 0.01 0.01 0.28 0.31 0.25 0.08
C4 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.01 0.13 0.03 0.07 0.04
C4' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.06 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.34 0.24 0.04
C5 0.01 0.02 0.09 0.06 0.02 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.02 0.02 0.13 0.07 0.02 0.07 0.15 0.08 0.07 0.06
C5' 0.03 0.05 0.02 0.03 0.09 0.01 0.10 0.00 0.09 0.06 0.07 0.04 0.02 0.04 0.09 0.00 0.01 0.31 0.32 0.00
C6 0.01 0.02 0.12 0.07 0.02 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.02 0.02 0.15 0.08 0.03 0.10 0.16 0.06 0.07 0.07
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.14 0.18 0.13 0.06
N3 0.03 0.01 0.08 0.04 0.01 0.02 0.02 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01 0.13 0.04 0.00 0.05 0.13 0.12 0.10 0.04
O2 0.06 0.00 0.19 0.10 0.00 0.06 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.32 0.09 0.01 0.14 0.13 0.25 0.18 0.08
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.06 0.02 0.13 0.02 0.15 0.01 0.13 0.32 0.00 0.06 0.07 0.02 0.41 0.28 0.25 0.19
O3' 0.05 0.04 0.02 0.02 0.04 0.03 0.07 0.04 0.08 0.05 0.04 0.09 0.06 0.00 0.04 0.06 0.21 0.29 0.26 0.06
O4 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.03 0.02 0.00 0.01 0.07 0.04 0.00 0.01 0.12 0.07 0.08 0.05
O4' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.05 0.14 0.02 0.06 0.01 0.00 0.12 0.36 0.12 0.13
O5' 0.13 0.13 0.38 0.28 0.13 0.01 0.15 0.01 0.16 0.14 0.13 0.13 0.41 0.21 0.12 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.28 0.19 0.27 0.31 0.03 0.34 0.08 0.31 0.06 0.18 0.12 0.25 0.28 0.29 0.07 0.36 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.15 0.14 0.24 0.25 0.07 0.24 0.07 0.32 0.07 0.13 0.10 0.18 0.25 0.26 0.08 0.12 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.05 0.16 0.08 0.04 0.04 0.06 0.00 0.07 0.06 0.04 0.08 0.19 0.06 0.05 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.05 0.13 0.05 0.05 0.08 0.10 0.08 0.08 0.11 0.06 0.13 0.16 0.09 0.07 0.06 0.08 0.12 0.06 0.12 0.12 0.18 0.16 0.11
C2 0.08 0.10 0.12 0.12 0.10 0.04 0.10 0.08 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.06 0.08 0.06 0.05 0.10 0.06 0.22 0.06
C2' 0.08 0.20 0.12 0.11 0.15 0.04 0.17 0.03 0.21 0.12 0.22 0.23 0.16 0.15 0.12 0.06 0.10 0.05 0.06 0.23 0.13 0.21 0.06
C3' 0.07 0.15 0.11 0.11 0.11 0.04 0.13 0.03 0.16 0.10 0.17 0.18 0.12 0.12 0.10 0.07 0.12 0.05 0.06 0.19 0.11 0.21 0.05
C4 0.10 0.08 0.11 0.13 0.06 0.18 0.04 0.16 0.04 0.06 0.05 0.10 0.09 0.06 0.06 0.12 0.11 0.13 0.07 0.04 0.17 0.06 0.09
C4' 0.06 0.12 0.10 0.10 0.09 0.03 0.09 0.02 0.11 0.07 0.12 0.15 0.10 0.08 0.08 0.06 0.11 0.04 0.05 0.13 0.10 0.19 0.05
C5 0.16 0.08 0.15 0.21 0.05 0.31 0.05 0.32 0.03 0.12 0.06 0.13 0.06 0.09 0.10 0.19 0.24 0.23 0.15 0.03 0.30 0.07 0.20
C5' 0.10 0.14 0.15 0.15 0.12 0.03 0.12 0.01 0.13 0.11 0.14 0.17 0.13 0.11 0.11 0.12 0.16 0.07 0.11 0.14 0.03 0.24 0.07
C6 0.12 0.09 0.10 0.16 0.01 0.26 0.01 0.27 0.04 0.08 0.07 0.15 0.04 0.05 0.06 0.16 0.22 0.18 0.15 0.04 0.29 0.07 0.19
N1 0.04 0.11 0.02 0.02 0.06 0.11 0.06 0.09 0.08 0.04 0.10 0.14 0.08 0.05 0.04 0.07 0.10 0.07 0.10 0.09 0.18 0.13 0.10
N3 0.08 0.06 0.13 0.12 0.07 0.06 0.04 0.07 0.03 0.06 0.03 0.05 0.09 0.04 0.07 0.10 0.07 0.06 0.01 0.03 0.05 0.18 0.03
O2 0.18 0.17 0.23 0.26 0.20 0.18 0.19 0.25 0.18 0.20 0.16 0.14 0.19 0.20 0.20 0.14 0.22 0.17 0.09 0.18 0.07 0.33 0.14
O2' 0.04 0.27 0.06 0.06 0.18 0.08 0.22 0.06 0.28 0.13 0.30 0.30 0.20 0.18 0.12 0.09 0.10 0.04 0.13 0.32 0.21 0.16 0.10
O3' 0.08 0.12 0.08 0.11 0.07 0.11 0.09 0.10 0.13 0.06 0.13 0.14 0.08 0.08 0.07 0.13 0.15 0.09 0.17 0.16 0.21 0.18 0.14
O4 0.15 0.12 0.16 0.18 0.11 0.21 0.10 0.19 0.09 0.10 0.10 0.12 0.14 0.10 0.11 0.16 0.14 0.17 0.08 0.09 0.16 0.03 0.09
O4' 0.04 0.12 0.05 0.05 0.08 0.06 0.08 0.05 0.10 0.06 0.12 0.15 0.09 0.07 0.06 0.03 0.08 0.04 0.06 0.11 0.13 0.16 0.07
O5' 0.25 0.14 0.26 0.30 0.19 0.36 0.19 0.38 0.15 0.24 0.14 0.15 0.16 0.22 0.23 0.29 0.42 0.29 0.30 0.15 0.38 0.30 0.32
OP1 0.07 0.19 0.19 0.16 0.12 0.11 0.11 0.17 0.14 0.05 0.18 0.23 0.17 0.06 0.08 0.19 0.13 0.03 0.12 0.14 0.12 0.15 0.01
OP2 0.17 0.04 0.16 0.21 0.09 0.30 0.09 0.36 0.08 0.13 0.06 0.07 0.06 0.12 0.12 0.17 0.15 0.23 0.22 0.08 0.32 0.18 0.24
P 0.05 0.04 0.04 0.06 0.01 0.17 0.02 0.23 0.01 0.05 0.03 0.08 0.02 0.05 0.03 0.04 0.06 0.10 0.03 0.01 0.17 0.07 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.12 0.02 0.13 0.14 0.08
C2 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.05 0.02 0.28 0.01 0.20 0.13 0.16
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.05 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.17 0.01 0.18 0.11 0.11
C3' 0.02 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.07 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.23 0.06 0.23 0.09 0.15
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.27 0.02 0.18 0.13 0.15
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.06 0.06 0.04 0.04 0.03 0.07 0.03 0.05 0.02 0.00 0.02 0.08 0.11 0.23 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.31 0.02 0.18 0.13 0.16
C5' 0.04 0.12 0.02 0.02 0.13 0.01 0.18 0.00 0.19 0.17 0.16 0.11 0.10 0.20 0.12 0.05 0.02 0.02 0.01 0.22 0.19 0.32 0.01
C6 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.32 0.01 0.19 0.13 0.17
C8 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.06 0.01 0.17 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.28 0.03 0.16 0.12 0.14
N1 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.16 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.31 0.01 0.20 0.13 0.17
N2 0.02 0.01 0.06 0.07 0.02 0.04 0.02 0.11 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.09 0.09 0.02 0.27 0.02 0.20 0.13 0.16
N3 0.02 0.01 0.05 0.05 0.00 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.01 0.25 0.02 0.19 0.14 0.15
N7 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.07 0.00 0.20 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.32 0.04 0.17 0.13 0.17
N9 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.23 0.03 0.16 0.13 0.13
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.02 0.05 0.09 0.07 0.03 0.03 0.00 0.07 0.01 0.05 0.02 0.13 0.13 0.05
O3' 0.03 0.05 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.07 0.01 0.09 0.07 0.07 0.02 0.07 0.00 0.02 0.16 0.07 0.21 0.13 0.12
O4' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.10 0.18 0.04
O5' 0.12 0.28 0.17 0.23 0.27 0.02 0.31 0.01 0.32 0.28 0.31 0.27 0.25 0.32 0.23 0.05 0.16 0.04 0.00 0.33 0.02 0.03 0.01
O6 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.08 0.02 0.22 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.07 0.03 0.33 0.00 0.17 0.12 0.17
OP1 0.13 0.20 0.18 0.23 0.18 0.11 0.18 0.19 0.19 0.16 0.20 0.20 0.19 0.17 0.16 0.13 0.21 0.10 0.02 0.17 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.13 0.11 0.09 0.13 0.23 0.13 0.32 0.13 0.12 0.13 0.13 0.14 0.13 0.13 0.13 0.13 0.18 0.03 0.12 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.16 0.11 0.15 0.15 0.01 0.16 0.01 0.17 0.14 0.17 0.16 0.15 0.17 0.13 0.05 0.12 0.04 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00