Doublet Group distance statistics: 54991

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N1	A	0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C5	A	0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C2	A	0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N3	A	0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C4	A	0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N9	A	0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C1'	A	0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N6	A	0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N7	A	0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C8	A	0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.021 std_dev=0.016
OP2	B	0, 0.090, 0.383, 0.676, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.383 std_dev=0.293
P	B	0, 0.286, 0.689, 1.091, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.689 std_dev=0.403
OP1	B	0, 0.411, 1.156, 1.901, 2.070 max_d=2.070 avg_d=1.156 std_dev=0.745
O4'	A	0, 0.583, 1.388, 2.192, 1.963 max_d=1.963 avg_d=1.388 std_dev=0.804
C2'	A	0, 0.622, 1.472, 2.323, 2.002 max_d=2.002 avg_d=1.472 std_dev=0.851
C3'	A	0, 0.819, 1.946, 3.074, 2.729 max_d=2.729 avg_d=1.946 std_dev=1.127
C4'	A	0, 0.851, 2.034, 3.217, 2.940 max_d=2.940 avg_d=2.034 std_dev=1.183
O2'	A	0, 0.879, 2.080, 3.282, 2.782 max_d=2.782 avg_d=2.080 std_dev=1.201
O3'	A	0, 0.879, 2.087, 3.294, 2.901 max_d=2.901 avg_d=2.087 std_dev=1.208
O5'	B	0, 1.026, 2.495, 3.963, 3.670 max_d=3.670 avg_d=2.495 std_dev=1.469
O5'	A	0, 1.122, 2.666, 4.211, 3.702 max_d=3.702 avg_d=2.666 std_dev=1.544
C5'	A	0, 1.324, 3.173, 5.021, 4.623 max_d=4.623 avg_d=3.173 std_dev=1.848
P	A	0, 1.389, 3.292, 5.195, 4.489 max_d=4.489 avg_d=3.292 std_dev=1.903
OP1	A	0, 1.457, 3.451, 5.446, 4.676 max_d=4.676 avg_d=3.451 std_dev=1.994
OP2	A	0, 1.506, 3.566, 5.626, 4.850 max_d=4.850 avg_d=3.566 std_dev=2.060
C5'	B	0, 1.763, 4.173, 6.584, 5.631 max_d=5.631 avg_d=4.173 std_dev=2.411
C4'	B	0, 2.260, 5.351, 8.441, 7.251 max_d=7.251 avg_d=5.351 std_dev=3.090
C3'	B	0, 2.620, 6.204, 9.788, 8.369 max_d=8.369 avg_d=6.204 std_dev=3.584
O4'	B	0, 2.642, 6.253, 9.864, 8.461 max_d=8.461 avg_d=6.253 std_dev=3.611
O3'	B	0, 2.662, 6.305, 9.948, 8.623 max_d=8.623 avg_d=6.305 std_dev=3.643
C5	B	0, 2.817, 6.671, 10.524, 9.083 max_d=9.083 avg_d=6.671 std_dev=3.853
C6	B	0, 2.838, 6.719, 10.600, 9.134 max_d=9.134 avg_d=6.719 std_dev=3.881
C1'	B	0, 3.172, 7.507, 11.842, 10.123 max_d=10.123 avg_d=7.507 std_dev=4.335
N1	B	0, 3.180, 7.525, 11.871, 10.111 max_d=10.111 avg_d=7.525 std_dev=4.346
C4	B	0, 3.228, 7.640, 12.053, 10.299 max_d=10.299 avg_d=7.640 std_dev=4.413
O4	B	0, 3.305, 7.824, 12.343, 10.558 max_d=10.558 avg_d=7.824 std_dev=4.519
C2'	B	0, 3.332, 7.887, 12.442, 10.637 max_d=10.637 avg_d=7.887 std_dev=4.555
C2	B	0, 3.659, 8.662, 13.664, 11.715 max_d=11.715 avg_d=8.662 std_dev=5.002
N3	B	0, 3.677, 8.703, 13.728, 11.759 max_d=11.759 avg_d=8.703 std_dev=5.026
O2'	B	0, 4.012, 9.496, 14.981, 12.899 max_d=12.899 avg_d=9.496 std_dev=5.485
O2	B	0, 4.110, 9.730, 15.350, 13.211 max_d=13.211 avg_d=9.730 std_dev=5.620

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.05	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.00	0.00	0.02	0.13	0.00	0.13	0.15	0.18	0.05
C2	0.02	0.00	0.25	0.18	0.00	0.08	0.00	0.20	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.22	0.05	0.20	0.28	0.21	0.17	0.17
C2'	0.00	0.25	0.00	0.00	0.13	0.01	0.07	0.08	0.13	0.12	0.20	0.24	0.10	0.06	0.02	0.00	0.01	0.01	0.28	0.37	0.25	0.26
C3'	0.01	0.18	0.00	0.00	0.16	0.01	0.18	0.03	0.21	0.12	0.21	0.16	0.22	0.16	0.11	0.01	0.00	0.01	0.24	0.30	0.11	0.17
C4	0.01	0.00	0.13	0.16	0.00	0.04	0.00	0.16	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.08	0.04	0.11	0.26	0.18	0.13	0.13
C4'	0.00	0.08	0.01	0.01	0.04	0.00	0.07	0.01	0.06	0.13	0.06	0.08	0.08	0.12	0.05	0.15	0.01	0.00	0.02	0.09	0.27	0.02
C5	0.01	0.00	0.07	0.18	0.00	0.07	0.00	0.20	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.10	0.08	0.05	0.30	0.17	0.09	0.12
C5'	0.05	0.20	0.08	0.03	0.16	0.01	0.20	0.00	0.21	0.23	0.21	0.17	0.23	0.24	0.13	0.08	0.10	0.02	0.00	0.18	0.36	0.01
C6	0.01	0.00	0.13	0.21	0.00	0.06	0.00	0.21	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.09	0.10	0.09	0.31	0.18	0.10	0.14
C8	0.01	0.00	0.12	0.12	0.00	0.13	0.00	0.23	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.25	0.04	0.12	0.29	0.14	0.11	0.12
N1	0.02	0.00	0.20	0.21	0.00	0.06	0.00	0.21	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.14	0.09	0.16	0.30	0.20	0.15	0.16
N3	0.02	0.00	0.24	0.16	0.00	0.08	0.00	0.17	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.22	0.04	0.20	0.26	0.21	0.17	0.16
N6	0.01	0.00	0.10	0.22	0.01	0.08	0.00	0.23	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.11	0.12	0.06	0.33	0.17	0.07	0.14
N7	0.00	0.00	0.06	0.16	0.00	0.12	0.00	0.24	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.22	0.08	0.06	0.31	0.14	0.08	0.13
N9	0.00	0.00	0.02	0.11	0.00	0.05	0.00	0.13	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.09	0.03	0.01	0.23	0.16	0.13	0.09
O2'	0.02	0.22	0.00	0.01	0.08	0.15	0.10	0.08	0.09	0.25	0.14	0.22	0.11	0.22	0.09	0.00	0.02	0.11	0.12	0.25	0.27	0.15
O3'	0.13	0.05	0.01	0.00	0.04	0.01	0.08	0.10	0.10	0.04	0.09	0.04	0.12	0.08	0.03	0.02	0.00	0.09	0.13	0.22	0.18	0.11
O4'	0.00	0.20	0.01	0.01	0.11	0.00	0.05	0.02	0.09	0.12	0.16	0.20	0.06	0.06	0.01	0.11	0.09	0.00	0.05	0.09	0.25	0.09
O5'	0.13	0.28	0.28	0.24	0.26	0.02	0.30	0.00	0.31	0.29	0.30	0.26	0.33	0.31	0.23	0.12	0.13	0.05	0.00	0.02	0.01	0.01
OP1	0.15	0.21	0.37	0.30	0.18	0.09	0.17	0.18	0.18	0.14	0.20	0.21	0.17	0.14	0.16	0.25	0.22	0.09	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.18	0.17	0.25	0.11	0.13	0.27	0.09	0.36	0.10	0.11	0.15	0.17	0.07	0.08	0.13	0.27	0.18	0.25	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.05	0.17	0.26	0.17	0.13	0.02	0.12	0.01	0.14	0.12	0.16	0.16	0.14	0.13	0.09	0.15	0.11	0.09	0.01	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	1.88	2.18	1.69	1.28	1.90	1.34	1.66	1.00	1.65	1.91	2.14	2.43	1.98	1.12	1.91	1.72	0.53	0.43	0.15	0.07
C2	1.34	1.79	1.03	0.74	1.61	0.92	1.33	0.73	1.25	1.47	1.82	1.99	1.17	0.54	1.66	1.32	0.32	0.30	0.14	0.09
C2'	1.98	2.27	1.81	1.36	1.95	1.38	1.70	0.96	1.70	1.98	2.21	2.55	2.16	1.23	1.94	1.75	0.50	0.43	0.15	0.02
C3'	1.78	2.01	1.65	1.23	1.67	1.23	1.44	0.82	1.46	1.75	1.94	2.29	2.04	1.14	1.66	1.55	0.37	0.63	0.18	0.17
C4	1.68	2.03	1.43	1.09	1.78	1.20	1.54	0.92	1.51	1.75	2.00	2.25	1.65	0.90	1.79	1.60	0.47	0.40	0.14	0.07
C4'	1.85	2.03	1.74	1.36	1.73	1.38	1.53	1.04	1.56	1.81	1.96	2.27	2.10	1.27	1.71	1.67	0.57	0.56	0.07	0.14
C5	1.67	1.98	1.43	1.11	1.75	1.21	1.54	0.93	1.51	1.74	1.94	2.16	1.61	0.91	1.75	1.60	0.50	0.42	0.14	0.07
C5'	1.88	1.97	1.84	1.48	1.67	1.48	1.51	1.16	1.57	1.80	1.88	2.18	2.24	1.45	1.63	1.70	0.73	0.71	0.18	0.35
C6	1.41	1.78	1.14	0.87	1.62	1.00	1.40	0.81	1.34	1.53	1.79	1.93	1.26	0.66	1.64	1.39	0.41	0.36	0.14	0.07
C8	1.95	2.15	1.79	1.40	1.88	1.41	1.69	1.04	1.71	1.94	2.08	2.36	2.08	1.23	1.86	1.77	0.60	0.47	0.15	0.09
N1	1.24	1.68	0.93	0.68	1.54	0.84	1.28	0.69	1.19	1.39	1.72	1.85	1.04	0.47	1.59	1.23	0.30	0.29	0.14	0.09
N3	1.54	1.95	1.25	0.93	1.72	1.08	1.45	0.84	1.39	1.63	1.95	2.18	1.44	0.73	1.75	1.48	0.40	0.35	0.14	0.08
N6	1.27	1.63	1.02	0.80	1.53	0.91	1.34	0.76	1.28	1.42	1.65	1.71	1.09	0.59	1.55	1.28	0.42	0.37	0.14	0.07
N7	1.88	2.07	1.70	1.34	1.82	1.37	1.65	1.02	1.66	1.88	2.00	2.24	1.93	1.15	1.79	1.75	0.60	0.47	0.15	0.09
N9	1.85	2.14	1.65	1.27	1.86	1.33	1.64	1.00	1.63	1.88	2.09	2.37	1.92	1.09	1.86	1.71	0.54	0.44	0.14	0.08
O2'	2.19	2.58	1.98	1.50	2.28	1.51	1.99	1.08	1.96	2.25	2.56	2.88	2.29	1.32	2.30	1.93	0.64	0.29	0.25	0.18
O3'	1.81	2.10	1.65	1.23	1.74	1.24	1.48	0.84	1.49	1.80	2.03	2.39	2.03	1.14	1.74	1.58	0.40	0.57	0.12	0.13
O4'	1.84	2.06	1.70	1.34	1.80	1.40	1.60	1.09	1.61	1.84	2.01	2.28	2.02	1.20	1.79	1.71	0.62	0.46	0.17	0.15
O5'	2.00	2.03	2.02	1.67	1.77	1.62	1.68	1.25	1.74	1.92	1.94	2.20	2.41	1.61	1.72	1.81	0.75	0.25	0.47	0.34
OP1	2.01	1.96	2.13	1.76	1.70	1.63	1.64	1.24	1.73	1.90	1.85	2.11	2.60	1.77	1.63	1.76	0.77	0.36	0.29	0.20
OP2	1.86	1.74	2.02	1.71	1.51	1.58	1.49	1.21	1.59	1.73	1.62	1.85	2.47	1.75	1.43	1.65	0.77	0.44	0.17	0.19
P	1.91	1.86	2.01	1.68	1.61	1.58	1.56	1.22	1.64	1.80	1.75	1.99	2.45	1.68	1.54	1.70	0.73	0.37	0.28	0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.05	0.00	0.00	0.01	0.02	0.02	0.15	0.01	0.00	0.19	0.39	0.43	0.19
C2	0.01	0.00	0.05	0.07	0.00	0.05	0.01	0.16	0.01	0.01	0.00	0.00	0.17	0.13	0.01	0.06	0.44	0.51	0.89	0.51
C2'	0.00	0.05	0.00	0.01	0.05	0.01	0.08	0.11	0.09	0.02	0.04	0.09	0.00	0.03	0.07	0.02	0.17	0.48	0.22	0.20
C3'	0.01	0.07	0.01	0.00	0.18	0.00	0.22	0.02	0.21	0.11	0.12	0.03	0.01	0.00	0.19	0.02	0.12	0.51	0.11	0.18
C4	0.01	0.00	0.05	0.18	0.00	0.08	0.00	0.24	0.00	0.00	0.00	0.01	0.16	0.16	0.00	0.02	0.60	0.84	1.04	0.72
C4'	0.02	0.05	0.01	0.00	0.08	0.00	0.08	0.00	0.08	0.05	0.06	0.04	0.13	0.01	0.08	0.01	0.01	0.51	0.11	0.13
C5	0.00	0.01	0.08	0.22	0.00	0.08	0.00	0.26	0.00	0.00	0.00	0.01	0.14	0.24	0.00	0.07	0.61	0.85	0.88	0.67
C5'	0.05	0.16	0.11	0.02	0.24	0.00	0.26	0.00	0.24	0.16	0.20	0.14	0.08	0.15	0.24	0.00	0.00	0.26	0.20	0.01
C6	0.00	0.01	0.09	0.21	0.00	0.08	0.00	0.24	0.00	0.00	0.01	0.01	0.12	0.22	0.01	0.09	0.52	0.69	0.71	0.53
N1	0.00	0.01	0.02	0.11	0.00	0.05	0.00	0.16	0.00	0.00	0.01	0.01	0.09	0.11	0.01	0.01	0.40	0.51	0.71	0.43
N3	0.01	0.00	0.04	0.12	0.00	0.06	0.00	0.20	0.01	0.01	0.00	0.00	0.17	0.11	0.00	0.03	0.53	0.67	1.04	0.65
O2	0.02	0.00	0.09	0.03	0.01	0.04	0.01	0.14	0.01	0.01	0.00	0.00	0.22	0.23	0.01	0.12	0.37	0.38	0.86	0.43
O2'	0.02	0.17	0.00	0.01	0.16	0.13	0.14	0.08	0.12	0.09	0.17	0.22	0.00	0.04	0.18	0.08	0.12	0.43	0.21	0.16
O3'	0.15	0.13	0.03	0.00	0.16	0.01	0.24	0.15	0.22	0.11	0.11	0.23	0.04	0.00	0.18	0.11	0.14	0.47	0.09	0.09
O4	0.01	0.01	0.07	0.19	0.00	0.08	0.00	0.24	0.01	0.01	0.00	0.01	0.18	0.18	0.00	0.03	0.64	0.92	1.12	0.78
O4'	0.00	0.06	0.02	0.02	0.02	0.01	0.07	0.00	0.09	0.01	0.03	0.12	0.08	0.11	0.03	0.00	0.16	0.42	0.41	0.13
O5'	0.19	0.44	0.17	0.12	0.60	0.01	0.61	0.00	0.52	0.40	0.53	0.37	0.12	0.14	0.64	0.16	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.39	0.51	0.48	0.51	0.84	0.51	0.85	0.26	0.69	0.51	0.67	0.38	0.43	0.47	0.92	0.42	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.43	0.89	0.22	0.11	1.04	0.11	0.88	0.20	0.71	0.71	1.04	0.86	0.21	0.09	1.12	0.41	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.19	0.51	0.20	0.18	0.72	0.13	0.67	0.01	0.53	0.43	0.65	0.43	0.16	0.09	0.78	0.13	0.00	0.00	0.01	0.00