ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54979

back

Distances from reference structure (by RMSD)

5, 3, 4, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.023 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.010, 0.027, 0.044, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.027 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.019, 0.063, 0.106, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.063 std_dev=0.044
C2' A 0, 0.039, 0.086, 0.132, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.086 std_dev=0.046
O2' A 0, 0.077, 0.139, 0.201, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.139 std_dev=0.062
C4' A 0, 0.038, 0.115, 0.191, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.115 std_dev=0.076
C3' A 0, 0.062, 0.138, 0.214, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.138 std_dev=0.076
O5' A 0, 0.076, 0.185, 0.295, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.185 std_dev=0.109
C5' A 0, 0.083, 0.201, 0.318, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.201 std_dev=0.117
O3' A 0, 0.091, 0.213, 0.334, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.213 std_dev=0.121
OP1 A 0, 0.088, 0.216, 0.344, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.216 std_dev=0.128
P A 0, 0.093, 0.225, 0.356, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.225 std_dev=0.131
OP2 A 0, 0.076, 0.242, 0.407, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.242 std_dev=0.166
OP1 B 0, 0.073, 0.242, 0.411, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.242 std_dev=0.169
C5' B 0, 0.100, 0.307, 0.514, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.307 std_dev=0.207
P B 0, 0.020, 0.228, 0.437, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.228 std_dev=0.209
O5' B 0, 0.077, 0.297, 0.518, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.297 std_dev=0.220
C4' B 0, 0.136, 0.371, 0.607, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.371 std_dev=0.235
O3' B 0, 0.178, 0.416, 0.655, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.416 std_dev=0.239
C3' B 0, 0.150, 0.410, 0.670, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.410 std_dev=0.260
O4' B 0, 0.127, 0.397, 0.667, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.397 std_dev=0.270
OP2 B 0, 0.034, 0.307, 0.580, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.307 std_dev=0.273
C2' B 0, 0.167, 0.474, 0.781, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.474 std_dev=0.307
C1' B 0, 0.132, 0.445, 0.758, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.445 std_dev=0.313
O2' B 0, 0.220, 0.542, 0.863, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.542 std_dev=0.321
C6 B 0, 0.143, 0.476, 0.809, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.476 std_dev=0.333
N1 B 0, 0.060, 0.406, 0.752, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.406 std_dev=0.346
C5 B 0, 0.079, 0.440, 0.801, 1.547 max_d=1.547 avg_d=0.440 std_dev=0.361
C2 B 0, -0.018, 0.389, 0.796, 1.585 max_d=1.585 avg_d=0.389 std_dev=0.407
C4 B 0, -0.054, 0.363, 0.780, 1.653 max_d=1.653 avg_d=0.363 std_dev=0.417
N3 B 0, -0.035, 0.397, 0.828, 1.662 max_d=1.662 avg_d=0.397 std_dev=0.431
O2 B 0, 0.033, 0.465, 0.897, 1.614 max_d=1.614 avg_d=0.465 std_dev=0.432
O4 B 0, -0.040, 0.399, 0.837, 1.756 max_d=1.756 avg_d=0.399 std_dev=0.439

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.08 0.08 0.08 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.06 0.05 0.06 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.07 0.08 0.07 0.07
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.09 0.09 0.09 0.09
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.05 0.03 0.07 0.07 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.02 0.09 0.10 0.10 0.10
C8 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.09 0.08 0.07 0.08
N1 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.09 0.09 0.09 0.09
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.07 0.07 0.07 0.07
N6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.10 0.11 0.12 0.11
N7 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.10 0.10 0.10 0.10
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.07 0.06 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.04 0.07 0.06 0.07 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.07 0.05 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.03
O5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.07 0.01 0.09 0.00 0.09 0.09 0.09 0.07 0.10 0.10 0.07 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.08 0.04 0.05 0.08 0.04 0.09 0.04 0.10 0.08 0.09 0.07 0.11 0.10 0.07 0.05 0.07 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.08 0.02 0.03 0.07 0.01 0.09 0.01 0.10 0.07 0.09 0.07 0.12 0.10 0.06 0.02 0.05 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.08 0.02 0.02 0.07 0.01 0.09 0.01 0.10 0.08 0.09 0.07 0.11 0.10 0.06 0.02 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.13 0.09 0.07 0.11 0.10 0.14 0.10 0.14 0.12 0.12 0.17 0.09 0.05 0.11 0.13 0.11 0.14 0.14 0.12
C2 0.13 0.13 0.11 0.11 0.13 0.13 0.14 0.13 0.13 0.13 0.13 0.14 0.11 0.08 0.13 0.14 0.14 0.15 0.16 0.14
C2' 0.11 0.11 0.08 0.06 0.10 0.09 0.13 0.09 0.13 0.10 0.11 0.15 0.08 0.04 0.10 0.12 0.10 0.12 0.13 0.11
C3' 0.10 0.10 0.07 0.05 0.09 0.07 0.14 0.07 0.14 0.09 0.09 0.15 0.07 0.04 0.09 0.10 0.08 0.11 0.11 0.09
C4 0.12 0.13 0.09 0.08 0.11 0.10 0.13 0.11 0.14 0.12 0.12 0.15 0.09 0.05 0.11 0.13 0.12 0.14 0.14 0.13
C4' 0.11 0.13 0.08 0.07 0.10 0.09 0.14 0.09 0.14 0.11 0.12 0.18 0.09 0.05 0.10 0.12 0.10 0.13 0.12 0.11
C5 0.12 0.13 0.09 0.08 0.11 0.10 0.14 0.10 0.14 0.12 0.12 0.16 0.09 0.05 0.11 0.13 0.11 0.14 0.14 0.13
C5' 0.09 0.12 0.06 0.05 0.08 0.06 0.13 0.06 0.14 0.09 0.11 0.19 0.08 0.05 0.08 0.09 0.07 0.11 0.10 0.08
C6 0.12 0.13 0.10 0.08 0.11 0.11 0.13 0.11 0.14 0.12 0.12 0.15 0.10 0.06 0.11 0.13 0.12 0.14 0.14 0.13
C8 0.13 0.15 0.09 0.07 0.12 0.10 0.15 0.09 0.16 0.13 0.14 0.19 0.10 0.05 0.13 0.13 0.11 0.14 0.14 0.13
N1 0.13 0.13 0.11 0.10 0.12 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.15 0.11 0.08 0.12 0.14 0.13 0.15 0.15 0.14
N3 0.12 0.13 0.10 0.09 0.12 0.12 0.13 0.12 0.13 0.12 0.12 0.14 0.10 0.07 0.12 0.14 0.13 0.14 0.15 0.13
N6 0.12 0.13 0.10 0.08 0.11 0.10 0.14 0.10 0.14 0.12 0.12 0.16 0.10 0.07 0.11 0.13 0.12 0.14 0.14 0.13
N7 0.13 0.14 0.09 0.07 0.12 0.09 0.16 0.09 0.16 0.13 0.14 0.19 0.10 0.05 0.13 0.13 0.11 0.14 0.15 0.13
N9 0.12 0.13 0.09 0.07 0.11 0.10 0.14 0.10 0.14 0.12 0.13 0.17 0.09 0.05 0.11 0.13 0.11 0.14 0.14 0.12
O2' 0.12 0.12 0.09 0.08 0.11 0.10 0.13 0.11 0.13 0.11 0.12 0.16 0.09 0.05 0.11 0.13 0.11 0.14 0.14 0.12
O3' 0.09 0.09 0.06 0.05 0.09 0.07 0.15 0.06 0.15 0.09 0.08 0.14 0.06 0.05 0.09 0.10 0.07 0.10 0.10 0.08
O4' 0.13 0.15 0.10 0.08 0.12 0.11 0.15 0.11 0.15 0.13 0.14 0.19 0.11 0.06 0.12 0.14 0.12 0.14 0.14 0.13
O5' 0.06 0.11 0.04 0.05 0.06 0.04 0.13 0.04 0.13 0.06 0.10 0.18 0.06 0.08 0.07 0.06 0.04 0.07 0.07 0.05
OP1 0.08 0.17 0.06 0.05 0.09 0.05 0.12 0.05 0.13 0.08 0.16 0.26 0.08 0.08 0.11 0.07 0.05 0.06 0.07 0.06
OP2 0.09 0.17 0.07 0.07 0.09 0.07 0.12 0.08 0.13 0.09 0.16 0.27 0.10 0.09 0.11 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07
P 0.06 0.14 0.05 0.05 0.07 0.04 0.13 0.05 0.13 0.06 0.14 0.23 0.07 0.08 0.09 0.06 0.04 0.06 0.06 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.08 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.08 0.00 0.05 0.04 0.04 0.07 0.04
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.07 0.15 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.05 0.05 0.04
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.09 0.02 0.06 0.11 0.01 0.00 0.05 0.01 0.03 0.06 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.01 0.05 0.06 0.09 0.06
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.06 0.08 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.10 0.00 0.03 0.06 0.07 0.10 0.07
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.08 0.09 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.11 0.00 0.05 0.06 0.07 0.09 0.07
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.04 0.07 0.04
N3 0.01 0.00 0.07 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.00 0.03 0.04 0.05 0.08 0.05
O2 0.01 0.00 0.15 0.11 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.14 0.01 0.07 0.03 0.03 0.07 0.05
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.06 0.01 0.06 0.15 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.06 0.05 0.03
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.06 0.01 0.10 0.02 0.11 0.03 0.08 0.14 0.02 0.00 0.07 0.01 0.05 0.09 0.08 0.07
O4 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.01 0.05 0.07 0.10 0.06
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.03 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03
O5' 0.03 0.04 0.03 0.03 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.04 0.04 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.04 0.05 0.06 0.06 0.02 0.07 0.02 0.07 0.04 0.05 0.03 0.06 0.09 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.07 0.05 0.05 0.09 0.02 0.10 0.01 0.09 0.07 0.08 0.07 0.05 0.08 0.10 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.04 0.04 0.06 0.01 0.07 0.01 0.07 0.04 0.05 0.05 0.03 0.07 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00