ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54988

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.009, 0.020, 0.032, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.011, 0.026, 0.040, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.026 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.012, 0.030, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.030 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.018, 0.042, 0.067, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.042 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.013, 0.040, 0.067, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.023, 0.056, 0.089, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.056 std_dev=0.033
O3' A 0, 0.056, 0.135, 0.214, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.135 std_dev=0.079
P A 0, 0.129, 0.300, 0.471, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.300 std_dev=0.171
C3' A 0, 0.075, 0.257, 0.439, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.257 std_dev=0.182
O4' A 0, 0.087, 0.299, 0.511, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.299 std_dev=0.212
O5' A 0, 0.096, 0.321, 0.545, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.321 std_dev=0.224
OP1 A 0, 0.119, 0.354, 0.590, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.354 std_dev=0.235
C2' A 0, 0.109, 0.365, 0.620, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.365 std_dev=0.255
P B 0, 0.157, 0.427, 0.696, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.427 std_dev=0.270
C4' A 0, 0.144, 0.424, 0.704, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.424 std_dev=0.280
C3' B 0, 0.184, 0.533, 0.882, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.533 std_dev=0.349
OP2 B 0, 0.216, 0.574, 0.933, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.574 std_dev=0.358
OP2 A 0, 0.035, 0.430, 0.824, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.430 std_dev=0.395
O5' B 0, 0.026, 0.480, 0.933, 1.470 max_d=1.470 avg_d=0.480 std_dev=0.453
O2' A 0, 0.204, 0.676, 1.148, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.676 std_dev=0.472
C5' A 0, 0.287, 0.822, 1.357, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.822 std_dev=0.535
C2' B 0, 0.248, 0.856, 1.465, 1.899 max_d=1.899 avg_d=0.856 std_dev=0.609
OP1 B 0, 0.240, 0.864, 1.487, 1.829 max_d=1.829 avg_d=0.864 std_dev=0.623
O2' B 0, 0.355, 1.077, 1.798, 2.169 max_d=2.169 avg_d=1.077 std_dev=0.722
C4' B 0, 0.017, 0.771, 1.525, 2.430 max_d=2.430 avg_d=0.771 std_dev=0.754
O3' B 0, 0.067, 0.938, 1.810, 2.834 max_d=2.834 avg_d=0.938 std_dev=0.872
C5' B 0, -0.092, 0.881, 1.854, 2.993 max_d=2.993 avg_d=0.881 std_dev=0.973
O4' B 0, -0.167, 1.024, 2.215, 3.796 max_d=3.796 avg_d=1.024 std_dev=1.191
C1' B 0, -0.182, 1.111, 2.404, 4.130 max_d=4.130 avg_d=1.111 std_dev=1.293
C6 B 0, -0.088, 1.540, 3.169, 5.238 max_d=5.238 avg_d=1.540 std_dev=1.629
N1 B 0, -0.509, 1.256, 3.022, 5.493 max_d=5.493 avg_d=1.256 std_dev=1.766
C5 B 0, -0.462, 1.822, 4.106, 7.209 max_d=7.209 avg_d=1.822 std_dev=2.284
C2 B 0, -1.125, 1.395, 3.915, 7.536 max_d=7.536 avg_d=1.395 std_dev=2.520
O2 B 0, -0.956, 1.644, 4.244, 7.942 max_d=7.942 avg_d=1.644 std_dev=2.600
C4 B 0, -1.264, 1.854, 4.972, 9.435 max_d=9.435 avg_d=1.854 std_dev=3.118
N3 B 0, -1.406, 1.719, 4.843, 9.340 max_d=9.340 avg_d=1.719 std_dev=3.124
O4 B 0, -1.642, 2.172, 5.985, 11.462 max_d=11.462 avg_d=2.172 std_dev=3.814

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.13 0.13 0.21 0.11
C2 0.01 0.00 0.13 0.06 0.01 0.02 0.02 0.08 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.20 0.05 0.06 0.16 0.14 0.31 0.14
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.07 0.01 0.03 0.05 0.05 0.09 0.10 0.14 0.04 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.33 0.29 0.26 0.31
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.05 0.06 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.22 0.17 0.22
C4 0.01 0.01 0.07 0.03 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.07 0.04 0.17 0.13 0.32 0.14
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.02 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.14 0.02
C5 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.08 0.03 0.19 0.12 0.37 0.15
C5' 0.04 0.08 0.05 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.11 0.11 0.10 0.07 0.13 0.12 0.08 0.04 0.03 0.02 0.00 0.09 0.21 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.08 0.05 0.18 0.13 0.37 0.15
C8 0.02 0.03 0.09 0.05 0.01 0.05 0.01 0.11 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.12 0.09 0.04 0.21 0.12 0.37 0.15
N1 0.01 0.00 0.10 0.05 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.13 0.06 0.06 0.17 0.13 0.35 0.15
N3 0.01 0.00 0.14 0.06 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.06 0.06 0.15 0.14 0.29 0.13
N6 0.03 0.01 0.04 0.04 0.01 0.06 0.02 0.13 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.09 0.05 0.19 0.13 0.40 0.16
N7 0.03 0.02 0.06 0.04 0.01 0.05 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.10 0.09 0.03 0.20 0.12 0.40 0.16
N9 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.07 0.01 0.18 0.13 0.31 0.14
O2' 0.01 0.20 0.01 0.01 0.08 0.01 0.03 0.04 0.05 0.12 0.13 0.21 0.04 0.10 0.03 0.00 0.03 0.01 0.37 0.33 0.38 0.38
O3' 0.07 0.05 0.02 0.00 0.07 0.01 0.08 0.03 0.08 0.09 0.06 0.06 0.09 0.09 0.07 0.03 0.00 0.05 0.17 0.14 0.15 0.14
O4' 0.00 0.06 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04 0.06 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.21 0.11 0.30 0.16
O5' 0.13 0.16 0.33 0.26 0.17 0.02 0.19 0.00 0.18 0.21 0.17 0.15 0.19 0.20 0.18 0.37 0.17 0.21 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.13 0.14 0.29 0.22 0.13 0.06 0.12 0.09 0.13 0.12 0.13 0.14 0.13 0.12 0.13 0.33 0.14 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.31 0.26 0.17 0.32 0.14 0.37 0.21 0.37 0.37 0.35 0.29 0.40 0.40 0.31 0.38 0.15 0.30 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.14 0.31 0.22 0.14 0.02 0.15 0.01 0.15 0.15 0.15 0.13 0.16 0.16 0.14 0.38 0.14 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 1.01 0.14 0.19 1.85 0.55 1.49 0.72 0.89 0.68 1.55 0.86 0.40 0.30 2.36 0.34 0.41 0.15 0.26 0.24
C2 0.13 0.67 0.08 0.15 1.20 0.36 1.04 0.51 0.65 0.48 0.99 0.56 0.24 0.26 1.48 0.19 0.33 0.20 0.28 0.24
C2' 0.17 0.80 0.12 0.17 1.60 0.60 1.25 0.73 0.68 0.47 1.32 0.66 0.49 0.24 2.11 0.49 0.47 0.14 0.24 0.28
C3' 0.12 0.91 0.12 0.18 1.73 0.59 1.35 0.73 0.76 0.55 1.45 0.77 0.46 0.26 2.26 0.44 0.45 0.14 0.24 0.26
C4 0.13 0.91 0.13 0.19 1.69 0.52 1.41 0.69 0.85 0.63 1.39 0.76 0.36 0.30 2.13 0.31 0.41 0.16 0.26 0.25
C4' 0.15 1.18 0.17 0.20 2.07 0.57 1.64 0.75 0.99 0.78 1.78 1.03 0.39 0.31 2.65 0.32 0.41 0.12 0.22 0.22
C5 0.14 0.97 0.14 0.20 1.81 0.57 1.53 0.76 0.92 0.67 1.48 0.79 0.39 0.31 2.27 0.35 0.44 0.15 0.23 0.26
C5' 0.16 1.30 0.18 0.22 2.25 0.59 1.75 0.78 1.06 0.85 1.95 1.15 0.38 0.27 2.89 0.36 0.42 0.07 0.12 0.20
C6 0.12 0.85 0.12 0.18 1.57 0.50 1.38 0.70 0.84 0.60 1.27 0.69 0.32 0.29 1.92 0.28 0.41 0.17 0.23 0.26
C8 0.16 1.13 0.17 0.22 2.10 0.65 1.69 0.83 1.00 0.75 1.74 0.94 0.47 0.33 2.68 0.42 0.46 0.14 0.22 0.25
N1 0.13 0.68 0.08 0.15 1.23 0.37 1.09 0.54 0.69 0.50 1.00 0.56 0.23 0.26 1.49 0.19 0.34 0.19 0.27 0.25
N3 0.13 0.77 0.10 0.17 1.41 0.43 1.19 0.59 0.73 0.54 1.16 0.65 0.30 0.29 1.76 0.24 0.36 0.19 0.28 0.25
N6 0.12 0.88 0.12 0.20 1.63 0.55 1.48 0.77 0.91 0.64 1.31 0.70 0.34 0.30 1.94 0.31 0.44 0.20 0.20 0.27
N7 0.15 1.12 0.17 0.22 2.10 0.66 1.72 0.84 1.02 0.75 1.73 0.92 0.47 0.33 2.67 0.43 0.47 0.15 0.21 0.26
N9 0.14 1.02 0.15 0.20 1.89 0.57 1.54 0.74 0.92 0.69 1.57 0.86 0.41 0.31 2.41 0.35 0.42 0.14 0.25 0.24
O2' 0.27 0.57 0.16 0.15 1.27 0.57 0.98 0.66 0.51 0.31 1.02 0.45 0.50 0.18 1.70 0.54 0.46 0.18 0.30 0.30
O3' 0.16 0.92 0.15 0.14 1.67 0.47 1.33 0.61 0.80 0.60 1.41 0.78 0.38 0.22 2.15 0.32 0.36 0.21 0.31 0.23
O4' 0.22 1.24 0.19 0.20 2.14 0.55 1.72 0.74 1.07 0.85 1.83 1.07 0.37 0.33 2.72 0.27 0.39 0.13 0.25 0.22
O5' 0.28 0.99 0.26 0.28 2.01 0.84 1.54 0.96 0.84 0.58 1.67 0.80 0.75 0.44 2.67 0.66 0.60 0.28 0.39 0.41
OP1 0.23 1.21 0.24 0.19 2.25 0.74 1.71 0.87 0.99 0.74 1.94 1.02 0.65 0.30 2.96 0.57 0.52 0.23 0.35 0.34
OP2 0.68 0.54 0.54 0.52 1.60 1.19 1.13 1.24 0.47 0.19 1.25 0.36 1.12 0.60 2.28 1.12 0.90 0.46 0.48 0.63
P 0.28 1.05 0.25 0.24 2.12 0.84 1.60 0.95 0.88 0.61 1.77 0.85 0.76 0.37 2.81 0.69 0.58 0.24 0.35 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.47 0.12 0.14
C2 0.02 0.00 0.15 0.15 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.18 0.01 0.05 0.16 0.73 0.37 0.26
C2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.04 0.01 0.14 0.01 0.17 0.01 0.09 0.29 0.00 0.02 0.04 0.00 0.10 0.52 0.21 0.21
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.05 0.00 0.18 0.01 0.21 0.03 0.10 0.27 0.01 0.01 0.05 0.01 0.18 0.47 0.26 0.24
C4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.02 0.19 0.90 0.48 0.33
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.10 0.02 0.03 0.08 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.18 0.02 0.05
C5 0.01 0.01 0.14 0.18 0.01 0.09 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.22 0.01 0.06 0.16 0.90 0.41 0.32
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.11 0.01 0.15 0.00 0.14 0.06 0.07 0.03 0.05 0.04 0.11 0.01 0.01 0.08 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.17 0.21 0.01 0.10 0.00 0.14 0.00 0.01 0.02 0.01 0.11 0.24 0.01 0.07 0.13 0.79 0.29 0.28
N1 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.12 0.67 0.27 0.23
N3 0.01 0.01 0.09 0.10 0.00 0.03 0.01 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.14 0.01 0.04 0.18 0.84 0.46 0.30
O2 0.03 0.00 0.29 0.27 0.01 0.08 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.22 0.35 0.02 0.10 0.16 0.67 0.36 0.25
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.03 0.04 0.10 0.05 0.11 0.01 0.06 0.22 0.00 0.03 0.04 0.02 0.04 0.38 0.08 0.12
O3' 0.02 0.18 0.02 0.01 0.07 0.01 0.22 0.04 0.24 0.03 0.14 0.35 0.03 0.00 0.08 0.01 0.20 0.43 0.28 0.24
O4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.08 0.00 0.03 0.19 0.94 0.53 0.33
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.04 0.10 0.02 0.01 0.03 0.00 0.09 0.28 0.08 0.06
O5' 0.05 0.16 0.10 0.18 0.19 0.01 0.16 0.01 0.13 0.12 0.18 0.16 0.04 0.20 0.19 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.47 0.73 0.52 0.47 0.90 0.18 0.90 0.08 0.79 0.67 0.84 0.67 0.38 0.43 0.94 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.37 0.21 0.26 0.48 0.02 0.41 0.02 0.29 0.27 0.46 0.36 0.08 0.28 0.53 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.26 0.21 0.24 0.33 0.05 0.32 0.02 0.28 0.23 0.30 0.25 0.12 0.24 0.33 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00