ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54985

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 1, 1, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.012, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.006, 0.020, 0.033, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.024 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.010, 0.028, 0.046, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.012, 0.031, 0.049, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.031 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.010, 0.029, 0.048, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.005, 0.027, 0.048, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.027 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.007, 0.030, 0.052, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.030 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.017, 0.042, 0.067, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.042 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.015, 0.042, 0.069, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.042 std_dev=0.027
C2' A 0, 0.074, 0.174, 0.274, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.174 std_dev=0.100
P B 0, 0.068, 0.278, 0.488, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.278 std_dev=0.210
O4' A 0, 0.075, 0.309, 0.543, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.309 std_dev=0.234
OP1 B 0, 0.037, 0.357, 0.677, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.357 std_dev=0.320
O2' A 0, 0.077, 0.485, 0.893, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.485 std_dev=0.408
OP2 B 0, 0.041, 0.452, 0.863, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.452 std_dev=0.411
C5' A 0, 0.170, 0.632, 1.094, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.632 std_dev=0.462
C4' A 0, 0.067, 0.537, 1.007, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.537 std_dev=0.470
O4' B 0, 0.122, 0.666, 1.210, 1.829 max_d=1.829 avg_d=0.666 std_dev=0.544
O5' B 0, 0.048, 0.624, 1.200, 1.650 max_d=1.650 avg_d=0.624 std_dev=0.576
O5' A 0, 0.157, 0.750, 1.343, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.750 std_dev=0.593
C1' B 0, 0.115, 0.756, 1.397, 1.896 max_d=1.896 avg_d=0.756 std_dev=0.641
C3' A 0, -0.098, 0.592, 1.281, 1.778 max_d=1.778 avg_d=0.592 std_dev=0.690
P A 0, 0.349, 1.092, 1.834, 1.952 max_d=1.952 avg_d=1.092 std_dev=0.742
OP1 A 0, 0.795, 1.829, 2.863, 3.020 max_d=3.020 avg_d=1.829 std_dev=1.034
C4' B 0, 0.009, 1.073, 2.137, 3.132 max_d=3.132 avg_d=1.073 std_dev=1.064
C5' B 0, -0.189, 0.908, 2.005, 3.079 max_d=3.079 avg_d=0.908 std_dev=1.097
O3' A 0, -0.342, 0.904, 2.150, 3.102 max_d=3.102 avg_d=0.904 std_dev=1.246
OP2 A 0, 0.822, 2.122, 3.422, 3.581 max_d=3.581 avg_d=2.122 std_dev=1.300
C2' B 0, -0.128, 1.256, 2.640, 4.310 max_d=4.310 avg_d=1.256 std_dev=1.384
O2' B 0, -0.070, 1.396, 2.861, 4.654 max_d=4.654 avg_d=1.396 std_dev=1.465
N1 B 0, -0.101, 1.414, 2.928, 4.036 max_d=4.036 avg_d=1.414 std_dev=1.515
C3' B 0, -0.112, 1.629, 3.370, 5.113 max_d=5.113 avg_d=1.629 std_dev=1.741
O2 B 0, -0.439, 1.503, 3.445, 5.633 max_d=5.633 avg_d=1.503 std_dev=1.942
C6 B 0, -0.172, 1.857, 3.887, 5.304 max_d=5.304 avg_d=1.857 std_dev=2.029
C2 B 0, -0.411, 1.712, 3.835, 5.678 max_d=5.678 avg_d=1.712 std_dev=2.123
O3' B 0, 0.298, 2.528, 4.758, 6.673 max_d=6.673 avg_d=2.528 std_dev=2.230
C5 B 0, -0.514, 2.557, 5.628, 7.944 max_d=7.944 avg_d=2.557 std_dev=3.071
N3 B 0, -0.745, 2.397, 5.540, 7.940 max_d=7.940 avg_d=2.397 std_dev=3.143
C4 B 0, -0.821, 2.854, 6.529, 9.259 max_d=9.259 avg_d=2.854 std_dev=3.675
O4 B 0, -1.134, 3.512, 8.158, 11.676 max_d=11.676 avg_d=3.512 std_dev=4.646

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.03 0.20 0.00 0.18 0.47 0.26 0.18
C2 0.04 0.00 0.09 0.08 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.41 0.26 0.12 0.21 0.80 0.60 0.29
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.03 0.06 0.17 0.07 0.05 0.08 0.09 0.07 0.05 0.03 0.00 0.03 0.03 0.38 0.73 0.59 0.49
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.18 0.00 0.29 0.02 0.27 0.36 0.18 0.05 0.33 0.39 0.21 0.01 0.01 0.01 0.07 0.49 0.30 0.19
C4 0.02 0.01 0.06 0.18 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.31 0.11 0.06 0.19 0.72 0.56 0.26
C4' 0.01 0.05 0.03 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.09 0.18 0.04 0.05 0.12 0.18 0.08 0.25 0.03 0.00 0.02 0.32 0.21 0.06
C5 0.01 0.01 0.06 0.29 0.00 0.11 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.32 0.13 0.03 0.25 0.82 0.79 0.37
C5' 0.10 0.11 0.17 0.02 0.10 0.01 0.14 0.00 0.14 0.18 0.11 0.11 0.18 0.20 0.10 0.09 0.19 0.01 0.00 0.36 0.41 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.27 0.01 0.09 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.38 0.11 0.05 0.26 0.88 0.87 0.40
C8 0.01 0.01 0.05 0.36 0.00 0.18 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.26 0.08 0.25 0.72 0.68 0.33
N1 0.03 0.00 0.08 0.18 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.41 0.14 0.09 0.23 0.86 0.76 0.35
N3 0.04 0.01 0.09 0.05 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.37 0.29 0.12 0.21 0.73 0.49 0.26
N6 0.01 0.01 0.07 0.33 0.00 0.12 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.38 0.18 0.03 0.32 0.95 1.04 0.49
N7 0.00 0.01 0.05 0.39 0.00 0.18 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.25 0.27 0.05 0.32 0.85 0.91 0.45
N9 0.00 0.01 0.03 0.21 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.08 0.01 0.15 0.62 0.44 0.20
O2' 0.03 0.41 0.00 0.01 0.31 0.25 0.32 0.09 0.38 0.18 0.41 0.37 0.38 0.25 0.19 0.00 0.05 0.18 0.26 0.69 0.69 0.43
O3' 0.20 0.26 0.03 0.01 0.11 0.03 0.13 0.19 0.11 0.26 0.14 0.29 0.18 0.27 0.08 0.05 0.00 0.14 0.20 0.59 0.31 0.22
O4' 0.00 0.12 0.03 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.08 0.09 0.12 0.03 0.05 0.01 0.18 0.14 0.00 0.11 0.18 0.23 0.12
O5' 0.18 0.21 0.38 0.07 0.19 0.02 0.25 0.00 0.26 0.25 0.23 0.21 0.32 0.32 0.15 0.26 0.20 0.11 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.47 0.80 0.73 0.49 0.72 0.32 0.82 0.36 0.88 0.72 0.86 0.73 0.95 0.85 0.62 0.69 0.59 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.26 0.60 0.59 0.30 0.56 0.21 0.79 0.41 0.87 0.68 0.76 0.49 1.04 0.91 0.44 0.69 0.31 0.23 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.29 0.49 0.19 0.26 0.06 0.37 0.01 0.40 0.33 0.35 0.26 0.49 0.45 0.20 0.43 0.22 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.68 0.87 1.48 1.63 0.71 0.67 0.60 0.70 0.58 0.69 0.86 1.06 1.53 1.94 0.76 0.60 0.56 0.18 0.13 0.18
C2 0.62 0.70 1.33 1.47 0.52 0.57 0.49 0.56 0.54 0.61 0.64 0.84 1.25 1.59 0.49 0.62 0.51 0.20 0.23 0.17
C2' 0.68 0.91 1.39 1.43 0.71 0.55 0.61 0.53 0.63 0.73 0.88 1.10 1.41 1.63 0.70 0.66 0.51 0.16 0.17 0.16
C3' 0.67 0.88 1.46 1.47 0.67 0.54 0.58 0.49 0.60 0.70 0.83 1.08 1.55 1.72 0.66 0.63 0.48 0.15 0.28 0.18
C4 0.61 0.70 1.34 1.52 0.57 0.60 0.53 0.63 0.53 0.60 0.67 0.84 1.33 1.76 0.60 0.60 0.55 0.16 0.14 0.17
C4' 0.71 0.88 1.55 1.68 0.73 0.71 0.62 0.72 0.59 0.70 0.87 1.09 1.66 2.03 0.79 0.59 0.56 0.12 0.12 0.14
C5 0.54 0.56 1.21 1.42 0.51 0.55 0.49 0.61 0.48 0.51 0.54 0.66 1.18 1.63 0.55 0.57 0.56 0.13 0.10 0.17
C5' 0.72 0.86 1.52 1.67 0.78 0.72 0.71 0.72 0.66 0.72 0.86 1.03 1.62 2.02 0.85 0.64 0.62 0.16 0.16 0.23
C6 0.49 0.45 1.08 1.30 0.41 0.51 0.43 0.56 0.44 0.45 0.42 0.52 1.02 1.43 0.44 0.57 0.55 0.14 0.11 0.17
C8 0.56 0.65 1.29 1.50 0.62 0.58 0.56 0.65 0.51 0.55 0.66 0.77 1.31 1.78 0.69 0.57 0.55 0.12 0.09 0.17
N1 0.54 0.51 1.14 1.34 0.39 0.53 0.43 0.54 0.48 0.50 0.44 0.60 1.04 1.40 0.37 0.60 0.55 0.18 0.20 0.17
N3 0.64 0.79 1.40 1.54 0.60 0.60 0.53 0.60 0.56 0.65 0.75 0.95 1.38 1.75 0.59 0.61 0.52 0.19 0.21 0.17
N6 0.41 0.33 0.89 1.10 0.40 0.44 0.40 0.50 0.38 0.35 0.35 0.36 0.83 1.21 0.46 0.52 0.53 0.11 0.12 0.19
N7 0.52 0.55 1.18 1.40 0.56 0.54 0.53 0.61 0.48 0.49 0.56 0.63 1.18 1.65 0.64 0.55 0.55 0.11 0.09 0.17
N9 0.61 0.75 1.38 1.56 0.64 0.61 0.56 0.66 0.54 0.61 0.73 0.90 1.39 1.84 0.68 0.59 0.55 0.15 0.12 0.17
O2' 0.92 1.19 1.81 1.80 0.98 0.83 0.86 0.90 0.88 0.99 1.17 1.39 1.80 1.94 0.97 0.55 0.79 0.58 0.47 0.56
O3' 0.88 1.11 1.84 1.77 0.83 0.74 0.69 0.75 0.73 0.91 1.05 1.35 1.97 1.99 0.80 0.45 0.56 0.22 0.25 0.19
O4' 0.72 0.89 1.57 1.78 0.80 0.81 0.67 0.84 0.60 0.70 0.90 1.08 1.67 2.18 0.91 0.60 0.62 0.20 0.11 0.21
O5' 0.72 0.84 1.43 1.52 0.79 0.63 0.76 0.58 0.73 0.74 0.84 0.96 1.50 1.81 0.84 0.70 0.59 0.29 0.33 0.33
OP1 1.18 1.19 1.91 2.01 1.19 1.19 1.24 1.29 1.24 1.20 1.18 1.25 1.91 2.20 1.20 1.04 1.34 1.02 1.00 1.10
OP2 0.70 0.86 1.02 1.07 1.09 0.60 1.08 0.54 0.92 0.81 0.98 0.84 1.13 1.37 1.21 0.96 0.78 1.06 1.08 0.99
P 0.70 0.80 1.33 1.43 0.85 0.63 0.85 0.59 0.78 0.74 0.83 0.87 1.40 1.72 0.93 0.78 0.70 0.53 0.55 0.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.12 0.01 0.03 0.05 0.09 0.03 0.15 0.04 0.01 0.10 0.26 0.20 0.13
C2 0.06 0.00 0.12 0.22 0.01 0.22 0.02 0.57 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.18 0.01 0.09 0.38 0.71 0.49 0.42
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.16 0.14 0.18 0.03 0.07 0.24 0.01 0.04 0.06 0.02 0.27 0.14 0.54 0.32
C3' 0.02 0.22 0.00 0.00 0.13 0.00 0.18 0.02 0.20 0.08 0.20 0.33 0.02 0.01 0.15 0.01 0.35 0.18 0.58 0.28
C4 0.04 0.01 0.06 0.13 0.00 0.23 0.00 0.63 0.01 0.02 0.01 0.01 0.21 0.07 0.00 0.04 0.50 0.85 0.75 0.54
C4' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.23 0.00 0.19 0.00 0.14 0.13 0.25 0.23 0.13 0.03 0.25 0.01 0.01 0.18 0.18 0.05
C5 0.02 0.02 0.16 0.18 0.00 0.19 0.00 0.50 0.00 0.02 0.01 0.02 0.19 0.11 0.00 0.04 0.40 0.53 0.60 0.35
C5' 0.12 0.57 0.14 0.02 0.63 0.00 0.50 0.00 0.38 0.39 0.67 0.57 0.04 0.13 0.68 0.03 0.00 0.13 0.27 0.01
C6 0.01 0.01 0.18 0.20 0.01 0.14 0.00 0.38 0.00 0.01 0.00 0.02 0.15 0.13 0.01 0.05 0.27 0.29 0.37 0.19
N1 0.03 0.01 0.03 0.08 0.02 0.13 0.02 0.39 0.01 0.00 0.01 0.02 0.12 0.09 0.02 0.03 0.24 0.40 0.33 0.22
N3 0.05 0.01 0.07 0.20 0.01 0.25 0.01 0.67 0.00 0.01 0.00 0.01 0.20 0.15 0.01 0.08 0.49 0.90 0.68 0.56
O2 0.09 0.00 0.24 0.33 0.01 0.23 0.02 0.57 0.02 0.02 0.01 0.00 0.18 0.29 0.01 0.14 0.36 0.76 0.45 0.43
O2' 0.03 0.17 0.01 0.02 0.21 0.13 0.19 0.04 0.15 0.12 0.20 0.18 0.00 0.07 0.22 0.09 0.25 0.18 0.55 0.31
O3' 0.15 0.18 0.04 0.01 0.07 0.03 0.11 0.13 0.13 0.09 0.15 0.29 0.07 0.00 0.07 0.15 0.33 0.24 0.58 0.25
O4 0.04 0.01 0.06 0.15 0.00 0.25 0.00 0.68 0.01 0.02 0.01 0.01 0.22 0.07 0.00 0.05 0.55 0.99 0.87 0.63
O4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.03 0.08 0.14 0.09 0.15 0.05 0.00 0.07 0.37 0.16 0.13
O5' 0.10 0.38 0.27 0.35 0.50 0.01 0.40 0.00 0.27 0.24 0.49 0.36 0.25 0.33 0.55 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.26 0.71 0.14 0.18 0.85 0.18 0.53 0.13 0.29 0.40 0.90 0.76 0.18 0.24 0.99 0.37 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.20 0.49 0.54 0.58 0.75 0.18 0.60 0.27 0.37 0.33 0.68 0.45 0.55 0.58 0.87 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.42 0.32 0.28 0.54 0.05 0.35 0.01 0.19 0.22 0.56 0.43 0.31 0.25 0.63 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00