ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54978

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 4, 3, 3, 2, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.006, 0.026, 0.046, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.026 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.002, 0.022, 0.043, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.022 std_dev=0.021
C5 A 0, -0.003, 0.023, 0.049, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.023 std_dev=0.026
N3 A 0, -0.005, 0.026, 0.058, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.026 std_dev=0.031
C1' A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.032 std_dev=0.032
N7 A 0, 0.009, 0.041, 0.074, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.041 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.010, 0.042, 0.075, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.042 std_dev=0.033
N1 A 0, -0.006, 0.029, 0.065, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.029 std_dev=0.036
C2 A 0, -0.008, 0.032, 0.073, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.032 std_dev=0.041
C2' A 0, 0.019, 0.090, 0.160, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.090 std_dev=0.070
N6 A 0, -0.021, 0.050, 0.121, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.050 std_dev=0.071
O4' A 0, 0.018, 0.112, 0.205, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.112 std_dev=0.093
O2' A 0, 0.087, 0.186, 0.284, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.186 std_dev=0.098
O5' A 0, 0.066, 0.183, 0.300, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.183 std_dev=0.117
C4' A 0, 0.024, 0.145, 0.265, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.145 std_dev=0.120
C3' A 0, 0.023, 0.148, 0.273, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.148 std_dev=0.125
C5' B 0, 0.107, 0.244, 0.382, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.244 std_dev=0.138
O3' A 0, 0.012, 0.160, 0.309, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.160 std_dev=0.149
OP1 B 0, 0.078, 0.230, 0.382, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.230 std_dev=0.152
OP2 A 0, 0.079, 0.234, 0.389, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.234 std_dev=0.155
C5' A 0, 0.049, 0.212, 0.375, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.212 std_dev=0.163
P A 0, 0.028, 0.196, 0.363, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.196 std_dev=0.168
O5' B 0, 0.096, 0.290, 0.484, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.290 std_dev=0.194
P B 0, 0.084, 0.278, 0.473, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.278 std_dev=0.194
OP1 A 0, 0.004, 0.206, 0.408, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.206 std_dev=0.202
C4' B 0, 0.148, 0.401, 0.654, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.401 std_dev=0.253
OP2 B 0, 0.066, 0.371, 0.676, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.371 std_dev=0.305
O4' B 0, 0.141, 0.463, 0.786, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.463 std_dev=0.323
C3' B 0, 0.169, 0.536, 0.903, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.536 std_dev=0.367
O3' B 0, 0.174, 0.607, 1.041, 1.583 max_d=1.583 avg_d=0.607 std_dev=0.434
C1' B 0, 0.167, 0.620, 1.074, 1.800 max_d=1.800 avg_d=0.620 std_dev=0.453
C2' B 0, 0.199, 0.683, 1.167, 1.883 max_d=1.883 avg_d=0.683 std_dev=0.484
C6 B 0, -0.002, 0.491, 0.983, 1.807 max_d=1.807 avg_d=0.491 std_dev=0.493
N1 B 0, 0.131, 0.644, 1.156, 1.997 max_d=1.997 avg_d=0.644 std_dev=0.513
O2' B 0, 0.281, 0.801, 1.322, 2.037 max_d=2.037 avg_d=0.801 std_dev=0.521
C5 B 0, -0.047, 0.523, 1.094, 2.074 max_d=2.074 avg_d=0.523 std_dev=0.571
C2 B 0, 0.218, 0.860, 1.502, 2.463 max_d=2.463 avg_d=0.860 std_dev=0.642
C4 B 0, -0.008, 0.668, 1.344, 2.511 max_d=2.511 avg_d=0.668 std_dev=0.676
N3 B 0, 0.139, 0.837, 1.534, 2.650 max_d=2.650 avg_d=0.837 std_dev=0.697
O2 B 0, 0.359, 1.077, 1.796, 2.677 max_d=2.677 avg_d=1.077 std_dev=0.719
O4 B 0, -0.088, 0.674, 1.436, 2.783 max_d=2.783 avg_d=0.674 std_dev=0.762

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.06 0.04 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.06 0.06 0.04
C2 0.07 0.00 0.05 0.09 0.02 0.11 0.01 0.13 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.12
C2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.03 0.05 0.04 0.05 0.08 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.08 0.07 0.06
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.06 0.07 0.08 0.06 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.10 0.06 0.06
C4 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.04 0.04 0.07 0.07 0.08 0.07
C4' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.10 0.09 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.03 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.07 0.03 0.02 0.08 0.08 0.09 0.08
C5' 0.02 0.13 0.03 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.09 0.05 0.13 0.10 0.09 0.06 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.07 0.04 0.04 0.09 0.09 0.10 0.10
C8 0.03 0.02 0.05 0.06 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.06 0.06 0.04 0.06 0.08 0.09 0.07
N1 0.06 0.01 0.04 0.07 0.04 0.10 0.02 0.13 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.09 0.10 0.12 0.12 0.13 0.13
N3 0.06 0.01 0.05 0.08 0.00 0.09 0.03 0.10 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.05 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.10
N6 0.04 0.01 0.08 0.06 0.02 0.04 0.03 0.09 0.00 0.06 0.02 0.03 0.00 0.05 0.04 0.11 0.05 0.03 0.09 0.09 0.09 0.09
N7 0.03 0.01 0.06 0.05 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.00 0.02 0.08 0.06 0.03 0.08 0.08 0.09 0.08
N9 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.06 0.06 0.07 0.06
O2' 0.02 0.05 0.01 0.02 0.05 0.02 0.07 0.02 0.07 0.06 0.05 0.05 0.11 0.08 0.04 0.00 0.05 0.02 0.06 0.09 0.09 0.06
O3' 0.03 0.11 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.09 0.10 0.05 0.06 0.03 0.05 0.00 0.04 0.03 0.12 0.07 0.06
O4' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.04 0.04 0.10 0.10 0.03 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.06 0.07 0.05
O5' 0.04 0.11 0.06 0.03 0.07 0.01 0.08 0.01 0.09 0.06 0.12 0.09 0.09 0.08 0.06 0.06 0.03 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.06 0.12 0.08 0.10 0.07 0.07 0.08 0.04 0.09 0.08 0.12 0.09 0.09 0.08 0.06 0.09 0.12 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.12 0.07 0.06 0.08 0.03 0.09 0.02 0.10 0.09 0.13 0.10 0.09 0.09 0.07 0.09 0.07 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.12 0.06 0.06 0.07 0.03 0.08 0.01 0.10 0.07 0.13 0.10 0.09 0.08 0.06 0.06 0.06 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.16 0.05 0.09 0.22 0.05 0.23 0.05 0.19 0.14 0.19 0.16 0.12 0.20 0.26 0.09 0.05 0.09 0.18 0.11
C2 0.17 0.24 0.10 0.07 0.29 0.09 0.30 0.08 0.28 0.23 0.26 0.25 0.10 0.09 0.31 0.17 0.13 0.16 0.25 0.19
C2' 0.08 0.16 0.05 0.08 0.23 0.04 0.24 0.03 0.20 0.15 0.19 0.16 0.11 0.19 0.26 0.10 0.06 0.10 0.19 0.12
C3' 0.08 0.17 0.05 0.08 0.24 0.05 0.25 0.04 0.20 0.15 0.20 0.17 0.12 0.19 0.28 0.09 0.06 0.09 0.19 0.11
C4 0.09 0.17 0.04 0.07 0.22 0.04 0.23 0.04 0.20 0.15 0.19 0.17 0.10 0.17 0.25 0.10 0.06 0.09 0.19 0.12
C4' 0.10 0.19 0.06 0.09 0.25 0.07 0.26 0.08 0.21 0.16 0.23 0.21 0.12 0.19 0.29 0.10 0.06 0.08 0.19 0.11
C5 0.07 0.14 0.05 0.09 0.18 0.05 0.19 0.05 0.16 0.12 0.16 0.14 0.11 0.18 0.20 0.08 0.05 0.07 0.16 0.10
C5' 0.13 0.22 0.09 0.11 0.28 0.10 0.27 0.11 0.23 0.19 0.25 0.23 0.13 0.20 0.32 0.12 0.09 0.09 0.18 0.11
C6 0.08 0.14 0.04 0.07 0.18 0.05 0.19 0.05 0.17 0.13 0.16 0.15 0.10 0.15 0.19 0.08 0.06 0.08 0.15 0.10
C8 0.06 0.13 0.08 0.11 0.19 0.06 0.20 0.05 0.16 0.12 0.15 0.13 0.14 0.22 0.21 0.08 0.05 0.07 0.16 0.10
N1 0.15 0.22 0.08 0.05 0.25 0.07 0.27 0.06 0.25 0.21 0.23 0.22 0.09 0.08 0.27 0.15 0.12 0.16 0.23 0.17
N3 0.15 0.23 0.08 0.06 0.28 0.07 0.29 0.07 0.26 0.21 0.25 0.23 0.09 0.12 0.31 0.15 0.11 0.14 0.24 0.17
N6 0.07 0.09 0.11 0.13 0.09 0.11 0.10 0.10 0.09 0.07 0.09 0.10 0.15 0.19 0.10 0.07 0.07 0.05 0.08 0.06
N7 0.06 0.12 0.09 0.12 0.16 0.07 0.17 0.06 0.14 0.10 0.13 0.12 0.14 0.22 0.18 0.07 0.06 0.06 0.14 0.08
N9 0.08 0.16 0.05 0.08 0.22 0.04 0.23 0.04 0.19 0.14 0.19 0.16 0.11 0.19 0.25 0.09 0.06 0.09 0.18 0.11
O2' 0.09 0.15 0.08 0.10 0.22 0.06 0.23 0.05 0.20 0.15 0.18 0.14 0.13 0.20 0.25 0.11 0.08 0.12 0.19 0.14
O3' 0.07 0.15 0.07 0.10 0.21 0.06 0.23 0.06 0.18 0.13 0.18 0.16 0.14 0.22 0.25 0.07 0.05 0.09 0.18 0.11
O4' 0.10 0.19 0.06 0.09 0.25 0.07 0.25 0.08 0.21 0.16 0.22 0.20 0.12 0.19 0.28 0.10 0.06 0.08 0.19 0.11
O5' 0.12 0.21 0.07 0.09 0.29 0.08 0.29 0.09 0.24 0.19 0.25 0.21 0.12 0.19 0.33 0.12 0.08 0.08 0.18 0.11
OP1 0.10 0.19 0.07 0.10 0.25 0.08 0.24 0.09 0.19 0.16 0.22 0.20 0.12 0.20 0.29 0.10 0.06 0.06 0.14 0.08
OP2 0.09 0.19 0.09 0.12 0.25 0.09 0.24 0.10 0.19 0.16 0.23 0.19 0.14 0.22 0.29 0.09 0.08 0.07 0.13 0.07
P 0.09 0.19 0.07 0.11 0.25 0.09 0.24 0.10 0.19 0.15 0.23 0.20 0.13 0.21 0.29 0.09 0.07 0.06 0.13 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.05 0.05 0.12 0.09
C2 0.02 0.00 0.08 0.08 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.01 0.04 0.06 0.09 0.15 0.11
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.03 0.06 0.14 0.00 0.02 0.05 0.01 0.04 0.03 0.09 0.06
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.02 0.07 0.04 0.07 0.12 0.02 0.01 0.07 0.01 0.06 0.06 0.08 0.05
C4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.06 0.08 0.13 0.09
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.06 0.05 0.02 0.05 0.01 0.02 0.04 0.05 0.04
C5 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.08 0.01 0.04 0.07 0.09 0.13 0.10
C5' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.05 0.04 0.04 0.07 0.05 0.03 0.06 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.09 0.02 0.05 0.06 0.09 0.14 0.11
N1 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.05 0.08 0.14 0.11
N3 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.01 0.03 0.05 0.08 0.14 0.10
O2 0.05 0.01 0.14 0.12 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.12 0.13 0.02 0.08 0.07 0.10 0.16 0.13
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.02 0.05 0.12 0.00 0.03 0.06 0.04 0.05 0.05 0.09 0.07
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.06 0.02 0.08 0.03 0.09 0.05 0.08 0.13 0.03 0.00 0.08 0.02 0.08 0.11 0.10 0.08
O4 0.02 0.01 0.05 0.07 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.08 0.00 0.03 0.07 0.09 0.12 0.09
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.03 0.08 0.04 0.02 0.03 0.00 0.07 0.07 0.12 0.09
O5' 0.05 0.06 0.04 0.06 0.06 0.02 0.07 0.01 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.08 0.07 0.07 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.05 0.09 0.03 0.06 0.08 0.04 0.09 0.04 0.09 0.08 0.08 0.10 0.05 0.11 0.09 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.12 0.15 0.09 0.08 0.13 0.05 0.13 0.02 0.14 0.14 0.14 0.16 0.09 0.10 0.12 0.12 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.11 0.06 0.05 0.09 0.04 0.10 0.01 0.11 0.11 0.10 0.13 0.07 0.08 0.09 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00