ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54989

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.009, 0.021, 0.032, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.022 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.008, 0.026, 0.044, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.026 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.014, 0.033, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.033 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.003, 0.022, 0.041, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.022 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.004, 0.032, 0.061, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.032 std_dev=0.028
N9 A 0, 0.004, 0.033, 0.062, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.033 std_dev=0.029
O4' A 0, 0.064, 0.190, 0.316, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.190 std_dev=0.126
C2' A 0, 0.084, 0.240, 0.396, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.240 std_dev=0.156
C4' A 0, 0.098, 0.280, 0.461, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.280 std_dev=0.182
P B 0, 0.089, 0.271, 0.453, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.271 std_dev=0.182
OP2 B 0, 0.181, 0.383, 0.585, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.383 std_dev=0.202
O5' B 0, 0.089, 0.305, 0.522, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.305 std_dev=0.216
C3' A 0, 0.121, 0.341, 0.561, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.341 std_dev=0.220
O2' A 0, 0.132, 0.352, 0.573, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.352 std_dev=0.221
OP1 B 0, 0.186, 0.475, 0.763, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.475 std_dev=0.289
O3' A 0, 0.167, 0.483, 0.800, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.483 std_dev=0.316
C5' B 0, 0.249, 0.579, 0.909, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.579 std_dev=0.330
C5' A 0, 0.214, 0.589, 0.963, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.589 std_dev=0.374
O4' B 0, 0.336, 0.738, 1.140, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.738 std_dev=0.402
C4' B 0, 0.415, 0.861, 1.308, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.861 std_dev=0.446
C6 B 0, 0.521, 1.116, 1.712, 1.655 max_d=1.655 avg_d=1.116 std_dev=0.595
O5' A 0, 0.276, 0.874, 1.471, 1.534 max_d=1.534 avg_d=0.874 std_dev=0.598
C1' B 0, 0.572, 1.205, 1.838, 1.769 max_d=1.769 avg_d=1.205 std_dev=0.633
N1 B 0, 0.541, 1.182, 1.823, 1.859 max_d=1.859 avg_d=1.182 std_dev=0.641
C5 B 0, 0.569, 1.288, 2.007, 2.137 max_d=2.137 avg_d=1.288 std_dev=0.719
C3' B 0, 0.666, 1.390, 2.115, 2.068 max_d=2.068 avg_d=1.390 std_dev=0.725
C2 B 0, 0.586, 1.386, 2.185, 2.453 max_d=2.453 avg_d=1.386 std_dev=0.799
C2' B 0, 0.741, 1.562, 2.384, 2.349 max_d=2.349 avg_d=1.562 std_dev=0.822
P A 0, 0.742, 1.578, 2.413, 2.417 max_d=2.417 avg_d=1.578 std_dev=0.836
O3' B 0, 0.823, 1.705, 2.587, 2.479 max_d=2.479 avg_d=1.705 std_dev=0.882
C4 B 0, 0.612, 1.497, 2.382, 2.723 max_d=2.723 avg_d=1.497 std_dev=0.885
N3 B 0, 0.616, 1.521, 2.427, 2.806 max_d=2.806 avg_d=1.521 std_dev=0.905
O2 B 0, 0.624, 1.530, 2.435, 2.824 max_d=2.824 avg_d=1.530 std_dev=0.906
O4 B 0, 0.674, 1.718, 2.763, 3.237 max_d=3.237 avg_d=1.718 std_dev=1.045
O2' B 0, 1.005, 2.113, 3.222, 3.190 max_d=3.190 avg_d=2.113 std_dev=1.108
OP2 A 0, 0.903, 2.044, 3.186, 3.506 max_d=3.506 avg_d=2.044 std_dev=1.141
OP1 A 0, 0.660, 1.958, 3.255, 3.668 max_d=3.668 avg_d=1.958 std_dev=1.298

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.23 0.25 0.19
C2 0.01 0.00 0.06 0.07 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.09 0.02 0.28 0.63 0.66 0.42
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.06 0.03 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.29 0.30 0.37 0.29
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.05 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.03 0.03 0.01 0.01 0.42 0.22 0.45 0.36
C4 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.29 0.58 0.63 0.42
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.19 0.22 0.04
C5 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.38 0.74 0.82 0.54
C5' 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.06 0.04 0.03 0.06 0.07 0.04 0.04 0.04 0.01 0.01 0.38 0.40 0.03
C6 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.09 0.01 0.39 0.81 0.87 0.57
C8 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.02 0.39 0.60 0.73 0.51
N1 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.35 0.75 0.80 0.51
N3 0.02 0.01 0.06 0.07 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.02 0.24 0.53 0.55 0.36
N6 0.02 0.02 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.02 0.43 0.90 1.00 0.64
N7 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.02 0.43 0.78 0.91 0.60
N9 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.27 0.46 0.53 0.37
O2' 0.01 0.05 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04 0.01 0.00 0.08 0.01 0.14 0.16 0.18 0.13
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.05 0.01 0.07 0.04 0.09 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.02 0.08 0.00 0.02 0.41 0.15 0.45 0.35
O4' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.14 0.11 0.07 0.15
O5' 0.11 0.28 0.29 0.42 0.29 0.02 0.38 0.01 0.39 0.39 0.35 0.24 0.43 0.43 0.27 0.14 0.41 0.14 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.23 0.63 0.30 0.22 0.58 0.19 0.74 0.38 0.81 0.60 0.75 0.53 0.90 0.78 0.46 0.16 0.15 0.11 0.01 0.00 0.04 0.00
OP2 0.25 0.66 0.37 0.45 0.63 0.22 0.82 0.40 0.87 0.73 0.80 0.55 1.00 0.91 0.53 0.18 0.45 0.07 0.02 0.04 0.00 0.00
P 0.19 0.42 0.29 0.36 0.42 0.04 0.54 0.03 0.57 0.51 0.51 0.36 0.64 0.60 0.37 0.13 0.35 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.32 0.34 0.27 0.29 0.18 0.28 0.16 0.18 0.13 0.25 0.27 0.48 0.31 0.40 0.31 0.29 0.20 0.18 0.22 0.20
C2 0.22 0.18 0.22 0.30 0.41 0.30 0.32 0.24 0.20 0.14 0.35 0.18 0.23 0.39 0.49 0.26 0.24 0.25 0.26 0.25
C2' 0.32 0.30 0.27 0.31 0.20 0.30 0.18 0.19 0.14 0.24 0.22 0.42 0.31 0.42 0.32 0.30 0.21 0.19 0.22 0.21
C3' 0.33 0.35 0.29 0.30 0.22 0.30 0.18 0.20 0.18 0.28 0.30 0.46 0.31 0.41 0.27 0.32 0.22 0.20 0.24 0.23
C4 0.28 0.27 0.24 0.27 0.25 0.27 0.21 0.18 0.14 0.22 0.24 0.36 0.25 0.36 0.36 0.27 0.20 0.19 0.22 0.20
C4' 0.32 0.38 0.27 0.28 0.22 0.26 0.16 0.16 0.17 0.28 0.34 0.50 0.31 0.38 0.25 0.29 0.19 0.17 0.22 0.20
C5 0.26 0.29 0.23 0.23 0.24 0.23 0.19 0.15 0.16 0.24 0.27 0.33 0.23 0.30 0.27 0.25 0.18 0.17 0.23 0.19
C5' 0.35 0.45 0.31 0.29 0.32 0.27 0.22 0.17 0.23 0.34 0.44 0.54 0.35 0.37 0.33 0.31 0.19 0.18 0.22 0.20
C6 0.20 0.22 0.19 0.20 0.24 0.21 0.19 0.15 0.14 0.17 0.23 0.24 0.17 0.25 0.27 0.21 0.18 0.19 0.24 0.21
C8 0.31 0.40 0.28 0.26 0.32 0.23 0.23 0.14 0.22 0.31 0.41 0.46 0.31 0.32 0.33 0.27 0.15 0.13 0.19 0.16
N1 0.17 0.22 0.16 0.23 0.35 0.26 0.28 0.21 0.20 0.15 0.32 0.22 0.16 0.31 0.39 0.22 0.22 0.24 0.26 0.24
N3 0.27 0.17 0.24 0.31 0.35 0.30 0.28 0.22 0.15 0.16 0.24 0.28 0.26 0.41 0.48 0.28 0.23 0.23 0.24 0.23
N6 0.19 0.22 0.21 0.17 0.18 0.15 0.14 0.11 0.14 0.19 0.21 0.23 0.19 0.18 0.19 0.17 0.14 0.17 0.25 0.20
N7 0.29 0.37 0.28 0.23 0.32 0.21 0.24 0.13 0.24 0.30 0.37 0.39 0.29 0.28 0.31 0.25 0.14 0.13 0.20 0.16
N9 0.31 0.36 0.27 0.27 0.23 0.26 0.17 0.17 0.16 0.27 0.32 0.45 0.29 0.37 0.31 0.28 0.19 0.17 0.21 0.19
O2' 0.32 0.26 0.28 0.33 0.18 0.32 0.17 0.21 0.10 0.21 0.14 0.41 0.32 0.46 0.34 0.31 0.22 0.21 0.23 0.23
O3' 0.32 0.32 0.27 0.31 0.20 0.31 0.17 0.21 0.16 0.26 0.26 0.42 0.30 0.42 0.27 0.32 0.23 0.22 0.26 0.25
O4' 0.31 0.39 0.26 0.26 0.20 0.24 0.16 0.14 0.15 0.27 0.35 0.52 0.31 0.37 0.27 0.27 0.17 0.14 0.19 0.17
O5' 0.15 0.40 0.15 0.07 0.33 0.06 0.11 0.21 0.07 0.20 0.48 0.51 0.27 0.15 0.43 0.03 0.26 0.33 0.38 0.34
OP1 0.66 0.66 0.71 0.75 0.64 0.76 0.63 0.88 0.66 0.65 0.68 0.69 0.67 0.70 0.65 0.71 0.88 0.97 0.99 0.95
OP2 0.58 0.54 0.56 0.63 0.48 0.74 0.44 0.84 0.53 0.52 0.58 0.61 0.51 0.63 0.61 0.71 0.94 1.05 1.12 1.06
P 0.22 0.31 0.26 0.28 0.26 0.35 0.22 0.48 0.26 0.21 0.39 0.40 0.23 0.24 0.37 0.30 0.52 0.63 0.65 0.61

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.07 0.09 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.04 0.01 0.03 0.09 0.11 0.16 0.09
C2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.07 0.01 0.03 0.09 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.10 0.09 0.04
C3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.02 0.06 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.08 0.05 0.03
C4 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.16 0.21 0.29 0.19
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.06 0.01 0.02 0.07 0.02 0.04
C5 0.00 0.01 0.05 0.04 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.03 0.00 0.07 0.20 0.24 0.31 0.23
C5' 0.02 0.04 0.05 0.03 0.10 0.00 0.12 0.00 0.10 0.05 0.08 0.03 0.05 0.02 0.11 0.01 0.01 0.07 0.05 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.04 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.03 0.01 0.07 0.18 0.20 0.25 0.19
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.10 0.12 0.16 0.10
N3 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.01 0.04 0.13 0.16 0.23 0.14
O2 0.02 0.00 0.09 0.06 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.08 0.01 0.04 0.06 0.08 0.12 0.05
O2' 0.02 0.08 0.01 0.03 0.03 0.02 0.07 0.05 0.08 0.03 0.06 0.16 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.10 0.08 0.03
O3' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.10 0.02 0.05
O4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.18 0.24 0.32 0.22
O4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.07 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.04 0.05 0.06 0.04
O5' 0.05 0.09 0.03 0.03 0.16 0.02 0.20 0.01 0.18 0.10 0.13 0.06 0.03 0.02 0.18 0.04 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.07 0.11 0.10 0.08 0.21 0.07 0.24 0.07 0.20 0.12 0.16 0.08 0.10 0.10 0.24 0.05 0.03 0.00 0.05 0.01
OP2 0.09 0.16 0.09 0.05 0.29 0.02 0.31 0.05 0.25 0.16 0.23 0.12 0.08 0.02 0.32 0.06 0.02 0.05 0.00 0.00
P 0.04 0.09 0.04 0.03 0.19 0.04 0.23 0.02 0.19 0.10 0.14 0.05 0.03 0.05 0.22 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00