ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54992

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.007, 0.019, 0.030, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.009, 0.026, 0.042, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.026 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.009, 0.025, 0.041, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.025 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.008, 0.026, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.026 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.010, 0.029, 0.048, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.029 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.006, 0.027, 0.049, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.027 std_dev=0.021
C2 A 0, -0.003, 0.026, 0.056, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.026 std_dev=0.030
N3 A 0, 0.007, 0.038, 0.068, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.038 std_dev=0.031
N6 A 0, 0.014, 0.045, 0.077, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.045 std_dev=0.032
C1' A 0, -0.001, 0.031, 0.063, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.031 std_dev=0.032
OP1 B 0, 0.219, 0.594, 0.969, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.594 std_dev=0.375
P B 0, 0.236, 0.617, 0.997, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.617 std_dev=0.381
O5' B 0, 0.182, 0.575, 0.968, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.575 std_dev=0.393
C6 B 0, 0.378, 0.935, 1.492, 1.470 max_d=1.470 avg_d=0.935 std_dev=0.557
O4' A 0, -0.166, 0.498, 1.162, 1.641 max_d=1.641 avg_d=0.498 std_dev=0.664
C2' A 0, -0.178, 0.513, 1.205, 1.701 max_d=1.701 avg_d=0.513 std_dev=0.691
O2' A 0, -0.159, 0.571, 1.301, 1.820 max_d=1.820 avg_d=0.571 std_dev=0.730
C5 B 0, 0.381, 1.118, 1.855, 2.050 max_d=2.050 avg_d=1.118 std_dev=0.737
C5' B 0, 0.519, 1.288, 2.057, 2.037 max_d=2.037 avg_d=1.288 std_dev=0.769
OP2 B 0, 0.544, 1.314, 2.084, 1.957 max_d=1.957 avg_d=1.314 std_dev=0.770
C4 B 0, 0.408, 1.236, 2.064, 2.300 max_d=2.300 avg_d=1.236 std_dev=0.828
N1 B 0, 0.489, 1.443, 2.397, 2.680 max_d=2.680 avg_d=1.443 std_dev=0.954
C4' A 0, -0.239, 0.775, 1.790, 2.517 max_d=2.517 avg_d=0.775 std_dev=1.015
O4' B 0, 0.715, 1.757, 2.798, 2.669 max_d=2.669 avg_d=1.757 std_dev=1.041
O4 B 0, 0.609, 1.667, 2.725, 2.900 max_d=2.900 avg_d=1.667 std_dev=1.058
N3 B 0, 0.230, 1.299, 2.368, 2.970 max_d=2.970 avg_d=1.299 std_dev=1.069
C3' A 0, -0.313, 0.799, 1.912, 2.717 max_d=2.717 avg_d=0.799 std_dev=1.113
C4' B 0, 0.772, 1.943, 3.114, 3.037 max_d=3.037 avg_d=1.943 std_dev=1.171
C2 B 0, 0.339, 1.645, 2.951, 3.655 max_d=3.655 avg_d=1.645 std_dev=1.306
C1' B 0, 0.754, 2.067, 3.380, 3.623 max_d=3.623 avg_d=2.067 std_dev=1.313
O3' A 0, -0.445, 1.128, 2.701, 3.832 max_d=3.832 avg_d=1.128 std_dev=1.573
C3' B 0, 0.797, 2.371, 3.945, 4.361 max_d=4.361 avg_d=2.371 std_dev=1.574
C5' A 0, -0.406, 1.278, 2.963, 4.175 max_d=4.175 avg_d=1.278 std_dev=1.684
C2' B 0, 0.840, 2.631, 4.422, 5.009 max_d=5.009 avg_d=2.631 std_dev=1.791
O2 B 0, 0.400, 2.283, 4.167, 5.233 max_d=5.233 avg_d=2.283 std_dev=1.883
O3' B 0, 1.055, 3.104, 5.152, 5.680 max_d=5.680 avg_d=3.104 std_dev=2.049
O2' B 0, 1.189, 3.492, 5.794, 6.404 max_d=6.404 avg_d=3.492 std_dev=2.302
O5' A 0, -0.754, 1.723, 4.200, 5.997 max_d=5.997 avg_d=1.723 std_dev=2.477
P A 0, -0.398, 2.613, 5.623, 7.726 max_d=7.726 avg_d=2.613 std_dev=3.011
OP1 A 0, 0.312, 3.652, 6.993, 9.096 max_d=9.096 avg_d=3.652 std_dev=3.340
OP2 A 0, 0.161, 3.652, 7.144, 9.415 max_d=9.415 avg_d=3.652 std_dev=3.492

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.17 0.16 0.12
C2 0.06 0.00 0.38 0.22 0.01 0.23 0.00 0.43 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.41 0.32 0.39 0.44 0.84 0.89 0.53
C2' 0.01 0.38 0.00 0.00 0.21 0.01 0.13 0.01 0.22 0.15 0.32 0.37 0.17 0.06 0.03 0.01 0.02 0.01 0.22 0.26 0.36 0.39
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.13 0.01 0.10 0.01 0.15 0.07 0.20 0.20 0.13 0.03 0.04 0.01 0.01 0.02 0.33 0.35 0.57 0.52
C4 0.03 0.01 0.21 0.13 0.00 0.11 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.18 0.21 0.06 0.44 0.40 0.09
C4' 0.01 0.23 0.01 0.01 0.11 0.00 0.06 0.00 0.11 0.11 0.18 0.21 0.07 0.06 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.11 0.17 0.08
C5 0.01 0.00 0.13 0.10 0.01 0.06 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.12 0.15 0.10 0.18 0.40 0.40 0.15
C5' 0.02 0.43 0.01 0.01 0.23 0.00 0.16 0.00 0.26 0.17 0.38 0.38 0.21 0.09 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.22 0.31 0.01
C6 0.02 0.01 0.22 0.15 0.01 0.11 0.00 0.26 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.21 0.23 0.19 0.05 0.52 0.47 0.08
C8 0.02 0.02 0.15 0.07 0.01 0.11 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.14 0.08 0.21 0.70 0.59 0.78 0.69
N1 0.04 0.01 0.32 0.20 0.00 0.18 0.01 0.38 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.30 0.31 0.28 0.74 0.74 0.38
N3 0.06 0.00 0.37 0.20 0.01 0.21 0.01 0.38 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.38 0.28 0.38 0.39 0.71 0.75 0.44
N6 0.02 0.01 0.17 0.13 0.01 0.07 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.17 0.21 0.13 0.17 0.50 0.45 0.10
N7 0.01 0.01 0.06 0.03 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.05 0.10 0.59 0.59 0.72 0.59
N9 0.00 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.02 0.06 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.23 0.26 0.32 0.23
O2' 0.01 0.41 0.01 0.01 0.20 0.04 0.12 0.04 0.21 0.14 0.33 0.38 0.17 0.06 0.02 0.00 0.06 0.02 0.09 0.15 0.22 0.26
O3' 0.02 0.32 0.02 0.01 0.18 0.02 0.15 0.04 0.23 0.08 0.30 0.28 0.21 0.05 0.04 0.06 0.00 0.01 0.30 0.47 0.72 0.61
O4' 0.01 0.39 0.01 0.02 0.21 0.00 0.10 0.02 0.19 0.21 0.31 0.38 0.13 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.10 0.29 0.16 0.11
O5' 0.08 0.44 0.22 0.33 0.06 0.02 0.18 0.01 0.05 0.70 0.28 0.39 0.17 0.59 0.23 0.09 0.30 0.10 0.00 0.01 0.04 0.01
OP1 0.17 0.84 0.26 0.35 0.44 0.11 0.40 0.22 0.52 0.59 0.74 0.71 0.50 0.59 0.26 0.15 0.47 0.29 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.16 0.89 0.36 0.57 0.40 0.17 0.40 0.31 0.47 0.78 0.74 0.75 0.45 0.72 0.32 0.22 0.72 0.16 0.04 0.00 0.00 0.01
P 0.12 0.53 0.39 0.52 0.09 0.08 0.15 0.01 0.08 0.69 0.38 0.44 0.10 0.59 0.23 0.26 0.61 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.44 0.08 0.18 0.99 0.02 1.01 0.20 0.71 0.42 0.71 0.25 0.17 0.15 1.20 0.09 0.13 0.15 0.38 0.08
C2 0.22 0.58 0.30 0.37 0.97 0.15 0.91 0.22 0.66 0.50 0.80 0.47 0.19 0.37 1.14 0.11 0.07 0.14 0.35 0.15
C2' 0.24 0.65 0.26 0.39 1.31 0.13 1.32 0.37 0.97 0.63 0.97 0.41 0.08 0.31 1.57 0.16 0.11 0.09 0.71 0.33
C3' 0.24 0.69 0.16 0.26 1.43 0.07 1.46 0.33 1.07 0.67 1.05 0.41 0.19 0.16 1.72 0.19 0.11 0.06 0.77 0.35
C4 0.13 0.47 0.13 0.22 0.95 0.03 0.95 0.20 0.69 0.43 0.71 0.30 0.09 0.17 1.13 0.07 0.11 0.14 0.36 0.10
C4' 0.15 0.47 0.10 0.02 1.14 0.17 1.16 0.12 0.81 0.46 0.79 0.25 0.40 0.27 1.40 0.16 0.19 0.23 0.44 0.09
C5 0.11 0.41 0.07 0.16 0.89 0.05 0.92 0.20 0.66 0.39 0.64 0.24 0.15 0.09 1.06 0.09 0.14 0.15 0.34 0.07
C5' 0.26 0.39 0.34 0.28 1.08 0.37 1.12 0.15 0.75 0.39 0.71 0.25 0.67 0.58 1.35 0.27 0.32 0.38 0.34 0.05
C6 0.13 0.45 0.13 0.21 0.87 0.04 0.88 0.20 0.65 0.41 0.66 0.30 0.06 0.14 1.02 0.07 0.12 0.14 0.32 0.09
C8 0.15 0.35 0.08 0.10 0.90 0.12 0.97 0.22 0.69 0.37 0.59 0.19 0.29 0.07 1.09 0.15 0.17 0.16 0.37 0.06
N1 0.20 0.55 0.26 0.33 0.91 0.12 0.87 0.21 0.64 0.47 0.75 0.43 0.15 0.31 1.07 0.10 0.08 0.13 0.32 0.14
N3 0.18 0.55 0.25 0.32 0.99 0.10 0.95 0.22 0.69 0.48 0.79 0.41 0.12 0.31 1.18 0.09 0.08 0.13 0.37 0.14
N6 0.12 0.39 0.09 0.15 0.80 0.06 0.83 0.19 0.62 0.38 0.59 0.25 0.12 0.04 0.93 0.09 0.16 0.17 0.29 0.07
N7 0.15 0.33 0.10 0.09 0.85 0.13 0.93 0.22 0.67 0.36 0.56 0.19 0.29 0.07 1.03 0.16 0.18 0.17 0.36 0.06
N9 0.12 0.42 0.07 0.17 0.96 0.04 0.99 0.21 0.70 0.41 0.68 0.24 0.17 0.11 1.15 0.10 0.13 0.14 0.38 0.09
O2' 0.24 0.65 0.32 0.45 1.27 0.17 1.26 0.38 0.92 0.61 0.96 0.42 0.12 0.42 1.52 0.15 0.10 0.08 0.66 0.30
O3' 0.35 0.85 0.29 0.39 1.66 0.17 1.68 0.44 1.25 0.83 1.25 0.55 0.10 0.25 1.99 0.28 0.22 0.16 0.95 0.49
O4' 0.15 0.36 0.13 0.05 0.92 0.19 0.94 0.08 0.65 0.35 0.63 0.20 0.37 0.25 1.14 0.16 0.26 0.32 0.25 0.05
O5' 0.43 0.83 0.19 0.14 1.53 0.21 1.56 0.34 1.19 0.82 1.17 0.57 0.32 0.32 1.79 0.42 0.18 0.09 0.66 0.35
OP1 0.84 1.06 0.78 0.74 1.69 0.79 1.72 0.69 1.37 1.05 1.35 0.91 1.01 1.04 1.96 0.83 0.67 0.57 0.57 0.53
OP2 0.35 0.79 0.36 0.46 1.57 0.36 1.57 0.34 1.16 0.76 1.18 0.52 0.59 0.90 1.87 0.36 0.40 0.67 0.84 0.56
P 0.44 0.90 0.24 0.20 1.69 0.24 1.71 0.26 1.29 0.87 1.28 0.62 0.50 0.61 1.99 0.44 0.19 0.17 0.70 0.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.00 0.25 0.31 0.10 0.17
C2 0.02 0.00 0.11 0.15 0.02 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.18 0.02 0.02 0.50 0.54 0.42 0.45
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.04 0.02 0.07 0.01 0.08 0.01 0.08 0.21 0.00 0.01 0.04 0.01 0.25 0.42 0.17 0.26
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.09 0.00 0.06 0.01 0.07 0.04 0.14 0.23 0.02 0.01 0.09 0.02 0.26 0.48 0.17 0.30
C4 0.02 0.02 0.04 0.09 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.11 0.00 0.02 0.69 0.69 0.62 0.66
C4' 0.00 0.06 0.02 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.06 0.11 0.07 0.01 0.06 0.00 0.01 0.24 0.20 0.02
C5 0.02 0.01 0.07 0.06 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.04 0.70 0.64 0.51 0.64
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.08 0.01 0.09 0.00 0.07 0.04 0.08 0.11 0.07 0.03 0.09 0.01 0.01 0.29 0.34 0.02
C6 0.01 0.01 0.08 0.07 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.06 0.01 0.04 0.61 0.52 0.31 0.49
N1 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.48 0.47 0.28 0.38
N3 0.02 0.01 0.08 0.14 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.17 0.01 0.01 0.61 0.64 0.55 0.57
O2 0.06 0.01 0.21 0.23 0.02 0.11 0.01 0.11 0.03 0.03 0.02 0.00 0.10 0.27 0.03 0.05 0.42 0.51 0.39 0.39
O2' 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.07 0.05 0.07 0.05 0.02 0.01 0.10 0.00 0.02 0.03 0.06 0.12 0.33 0.11 0.15
O3' 0.01 0.18 0.01 0.01 0.11 0.01 0.06 0.03 0.06 0.05 0.17 0.27 0.02 0.00 0.13 0.01 0.13 0.48 0.18 0.26
O4 0.02 0.02 0.04 0.09 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.13 0.00 0.03 0.73 0.74 0.71 0.73
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.03 0.00 0.12 0.19 0.20 0.04
O5' 0.25 0.50 0.25 0.26 0.69 0.01 0.70 0.01 0.61 0.48 0.61 0.42 0.12 0.13 0.73 0.12 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.31 0.54 0.42 0.48 0.69 0.24 0.64 0.29 0.52 0.47 0.64 0.51 0.33 0.48 0.74 0.19 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.10 0.42 0.17 0.17 0.62 0.20 0.51 0.34 0.31 0.28 0.55 0.39 0.11 0.18 0.71 0.20 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.17 0.45 0.26 0.30 0.66 0.02 0.64 0.02 0.49 0.38 0.57 0.39 0.15 0.26 0.73 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00