ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54974

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 4, 15, 6, 5, 4, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.004, 0.007, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.005, 0.010, 0.014, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.007, 0.012, 0.017, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.005
N7 A 0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N6 A 0, 0.008, 0.015, 0.023, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C8 A 0, 0.009, 0.018, 0.028, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.009
O4' A 0, 0.030, 0.071, 0.113, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.071 std_dev=0.041
C2' A 0, 0.041, 0.097, 0.153, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.097 std_dev=0.056
C4' A 0, 0.046, 0.118, 0.190, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.118 std_dev=0.072
C3' A 0, 0.044, 0.125, 0.205, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.125 std_dev=0.080
O2' A 0, 0.069, 0.151, 0.233, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.151 std_dev=0.082
O3' A 0, 0.044, 0.142, 0.240, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.142 std_dev=0.098
C5' A 0, 0.090, 0.221, 0.353, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.221 std_dev=0.131
O5' A 0, 0.049, 0.184, 0.319, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.184 std_dev=0.135
P B 0, 0.153, 0.307, 0.460, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.307 std_dev=0.153
O5' B 0, 0.167, 0.322, 0.478, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.322 std_dev=0.156
C5' B 0, 0.176, 0.332, 0.488, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.332 std_dev=0.156
OP2 B 0, 0.142, 0.308, 0.474, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.308 std_dev=0.166
C2 B 0, 0.298, 0.469, 0.641, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.469 std_dev=0.171
C4' B 0, 0.190, 0.365, 0.540, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.365 std_dev=0.175
N3 B 0, 0.374, 0.550, 0.726, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.550 std_dev=0.176
N1 B 0, 0.231, 0.407, 0.583, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.407 std_dev=0.176
O4' B 0, 0.215, 0.393, 0.571, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.393 std_dev=0.178
OP1 B 0, 0.164, 0.343, 0.523, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.343 std_dev=0.180
C6 B 0, 0.267, 0.448, 0.629, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.448 std_dev=0.181
P A 0, 0.157, 0.339, 0.522, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.339 std_dev=0.183
C5 B 0, 0.349, 0.534, 0.719, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.534 std_dev=0.185
C4 B 0, 0.401, 0.587, 0.773, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.587 std_dev=0.186
C3' B 0, 0.232, 0.421, 0.611, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.421 std_dev=0.190
C1' B 0, 0.247, 0.444, 0.642, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.444 std_dev=0.198
O2 B 0, 0.326, 0.528, 0.730, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.528 std_dev=0.202
O3' B 0, 0.246, 0.448, 0.651, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.448 std_dev=0.203
OP2 A 0, 0.316, 0.523, 0.730, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.523 std_dev=0.207
O4 B 0, 0.517, 0.728, 0.939, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.728 std_dev=0.211
C2' B 0, 0.308, 0.529, 0.751, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.529 std_dev=0.222
OP1 A 0, 0.273, 0.509, 0.745, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.509 std_dev=0.236
O2' B 0, 0.446, 0.723, 1.001, 1.510 max_d=1.510 avg_d=0.723 std_dev=0.278

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.04 0.08 0.05
C2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.07 0.02 0.08 0.07 0.13 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.07 0.04
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.08 0.06 0.13 0.08
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.10 0.09 0.16 0.10
C5' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.06 0.03 0.09 0.09 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.10 0.10 0.17 0.11
C8 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.10 0.08 0.14 0.09
N1 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.05 0.02 0.09 0.09 0.15 0.10
N3 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.06 0.02 0.07 0.06 0.12 0.07
N6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.11 0.13 0.18 0.13
N7 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.11 0.11 0.17 0.11
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.05 0.11 0.06
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.07 0.09 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.09 0.05
O3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.06 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.05 0.05 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.07 0.08 0.07
O5' 0.05 0.08 0.04 0.03 0.08 0.01 0.10 0.00 0.10 0.10 0.09 0.07 0.11 0.11 0.07 0.04 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.07 0.04 0.04 0.06 0.04 0.09 0.04 0.10 0.08 0.09 0.06 0.13 0.11 0.05 0.05 0.05 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.13 0.07 0.05 0.13 0.03 0.16 0.01 0.17 0.14 0.15 0.12 0.18 0.17 0.11 0.09 0.05 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.08 0.04 0.03 0.08 0.02 0.10 0.01 0.11 0.09 0.10 0.07 0.13 0.11 0.06 0.05 0.03 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.13 0.12 0.12 0.15 0.12 0.13 0.13 0.12 0.12 0.15 0.14 0.12 0.13 0.17 0.12 0.14 0.11 0.10 0.11
C2 0.16 0.17 0.17 0.18 0.17 0.17 0.17 0.18 0.16 0.16 0.17 0.17 0.17 0.19 0.18 0.17 0.19 0.15 0.18 0.17
C2' 0.11 0.12 0.11 0.11 0.13 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.13 0.12 0.10 0.11 0.15 0.11 0.12 0.10 0.10 0.10
C3' 0.09 0.10 0.09 0.09 0.11 0.10 0.09 0.11 0.09 0.09 0.12 0.11 0.09 0.10 0.13 0.10 0.11 0.10 0.09 0.10
C4 0.14 0.15 0.14 0.14 0.16 0.13 0.15 0.14 0.14 0.14 0.16 0.15 0.13 0.15 0.18 0.14 0.15 0.11 0.11 0.12
C4' 0.08 0.10 0.08 0.08 0.11 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.11 0.11 0.08 0.08 0.13 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08
C5 0.13 0.15 0.14 0.13 0.16 0.13 0.15 0.12 0.14 0.14 0.16 0.15 0.13 0.13 0.18 0.13 0.13 0.09 0.09 0.10
C5' 0.09 0.10 0.08 0.08 0.10 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.11 0.11 0.08 0.08 0.12 0.10 0.10 0.09 0.09 0.08
C6 0.15 0.16 0.16 0.15 0.17 0.14 0.17 0.14 0.16 0.16 0.17 0.16 0.15 0.16 0.18 0.15 0.15 0.09 0.11 0.11
C8 0.11 0.13 0.11 0.11 0.15 0.11 0.12 0.11 0.11 0.12 0.15 0.14 0.11 0.11 0.17 0.11 0.11 0.08 0.08 0.08
N1 0.17 0.17 0.18 0.18 0.18 0.17 0.17 0.17 0.17 0.17 0.17 0.17 0.17 0.19 0.18 0.17 0.18 0.13 0.17 0.16
N3 0.15 0.15 0.16 0.16 0.16 0.16 0.15 0.16 0.15 0.15 0.16 0.15 0.15 0.17 0.18 0.15 0.17 0.14 0.15 0.15
N6 0.16 0.17 0.16 0.15 0.18 0.13 0.18 0.12 0.17 0.17 0.18 0.17 0.15 0.15 0.18 0.15 0.13 0.08 0.09 0.08
N7 0.12 0.14 0.12 0.11 0.15 0.11 0.13 0.10 0.12 0.12 0.15 0.14 0.12 0.11 0.17 0.12 0.11 0.08 0.08 0.08
N9 0.12 0.14 0.12 0.12 0.15 0.12 0.13 0.12 0.12 0.13 0.15 0.14 0.12 0.13 0.17 0.12 0.13 0.09 0.09 0.10
O2' 0.14 0.14 0.14 0.14 0.15 0.14 0.14 0.15 0.14 0.14 0.15 0.14 0.14 0.15 0.17 0.14 0.15 0.13 0.13 0.14
O3' 0.11 0.12 0.11 0.12 0.12 0.12 0.11 0.13 0.11 0.11 0.13 0.12 0.11 0.12 0.14 0.12 0.14 0.12 0.11 0.12
O4' 0.10 0.13 0.10 0.10 0.14 0.11 0.11 0.12 0.10 0.11 0.14 0.13 0.10 0.11 0.16 0.11 0.12 0.09 0.09 0.10
O5' 0.09 0.09 0.08 0.09 0.10 0.10 0.08 0.10 0.09 0.09 0.10 0.10 0.08 0.09 0.11 0.11 0.10 0.10 0.10 0.09
OP1 0.12 0.13 0.13 0.13 0.12 0.12 0.12 0.11 0.12 0.12 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.12 0.14 0.16 0.13
OP2 0.15 0.14 0.15 0.16 0.14 0.16 0.15 0.17 0.16 0.15 0.14 0.14 0.14 0.15 0.14 0.17 0.17 0.21 0.22 0.19
P 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.11 0.11 0.10 0.13 0.14 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.05 0.05 0.11 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.05 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.08 0.09 0.14 0.10
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.08 0.10 0.15 0.10
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02 0.08 0.08 0.12 0.09
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.05 0.10 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.07 0.07 0.13 0.09
O2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.07 0.00 0.02 0.05 0.05 0.10 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.06 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.07 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.07 0.05 0.04
O4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.08 0.11 0.16 0.11
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.06 0.04
O5' 0.03 0.05 0.02 0.03 0.08 0.01 0.08 0.00 0.08 0.05 0.07 0.05 0.02 0.04 0.08 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.05 0.04 0.05 0.09 0.04 0.10 0.04 0.08 0.05 0.07 0.05 0.04 0.07 0.11 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.11 0.05 0.04 0.14 0.02 0.15 0.01 0.12 0.10 0.13 0.10 0.04 0.05 0.16 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.03 0.03 0.10 0.01 0.10 0.01 0.09 0.06 0.09 0.06 0.03 0.04 0.11 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00