ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54990

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.018, 0.028, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.010, 0.025, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.025 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.012, 0.027, 0.042, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.027 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.011, 0.028, 0.044, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.028 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.024 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.007, 0.027, 0.047, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.027 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.013, 0.033, 0.053, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.033 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.016, 0.036, 0.057, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.036 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.011, 0.032, 0.054, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.032 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.018, 0.054, 0.091, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.054 std_dev=0.037
C2' A 0, 0.311, 0.637, 0.963, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.637 std_dev=0.326
O4' A 0, 0.302, 0.646, 0.990, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.646 std_dev=0.344
OP1 B 0, 0.262, 0.635, 1.007, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.635 std_dev=0.373
OP2 B 0, 0.366, 0.831, 1.295, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.831 std_dev=0.464
P B 0, 0.301, 0.851, 1.401, 1.480 max_d=1.480 avg_d=0.851 std_dev=0.550
O5' A 0, 0.497, 1.098, 1.700, 1.821 max_d=1.821 avg_d=1.098 std_dev=0.602
C4' A 0, 0.540, 1.182, 1.825, 1.963 max_d=1.963 avg_d=1.182 std_dev=0.642
C3' A 0, 0.555, 1.244, 1.932, 2.105 max_d=2.105 avg_d=1.244 std_dev=0.688
O2' A 0, 0.218, 0.948, 1.678, 1.837 max_d=1.837 avg_d=0.948 std_dev=0.730
C5' A 0, 0.772, 1.648, 2.524, 2.446 max_d=2.446 avg_d=1.648 std_dev=0.876
P A 0, 0.759, 1.704, 2.649, 2.705 max_d=2.705 avg_d=1.704 std_dev=0.945
OP2 A 0, 0.886, 1.932, 2.979, 3.143 max_d=3.143 avg_d=1.932 std_dev=1.046
O3' A 0, 0.792, 1.921, 3.050, 3.422 max_d=3.422 avg_d=1.921 std_dev=1.129
OP1 A 0, 0.850, 2.214, 3.579, 3.690 max_d=3.690 avg_d=2.214 std_dev=1.365
O5' B 0, 0.739, 2.194, 3.648, 4.168 max_d=4.168 avg_d=2.194 std_dev=1.455
C5' B 0, 0.384, 2.490, 4.595, 5.866 max_d=5.866 avg_d=2.490 std_dev=2.106
C4' B 0, 1.105, 4.176, 7.246, 8.686 max_d=8.686 avg_d=4.176 std_dev=3.071
C3' B 0, 1.841, 5.251, 8.660, 9.766 max_d=9.766 avg_d=5.251 std_dev=3.410
O4' B 0, 1.653, 5.068, 8.482, 9.551 max_d=9.551 avg_d=5.068 std_dev=3.414
O3' B 0, 1.653, 5.422, 9.191, 10.641 max_d=10.641 avg_d=5.422 std_dev=3.769
C6 B 0, 1.827, 5.669, 9.512, 11.054 max_d=11.054 avg_d=5.669 std_dev=3.843
C5 B 0, 1.838, 6.061, 10.284, 12.344 max_d=12.344 avg_d=6.061 std_dev=4.223
C1' B 0, 2.323, 6.585, 10.846, 12.081 max_d=12.081 avg_d=6.585 std_dev=4.262
C2' B 0, 2.415, 6.781, 11.147, 12.444 max_d=12.444 avg_d=6.781 std_dev=4.366
N1 B 0, 2.363, 6.841, 11.319, 12.714 max_d=12.714 avg_d=6.841 std_dev=4.478
O2' B 0, 3.086, 7.949, 12.811, 14.368 max_d=14.368 avg_d=7.949 std_dev=4.863
C4 B 0, 2.502, 7.682, 12.862, 15.138 max_d=15.138 avg_d=7.682 std_dev=5.180
C2 B 0, 2.985, 8.422, 13.860, 15.423 max_d=15.423 avg_d=8.422 std_dev=5.438
O4 B 0, 2.600, 8.252, 13.904, 16.722 max_d=16.722 avg_d=8.252 std_dev=5.652
N3 B 0, 3.043, 8.725, 14.406, 16.328 max_d=16.328 avg_d=8.725 std_dev=5.681
O2 B 0, 3.444, 9.540, 15.635, 17.144 max_d=17.144 avg_d=9.540 std_dev=6.095

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.06 0.04 0.03 0.01 0.02 0.32 0.00 0.14 0.16 0.19 0.17
C2 0.06 0.00 0.11 0.15 0.03 0.09 0.02 0.14 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.37 0.48 0.10 0.33 0.48 0.68 0.57
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.07 0.02 0.08 0.20 0.09 0.09 0.10 0.10 0.11 0.10 0.05 0.01 0.03 0.03 0.46 0.55 0.56 0.46
C3' 0.02 0.15 0.00 0.00 0.19 0.00 0.31 0.02 0.29 0.42 0.21 0.12 0.35 0.42 0.23 0.02 0.01 0.01 0.17 0.37 0.15 0.18
C4 0.03 0.03 0.07 0.19 0.00 0.10 0.01 0.15 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.37 0.25 0.05 0.35 0.45 0.64 0.54
C4' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.15 0.24 0.11 0.08 0.19 0.23 0.12 0.28 0.01 0.01 0.03 0.11 0.13 0.06
C5 0.02 0.02 0.08 0.31 0.01 0.16 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.43 0.09 0.03 0.50 0.62 0.92 0.72
C5' 0.03 0.14 0.20 0.02 0.15 0.01 0.24 0.00 0.25 0.28 0.19 0.11 0.31 0.31 0.13 0.06 0.19 0.01 0.01 0.09 0.16 0.01
C6 0.03 0.02 0.09 0.29 0.02 0.15 0.01 0.25 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.48 0.16 0.05 0.52 0.68 1.00 0.77
C8 0.03 0.03 0.09 0.42 0.01 0.24 0.01 0.28 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.00 0.01 0.29 0.21 0.07 0.53 0.54 0.79 0.64
N1 0.04 0.01 0.10 0.21 0.02 0.11 0.01 0.19 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.44 0.33 0.07 0.43 0.61 0.87 0.70
N3 0.06 0.00 0.10 0.12 0.01 0.08 0.02 0.11 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.31 0.50 0.10 0.27 0.39 0.54 0.48
N6 0.04 0.02 0.11 0.35 0.02 0.19 0.02 0.31 0.00 0.04 0.02 0.02 0.00 0.05 0.04 0.51 0.12 0.05 0.61 0.80 1.17 0.87
N7 0.03 0.03 0.10 0.42 0.02 0.23 0.00 0.31 0.02 0.00 0.02 0.03 0.05 0.00 0.02 0.40 0.20 0.05 0.60 0.70 1.05 0.79
N9 0.01 0.04 0.05 0.23 0.02 0.12 0.02 0.13 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.02 0.00 0.25 0.11 0.01 0.31 0.36 0.51 0.44
O2' 0.02 0.37 0.01 0.02 0.37 0.28 0.43 0.06 0.48 0.29 0.44 0.31 0.51 0.40 0.25 0.00 0.04 0.22 0.35 0.48 0.72 0.42
O3' 0.32 0.48 0.03 0.01 0.25 0.01 0.09 0.19 0.16 0.21 0.33 0.50 0.12 0.20 0.11 0.04 0.00 0.20 0.17 0.27 0.13 0.14
O4' 0.00 0.10 0.03 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.07 0.07 0.10 0.05 0.05 0.01 0.22 0.20 0.00 0.13 0.20 0.27 0.25
O5' 0.14 0.33 0.46 0.17 0.35 0.03 0.50 0.01 0.52 0.53 0.43 0.27 0.61 0.60 0.31 0.35 0.17 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.16 0.48 0.55 0.37 0.45 0.11 0.62 0.09 0.68 0.54 0.61 0.39 0.80 0.70 0.36 0.48 0.27 0.20 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.68 0.56 0.15 0.64 0.13 0.92 0.16 1.00 0.79 0.87 0.54 1.17 1.05 0.51 0.72 0.13 0.27 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.57 0.46 0.18 0.54 0.06 0.72 0.01 0.77 0.64 0.70 0.48 0.87 0.79 0.44 0.42 0.14 0.25 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.54 1.37 0.72 0.92 2.43 0.58 2.17 0.56 1.49 1.11 1.97 1.09 1.08 1.72 3.01 0.25 0.14 0.12 0.08 0.03
C2 1.31 2.17 1.21 0.65 3.01 0.52 2.78 0.36 2.15 1.89 2.65 1.99 1.30 1.05 3.41 0.94 0.34 0.15 0.13 0.08
C2' 0.42 1.01 0.86 1.26 2.17 0.93 1.95 0.85 1.25 0.81 1.65 0.70 1.23 2.12 2.76 0.35 0.34 0.21 0.19 0.17
C3' 0.55 1.10 0.96 1.16 2.23 0.86 2.04 0.77 1.37 0.94 1.71 0.78 1.36 2.01 2.81 0.41 0.37 0.40 0.36 0.34
C4 0.70 1.50 0.76 0.73 2.46 0.44 2.25 0.44 1.61 1.26 2.03 1.25 1.04 1.45 2.94 0.37 0.13 0.10 0.07 0.02
C4' 0.40 1.10 0.82 1.09 2.20 0.74 1.96 0.67 1.29 0.88 1.72 0.79 1.24 1.92 2.79 0.19 0.21 0.25 0.19 0.15
C5 0.45 1.17 0.62 0.77 2.09 0.49 1.95 0.50 1.34 0.98 1.67 0.93 0.93 1.49 2.51 0.13 0.13 0.09 0.04 0.06
C5' 0.39 0.81 0.97 1.26 1.91 0.93 1.68 0.82 1.04 0.63 1.42 0.51 1.42 2.10 2.49 0.32 0.32 0.38 0.28 0.26
C6 0.68 1.35 0.77 0.56 2.13 0.32 2.04 0.35 1.51 1.18 1.76 1.14 0.98 1.19 2.44 0.33 0.10 0.08 0.04 0.05
C8 0.19 0.89 0.62 1.09 1.91 0.77 1.70 0.70 1.06 0.67 1.46 0.63 0.98 1.88 2.44 0.24 0.26 0.10 0.04 0.09
N1 1.17 1.91 1.13 0.56 2.65 0.43 2.54 0.30 1.98 1.70 2.32 1.73 1.21 0.96 2.95 0.80 0.29 0.13 0.11 0.06
N3 1.09 1.97 1.02 0.66 2.90 0.44 2.63 0.37 1.97 1.68 2.50 1.76 1.20 1.25 3.38 0.74 0.25 0.13 0.11 0.06
N6 0.46 1.02 0.64 0.54 1.67 0.35 1.64 0.38 1.20 0.89 1.36 0.83 0.86 1.14 1.91 0.15 0.12 0.09 0.08 0.12
N7 0.22 0.85 0.59 1.06 1.80 0.77 1.62 0.70 1.00 0.64 1.37 0.63 0.92 1.81 2.28 0.31 0.28 0.10 0.05 0.11
N9 0.45 1.24 0.66 0.89 2.27 0.58 2.04 0.56 1.38 1.01 1.81 0.96 1.01 1.68 2.80 0.15 0.14 0.11 0.06 0.03
O2' 0.32 0.92 0.84 1.47 2.12 1.15 1.84 1.14 1.07 0.64 1.60 0.62 1.19 2.35 2.76 0.43 0.66 0.69 0.63 0.58
O3' 0.34 1.08 0.74 1.13 2.23 0.82 2.01 0.73 1.32 0.87 1.72 0.74 1.12 2.01 2.83 0.27 0.30 0.25 0.23 0.22
O4' 0.46 1.28 0.70 0.94 2.33 0.59 2.04 0.56 1.38 1.02 1.89 1.01 1.11 1.74 2.91 0.16 0.13 0.12 0.06 0.04
O5' 0.81 0.71 1.37 1.54 1.66 1.26 1.49 1.13 0.95 0.67 1.19 0.58 1.84 2.34 2.21 0.75 0.63 0.60 0.53 0.54
OP1 1.01 0.94 1.56 1.58 1.79 1.34 1.61 1.20 1.11 0.88 1.36 0.86 2.14 2.33 2.34 0.89 0.76 0.79 0.70 0.69
OP2 1.44 0.87 2.00 2.00 1.31 1.81 1.30 1.64 1.08 1.03 0.93 0.98 2.55 2.71 1.75 1.37 1.20 1.17 1.07 1.10
P 1.06 0.89 1.60 1.62 1.68 1.38 1.54 1.23 1.10 0.89 1.25 0.84 2.14 2.36 2.20 0.95 0.81 0.82 0.75 0.75

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.10 0.03 0.01 0.02 0.08 0.02 0.27 0.03 0.01 0.21 0.15 0.44 0.29
C2 0.03 0.00 0.15 0.26 0.03 0.05 0.03 0.18 0.02 0.01 0.01 0.02 0.18 0.14 0.05 0.11 0.31 0.27 0.77 0.45
C2' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.04 0.03 0.16 0.19 0.19 0.02 0.09 0.26 0.00 0.02 0.05 0.01 0.49 0.50 0.62 0.54
C3' 0.02 0.26 0.00 0.00 0.35 0.01 0.33 0.03 0.26 0.22 0.33 0.20 0.02 0.01 0.37 0.04 0.11 0.26 0.11 0.08
C4 0.02 0.03 0.04 0.35 0.00 0.14 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.04 0.39 0.21 0.01 0.02 0.42 0.40 1.12 0.60
C4' 0.02 0.05 0.03 0.01 0.14 0.00 0.17 0.01 0.15 0.07 0.09 0.07 0.36 0.02 0.15 0.00 0.02 0.09 0.13 0.04
C5 0.03 0.03 0.16 0.33 0.01 0.17 0.00 0.30 0.01 0.01 0.02 0.04 0.41 0.23 0.02 0.10 0.43 0.39 1.13 0.59
C5' 0.10 0.18 0.19 0.03 0.28 0.01 0.30 0.00 0.25 0.19 0.22 0.18 0.17 0.22 0.30 0.03 0.01 0.10 0.20 0.02
C6 0.03 0.02 0.19 0.26 0.01 0.15 0.01 0.25 0.00 0.01 0.02 0.04 0.34 0.15 0.01 0.12 0.36 0.31 0.93 0.51
N1 0.01 0.01 0.02 0.22 0.01 0.07 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.04 0.20 0.10 0.02 0.02 0.30 0.25 0.72 0.42
N3 0.02 0.01 0.09 0.33 0.01 0.09 0.02 0.22 0.02 0.01 0.00 0.02 0.28 0.15 0.04 0.07 0.37 0.34 0.95 0.52
O2 0.08 0.02 0.26 0.20 0.04 0.07 0.04 0.18 0.04 0.04 0.02 0.00 0.11 0.25 0.06 0.20 0.29 0.24 0.66 0.41
O2' 0.02 0.18 0.00 0.02 0.39 0.36 0.41 0.17 0.34 0.20 0.28 0.11 0.00 0.05 0.43 0.22 0.31 0.29 0.56 0.37
O3' 0.27 0.14 0.02 0.01 0.21 0.02 0.23 0.22 0.15 0.10 0.15 0.25 0.05 0.00 0.25 0.19 0.18 0.40 0.57 0.30
O4 0.03 0.05 0.05 0.37 0.01 0.15 0.02 0.30 0.01 0.02 0.04 0.06 0.43 0.25 0.00 0.03 0.46 0.46 1.23 0.65
O4' 0.01 0.11 0.01 0.04 0.02 0.00 0.10 0.03 0.12 0.02 0.07 0.20 0.22 0.19 0.03 0.00 0.03 0.10 0.17 0.08
O5' 0.21 0.31 0.49 0.11 0.42 0.02 0.43 0.01 0.36 0.30 0.37 0.29 0.31 0.18 0.46 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02
OP1 0.15 0.27 0.50 0.26 0.40 0.09 0.39 0.10 0.31 0.25 0.34 0.24 0.29 0.40 0.46 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.44 0.77 0.62 0.11 1.12 0.13 1.13 0.20 0.93 0.72 0.95 0.66 0.56 0.57 1.23 0.17 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.29 0.45 0.54 0.08 0.60 0.04 0.59 0.02 0.51 0.42 0.52 0.41 0.37 0.30 0.65 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00