ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54972

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 13, 22, 13, 5, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.012, 0.020, 0.028, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.009, 0.021, 0.032, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.012, 0.025, 0.038, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.025 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.020 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.006, 0.022, 0.039, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.022 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.010, 0.032, 0.054, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.032 std_dev=0.022
O4' A 0, 0.084, 0.141, 0.198, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.141 std_dev=0.057
C4' A 0, 0.038, 0.101, 0.165, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.101 std_dev=0.064
C2' A 0, 0.202, 0.279, 0.357, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.279 std_dev=0.077
C3' A 0, 0.506, 0.605, 0.703, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.605 std_dev=0.099
P B 0, 0.112, 0.226, 0.340, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.226 std_dev=0.114
OP2 B 0, 0.172, 0.293, 0.413, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.293 std_dev=0.120
O5' B 0, 0.210, 0.351, 0.493, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.351 std_dev=0.141
C5' A 0, 0.317, 0.465, 0.614, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.465 std_dev=0.149
O2' A 0, 0.725, 0.876, 1.027, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.876 std_dev=0.151
OP1 B 0, 0.147, 0.305, 0.462, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.305 std_dev=0.157
C2' B 0, 0.340, 0.533, 0.727, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.533 std_dev=0.193
O2' B 0, 0.405, 0.598, 0.792, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.598 std_dev=0.193
C6 B 0, 0.411, 0.607, 0.803, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.607 std_dev=0.196
C5' B 0, 0.305, 0.507, 0.709, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.507 std_dev=0.202
O5' A 0, 0.617, 0.820, 1.024, 1.627 max_d=1.627 avg_d=0.820 std_dev=0.203
N1 B 0, 0.420, 0.631, 0.841, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.631 std_dev=0.211
C5 B 0, 0.445, 0.661, 0.877, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.661 std_dev=0.216
C2 B 0, 0.439, 0.666, 0.894, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.666 std_dev=0.228
C1' B 0, 0.450, 0.680, 0.909, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.680 std_dev=0.229
N3 B 0, 0.432, 0.662, 0.891, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.662 std_dev=0.230
C4 B 0, 0.463, 0.694, 0.925, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.694 std_dev=0.231
C3' B 0, 0.397, 0.633, 0.869, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.633 std_dev=0.236
OP2 A 0, 1.339, 1.578, 1.818, 1.886 max_d=1.886 avg_d=1.578 std_dev=0.240
C4' B 0, 0.418, 0.668, 0.918, 1.470 max_d=1.470 avg_d=0.668 std_dev=0.250
O4' B 0, 0.493, 0.744, 0.996, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.744 std_dev=0.251
O2 B 0, 0.501, 0.753, 1.005, 1.701 max_d=1.701 avg_d=0.753 std_dev=0.252
P A 0, 0.432, 0.689, 0.947, 1.798 max_d=1.798 avg_d=0.689 std_dev=0.258
O3' A 0, 1.571, 1.830, 2.089, 2.044 max_d=2.044 avg_d=1.830 std_dev=0.259
O4 B 0, 0.542, 0.802, 1.063, 1.693 max_d=1.693 avg_d=0.802 std_dev=0.261
O3' B 0, 0.529, 0.820, 1.111, 1.784 max_d=1.784 avg_d=0.820 std_dev=0.291
OP1 A 0, 1.728, 2.103, 2.478, 3.120 max_d=3.120 avg_d=2.103 std_dev=0.375

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.07 0.06 0.04
C2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.06 0.04 0.04 0.08 0.09 0.06
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.10 0.10 0.07
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.09 0.08 0.06
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.04 0.07 0.07 0.05
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.05 0.07 0.08 0.06
C5' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02 0.05 0.07 0.09 0.06
C8 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.05 0.08 0.09 0.06
N1 0.02 0.00 0.05 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.06 0.03 0.04 0.08 0.09 0.06
N3 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.06 0.03 0.04 0.08 0.08 0.05
N6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02 0.05 0.08 0.09 0.07
N7 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.05 0.08 0.09 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.07 0.07 0.05
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.05 0.02 0.04 0.02 0.06 0.05 0.08 0.09 0.06 0.05 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.12 0.14 0.10
O3' 0.03 0.06 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.06 0.06 0.04 0.03 0.03 0.05 0.00 0.02 0.03 0.10 0.09 0.07
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.05 0.03
O5' 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.08 0.10 0.09 0.07 0.06 0.07 0.03 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.12 0.10 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.09 0.10 0.08 0.07 0.03 0.08 0.01 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.07 0.14 0.09 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.07 0.06 0.05 0.03 0.06 0.01 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.07 0.05 0.10 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.09 0.08 0.06 0.09 0.07 0.09 0.11 0.08 0.07 0.11 0.08 0.06
C2 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.09 0.11 0.13 0.11 0.10 0.12 0.10 0.13 0.13 0.13 0.10
C2' 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.09 0.08 0.07 0.10 0.07 0.09 0.11 0.08 0.06 0.10 0.06 0.05
C3' 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.07 0.09 0.08 0.07 0.10 0.06 0.09 0.11 0.08 0.06 0.10 0.06 0.05
C4 0.07 0.05 0.07 0.07 0.08 0.07 0.10 0.07 0.10 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08 0.11 0.07 0.08 0.11 0.09 0.07
C4' 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.10 0.07 0.09 0.08 0.07 0.10 0.06 0.09 0.11 0.08 0.07 0.11 0.08 0.06
C5 0.07 0.05 0.07 0.07 0.09 0.07 0.10 0.07 0.10 0.07 0.07 0.08 0.09 0.08 0.11 0.07 0.08 0.11 0.07 0.06
C5' 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.11 0.08 0.10 0.08 0.07 0.10 0.06 0.08 0.12 0.08 0.08 0.11 0.08 0.08
C6 0.07 0.07 0.06 0.07 0.10 0.07 0.11 0.08 0.10 0.07 0.09 0.09 0.10 0.07 0.12 0.07 0.09 0.11 0.09 0.07
C8 0.11 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.11 0.08 0.12 0.11 0.09 0.11 0.09 0.10 0.11 0.10 0.07 0.10 0.06 0.06
N1 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.10 0.11 0.11 0.11 0.09 0.10 0.12 0.11 0.09 0.12 0.10 0.12 0.13 0.13 0.10
N3 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.08 0.09 0.12 0.09 0.09 0.12 0.08 0.11 0.12 0.12 0.09
N6 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.09 0.12 0.09 0.11 0.09 0.09 0.09 0.11 0.10 0.12 0.10 0.09 0.11 0.07 0.07
N7 0.11 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.12 0.09 0.12 0.11 0.09 0.10 0.10 0.10 0.12 0.10 0.08 0.10 0.06 0.06
N9 0.08 0.06 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.07 0.10 0.08 0.06 0.09 0.08 0.09 0.11 0.08 0.07 0.11 0.07 0.06
O2' 0.08 0.09 0.08 0.08 0.11 0.08 0.11 0.07 0.10 0.09 0.10 0.10 0.08 0.08 0.13 0.08 0.08 0.10 0.08 0.06
O3' 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.06 0.08 0.07 0.07 0.10 0.06 0.08 0.10 0.08 0.06 0.08 0.08 0.05
O4' 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.07 0.10 0.08 0.06 0.10 0.07 0.09 0.11 0.08 0.08 0.11 0.08 0.07
O5' 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.07 0.10 0.08 0.07 0.10 0.06 0.08 0.11 0.08 0.07 0.10 0.07 0.07
OP1 0.11 0.11 0.10 0.10 0.11 0.11 0.12 0.10 0.12 0.11 0.11 0.12 0.08 0.10 0.12 0.11 0.09 0.10 0.08 0.08
OP2 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.08 0.08 0.12 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09
P 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.05 0.07 0.11 0.09 0.07 0.09 0.07 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.08 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.01 0.02 0.03 0.06 0.06 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.10 0.10 0.07
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.11 0.08 0.06
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.00 0.03 0.05 0.07 0.08 0.06
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.08 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.01 0.03 0.06 0.07 0.08 0.06
C5' 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.03 0.05 0.07 0.06 0.05
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.06 0.05 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.01 0.03 0.04 0.06 0.07 0.05
O2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.05 0.01 0.04 0.04 0.07 0.07 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.06 0.09 0.00 0.05 0.07 0.01 0.06 0.12 0.15 0.09
O3' 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.11 0.08 0.05
O4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.00 0.04 0.05 0.08 0.10 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.06 0.04 0.03
O5' 0.03 0.03 0.05 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.05 0.03 0.04 0.04 0.06 0.03 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.08 0.06 0.10 0.11 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.12 0.11 0.08 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.06 0.10 0.08 0.08 0.03 0.08 0.02 0.06 0.05 0.07 0.07 0.15 0.08 0.10 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.04 0.07 0.06 0.06 0.02 0.06 0.01 0.05 0.04 0.05 0.05 0.09 0.05 0.07 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00