ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54993

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.000, 0.030, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.000, 0.035, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.035 std_dev=0.035
N9 A 0, 0.000, 0.050, 0.100, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.050 std_dev=0.050
OP2 B 0, 0.000, 0.104, 0.209, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.104 std_dev=0.104
O3' A 0, 0.000, 0.147, 0.293, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.147 std_dev=0.147
O4' A 0, 0.000, 0.158, 0.315, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.158 std_dev=0.158
C2' A 0, 0.000, 0.170, 0.340, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.170 std_dev=0.170
P B 0, 0.000, 0.216, 0.431, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.216 std_dev=0.216
C3' A 0, 0.000, 0.229, 0.458, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.229 std_dev=0.229
O2' A 0, 0.000, 0.246, 0.492, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.246 std_dev=0.246
C4' A 0, 0.000, 0.273, 0.547, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.273 std_dev=0.273
OP1 B 0, 0.000, 0.330, 0.660, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.330 std_dev=0.330
O5' B 0, 0.000, 0.335, 0.670, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.335 std_dev=0.335
C5' B 0, 0.000, 0.365, 0.730, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.365 std_dev=0.365
C5' A 0, 0.000, 0.446, 0.891, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.446 std_dev=0.446
OP1 A 0, 0.000, 0.447, 0.893, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.447 std_dev=0.447
O5' A 0, 0.000, 0.489, 0.979, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.489 std_dev=0.489
P A 0, 0.000, 0.503, 1.005, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.503 std_dev=0.503
C6 B 0, 0.000, 0.528, 1.056, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.528 std_dev=0.528
C4' B 0, 0.000, 0.542, 1.084, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.542 std_dev=0.542
C5 B 0, 0.000, 0.543, 1.087, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.543 std_dev=0.543
O4' B 0, 0.000, 0.580, 1.161, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.580 std_dev=0.580
OP2 A 0, 0.000, 0.596, 1.193, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.596 std_dev=0.596
C3' B 0, 0.000, 0.615, 1.229, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.615 std_dev=0.615
N1 B 0, 0.000, 0.671, 1.342, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.671 std_dev=0.671
O3' B 0, 0.000, 0.678, 1.355, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.678 std_dev=0.678
C1' B 0, 0.000, 0.690, 1.379, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.690 std_dev=0.690
C4 B 0, 0.000, 0.726, 1.451, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.726 std_dev=0.726
C2' B 0, 0.000, 0.731, 1.462, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.731 std_dev=0.731
O4 B 0, 0.000, 0.766, 1.533, 1.533 max_d=1.533 avg_d=0.766 std_dev=0.766
O2' B 0, 0.000, 0.855, 1.711, 1.711 max_d=1.711 avg_d=0.855 std_dev=0.855
C2 B 0, 0.000, 0.894, 1.788, 1.788 max_d=1.788 avg_d=0.894 std_dev=0.894
N3 B 0, 0.000, 0.909, 1.818, 1.818 max_d=1.818 avg_d=0.909 std_dev=0.909
O2 B 0, 0.000, 1.068, 2.136, 2.136 max_d=2.136 avg_d=1.068 std_dev=1.068

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.00 0.06
C2 0.00 0.00 0.08 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.14 0.02 0.05 0.02 0.07 0.06 0.01
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.02 0.05 0.02 0.07 0.07 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.03 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.05 0.00
C4 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.00 0.09 0.02 0.05
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.02 0.04
C5 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.01 0.08 0.02 0.05
C5' 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00
C6 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.01 0.05 0.00 0.07 0.04 0.04
C8 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.12 0.03 0.10
N1 0.00 0.00 0.07 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.02 0.06 0.01 0.07 0.06 0.02
N3 0.00 0.00 0.07 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.02 0.04 0.01 0.08 0.04 0.03
N6 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.01 0.05 0.00 0.06 0.04 0.03
N7 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.09 0.01 0.08
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.01 0.08
O2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.02 0.09 0.03 0.12 0.13 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04 0.02
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.04 0.00
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.00 0.08
O5' 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.11 0.07 0.06 0.04 0.09 0.09 0.08 0.02 0.07 0.12 0.07 0.08 0.06 0.09 0.12 0.05 0.06 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.00 0.06 0.03 0.05 0.02 0.02 0.02 0.06 0.04 0.03 0.06 0.04 0.04 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.01 0.03 0.00 0.05 0.04 0.05 0.00 0.04 0.10 0.02 0.03 0.03 0.08 0.08 0.02 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.03 0.06 0.07 0.07 0.07 0.12 0.06 0.13 0.09 0.04 0.01 0.01 0.06 0.05 0.08 0.02 0.15 0.03 0.04
C2 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.11 0.06 0.04 0.03 0.08 0.03 0.07 0.02 0.04 0.21 0.03 0.08
C2' 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.07 0.04 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.03 0.05 0.22 0.10 0.11
C3' 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.09 0.05 0.02 0.03 0.05 0.01 0.03 0.04 0.04 0.21 0.08 0.09
C4 0.06 0.04 0.05 0.06 0.07 0.06 0.12 0.06 0.12 0.08 0.04 0.00 0.00 0.06 0.05 0.07 0.01 0.16 0.03 0.04
C4' 0.08 0.05 0.05 0.05 0.09 0.06 0.15 0.05 0.14 0.10 0.06 0.00 0.01 0.04 0.08 0.08 0.02 0.16 0.02 0.03
C5 0.06 0.04 0.06 0.07 0.06 0.07 0.10 0.07 0.11 0.07 0.04 0.01 0.02 0.08 0.04 0.06 0.02 0.14 0.04 0.04
C5' 0.05 0.03 0.03 0.02 0.07 0.03 0.12 0.02 0.11 0.07 0.04 0.02 0.03 0.01 0.06 0.05 0.01 0.18 0.06 0.06
C6 0.03 0.03 0.04 0.05 0.06 0.05 0.10 0.05 0.10 0.06 0.04 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.15 0.04 0.05
C8 0.09 0.05 0.10 0.12 0.07 0.11 0.11 0.11 0.12 0.10 0.05 0.03 0.06 0.13 0.05 0.09 0.05 0.10 0.03 0.01
N1 0.02 0.02 0.00 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.04 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.03 0.20 0.04 0.07
N3 0.04 0.03 0.02 0.02 0.07 0.02 0.13 0.02 0.12 0.08 0.04 0.02 0.04 0.00 0.06 0.05 0.01 0.19 0.03 0.06
N6 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.04 0.07 0.06 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.01 0.11 0.06 0.04
N7 0.08 0.05 0.09 0.11 0.06 0.11 0.10 0.10 0.11 0.08 0.05 0.02 0.06 0.12 0.04 0.07 0.05 0.09 0.05 0.01
N9 0.08 0.05 0.08 0.09 0.07 0.10 0.12 0.09 0.13 0.10 0.05 0.01 0.04 0.10 0.05 0.09 0.04 0.13 0.03 0.03
O2' 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.06 0.03 0.00 0.03 0.06 0.07 0.04 0.03 0.00 0.09 0.27 0.14 0.15
O3' 0.05 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.11 0.00 0.11 0.07 0.02 0.03 0.05 0.02 0.04 0.05 0.03 0.21 0.06 0.08
O4' 0.09 0.06 0.08 0.09 0.10 0.09 0.16 0.09 0.16 0.11 0.07 0.01 0.02 0.08 0.08 0.10 0.05 0.11 0.01 0.00
O5' 0.07 0.04 0.04 0.04 0.08 0.05 0.13 0.03 0.13 0.09 0.05 0.00 0.01 0.02 0.07 0.07 0.00 0.18 0.06 0.06
OP1 0.04 0.08 0.06 0.05 0.02 0.04 0.04 0.05 0.04 0.01 0.07 0.13 0.12 0.06 0.04 0.03 0.08 0.24 0.11 0.13
OP2 0.09 0.06 0.07 0.08 0.10 0.08 0.16 0.08 0.16 0.11 0.07 0.01 0.02 0.07 0.09 0.09 0.04 0.11 0.01 0.01
P 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.09 0.00 0.09 0.04 0.00 0.06 0.06 0.01 0.02 0.03 0.04 0.20 0.08 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01
C2 0.01 0.00 0.06 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.02 0.01 0.06 0.06 0.12 0.05
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.09 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.02
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.08 0.08 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.04 0.04 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.07 0.10 0.16 0.08
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C5 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.09 0.13 0.08
C5' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.06 0.04 0.07 0.04 0.04 0.02 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00
C6 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.09 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.08 0.03
N3 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.09 0.01 0.00 0.08 0.10 0.15 0.08
O2 0.01 0.00 0.09 0.08 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.10 0.02 0.01 0.05 0.05 0.11 0.04
O2' 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02
O3' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.09 0.10 0.01 0.00 0.05 0.00 0.02 0.05 0.03 0.03
O4 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.02 0.07 0.12 0.16 0.09
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.06 0.01 0.05
O5' 0.01 0.06 0.02 0.02 0.07 0.00 0.06 0.00 0.04 0.03 0.08 0.05 0.02 0.02 0.07 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.06 0.02 0.04 0.10 0.02 0.09 0.04 0.05 0.03 0.10 0.05 0.02 0.05 0.12 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.12 0.05 0.04 0.16 0.01 0.13 0.01 0.09 0.08 0.15 0.11 0.02 0.03 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.05 0.02 0.03 0.08 0.01 0.08 0.00 0.05 0.03 0.08 0.04 0.02 0.03 0.09 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00