ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54983

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.001, 0.023, 0.044, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.023 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.002, 0.024, 0.046, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.024 std_dev=0.022
C4 A 0, -0.002, 0.021, 0.045, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.021 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.002, 0.027, 0.052, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.027 std_dev=0.025
N3 A 0, 0.001, 0.027, 0.053, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.027 std_dev=0.026
C5 A 0, -0.002, 0.024, 0.051, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.024 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.002, 0.029, 0.056, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.029 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.002, 0.032, 0.061, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.032 std_dev=0.030
N7 A 0, 0.001, 0.036, 0.071, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.036 std_dev=0.035
N6 A 0, 0.003, 0.045, 0.087, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.045 std_dev=0.042
O4' A 0, 0.037, 0.144, 0.250, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.144 std_dev=0.106
C2' A 0, 0.049, 0.200, 0.351, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.200 std_dev=0.151
P B 0, 0.083, 0.493, 0.903, 1.370 max_d=1.370 avg_d=0.493 std_dev=0.410
C4' A 0, -0.069, 0.377, 0.823, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.377 std_dev=0.446
OP2 B 0, 0.222, 0.669, 1.116, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.669 std_dev=0.447
C5' A 0, -0.044, 0.453, 0.951, 1.502 max_d=1.502 avg_d=0.453 std_dev=0.497
OP1 B 0, 0.346, 0.873, 1.400, 1.739 max_d=1.739 avg_d=0.873 std_dev=0.527
O5' A 0, 0.000, 0.587, 1.174, 1.853 max_d=1.853 avg_d=0.587 std_dev=0.587
O2' A 0, 0.022, 0.639, 1.256, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.639 std_dev=0.617
C3' A 0, -0.163, 0.579, 1.320, 2.138 max_d=2.138 avg_d=0.579 std_dev=0.742
O5' B 0, -0.020, 1.046, 2.112, 2.945 max_d=2.945 avg_d=1.046 std_dev=1.066
P A 0, -0.011, 1.174, 2.359, 3.559 max_d=3.559 avg_d=1.174 std_dev=1.185
OP2 A 0, 0.026, 1.283, 2.540, 3.706 max_d=3.706 avg_d=1.283 std_dev=1.257
O3' A 0, -0.359, 1.063, 2.486, 3.880 max_d=3.880 avg_d=1.063 std_dev=1.422
OP1 A 0, 0.112, 1.783, 3.455, 4.642 max_d=4.642 avg_d=1.783 std_dev=1.672
C5' B 0, -0.187, 1.589, 3.365, 4.694 max_d=4.694 avg_d=1.589 std_dev=1.776
C6 B 0, -0.236, 2.138, 4.511, 7.000 max_d=7.000 avg_d=2.138 std_dev=2.374
C4' B 0, -0.441, 2.131, 4.703, 7.406 max_d=7.406 avg_d=2.131 std_dev=2.572
C5 B 0, -0.129, 2.449, 5.027, 6.254 max_d=6.254 avg_d=2.449 std_dev=2.578
O4' B 0, -0.509, 2.348, 5.206, 8.420 max_d=8.420 avg_d=2.348 std_dev=2.857
C3' B 0, -0.784, 2.110, 5.004, 9.095 max_d=9.095 avg_d=2.110 std_dev=2.894
N1 B 0, -0.659, 2.408, 5.475, 9.509 max_d=9.509 avg_d=2.408 std_dev=3.067
O3' B 0, -0.853, 2.311, 5.474, 9.901 max_d=9.901 avg_d=2.311 std_dev=3.164
C1' B 0, -0.847, 2.450, 5.746, 10.278 max_d=10.278 avg_d=2.450 std_dev=3.297
C2' B 0, -1.132, 2.217, 5.567, 10.898 max_d=10.898 avg_d=2.217 std_dev=3.349
C4 B 0, -0.320, 3.032, 6.385, 8.015 max_d=8.015 avg_d=3.032 std_dev=3.353
C2 B 0, -0.858, 2.896, 6.649, 11.408 max_d=11.408 avg_d=2.896 std_dev=3.754
N3 B 0, -0.616, 3.162, 6.941, 10.515 max_d=10.515 avg_d=3.162 std_dev=3.778
O4 B 0, -0.355, 3.469, 7.292, 9.555 max_d=9.555 avg_d=3.469 std_dev=3.824
O2' B 0, -1.446, 2.671, 6.788, 13.379 max_d=13.379 avg_d=2.671 std_dev=4.117
O2 B 0, -1.197, 3.219, 7.635, 13.724 max_d=13.724 avg_d=3.219 std_dev=4.416

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.05 0.07 0.03 0.04 0.01 0.02 0.29 0.01 0.16 0.45 0.48 0.25
C2 0.06 0.00 0.13 0.09 0.02 0.05 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.47 0.36 0.09 0.08 0.47 0.27 0.13
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.06 0.03 0.05 0.17 0.05 0.12 0.08 0.13 0.07 0.11 0.03 0.01 0.02 0.03 0.41 0.91 0.63 0.61
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.19 0.01 0.34 0.02 0.31 0.45 0.19 0.07 0.41 0.47 0.23 0.02 0.02 0.03 0.11 0.63 0.15 0.24
C4 0.03 0.02 0.06 0.19 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.19 0.05 0.10 0.40 0.32 0.15
C4' 0.01 0.05 0.03 0.01 0.06 0.00 0.15 0.01 0.13 0.24 0.05 0.06 0.20 0.24 0.10 0.30 0.05 0.00 0.04 0.29 0.32 0.08
C5 0.02 0.03 0.05 0.34 0.01 0.15 0.00 0.19 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.35 0.20 0.05 0.21 0.39 0.31 0.23
C5' 0.04 0.05 0.17 0.02 0.09 0.01 0.19 0.00 0.20 0.25 0.12 0.05 0.28 0.29 0.09 0.15 0.19 0.02 0.01 0.26 0.21 0.01
C6 0.03 0.01 0.05 0.31 0.01 0.13 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.42 0.18 0.06 0.23 0.42 0.31 0.25
C8 0.04 0.02 0.12 0.45 0.01 0.24 0.00 0.25 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.22 0.35 0.06 0.25 0.35 0.37 0.24
N1 0.05 0.01 0.08 0.19 0.02 0.05 0.02 0.12 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.47 0.21 0.07 0.15 0.42 0.26 0.17
N3 0.07 0.01 0.13 0.07 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.42 0.41 0.09 0.09 0.49 0.34 0.17
N6 0.03 0.02 0.07 0.41 0.01 0.20 0.02 0.28 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.41 0.27 0.06 0.34 0.49 0.42 0.39
N7 0.04 0.03 0.11 0.47 0.01 0.24 0.01 0.29 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.29 0.38 0.06 0.32 0.45 0.37 0.34
N9 0.01 0.02 0.03 0.23 0.01 0.10 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.20 0.15 0.03 0.10 0.35 0.39 0.16
O2' 0.02 0.47 0.01 0.02 0.34 0.30 0.35 0.15 0.42 0.22 0.47 0.42 0.41 0.29 0.20 0.00 0.05 0.20 0.30 0.93 0.68 0.58
O3' 0.29 0.36 0.02 0.02 0.19 0.05 0.20 0.19 0.18 0.35 0.21 0.41 0.27 0.38 0.15 0.05 0.00 0.20 0.28 0.57 0.22 0.25
O4' 0.01 0.09 0.03 0.03 0.05 0.00 0.05 0.02 0.06 0.06 0.07 0.09 0.06 0.06 0.03 0.20 0.20 0.00 0.15 0.20 0.56 0.23
O5' 0.16 0.08 0.41 0.11 0.10 0.04 0.21 0.01 0.23 0.25 0.15 0.09 0.34 0.32 0.10 0.30 0.28 0.15 0.00 0.02 0.05 0.01
OP1 0.45 0.47 0.91 0.63 0.40 0.29 0.39 0.26 0.42 0.35 0.42 0.49 0.49 0.45 0.35 0.93 0.57 0.20 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.48 0.27 0.63 0.15 0.32 0.32 0.31 0.21 0.31 0.37 0.26 0.34 0.42 0.37 0.39 0.68 0.22 0.56 0.05 0.02 0.00 0.01
P 0.25 0.13 0.61 0.24 0.15 0.08 0.23 0.01 0.25 0.24 0.17 0.17 0.39 0.34 0.16 0.58 0.25 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.96 1.98 1.46 1.22 2.91 0.68 2.30 0.79 1.62 1.49 2.66 1.87 1.60 1.09 3.60 0.43 0.29 0.23 0.21 0.18
C2 1.29 1.80 1.78 1.45 2.34 0.97 2.03 0.90 1.59 1.54 2.16 1.73 1.86 1.23 2.60 0.84 0.52 0.30 0.32 0.24
C2' 1.15 2.28 1.49 1.17 3.17 0.54 2.51 0.58 1.85 1.75 2.96 2.18 1.58 1.03 3.88 0.63 0.42 0.31 0.26 0.26
C3' 1.12 2.23 1.49 1.21 3.23 0.54 2.62 0.52 1.91 1.74 2.94 2.09 1.64 1.11 3.97 0.63 0.52 0.50 0.42 0.47
C4 0.84 1.73 1.31 1.08 2.65 0.63 2.18 0.77 1.51 1.33 2.33 1.58 1.38 0.89 3.20 0.37 0.29 0.23 0.22 0.19
C4' 0.93 2.04 1.42 1.23 3.05 0.64 2.43 0.75 1.70 1.53 2.77 1.90 1.59 1.14 3.80 0.40 0.32 0.30 0.25 0.26
C5 0.44 1.41 0.88 0.72 2.38 0.49 2.01 0.75 1.31 1.04 2.01 1.22 0.92 0.52 2.90 0.10 0.15 0.20 0.18 0.17
C5' 0.73 1.93 1.16 1.02 3.01 0.51 2.41 0.68 1.65 1.42 2.68 1.75 1.31 0.93 3.76 0.28 0.32 0.35 0.29 0.32
C6 0.40 1.17 0.86 0.66 2.00 0.51 1.76 0.76 1.15 0.89 1.66 0.99 0.87 0.44 2.38 0.09 0.14 0.20 0.19 0.16
C8 0.39 1.58 0.79 0.69 2.66 0.49 2.16 0.77 1.39 1.13 2.28 1.39 0.88 0.55 3.32 0.21 0.13 0.19 0.17 0.17
N1 0.89 1.35 1.35 1.06 1.95 0.74 1.76 0.82 1.30 1.15 1.71 1.24 1.35 0.82 2.20 0.53 0.37 0.26 0.28 0.21
N3 1.25 1.97 1.74 1.43 2.67 0.89 2.20 0.85 1.67 1.60 2.46 1.88 1.86 1.24 3.10 0.75 0.47 0.28 0.28 0.23
N6 0.22 0.88 0.53 0.41 1.63 0.63 1.44 0.85 0.86 0.62 1.32 0.74 0.62 0.36 1.97 0.42 0.22 0.16 0.22 0.15
N7 0.26 1.40 0.59 0.52 2.43 0.54 2.01 0.80 1.26 0.99 2.04 1.20 0.70 0.41 3.02 0.36 0.14 0.18 0.17 0.16
N9 0.74 1.78 1.20 1.01 2.78 0.56 2.24 0.76 1.52 1.33 2.46 1.62 1.29 0.84 3.44 0.26 0.24 0.22 0.20 0.18
O2' 1.31 2.15 1.86 1.49 2.78 0.93 2.12 1.04 1.64 1.66 2.71 2.15 2.07 1.34 3.40 0.74 0.37 0.34 0.38 0.28
O3' 1.36 2.22 1.96 1.69 3.11 0.99 2.50 0.93 1.88 1.77 2.87 2.14 2.26 1.68 3.83 0.78 0.50 0.25 0.20 0.27
O4' 0.81 1.86 1.35 1.20 2.86 0.72 2.25 0.87 1.53 1.36 2.57 1.72 1.51 1.09 3.58 0.31 0.24 0.21 0.20 0.17
O5' 0.54 1.79 0.87 0.74 2.89 0.39 2.34 0.62 1.57 1.30 2.53 1.60 1.00 0.63 3.62 0.34 0.34 0.42 0.34 0.38
OP1 0.34 1.36 1.05 0.93 2.44 0.66 1.96 0.91 1.26 0.95 2.07 1.16 1.30 0.83 3.14 0.26 0.29 0.38 0.40 0.35
OP2 0.44 1.46 0.51 0.49 2.49 0.60 2.04 0.72 1.31 1.04 2.12 1.30 0.80 0.49 3.16 0.70 0.37 0.41 0.33 0.36
P 0.34 1.55 0.63 0.53 2.64 0.46 2.14 0.66 1.39 1.10 2.27 1.36 0.86 0.45 3.34 0.48 0.29 0.37 0.28 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.13 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.32 0.02 0.00 0.15 0.18 0.16 0.15
C2 0.02 0.00 0.16 0.26 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.22 0.01 0.05 0.32 0.39 0.49 0.26
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.05 0.02 0.10 0.27 0.12 0.03 0.12 0.27 0.01 0.01 0.06 0.02 0.16 0.19 0.21 0.16
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.41 0.01 0.45 0.02 0.40 0.24 0.33 0.24 0.02 0.01 0.44 0.02 0.39 0.48 0.16 0.29
C4 0.02 0.01 0.05 0.41 0.00 0.16 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.21 0.01 0.04 0.51 0.64 0.76 0.41
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.16 0.00 0.18 0.00 0.17 0.09 0.12 0.09 0.30 0.04 0.17 0.01 0.04 0.18 0.21 0.05
C5 0.02 0.01 0.10 0.45 0.01 0.18 0.00 0.25 0.00 0.01 0.02 0.02 0.28 0.32 0.02 0.06 0.54 0.66 0.69 0.43
C5' 0.13 0.15 0.27 0.02 0.23 0.00 0.25 0.00 0.23 0.16 0.18 0.13 0.10 0.20 0.25 0.02 0.02 0.36 0.35 0.04
C6 0.02 0.01 0.12 0.40 0.01 0.17 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.02 0.23 0.26 0.02 0.07 0.46 0.51 0.48 0.33
N1 0.01 0.01 0.03 0.24 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.21 0.08 0.01 0.02 0.32 0.36 0.38 0.24
N3 0.02 0.01 0.12 0.33 0.01 0.12 0.02 0.18 0.01 0.01 0.00 0.02 0.36 0.15 0.01 0.04 0.42 0.52 0.66 0.34
O2 0.04 0.01 0.27 0.24 0.02 0.09 0.02 0.13 0.02 0.02 0.02 0.00 0.34 0.43 0.02 0.08 0.25 0.32 0.43 0.22
O2' 0.03 0.32 0.01 0.02 0.34 0.30 0.28 0.10 0.23 0.21 0.36 0.34 0.00 0.05 0.37 0.21 0.27 0.30 0.14 0.15
O3' 0.32 0.22 0.01 0.01 0.21 0.04 0.32 0.20 0.26 0.08 0.15 0.43 0.05 0.00 0.25 0.27 0.48 0.67 0.38 0.49
O4 0.02 0.01 0.06 0.44 0.01 0.17 0.02 0.25 0.02 0.01 0.01 0.02 0.37 0.25 0.00 0.05 0.54 0.71 0.86 0.46
O4' 0.00 0.05 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.04 0.08 0.21 0.27 0.05 0.00 0.16 0.18 0.21 0.17
O5' 0.15 0.32 0.16 0.39 0.51 0.04 0.54 0.02 0.46 0.32 0.42 0.25 0.27 0.48 0.54 0.16 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.18 0.39 0.19 0.48 0.64 0.18 0.66 0.36 0.51 0.36 0.52 0.32 0.30 0.67 0.71 0.18 0.03 0.00 0.03 0.00
OP2 0.16 0.49 0.21 0.16 0.76 0.21 0.69 0.35 0.48 0.38 0.66 0.43 0.14 0.38 0.86 0.21 0.01 0.03 0.00 0.02
P 0.15 0.26 0.16 0.29 0.41 0.05 0.43 0.04 0.33 0.24 0.34 0.22 0.15 0.49 0.46 0.17 0.01 0.00 0.02 0.00