ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54973

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 15, 7, 8, 5, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.008, 0.014, 0.021, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.011, 0.018, 0.026, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.009, 0.018, 0.026, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.009, 0.020, 0.030, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.013, 0.026, 0.038, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.026 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.023, 0.038, 0.052, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.038 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.026, 0.044, 0.061, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.044 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.020, 0.039, 0.058, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.039 std_dev=0.019
OP1 B 0, 0.176, 0.336, 0.497, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.336 std_dev=0.161
P B 0, 0.174, 0.339, 0.505, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.339 std_dev=0.165
O4' A 0, -0.062, 0.139, 0.340, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.139 std_dev=0.201
C2' A 0, -0.078, 0.139, 0.355, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.139 std_dev=0.217
O2' A 0, 0.011, 0.249, 0.487, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.249 std_dev=0.238
C4' A 0, -0.087, 0.204, 0.496, 1.504 max_d=1.504 avg_d=0.204 std_dev=0.292
C3' A 0, -0.099, 0.228, 0.555, 1.672 max_d=1.672 avg_d=0.228 std_dev=0.327
OP2 B 0, 0.083, 0.442, 0.800, 1.908 max_d=1.908 avg_d=0.442 std_dev=0.358
O3' A 0, -0.080, 0.351, 0.782, 2.225 max_d=2.225 avg_d=0.351 std_dev=0.431
O5' B 0, -0.024, 0.482, 0.989, 2.618 max_d=2.618 avg_d=0.482 std_dev=0.506
C5' A 0, -0.158, 0.352, 0.862, 2.620 max_d=2.620 avg_d=0.352 std_dev=0.510
C5' B 0, -0.052, 0.532, 1.116, 3.052 max_d=3.052 avg_d=0.532 std_dev=0.584
O5' A 0, -0.119, 0.468, 1.055, 3.086 max_d=3.086 avg_d=0.468 std_dev=0.587
O4' B 0, -0.001, 0.599, 1.199, 3.110 max_d=3.110 avg_d=0.599 std_dev=0.600
OP2 A 0, -0.211, 0.412, 1.036, 3.216 max_d=3.216 avg_d=0.412 std_dev=0.624
P A 0, -0.294, 0.450, 1.195, 3.790 max_d=3.790 avg_d=0.450 std_dev=0.745
C4' B 0, -0.192, 0.631, 1.454, 4.249 max_d=4.249 avg_d=0.631 std_dev=0.823
OP1 A 0, -0.492, 0.521, 1.535, 5.093 max_d=5.093 avg_d=0.521 std_dev=1.013
C1' B 0, -0.293, 0.758, 1.810, 5.405 max_d=5.405 avg_d=0.758 std_dev=1.052
C6 B 0, -0.447, 0.757, 1.961, 6.066 max_d=6.066 avg_d=0.757 std_dev=1.204
C3' B 0, -0.481, 0.804, 2.089, 6.578 max_d=6.578 avg_d=0.804 std_dev=1.285
N1 B 0, -0.504, 0.788, 2.080, 6.569 max_d=6.569 avg_d=0.788 std_dev=1.292
C2' B 0, -0.563, 0.893, 2.350, 7.423 max_d=7.423 avg_d=0.893 std_dev=1.456
C5 B 0, -0.730, 0.848, 2.427, 7.913 max_d=7.913 avg_d=0.848 std_dev=1.578
O2' B 0, -0.632, 1.003, 2.637, 8.331 max_d=8.331 avg_d=1.003 std_dev=1.635
O3' B 0, -0.690, 0.978, 2.646, 8.516 max_d=8.516 avg_d=0.978 std_dev=1.668
C2 B 0, -0.778, 0.943, 2.664, 8.719 max_d=8.719 avg_d=0.943 std_dev=1.721
O2 B 0, -0.783, 1.057, 2.897, 9.348 max_d=9.348 avg_d=1.057 std_dev=1.840
C4 B 0, -1.120, 0.940, 3.001, 10.284 max_d=10.284 avg_d=0.940 std_dev=2.060
N3 B 0, -1.064, 1.004, 3.072, 10.391 max_d=10.391 avg_d=1.004 std_dev=2.068
O4 B 0, -1.429, 1.040, 3.510, 12.269 max_d=12.269 avg_d=1.040 std_dev=2.469

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.07 0.04
C2 0.02 0.00 0.13 0.11 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.14 0.08 0.10 0.13 0.08 0.11
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.07 0.01 0.03 0.01 0.06 0.08 0.10 0.13 0.04 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.07 0.03
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.08 0.00 0.07 0.01 0.08 0.05 0.10 0.11 0.08 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.07 0.03
C4 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.08 0.04 0.06 0.07 0.09 0.06
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.02 0.03 0.04 0.05 0.03 0.05 0.01 0.00 0.02 0.06 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.06 0.07 0.12 0.06
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.09 0.06 0.06 0.05 0.08 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.07 0.03 0.02
C6 0.01 0.00 0.06 0.08 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.03 0.07 0.08 0.12 0.07
C8 0.01 0.01 0.08 0.05 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.08 0.06 0.06 0.11 0.12 0.15 0.12
N1 0.02 0.00 0.10 0.10 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.13 0.06 0.08 0.10 0.10 0.10
N3 0.02 0.00 0.13 0.11 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.12 0.08 0.09 0.12 0.08 0.10
N6 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.09 0.03 0.07 0.08 0.14 0.08
N7 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.06 0.04 0.09 0.12 0.17 0.11
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.06 0.09 0.05
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.05 0.05 0.03 0.05 0.05 0.08 0.09 0.12 0.04 0.06 0.02 0.00 0.04 0.04 0.04 0.06 0.06 0.05
O3' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.08 0.01 0.07 0.03 0.10 0.06 0.13 0.12 0.09 0.06 0.04 0.04 0.00 0.01 0.06 0.09 0.08 0.06
O4' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.06 0.08 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.07 0.09 0.06
O5' 0.04 0.10 0.03 0.03 0.06 0.02 0.06 0.01 0.07 0.11 0.08 0.09 0.07 0.09 0.05 0.04 0.06 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.05 0.13 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.12 0.10 0.12 0.08 0.12 0.06 0.06 0.09 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.08 0.07 0.07 0.09 0.04 0.12 0.03 0.12 0.15 0.10 0.08 0.14 0.17 0.09 0.06 0.08 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.11 0.03 0.03 0.06 0.02 0.06 0.02 0.07 0.12 0.10 0.10 0.08 0.11 0.05 0.05 0.06 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.81 1.14 1.12 0.97 1.05 0.49 0.82 0.19 0.75 0.91 1.19 1.25 1.09 1.08 1.12 0.46 0.42 0.10 0.14 0.10
C2 0.49 0.80 0.63 0.52 0.86 0.22 0.69 0.12 0.57 0.63 0.90 0.84 0.54 0.48 0.95 0.27 0.26 0.12 0.20 0.11
C2' 0.83 1.09 1.16 1.03 0.93 0.56 0.71 0.24 0.68 0.87 1.10 1.24 1.19 1.19 0.96 0.49 0.42 0.11 0.18 0.07
C3' 0.93 1.20 1.31 1.15 0.99 0.64 0.75 0.29 0.74 0.96 1.19 1.37 1.37 1.35 1.02 0.56 0.45 0.11 0.18 0.07
C4 0.68 0.96 0.93 0.83 0.91 0.40 0.72 0.14 0.65 0.77 1.01 1.03 0.87 0.89 0.96 0.38 0.38 0.10 0.15 0.10
C4' 0.99 1.35 1.36 1.17 1.21 0.63 0.94 0.27 0.88 1.08 1.39 1.51 1.38 1.32 1.27 0.59 0.48 0.09 0.12 0.10
C5 0.66 0.86 0.93 0.86 0.79 0.44 0.63 0.18 0.59 0.71 0.89 0.94 0.87 0.96 0.81 0.38 0.41 0.10 0.14 0.10
C5' 1.12 1.49 1.52 1.30 1.33 0.73 1.04 0.35 0.98 1.21 1.53 1.67 1.56 1.47 1.38 0.68 0.54 0.11 0.11 0.13
C6 0.51 0.71 0.72 0.67 0.68 0.32 0.55 0.12 0.50 0.59 0.74 0.75 0.64 0.70 0.71 0.29 0.35 0.09 0.16 0.09
C8 0.82 1.02 1.18 1.09 0.87 0.59 0.69 0.28 0.67 0.84 1.02 1.14 1.18 1.28 0.88 0.49 0.48 0.11 0.13 0.11
N1 0.43 0.68 0.56 0.48 0.73 0.20 0.59 0.11 0.49 0.55 0.76 0.71 0.47 0.44 0.79 0.24 0.26 0.12 0.19 0.11
N3 0.61 0.93 0.80 0.68 0.95 0.30 0.75 0.11 0.65 0.74 1.02 0.99 0.72 0.68 1.04 0.33 0.32 0.11 0.18 0.10
N6 0.44 0.55 0.63 0.63 0.49 0.32 0.41 0.15 0.39 0.47 0.56 0.59 0.57 0.68 0.50 0.26 0.36 0.09 0.14 0.09
N7 0.75 0.91 1.10 1.05 0.76 0.58 0.61 0.29 0.61 0.76 0.89 1.01 1.09 1.24 0.75 0.46 0.48 0.11 0.13 0.11
N9 0.78 1.05 1.09 0.97 0.96 0.50 0.76 0.20 0.70 0.85 1.09 1.16 1.06 1.09 1.00 0.45 0.43 0.10 0.14 0.10
O2' 0.78 1.07 1.08 0.95 0.95 0.50 0.71 0.20 0.66 0.84 1.10 1.20 1.10 1.08 0.99 0.45 0.40 0.12 0.18 0.08
O3' 0.93 1.18 1.32 1.16 0.95 0.65 0.71 0.30 0.71 0.94 1.17 1.37 1.41 1.37 0.97 0.56 0.44 0.13 0.21 0.07
O4' 0.93 1.32 1.26 1.08 1.25 0.56 0.98 0.22 0.89 1.06 1.39 1.44 1.23 1.19 1.32 0.54 0.47 0.11 0.13 0.13
O5' 1.17 1.50 1.59 1.38 1.29 0.81 1.03 0.41 1.00 1.23 1.51 1.69 1.65 1.58 1.33 0.73 0.58 0.14 0.11 0.15
OP1 1.30 1.66 1.74 1.48 1.41 0.89 1.11 0.46 1.08 1.35 1.66 1.89 1.85 1.69 1.44 0.81 0.59 0.17 0.14 0.17
OP2 1.18 1.43 1.66 1.43 1.13 0.85 0.88 0.42 0.90 1.17 1.37 1.65 1.79 1.69 1.12 0.73 0.52 0.13 0.12 0.11
P 1.27 1.62 1.72 1.47 1.38 0.88 1.10 0.46 1.07 1.33 1.61 1.83 1.80 1.67 1.40 0.80 0.60 0.17 0.14 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.08 0.12 0.10 0.05
C2 0.01 0.00 0.07 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.01 0.04 0.11 0.27 0.13 0.08
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.02 0.08 0.01 0.05 0.13 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.10 0.07 0.05
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.06 0.00 0.11 0.02 0.12 0.04 0.04 0.10 0.01 0.00 0.06 0.01 0.03 0.07 0.05 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.02 0.15 0.38 0.24 0.12
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.02 0.09 0.15 0.01
C5 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.13 0.00 0.03 0.17 0.35 0.23 0.13
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.04 0.05 0.03 0.04 0.03 0.07 0.01 0.00 0.18 0.21 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.12 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.14 0.01 0.04 0.17 0.27 0.15 0.11
N1 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.12 0.22 0.11 0.08
N3 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.03 0.12 0.34 0.18 0.10
O2 0.02 0.00 0.13 0.10 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.14 0.01 0.06 0.09 0.24 0.11 0.07
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.04 0.06 0.01 0.06 0.14 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03 0.06 0.07 0.03
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.07 0.01 0.13 0.03 0.14 0.04 0.05 0.14 0.03 0.00 0.07 0.01 0.04 0.15 0.06 0.05
O4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.02 0.15 0.42 0.27 0.13
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.06 0.03 0.01 0.02 0.00 0.08 0.07 0.17 0.05
O5' 0.08 0.11 0.04 0.03 0.15 0.02 0.17 0.00 0.17 0.12 0.12 0.09 0.03 0.04 0.15 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.12 0.27 0.10 0.07 0.38 0.09 0.35 0.18 0.27 0.22 0.34 0.24 0.06 0.15 0.42 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.13 0.07 0.05 0.24 0.15 0.23 0.21 0.15 0.11 0.18 0.11 0.07 0.06 0.27 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.08 0.05 0.04 0.12 0.01 0.13 0.01 0.11 0.08 0.10 0.07 0.03 0.05 0.13 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00