ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54977

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 1, 3, 0, 2, 0, 2, 5, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.023 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.005, 0.023, 0.042, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.023 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.013, 0.034, 0.055, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.034 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.012, 0.036, 0.061, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.036 std_dev=0.024
N3 A 0, 0.010, 0.035, 0.060, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.035 std_dev=0.025
C5 A 0, 0.024, 0.050, 0.077, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.050 std_dev=0.027
C4 A 0, 0.022, 0.052, 0.081, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.052 std_dev=0.029
N9 A 0, 0.025, 0.065, 0.106, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.065 std_dev=0.040
N7 A 0, 0.048, 0.092, 0.136, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.092 std_dev=0.044
C8 A 0, 0.050, 0.097, 0.143, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.097 std_dev=0.046
N6 A 0, 0.046, 0.105, 0.164, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.105 std_dev=0.059
P B 0, 0.242, 0.411, 0.580, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.411 std_dev=0.169
C2' A 0, 0.166, 0.351, 0.537, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.351 std_dev=0.185
OP2 B 0, 0.371, 0.613, 0.855, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.613 std_dev=0.242
O4' A 0, 0.185, 0.451, 0.716, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.451 std_dev=0.266
C4' A 0, 0.262, 0.610, 0.958, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.610 std_dev=0.348
C3' A 0, 0.297, 0.789, 1.281, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.789 std_dev=0.492
O2' A 0, 0.299, 0.897, 1.495, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.897 std_dev=0.598
OP1 B 0, 0.449, 1.128, 1.808, 2.118 max_d=2.118 avg_d=1.128 std_dev=0.680
O5' B 0, 0.335, 1.231, 2.127, 2.347 max_d=2.347 avg_d=1.231 std_dev=0.896
C5' A 0, 0.561, 1.529, 2.497, 2.506 max_d=2.506 avg_d=1.529 std_dev=0.968
O3' A 0, 0.493, 1.470, 2.447, 2.443 max_d=2.443 avg_d=1.470 std_dev=0.977
C5' B 0, 0.359, 1.638, 2.917, 3.004 max_d=3.004 avg_d=1.638 std_dev=1.279
C4' B 0, 0.452, 2.659, 4.866, 4.884 max_d=4.884 avg_d=2.659 std_dev=2.207
O5' A 0, 0.796, 3.015, 5.234, 5.122 max_d=5.122 avg_d=3.015 std_dev=2.219
O4' B 0, 0.496, 3.024, 5.552, 5.835 max_d=5.835 avg_d=3.024 std_dev=2.528
C3' B 0, 0.475, 3.113, 5.751, 5.652 max_d=5.652 avg_d=3.113 std_dev=2.638
O3' B 0, 0.548, 3.594, 6.639, 6.573 max_d=6.573 avg_d=3.594 std_dev=3.045
C6 B 0, 0.511, 3.558, 6.605, 6.614 max_d=6.614 avg_d=3.558 std_dev=3.047
C1' B 0, 0.571, 3.838, 7.104, 7.292 max_d=7.292 avg_d=3.838 std_dev=3.267
N1 B 0, 0.539, 3.916, 7.292, 7.371 max_d=7.371 avg_d=3.916 std_dev=3.376
C2' B 0, 0.586, 3.965, 7.345, 7.367 max_d=7.367 avg_d=3.965 std_dev=3.380
C5 B 0, 0.579, 3.984, 7.389, 7.303 max_d=7.303 avg_d=3.984 std_dev=3.405
P A 0, 0.663, 4.244, 7.825, 7.616 max_d=7.616 avg_d=4.244 std_dev=3.581
OP2 A 0, 1.362, 5.306, 9.250, 8.950 max_d=8.950 avg_d=5.306 std_dev=3.944
C2 B 0, 0.643, 4.658, 8.673, 8.466 max_d=8.466 avg_d=4.658 std_dev=4.015
OP1 A 0, 1.342, 5.377, 9.411, 9.112 max_d=9.112 avg_d=5.377 std_dev=4.035
O2' B 0, 0.713, 4.792, 8.871, 8.942 max_d=8.942 avg_d=4.792 std_dev=4.079
C4 B 0, 0.629, 4.715, 8.801, 8.654 max_d=8.654 avg_d=4.715 std_dev=4.086
N3 B 0, 0.660, 4.974, 9.288, 9.089 max_d=9.089 avg_d=4.974 std_dev=4.314
O2 B 0, 0.757, 5.145, 9.533, 9.418 max_d=9.418 avg_d=5.145 std_dev=4.388
O4 B 0, 0.701, 5.274, 9.848, 9.677 max_d=9.677 avg_d=5.274 std_dev=4.573

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.12 0.02 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04 0.01 0.03 0.29 0.01 0.57 0.48 0.41 0.48
C2 0.05 0.00 0.24 0.11 0.01 0.04 0.02 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.63 0.39 0.12 1.07 1.02 1.60 1.22
C2' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.14 0.01 0.11 0.25 0.15 0.06 0.20 0.23 0.13 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.76 1.06 0.70 0.84
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.17 0.03 0.11 0.36 0.05 0.12 0.16 0.32 0.18 0.03 0.01 0.01 0.32 0.89 0.16 0.40
C4 0.02 0.01 0.14 0.06 0.00 0.03 0.01 0.23 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.42 0.20 0.06 1.01 0.89 1.37 1.09
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.05 0.07 0.05 0.04 0.08 0.08 0.04 0.32 0.03 0.01 0.02 0.28 0.47 0.08
C5 0.02 0.02 0.11 0.17 0.01 0.06 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.39 0.05 0.04 1.13 1.02 1.73 1.29
C5' 0.12 0.26 0.25 0.03 0.23 0.01 0.28 0.00 0.30 0.23 0.29 0.22 0.34 0.28 0.18 0.09 0.19 0.02 0.01 0.35 0.37 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.11 0.02 0.05 0.01 0.30 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.49 0.10 0.05 1.20 1.13 1.97 1.43
C8 0.04 0.01 0.06 0.36 0.01 0.07 0.01 0.23 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.10 0.18 0.13 0.94 0.77 1.21 0.98
N1 0.04 0.01 0.20 0.05 0.02 0.05 0.01 0.29 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.59 0.25 0.09 1.17 1.12 1.89 1.39
N3 0.05 0.01 0.23 0.12 0.01 0.04 0.02 0.22 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.59 0.41 0.13 0.96 0.89 1.29 1.04
N6 0.03 0.02 0.13 0.16 0.02 0.08 0.02 0.34 0.01 0.05 0.02 0.03 0.00 0.05 0.04 0.46 0.04 0.06 1.26 1.21 2.19 1.56
N7 0.04 0.02 0.03 0.32 0.01 0.08 0.01 0.28 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.00 0.03 0.23 0.16 0.10 1.09 0.95 1.65 1.24
N9 0.01 0.01 0.03 0.18 0.00 0.04 0.02 0.18 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.18 0.08 0.02 0.86 0.71 1.00 0.85
O2' 0.03 0.63 0.01 0.03 0.42 0.32 0.39 0.09 0.49 0.10 0.59 0.59 0.46 0.23 0.18 0.00 0.04 0.22 0.36 0.71 0.33 0.42
O3' 0.29 0.39 0.01 0.01 0.20 0.03 0.05 0.19 0.10 0.18 0.25 0.41 0.04 0.16 0.08 0.04 0.00 0.26 0.39 0.60 0.69 0.27
O4' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.06 0.01 0.04 0.02 0.05 0.13 0.09 0.13 0.06 0.10 0.02 0.22 0.26 0.00 0.29 0.20 0.28 0.10
O5' 0.57 1.07 0.76 0.32 1.01 0.02 1.13 0.01 1.20 0.94 1.17 0.96 1.26 1.09 0.86 0.36 0.39 0.29 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.48 1.02 1.06 0.89 0.89 0.28 1.02 0.35 1.13 0.77 1.12 0.89 1.21 0.95 0.71 0.71 0.60 0.20 0.03 0.00 0.03 0.01
OP2 0.41 1.60 0.70 0.16 1.37 0.47 1.73 0.37 1.97 1.21 1.89 1.29 2.19 1.65 1.00 0.33 0.69 0.28 0.03 0.03 0.00 0.01
P 0.48 1.22 0.84 0.40 1.09 0.08 1.29 0.02 1.43 0.98 1.39 1.04 1.56 1.24 0.85 0.42 0.27 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.53 0.66 0.97 0.95 0.15 0.55 0.47 0.37 0.23 0.33 0.52 1.01 1.10 1.26 0.35 0.24 0.19 0.34 0.20 0.14
C2 0.94 1.47 1.00 0.83 1.67 0.62 1.21 0.39 0.92 1.11 1.73 1.53 1.02 0.84 1.84 0.61 0.31 0.20 0.19 0.13
C2' 0.23 0.39 0.59 0.60 0.29 0.28 0.65 0.16 0.46 0.10 0.32 0.73 0.71 0.90 0.45 0.10 0.06 0.25 0.35 0.24
C3' 0.41 0.39 0.87 0.95 0.47 0.59 0.76 0.48 0.43 0.15 0.20 0.79 1.03 1.34 0.76 0.21 0.27 0.58 0.11 0.10
C4 0.57 0.80 0.91 0.88 0.44 0.52 0.08 0.35 0.12 0.49 0.79 1.00 0.98 1.10 0.45 0.28 0.20 0.31 0.20 0.13
C4' 0.33 0.27 0.83 0.88 0.76 0.49 1.02 0.35 0.62 0.14 0.18 0.71 1.02 1.29 1.13 0.14 0.17 0.40 0.23 0.15
C5 0.28 0.32 0.68 0.76 0.22 0.39 0.48 0.28 0.32 0.12 0.27 0.51 0.74 1.04 0.35 0.11 0.13 0.37 0.22 0.14
C5' 0.25 0.34 0.55 0.63 1.39 0.31 1.59 0.22 1.10 0.52 0.69 0.39 0.77 1.08 1.81 0.32 0.26 0.28 0.49 0.37
C6 0.37 0.54 0.62 0.66 0.46 0.37 0.20 0.27 0.16 0.35 0.60 0.62 0.64 0.82 0.50 0.17 0.16 0.32 0.21 0.13
C8 0.10 0.26 0.61 0.78 1.17 0.33 1.39 0.25 0.92 0.40 0.59 0.14 0.74 1.24 1.48 0.24 0.09 0.44 0.24 0.16
N1 0.75 1.16 0.81 0.71 1.35 0.51 1.06 0.34 0.80 0.90 1.37 1.17 0.81 0.72 1.45 0.48 0.27 0.21 0.19 0.13
N3 0.88 1.34 1.06 0.92 1.27 0.63 0.74 0.40 0.62 0.95 1.51 1.49 1.11 1.01 1.38 0.53 0.28 0.23 0.19 0.13
N6 0.13 0.15 0.28 0.43 0.21 0.18 0.27 0.16 0.30 0.18 0.18 0.18 0.32 0.63 0.26 0.22 0.09 0.40 0.23 0.13
N7 0.19 0.43 0.45 0.69 1.22 0.25 1.49 0.21 1.05 0.55 0.71 0.15 0.57 1.15 1.40 0.34 0.08 0.46 0.24 0.17
N9 0.39 0.44 0.86 0.89 0.29 0.48 0.62 0.32 0.35 0.18 0.31 0.75 0.97 1.22 0.52 0.15 0.15 0.35 0.22 0.15
O2' 0.23 0.60 0.51 0.40 0.23 0.11 0.46 0.15 0.39 0.17 0.63 0.94 0.66 0.63 0.32 0.16 0.32 0.28 0.73 0.60
O3' 0.29 0.28 0.78 0.85 0.57 0.45 0.85 0.31 0.54 0.09 0.13 0.67 0.97 1.27 0.84 0.11 0.11 0.39 0.30 0.17
O4' 0.53 0.52 1.06 1.05 0.50 0.62 0.79 0.43 0.40 0.24 0.26 0.95 1.24 1.43 0.86 0.25 0.23 0.40 0.18 0.14
O5' 0.82 0.87 0.41 0.38 1.95 0.66 2.31 0.80 1.88 1.21 1.21 0.41 0.30 0.26 2.25 1.03 1.07 0.76 1.45 1.26
OP1 0.61 0.54 0.52 0.53 1.38 0.61 1.84 0.73 1.49 0.83 0.69 0.71 0.64 0.53 1.62 0.76 0.98 0.80 1.41 1.18
OP2 1.77 1.47 1.56 1.65 2.26 1.80 2.85 1.95 2.65 1.98 1.59 0.97 1.31 1.37 2.29 1.97 2.19 1.93 2.48 2.32
P 1.06 0.98 0.72 0.76 2.03 0.97 2.47 1.13 2.11 1.41 1.27 0.38 0.41 0.39 2.25 1.25 1.42 1.14 1.78 1.59

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.06 0.14 0.01 0.03 0.06 0.01 0.09 0.08 0.18 0.07
C2 0.08 0.00 0.08 0.10 0.05 0.08 0.05 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.11 0.10 0.06 0.15 0.21 0.15 0.42 0.16
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.01 0.14 0.02 0.16 0.02 0.05 0.17 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.11 0.08 0.04
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.15 0.01 0.15 0.02 0.12 0.07 0.14 0.11 0.02 0.00 0.16 0.02 0.06 0.14 0.07 0.05
C4 0.05 0.05 0.06 0.15 0.00 0.11 0.01 0.27 0.04 0.03 0.02 0.06 0.17 0.13 0.00 0.04 0.47 0.54 0.83 0.53
C4' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.11 0.00 0.19 0.01 0.18 0.04 0.04 0.22 0.06 0.02 0.12 0.01 0.02 0.08 0.04 0.04
C5 0.03 0.05 0.14 0.15 0.01 0.19 0.00 0.37 0.01 0.05 0.02 0.05 0.19 0.14 0.04 0.12 0.55 0.65 0.86 0.62
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.27 0.01 0.37 0.00 0.32 0.11 0.14 0.21 0.05 0.03 0.30 0.02 0.01 0.09 0.03 0.02
C6 0.04 0.03 0.16 0.12 0.04 0.18 0.01 0.32 0.00 0.01 0.06 0.02 0.15 0.12 0.05 0.16 0.45 0.48 0.60 0.45
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.03 0.04 0.05 0.11 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.04 0.03 0.02 0.23 0.20 0.38 0.19
N3 0.06 0.02 0.05 0.14 0.02 0.04 0.02 0.14 0.06 0.02 0.00 0.04 0.14 0.13 0.05 0.09 0.34 0.33 0.65 0.34
O2 0.14 0.01 0.17 0.11 0.06 0.22 0.05 0.21 0.02 0.02 0.04 0.00 0.18 0.14 0.08 0.28 0.15 0.14 0.29 0.12
O2' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.17 0.06 0.19 0.05 0.15 0.07 0.14 0.18 0.00 0.04 0.20 0.06 0.04 0.12 0.08 0.05
O3' 0.03 0.10 0.02 0.00 0.13 0.02 0.14 0.03 0.12 0.04 0.13 0.14 0.04 0.00 0.15 0.02 0.09 0.19 0.14 0.08
O4 0.06 0.06 0.07 0.16 0.00 0.12 0.04 0.30 0.05 0.03 0.05 0.08 0.20 0.15 0.00 0.04 0.53 0.64 0.96 0.61
O4' 0.01 0.15 0.01 0.02 0.04 0.01 0.12 0.02 0.16 0.02 0.09 0.28 0.06 0.02 0.04 0.00 0.08 0.10 0.14 0.09
O5' 0.09 0.21 0.04 0.06 0.47 0.02 0.55 0.01 0.45 0.23 0.34 0.15 0.04 0.09 0.53 0.08 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.08 0.15 0.11 0.14 0.54 0.08 0.65 0.09 0.48 0.20 0.33 0.14 0.12 0.19 0.64 0.10 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.18 0.42 0.08 0.07 0.83 0.04 0.86 0.03 0.60 0.38 0.65 0.29 0.08 0.14 0.96 0.14 0.03 0.02 0.00 0.02
P 0.07 0.16 0.04 0.05 0.53 0.04 0.62 0.02 0.45 0.19 0.34 0.12 0.05 0.08 0.61 0.09 0.01 0.01 0.02 0.00