ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54982

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 2, 1, 0, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.011, 0.023, 0.036, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.011, 0.028, 0.045, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.028 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.013, 0.032, 0.051, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.032 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.021, 0.043, 0.066, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.043 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.007, 0.037, 0.067, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.037 std_dev=0.030
C2 A 0, 0.010, 0.042, 0.073, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.042 std_dev=0.031
N6 A 0, 0.020, 0.053, 0.085, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.053 std_dev=0.032
N7 A 0, 0.022, 0.057, 0.093, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.057 std_dev=0.036
C8 A 0, 0.029, 0.068, 0.107, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.068 std_dev=0.039
N3 A 0, 0.029, 0.068, 0.107, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.068 std_dev=0.039
C2' A 0, 0.017, 0.116, 0.214, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.116 std_dev=0.099
O4' A 0, 0.034, 0.139, 0.243, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.139 std_dev=0.105
O2' A 0, 0.070, 0.186, 0.302, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.186 std_dev=0.116
OP1 A 0, 0.065, 0.247, 0.429, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.247 std_dev=0.182
P B 0, 0.087, 0.269, 0.452, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.269 std_dev=0.182
C3' A 0, -0.007, 0.178, 0.362, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.178 std_dev=0.184
C4' A 0, -0.004, 0.196, 0.397, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.196 std_dev=0.200
O3' B 0, 0.162, 0.374, 0.587, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.374 std_dev=0.213
O3' A 0, 0.014, 0.239, 0.465, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.239 std_dev=0.225
O2' B 0, 0.208, 0.434, 0.661, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.434 std_dev=0.226
C3' B 0, 0.164, 0.397, 0.630, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.397 std_dev=0.233
C2' B 0, 0.185, 0.421, 0.656, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.421 std_dev=0.236
OP2 B 0, 0.137, 0.372, 0.608, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.372 std_dev=0.236
P A 0, -0.005, 0.259, 0.524, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.259 std_dev=0.265
OP1 B 0, 0.104, 0.387, 0.671, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.387 std_dev=0.283
C1' B 0, 0.190, 0.476, 0.761, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.476 std_dev=0.285
C4' B 0, 0.125, 0.419, 0.714, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.419 std_dev=0.294
O5' B 0, 0.113, 0.410, 0.707, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.410 std_dev=0.297
N1 B 0, 0.219, 0.533, 0.848, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.533 std_dev=0.314
O4' B 0, 0.166, 0.485, 0.804, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.485 std_dev=0.319
C5' A 0, -0.015, 0.318, 0.650, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.318 std_dev=0.333
C6 B 0, 0.274, 0.630, 0.985, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.630 std_dev=0.356
C4 B 0, 0.307, 0.681, 1.055, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.681 std_dev=0.374
C2 B 0, 0.161, 0.545, 0.928, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.545 std_dev=0.384
C5 B 0, 0.315, 0.707, 1.100, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.707 std_dev=0.393
N3 B 0, 0.199, 0.593, 0.987, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.593 std_dev=0.394
O4 B 0, 0.352, 0.755, 1.158, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.755 std_dev=0.403
O5' A 0, 0.033, 0.453, 0.874, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.453 std_dev=0.421
C5' B 0, 0.055, 0.488, 0.920, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.488 std_dev=0.433
OP2 A 0, 0.015, 0.459, 0.903, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.459 std_dev=0.444
O2 B 0, 0.085, 0.549, 1.014, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.549 std_dev=0.465

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.12 0.23 0.10
C2 0.06 0.00 0.08 0.06 0.03 0.07 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.08 0.07 0.07 0.15 0.10 0.07 0.04
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.06 0.08 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.25 0.08
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.07 0.11 0.06 0.06 0.09 0.11 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.20 0.04
C4 0.03 0.03 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.05 0.03 0.08 0.09 0.10 0.05
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.12 0.04 0.07 0.07 0.11 0.05 0.05 0.02 0.00 0.01 0.08 0.22 0.09
C5 0.02 0.02 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.06 0.08 0.08 0.06
C5' 0.02 0.04 0.00 0.02 0.05 0.00 0.10 0.00 0.09 0.18 0.04 0.05 0.12 0.18 0.08 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02
C6 0.03 0.01 0.05 0.07 0.02 0.04 0.01 0.09 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.07 0.03 0.06 0.07 0.06 0.04
C8 0.02 0.04 0.02 0.11 0.01 0.12 0.02 0.18 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.00 0.00 0.04 0.10 0.06 0.12 0.12 0.16 0.13
N1 0.05 0.01 0.06 0.06 0.02 0.04 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.07 0.06 0.06 0.11 0.08 0.06 0.02
N3 0.07 0.01 0.08 0.06 0.01 0.07 0.01 0.05 0.04 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.09 0.07 0.07 0.15 0.10 0.08 0.03
N6 0.04 0.03 0.05 0.09 0.02 0.07 0.02 0.12 0.01 0.05 0.02 0.04 0.00 0.05 0.03 0.06 0.09 0.04 0.05 0.08 0.06 0.05
N7 0.02 0.02 0.03 0.11 0.01 0.11 0.01 0.18 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.11 0.05 0.11 0.11 0.12 0.11
N9 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.08 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.06 0.10 0.16 0.09
O2' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.07 0.09 0.06 0.04 0.02 0.00 0.04 0.05 0.07 0.15 0.37 0.17
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.05 0.02 0.07 0.03 0.07 0.10 0.06 0.07 0.09 0.11 0.05 0.04 0.00 0.02 0.08 0.03 0.28 0.09
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.06 0.07 0.04 0.05 0.02 0.05 0.02 0.00 0.06 0.13 0.20 0.10
O5' 0.04 0.15 0.02 0.02 0.08 0.01 0.06 0.00 0.06 0.12 0.11 0.15 0.05 0.11 0.06 0.07 0.08 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.12 0.10 0.06 0.02 0.09 0.08 0.08 0.02 0.07 0.12 0.08 0.10 0.08 0.11 0.10 0.15 0.03 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.07 0.25 0.20 0.10 0.22 0.08 0.05 0.06 0.16 0.06 0.08 0.06 0.12 0.16 0.37 0.28 0.20 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.04 0.08 0.04 0.05 0.09 0.06 0.02 0.04 0.13 0.02 0.03 0.05 0.11 0.09 0.17 0.09 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.09 0.08 0.14 0.14 0.09 0.14 0.16 0.11 0.09 0.11 0.10 0.06 0.16 0.16 0.08 0.29 0.05 0.24 0.04
C2 0.17 0.14 0.08 0.06 0.13 0.12 0.12 0.10 0.12 0.14 0.13 0.16 0.13 0.06 0.15 0.20 0.34 0.16 0.18 0.10
C2' 0.08 0.09 0.08 0.14 0.13 0.10 0.14 0.18 0.12 0.09 0.11 0.11 0.08 0.17 0.16 0.08 0.28 0.06 0.25 0.03
C3' 0.06 0.08 0.05 0.13 0.14 0.09 0.15 0.18 0.12 0.08 0.10 0.09 0.06 0.15 0.17 0.07 0.33 0.08 0.21 0.06
C4 0.09 0.09 0.06 0.11 0.13 0.07 0.12 0.12 0.10 0.09 0.10 0.11 0.07 0.13 0.15 0.10 0.31 0.04 0.22 0.05
C4' 0.09 0.11 0.08 0.15 0.15 0.11 0.16 0.18 0.13 0.10 0.12 0.11 0.04 0.17 0.18 0.09 0.33 0.08 0.21 0.06
C5 0.09 0.10 0.07 0.13 0.14 0.08 0.14 0.16 0.11 0.09 0.11 0.11 0.07 0.15 0.16 0.10 0.30 0.07 0.22 0.06
C5' 0.14 0.15 0.13 0.17 0.19 0.15 0.19 0.21 0.17 0.15 0.17 0.15 0.09 0.19 0.22 0.15 0.39 0.12 0.19 0.12
C6 0.12 0.10 0.07 0.10 0.11 0.08 0.11 0.11 0.09 0.09 0.10 0.12 0.10 0.12 0.14 0.13 0.31 0.05 0.21 0.04
C8 0.11 0.14 0.12 0.19 0.19 0.15 0.20 0.24 0.17 0.14 0.16 0.14 0.07 0.20 0.21 0.11 0.28 0.13 0.25 0.09
N1 0.16 0.13 0.08 0.07 0.12 0.12 0.11 0.10 0.10 0.13 0.12 0.15 0.13 0.07 0.14 0.20 0.33 0.13 0.18 0.09
N3 0.13 0.12 0.07 0.07 0.13 0.09 0.12 0.08 0.10 0.11 0.12 0.14 0.11 0.09 0.15 0.16 0.34 0.12 0.19 0.08
N6 0.11 0.10 0.07 0.12 0.13 0.08 0.13 0.15 0.10 0.10 0.10 0.12 0.10 0.14 0.16 0.12 0.31 0.14 0.21 0.08
N7 0.10 0.14 0.12 0.19 0.19 0.15 0.20 0.25 0.17 0.14 0.16 0.14 0.07 0.20 0.21 0.11 0.27 0.15 0.25 0.10
N9 0.08 0.10 0.08 0.14 0.14 0.09 0.15 0.17 0.12 0.10 0.12 0.11 0.06 0.16 0.17 0.08 0.29 0.06 0.24 0.05
O2' 0.10 0.12 0.10 0.16 0.15 0.11 0.15 0.18 0.13 0.12 0.13 0.14 0.10 0.17 0.17 0.10 0.26 0.07 0.29 0.08
O3' 0.06 0.06 0.04 0.12 0.13 0.08 0.15 0.18 0.12 0.07 0.08 0.07 0.07 0.15 0.16 0.05 0.32 0.08 0.22 0.05
O4' 0.09 0.11 0.10 0.16 0.15 0.11 0.15 0.17 0.13 0.11 0.13 0.12 0.05 0.18 0.18 0.10 0.31 0.07 0.23 0.06
O5' 0.07 0.09 0.07 0.12 0.11 0.08 0.10 0.12 0.08 0.07 0.09 0.11 0.09 0.15 0.14 0.08 0.38 0.13 0.18 0.09
OP1 0.06 0.06 0.06 0.10 0.09 0.05 0.10 0.12 0.07 0.05 0.06 0.10 0.13 0.13 0.12 0.06 0.37 0.11 0.12 0.05
OP2 0.15 0.13 0.18 0.17 0.09 0.15 0.09 0.11 0.09 0.12 0.11 0.18 0.26 0.22 0.11 0.14 0.38 0.13 0.16 0.11
P 0.06 0.06 0.06 0.10 0.09 0.05 0.09 0.11 0.07 0.05 0.06 0.10 0.13 0.13 0.12 0.06 0.37 0.10 0.13 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.13 0.09 0.46 0.11
C2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.03 0.02 0.27 0.10 0.41 0.08
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.01 0.04 0.12 0.00 0.01 0.04 0.01 0.18 0.18 0.37 0.06
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.06 0.01 0.10 0.02 0.11 0.02 0.03 0.11 0.02 0.01 0.07 0.02 0.20 0.23 0.30 0.08
C4 0.03 0.02 0.04 0.06 0.00 0.06 0.01 0.10 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.05 0.01 0.03 0.40 0.13 0.30 0.11
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.13 0.38 0.06
C5 0.01 0.02 0.06 0.10 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.11 0.02 0.02 0.42 0.13 0.30 0.11
C5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.10 0.01 0.12 0.00 0.10 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.12 0.03 0.01 0.16 0.30 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.11 0.02 0.07 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.11 0.03 0.02 0.38 0.12 0.38 0.09
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.27 0.10 0.42 0.09
N3 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.04 0.03 0.02 0.33 0.11 0.36 0.09
O2 0.03 0.01 0.12 0.11 0.02 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.12 0.13 0.03 0.03 0.20 0.10 0.43 0.09
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.07 0.12 0.00 0.05 0.06 0.03 0.07 0.16 0.38 0.06
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.05 0.01 0.11 0.05 0.11 0.01 0.04 0.13 0.05 0.00 0.06 0.01 0.13 0.28 0.24 0.08
O4 0.04 0.03 0.04 0.07 0.01 0.07 0.02 0.12 0.03 0.04 0.03 0.03 0.06 0.06 0.00 0.05 0.42 0.14 0.25 0.13
O4' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.00 0.06 0.06 0.50 0.16
O5' 0.13 0.27 0.18 0.20 0.40 0.01 0.42 0.01 0.38 0.27 0.33 0.20 0.07 0.13 0.42 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.09 0.10 0.18 0.23 0.13 0.13 0.13 0.16 0.12 0.10 0.11 0.10 0.16 0.28 0.14 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.46 0.41 0.37 0.30 0.30 0.38 0.30 0.30 0.38 0.42 0.36 0.43 0.38 0.24 0.25 0.50 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.08 0.06 0.08 0.11 0.06 0.11 0.01 0.09 0.09 0.09 0.09 0.06 0.08 0.13 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00