ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54981

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 1, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.010, 0.023, 0.035, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.023 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.014, 0.027, 0.040, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.027 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.011, 0.025, 0.038, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.025 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.027 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.018, 0.039, 0.060, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.039 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.029, 0.054, 0.079, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.054 std_dev=0.025
N3 A 0, 0.020, 0.046, 0.072, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.046 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.026, 0.054, 0.082, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.054 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.038, 0.069, 0.101, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.069 std_dev=0.032
N6 A 0, 0.037, 0.081, 0.126, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.081 std_dev=0.044
O4' A 0, 0.051, 0.143, 0.235, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.143 std_dev=0.092
C4' A 0, 0.104, 0.220, 0.336, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.220 std_dev=0.116
C2' A 0, 0.071, 0.195, 0.319, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.195 std_dev=0.124
C3' A 0, 0.036, 0.195, 0.354, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.195 std_dev=0.159
O3' A 0, 0.098, 0.281, 0.463, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.281 std_dev=0.183
C5' A 0, 0.169, 0.376, 0.584, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.376 std_dev=0.208
OP2 A 0, 0.232, 0.458, 0.685, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.458 std_dev=0.227
C5' B 0, 0.252, 0.492, 0.732, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.492 std_dev=0.240
C4' B 0, 0.210, 0.455, 0.700, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.455 std_dev=0.245
O2' A 0, 0.147, 0.406, 0.666, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.406 std_dev=0.259
O5' B 0, 0.204, 0.471, 0.739, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.471 std_dev=0.268
O5' A 0, 0.133, 0.406, 0.680, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.406 std_dev=0.273
OP2 B 0, 0.249, 0.537, 0.825, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.537 std_dev=0.288
P B 0, 0.171, 0.460, 0.750, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.460 std_dev=0.290
C3' B 0, 0.163, 0.455, 0.748, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.455 std_dev=0.293
OP1 B 0, 0.125, 0.422, 0.719, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.422 std_dev=0.297
P A 0, 0.185, 0.497, 0.809, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.497 std_dev=0.312
O4' B 0, 0.233, 0.567, 0.900, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.567 std_dev=0.333
C2' B 0, 0.295, 0.641, 0.988, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.641 std_dev=0.347
O3' B 0, 0.122, 0.470, 0.817, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.470 std_dev=0.347
OP1 A 0, 0.291, 0.658, 1.024, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.658 std_dev=0.366
C1' B 0, 0.282, 0.661, 1.040, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.661 std_dev=0.379
O2' B 0, 0.360, 0.765, 1.170, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.765 std_dev=0.405
N1 B 0, 0.248, 0.704, 1.159, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.704 std_dev=0.455
C2 B 0, 0.334, 0.855, 1.375, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.855 std_dev=0.520
C6 B 0, 0.166, 0.752, 1.337, 1.872 max_d=1.872 avg_d=0.752 std_dev=0.586
N3 B 0, 0.381, 0.971, 1.561, 1.627 max_d=1.627 avg_d=0.971 std_dev=0.590
O2 B 0, 0.403, 1.031, 1.660, 1.771 max_d=1.771 avg_d=1.031 std_dev=0.628
C4 B 0, 0.369, 1.009, 1.648, 2.010 max_d=2.010 avg_d=1.009 std_dev=0.639
C5 B 0, 0.261, 0.934, 1.607, 2.163 max_d=2.163 avg_d=0.934 std_dev=0.673
O4 B 0, 0.489, 1.221, 1.952, 2.364 max_d=2.364 avg_d=1.221 std_dev=0.731

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.10 0.07 0.05
C2 0.03 0.00 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.13 0.05 0.09 0.20 0.06 0.11
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.05 0.04
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.06 0.13 0.03 0.04 0.08 0.13 0.06 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.08 0.02
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.06 0.02 0.06 0.12 0.06 0.05
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.08 0.13 0.05 0.04 0.09 0.14 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.06 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.09 0.00 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.03 0.03 0.11 0.10 0.11 0.07
C5' 0.01 0.09 0.04 0.01 0.10 0.01 0.15 0.00 0.15 0.18 0.13 0.06 0.18 0.21 0.10 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02
C6 0.02 0.02 0.03 0.06 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.08 0.04 0.03 0.12 0.13 0.11 0.08
C8 0.02 0.03 0.05 0.13 0.01 0.13 0.02 0.18 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.12 0.08 0.05 0.13 0.10 0.18 0.12
N1 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.09 0.04 0.11 0.16 0.07 0.09
N3 0.03 0.01 0.05 0.04 0.01 0.04 0.02 0.06 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.09 0.13 0.05 0.07 0.19 0.05 0.10
N6 0.01 0.02 0.03 0.08 0.01 0.09 0.01 0.18 0.00 0.04 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.11 0.04 0.03 0.13 0.13 0.13 0.10
N7 0.03 0.01 0.05 0.13 0.02 0.14 0.00 0.21 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.11 0.07 0.05 0.15 0.12 0.19 0.13
N9 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.02 0.02 0.05 0.09 0.10 0.04
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.06 0.03 0.09 0.03 0.08 0.12 0.08 0.09 0.11 0.11 0.05 0.00 0.06 0.05 0.03 0.03 0.12 0.03
O3' 0.05 0.13 0.01 0.01 0.06 0.02 0.03 0.03 0.04 0.08 0.09 0.13 0.04 0.07 0.02 0.06 0.00 0.02 0.05 0.04 0.14 0.07
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.05 0.03 0.05 0.02 0.05 0.02 0.00 0.04 0.11 0.07 0.06
O5' 0.03 0.09 0.05 0.02 0.06 0.01 0.11 0.01 0.12 0.13 0.11 0.07 0.13 0.15 0.05 0.03 0.05 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.10 0.20 0.08 0.04 0.12 0.05 0.10 0.02 0.13 0.10 0.16 0.19 0.13 0.12 0.09 0.03 0.04 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.07 0.06 0.05 0.08 0.06 0.06 0.11 0.04 0.11 0.18 0.07 0.05 0.13 0.19 0.10 0.12 0.14 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.05 0.11 0.04 0.02 0.05 0.01 0.07 0.02 0.08 0.12 0.09 0.10 0.10 0.13 0.04 0.03 0.07 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.10 0.13 0.09 0.20 0.09 0.17 0.15 0.11 0.07 0.17 0.08 0.19 0.12 0.27 0.09 0.03 0.08 0.13 0.07
C2 0.13 0.11 0.18 0.15 0.19 0.13 0.17 0.15 0.13 0.10 0.17 0.11 0.23 0.19 0.24 0.11 0.11 0.10 0.12 0.10
C2' 0.09 0.10 0.13 0.09 0.21 0.09 0.17 0.16 0.11 0.08 0.18 0.09 0.19 0.12 0.27 0.10 0.03 0.10 0.14 0.08
C3' 0.08 0.10 0.12 0.08 0.20 0.08 0.17 0.15 0.11 0.07 0.18 0.09 0.18 0.11 0.27 0.09 0.05 0.05 0.13 0.06
C4 0.12 0.13 0.16 0.13 0.22 0.12 0.19 0.17 0.14 0.11 0.20 0.12 0.19 0.16 0.27 0.13 0.04 0.08 0.13 0.08
C4' 0.05 0.11 0.10 0.06 0.19 0.07 0.15 0.15 0.09 0.06 0.18 0.11 0.16 0.09 0.26 0.08 0.08 0.04 0.13 0.07
C5 0.16 0.18 0.18 0.16 0.25 0.16 0.21 0.19 0.17 0.16 0.24 0.18 0.19 0.18 0.29 0.17 0.06 0.12 0.16 0.11
C5' 0.06 0.15 0.08 0.06 0.21 0.08 0.15 0.16 0.09 0.10 0.21 0.17 0.13 0.08 0.26 0.10 0.14 0.09 0.17 0.12
C6 0.18 0.20 0.20 0.19 0.25 0.17 0.22 0.19 0.18 0.17 0.25 0.20 0.21 0.21 0.29 0.18 0.06 0.11 0.15 0.10
C8 0.16 0.20 0.17 0.15 0.27 0.17 0.23 0.22 0.18 0.17 0.26 0.20 0.17 0.16 0.32 0.18 0.09 0.17 0.20 0.16
N1 0.15 0.15 0.20 0.18 0.22 0.15 0.19 0.17 0.16 0.13 0.20 0.13 0.23 0.22 0.26 0.14 0.06 0.10 0.12 0.08
N3 0.11 0.10 0.16 0.13 0.19 0.11 0.16 0.14 0.12 0.09 0.16 0.11 0.22 0.16 0.24 0.10 0.10 0.08 0.12 0.08
N6 0.21 0.25 0.22 0.22 0.26 0.20 0.22 0.21 0.20 0.20 0.28 0.28 0.22 0.24 0.29 0.21 0.12 0.16 0.17 0.14
N7 0.19 0.23 0.18 0.18 0.28 0.19 0.24 0.23 0.19 0.19 0.28 0.24 0.18 0.18 0.32 0.20 0.11 0.18 0.21 0.17
N9 0.12 0.15 0.15 0.13 0.23 0.13 0.20 0.18 0.15 0.12 0.21 0.13 0.18 0.14 0.29 0.14 0.04 0.11 0.15 0.10
O2' 0.13 0.10 0.18 0.14 0.22 0.13 0.19 0.19 0.14 0.11 0.17 0.08 0.24 0.16 0.29 0.13 0.06 0.20 0.21 0.17
O3' 0.16 0.13 0.19 0.16 0.25 0.15 0.24 0.19 0.19 0.15 0.20 0.09 0.24 0.16 0.32 0.15 0.04 0.11 0.17 0.11
O4' 0.07 0.10 0.11 0.07 0.19 0.08 0.15 0.15 0.10 0.07 0.17 0.09 0.17 0.10 0.25 0.08 0.04 0.07 0.13 0.06
O5' 0.05 0.12 0.08 0.06 0.17 0.06 0.12 0.13 0.07 0.07 0.18 0.14 0.14 0.09 0.22 0.07 0.10 0.07 0.14 0.09
OP1 0.18 0.13 0.18 0.17 0.18 0.16 0.19 0.15 0.18 0.15 0.16 0.11 0.22 0.18 0.21 0.16 0.08 0.12 0.16 0.12
OP2 0.10 0.05 0.14 0.10 0.12 0.07 0.10 0.10 0.09 0.06 0.10 0.06 0.21 0.13 0.17 0.07 0.07 0.05 0.11 0.06
P 0.10 0.10 0.12 0.10 0.16 0.10 0.13 0.13 0.11 0.08 0.15 0.10 0.17 0.12 0.20 0.10 0.04 0.06 0.13 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.03 0.05 0.04
C2 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.07 0.03 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.09 0.14 0.12 0.12 0.14
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.09 0.03 0.03 0.09 0.01 0.01 0.08 0.01 0.06 0.08 0.10 0.06
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.04 0.02 0.05 0.06 0.02 0.01 0.07 0.01 0.10 0.11 0.11 0.10
C4 0.02 0.02 0.07 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.08 0.00 0.03 0.10 0.09 0.12 0.10
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.16 0.04 0.02 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02
C5 0.01 0.03 0.10 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.03 0.11 0.08 0.02 0.07 0.05 0.03 0.07 0.04
C5' 0.02 0.10 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.09 0.23 0.04 0.02 0.05 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.04 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.06 0.02 0.09 0.02 0.03 0.04 0.03
N1 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04 0.05 0.05
N3 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.06 0.02 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.06 0.14 0.15 0.16 0.16
O2 0.05 0.00 0.09 0.06 0.02 0.16 0.03 0.23 0.02 0.02 0.01 0.00 0.08 0.07 0.03 0.21 0.25 0.22 0.19 0.25
O2' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.07 0.04 0.11 0.04 0.10 0.04 0.04 0.08 0.00 0.04 0.08 0.02 0.06 0.10 0.09 0.07
O3' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.08 0.02 0.08 0.02 0.06 0.02 0.05 0.07 0.04 0.00 0.09 0.02 0.13 0.16 0.14 0.14
O4 0.02 0.03 0.08 0.07 0.00 0.04 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.03 0.08 0.09 0.00 0.04 0.11 0.12 0.15 0.12
O4' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.09 0.02 0.06 0.21 0.02 0.02 0.04 0.00 0.09 0.07 0.08 0.08
O5' 0.05 0.14 0.06 0.10 0.10 0.01 0.05 0.01 0.02 0.05 0.14 0.25 0.06 0.13 0.11 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.03 0.12 0.08 0.11 0.09 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.15 0.22 0.10 0.16 0.12 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.12 0.10 0.11 0.12 0.03 0.07 0.03 0.04 0.05 0.16 0.19 0.09 0.14 0.15 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.14 0.06 0.10 0.10 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.16 0.25 0.07 0.14 0.12 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00