ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54986

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.015, 0.027, 0.039, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.027 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.012, 0.024, 0.037, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.024 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.010, 0.023, 0.035, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.024 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.018, 0.036, 0.053, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.036 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.021, 0.041, 0.060, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.041 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.013, 0.037, 0.060, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.037 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.034, 0.064, 0.094, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.064 std_dev=0.030
N6 A 0, 0.021, 0.053, 0.084, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.053 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.011, 0.051, 0.091, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.051 std_dev=0.040
OP1 B 0, 0.221, 0.575, 0.929, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.575 std_dev=0.354
P B 0, 0.359, 0.770, 1.182, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.770 std_dev=0.411
O3' A 0, 0.421, 0.888, 1.355, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.888 std_dev=0.467
OP2 B 0, 0.463, 0.954, 1.445, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.954 std_dev=0.491
C3' A 0, 0.481, 1.076, 1.671, 1.546 max_d=1.546 avg_d=1.076 std_dev=0.595
O4' A 0, 0.553, 1.302, 2.050, 1.895 max_d=1.895 avg_d=1.302 std_dev=0.748
C2' A 0, 0.628, 1.470, 2.312, 2.139 max_d=2.139 avg_d=1.470 std_dev=0.842
C4' A 0, 0.636, 1.482, 2.327, 2.194 max_d=2.194 avg_d=1.482 std_dev=0.845
O5' B 0, 1.157, 2.483, 3.809, 3.452 max_d=3.452 avg_d=2.483 std_dev=1.326
O2' A 0, 1.069, 2.521, 3.973, 3.775 max_d=3.775 avg_d=2.521 std_dev=1.452
C5' A 0, 1.297, 3.052, 4.806, 4.523 max_d=4.523 avg_d=3.052 std_dev=1.755
C5' B 0, 1.619, 3.512, 5.406, 5.151 max_d=5.151 avg_d=3.512 std_dev=1.893
C5 B 0, 1.755, 3.725, 5.695, 5.263 max_d=5.263 avg_d=3.725 std_dev=1.970
C6 B 0, 1.822, 3.900, 5.977, 5.657 max_d=5.657 avg_d=3.900 std_dev=2.078
O5' A 0, 1.572, 3.668, 5.763, 5.377 max_d=5.377 avg_d=3.668 std_dev=2.096
C4' B 0, 2.166, 4.681, 7.196, 6.848 max_d=6.848 avg_d=4.681 std_dev=2.515
C4 B 0, 2.202, 4.731, 7.260, 6.675 max_d=6.675 avg_d=4.731 std_dev=2.529
O4 B 0, 2.209, 4.754, 7.299, 6.489 max_d=6.489 avg_d=4.754 std_dev=2.545
C3' B 0, 2.289, 4.871, 7.453, 7.065 max_d=7.065 avg_d=4.871 std_dev=2.582
OP1 A 0, 1.906, 4.589, 7.271, 7.222 max_d=7.222 avg_d=4.589 std_dev=2.683
P A 0, 1.972, 4.667, 7.361, 6.981 max_d=6.981 avg_d=4.667 std_dev=2.694
O4' B 0, 2.251, 4.965, 7.678, 7.547 max_d=7.547 avg_d=4.965 std_dev=2.713
N1 B 0, 2.297, 5.048, 7.799, 7.464 max_d=7.464 avg_d=5.048 std_dev=2.751
C2' B 0, 2.476, 5.343, 8.210, 7.756 max_d=7.756 avg_d=5.343 std_dev=2.867
C1' B 0, 2.408, 5.328, 8.249, 7.962 max_d=7.962 avg_d=5.328 std_dev=2.921
OP2 A 0, 2.240, 5.164, 8.089, 7.679 max_d=7.679 avg_d=5.164 std_dev=2.924
O3' B 0, 2.814, 5.802, 8.790, 8.138 max_d=8.138 avg_d=5.802 std_dev=2.988
N3 B 0, 2.660, 5.815, 8.970, 8.417 max_d=8.417 avg_d=5.815 std_dev=3.155
O2' B 0, 2.781, 6.038, 9.294, 9.177 max_d=9.177 avg_d=6.038 std_dev=3.257
C2 B 0, 2.735, 6.049, 9.363, 8.937 max_d=8.937 avg_d=6.049 std_dev=3.314
O2 B 0, 3.165, 7.107, 11.048, 10.615 max_d=10.615 avg_d=7.107 std_dev=3.941

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.14 0.01 0.15 0.55 0.24 0.10
C2 0.03 0.00 0.36 0.14 0.02 0.25 0.03 0.32 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.67 0.18 0.33 0.32 0.57 0.54 0.27
C2' 0.00 0.36 0.00 0.01 0.17 0.03 0.09 0.11 0.16 0.21 0.27 0.35 0.11 0.13 0.05 0.01 0.04 0.04 0.19 0.37 0.47 0.21
C3' 0.03 0.14 0.01 0.00 0.07 0.00 0.06 0.02 0.07 0.08 0.11 0.12 0.07 0.07 0.04 0.05 0.01 0.01 0.07 0.38 0.33 0.23
C4 0.01 0.02 0.17 0.07 0.00 0.11 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.29 0.15 0.18 0.27 0.63 0.45 0.25
C4' 0.01 0.25 0.03 0.00 0.11 0.00 0.04 0.01 0.10 0.17 0.19 0.24 0.06 0.11 0.03 0.05 0.05 0.01 0.03 0.35 0.19 0.11
C5 0.01 0.03 0.09 0.06 0.01 0.04 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.14 0.08 0.33 0.74 0.54 0.36
C5' 0.07 0.32 0.11 0.02 0.17 0.01 0.18 0.00 0.19 0.36 0.26 0.29 0.19 0.31 0.17 0.09 0.10 0.01 0.02 0.15 0.10 0.02
C6 0.01 0.02 0.16 0.07 0.01 0.10 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.26 0.14 0.15 0.33 0.72 0.61 0.36
C8 0.01 0.03 0.21 0.08 0.01 0.17 0.01 0.36 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.38 0.17 0.20 0.42 0.86 0.38 0.43
N1 0.02 0.00 0.27 0.11 0.01 0.19 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.50 0.16 0.26 0.32 0.63 0.61 0.31
N3 0.03 0.01 0.35 0.12 0.01 0.24 0.01 0.29 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.65 0.17 0.33 0.29 0.55 0.45 0.23
N6 0.02 0.02 0.11 0.07 0.01 0.06 0.01 0.19 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.17 0.14 0.10 0.35 0.79 0.67 0.42
N7 0.01 0.03 0.13 0.07 0.01 0.11 0.01 0.31 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.26 0.16 0.10 0.41 0.87 0.51 0.47
N9 0.00 0.02 0.05 0.04 0.00 0.03 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.07 0.15 0.01 0.27 0.67 0.34 0.24
O2' 0.03 0.67 0.01 0.05 0.29 0.05 0.13 0.09 0.26 0.38 0.50 0.65 0.17 0.26 0.07 0.00 0.11 0.04 0.20 0.41 0.61 0.29
O3' 0.14 0.18 0.04 0.01 0.15 0.05 0.14 0.10 0.14 0.17 0.16 0.17 0.14 0.16 0.15 0.11 0.00 0.07 0.07 0.42 0.33 0.24
O4' 0.01 0.33 0.04 0.01 0.18 0.01 0.08 0.01 0.15 0.20 0.26 0.33 0.10 0.10 0.01 0.04 0.07 0.00 0.09 0.70 0.20 0.22
O5' 0.15 0.32 0.19 0.07 0.27 0.03 0.33 0.02 0.33 0.42 0.32 0.29 0.35 0.41 0.27 0.20 0.07 0.09 0.00 0.17 0.10 0.01
OP1 0.55 0.57 0.37 0.38 0.63 0.35 0.74 0.15 0.72 0.86 0.63 0.55 0.79 0.87 0.67 0.41 0.42 0.70 0.17 0.00 0.04 0.02
OP2 0.24 0.54 0.47 0.33 0.45 0.19 0.54 0.10 0.61 0.38 0.61 0.45 0.67 0.51 0.34 0.61 0.33 0.20 0.10 0.04 0.00 0.01
P 0.10 0.27 0.21 0.23 0.25 0.11 0.36 0.02 0.36 0.43 0.31 0.23 0.42 0.47 0.24 0.29 0.24 0.22 0.01 0.02 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.92 0.74 1.01 1.01 0.31 0.92 0.21 0.72 0.36 0.65 0.54 0.97 1.09 1.19 0.24 0.83 0.51 0.35 0.22 0.21
C2 0.83 0.63 0.93 0.91 0.39 0.95 0.33 0.82 0.39 0.60 0.50 0.79 0.87 1.02 0.40 0.86 0.61 0.45 0.16 0.26
C2' 1.17 1.06 1.18 1.17 0.68 1.12 0.54 0.89 0.67 0.95 0.91 1.30 1.20 1.31 0.62 1.09 0.73 0.40 0.32 0.41
C3' 1.12 1.00 1.15 1.12 0.57 1.08 0.43 0.83 0.57 0.88 0.82 1.25 1.21 1.29 0.49 1.05 0.64 0.37 0.24 0.30
C4 0.84 0.62 0.96 0.96 0.23 0.88 0.16 0.71 0.30 0.57 0.44 0.83 0.99 1.12 0.18 0.77 0.50 0.35 0.20 0.21
C4' 0.92 0.73 0.99 0.97 0.22 0.89 0.12 0.67 0.30 0.63 0.51 1.00 1.13 1.17 0.13 0.82 0.41 0.35 0.29 0.12
C5 0.77 0.57 0.92 0.93 0.18 0.78 0.10 0.63 0.24 0.51 0.39 0.77 0.97 1.08 0.11 0.66 0.42 0.28 0.25 0.18
C5' 0.94 0.78 0.99 0.95 0.26 0.88 0.14 0.60 0.30 0.65 0.56 1.08 1.12 1.14 0.16 0.84 0.49 0.43 0.44 0.25
C6 0.67 0.45 0.85 0.86 0.10 0.72 0.08 0.60 0.17 0.41 0.28 0.62 0.85 0.95 0.10 0.60 0.44 0.31 0.23 0.19
C8 0.87 0.72 1.00 1.00 0.31 0.80 0.20 0.64 0.33 0.63 0.54 0.95 1.13 1.18 0.23 0.71 0.38 0.23 0.28 0.16
N1 0.72 0.49 0.87 0.85 0.27 0.83 0.23 0.73 0.28 0.47 0.36 0.64 0.81 0.93 0.28 0.72 0.56 0.43 0.17 0.24
N3 0.87 0.67 0.96 0.95 0.36 0.96 0.29 0.80 0.38 0.62 0.51 0.85 0.95 1.09 0.34 0.87 0.58 0.42 0.16 0.24
N6 0.58 0.39 0.78 0.78 0.16 0.55 0.16 0.46 0.16 0.35 0.26 0.54 0.80 0.82 0.17 0.46 0.33 0.18 0.32 0.15
N7 0.82 0.68 0.97 0.97 0.30 0.75 0.22 0.61 0.32 0.59 0.51 0.89 1.08 1.13 0.24 0.66 0.34 0.19 0.31 0.14
N9 0.88 0.69 0.99 0.99 0.26 0.87 0.16 0.69 0.32 0.61 0.49 0.92 1.07 1.17 0.17 0.77 0.46 0.31 0.23 0.19
O2' 1.29 1.23 1.28 1.28 0.91 1.25 0.77 1.04 0.87 1.12 1.10 1.43 1.20 1.39 0.87 1.23 0.87 0.47 0.46 0.56
O3' 1.08 0.94 1.13 1.12 0.54 1.08 0.43 0.87 0.56 0.85 0.77 1.18 1.15 1.27 0.48 1.03 0.61 0.32 0.22 0.31
O4' 0.83 0.62 0.94 0.92 0.14 0.81 0.12 0.62 0.23 0.54 0.40 0.88 1.11 1.14 0.11 0.72 0.32 0.36 0.32 0.10
O5' 1.06 0.96 1.07 1.04 0.47 0.98 0.34 0.65 0.48 0.81 0.76 1.25 1.17 1.19 0.38 0.97 0.65 0.50 0.53 0.41
OP1 1.58 1.52 1.63 1.56 1.05 1.46 0.92 1.20 1.05 1.37 1.33 1.81 1.75 1.80 0.97 1.44 1.10 0.72 0.73 0.78
OP2 1.39 1.39 1.30 1.29 0.99 1.24 0.85 0.86 0.94 1.22 1.24 1.67 1.27 1.42 0.93 1.30 1.08 0.75 0.91 0.80
P 1.33 1.27 1.33 1.26 0.78 1.18 0.61 0.83 0.76 1.10 1.08 1.58 1.43 1.46 0.69 1.20 0.88 0.49 0.62 0.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.03 0.05 0.03 0.05 0.09 0.03 0.03 0.04 0.06 0.04 0.28 0.06 0.01 0.29 0.48 0.14 0.18
C2 0.04 0.00 0.15 0.10 0.01 0.07 0.02 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00 0.28 0.30 0.02 0.10 0.36 0.35 0.35 0.25
C2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.14 0.03 0.21 0.17 0.22 0.08 0.13 0.27 0.01 0.09 0.14 0.03 0.34 0.77 0.45 0.44
C3' 0.03 0.10 0.01 0.00 0.14 0.01 0.15 0.05 0.14 0.08 0.12 0.12 0.10 0.02 0.14 0.01 0.11 0.60 0.21 0.15
C4 0.05 0.01 0.14 0.14 0.00 0.11 0.01 0.36 0.01 0.02 0.01 0.01 0.38 0.17 0.01 0.04 0.41 0.29 0.52 0.39
C4' 0.03 0.07 0.03 0.01 0.11 0.00 0.12 0.02 0.11 0.07 0.09 0.08 0.29 0.08 0.11 0.01 0.03 0.32 0.10 0.06
C5 0.05 0.02 0.21 0.15 0.01 0.12 0.00 0.37 0.02 0.02 0.01 0.02 0.40 0.10 0.02 0.07 0.41 0.30 0.49 0.41
C5' 0.09 0.25 0.17 0.05 0.36 0.02 0.37 0.00 0.33 0.25 0.31 0.20 0.12 0.19 0.36 0.04 0.02 0.21 0.11 0.02
C6 0.03 0.01 0.22 0.14 0.01 0.11 0.02 0.33 0.00 0.01 0.01 0.02 0.34 0.11 0.03 0.08 0.39 0.27 0.36 0.31
N1 0.03 0.01 0.08 0.08 0.02 0.07 0.02 0.25 0.01 0.00 0.01 0.02 0.22 0.21 0.03 0.03 0.35 0.34 0.28 0.23
N3 0.04 0.01 0.13 0.12 0.01 0.09 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00 0.02 0.33 0.26 0.01 0.08 0.39 0.30 0.45 0.33
O2 0.06 0.00 0.27 0.12 0.01 0.08 0.02 0.20 0.02 0.02 0.02 0.00 0.36 0.40 0.02 0.17 0.31 0.41 0.29 0.20
O2' 0.04 0.28 0.01 0.10 0.38 0.29 0.40 0.12 0.34 0.22 0.33 0.36 0.00 0.25 0.40 0.19 0.30 0.89 0.61 0.50
O3' 0.28 0.30 0.09 0.02 0.17 0.08 0.10 0.19 0.11 0.21 0.26 0.40 0.25 0.00 0.17 0.19 0.31 0.49 0.45 0.23
O4 0.06 0.02 0.14 0.14 0.01 0.11 0.02 0.36 0.03 0.03 0.01 0.02 0.40 0.17 0.00 0.06 0.42 0.30 0.57 0.43
O4' 0.01 0.10 0.03 0.01 0.04 0.01 0.07 0.04 0.08 0.03 0.08 0.17 0.19 0.19 0.06 0.00 0.32 0.38 0.23 0.24
O5' 0.29 0.36 0.34 0.11 0.41 0.03 0.41 0.02 0.39 0.35 0.39 0.31 0.30 0.31 0.42 0.32 0.00 0.05 0.04 0.01
OP1 0.48 0.35 0.77 0.60 0.29 0.32 0.30 0.21 0.27 0.34 0.30 0.41 0.89 0.49 0.30 0.38 0.05 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.35 0.45 0.21 0.52 0.10 0.49 0.11 0.36 0.28 0.45 0.29 0.61 0.45 0.57 0.23 0.04 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.25 0.44 0.15 0.39 0.06 0.41 0.02 0.31 0.23 0.33 0.20 0.50 0.23 0.43 0.24 0.01 0.00 0.01 0.00