ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54994

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C5 A 0, 0.000, 0.025, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N3 A 0, 0.000, 0.027, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N9 A 0, 0.000, 0.031, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.031
N7 A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C2 A 0, 0.000, 0.039, 0.078, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.039
C8 A 0, 0.000, 0.041, 0.081, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.041 std_dev=0.041
C1' A 0, 0.000, 0.048, 0.095, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.048 std_dev=0.048
N1 A 0, 0.000, 0.048, 0.095, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.048 std_dev=0.048
N6 A 0, 0.000, 0.056, 0.112, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.056 std_dev=0.056
O2' A 0, 0.000, 0.057, 0.113, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.057 std_dev=0.057
C2' A 0, 0.000, 0.099, 0.199, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.099 std_dev=0.099
O4' A 0, 0.000, 0.177, 0.354, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.177 std_dev=0.177
O3' A 0, 0.000, 0.182, 0.364, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.182 std_dev=0.182
C3' A 0, 0.000, 0.201, 0.402, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.201 std_dev=0.201
C4' A 0, 0.000, 0.243, 0.486, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.243 std_dev=0.243
OP1 A 0, 0.000, 0.287, 0.573, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.287 std_dev=0.287
P A 0, 0.000, 0.320, 0.641, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.320 std_dev=0.320
OP2 A 0, 0.000, 0.339, 0.678, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.339 std_dev=0.339
O5' A 0, 0.000, 0.365, 0.730, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.365 std_dev=0.365
C5' A 0, 0.000, 0.370, 0.741, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.370 std_dev=0.370
OP1 B 0, 0.000, 0.372, 0.743, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.372 std_dev=0.372
OP2 B 0, 0.000, 0.389, 0.778, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.389 std_dev=0.389
C5' B 0, 0.000, 0.390, 0.780, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.390 std_dev=0.390
P B 0, 0.000, 0.396, 0.793, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.396 std_dev=0.396
O5' B 0, 0.000, 0.437, 0.875, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.437 std_dev=0.437
C4' B 0, 0.000, 0.452, 0.904, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.452 std_dev=0.452
O3' B 0, 0.000, 0.452, 0.904, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.452 std_dev=0.452
C3' B 0, 0.000, 0.492, 0.984, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.492 std_dev=0.492
O4' B 0, 0.000, 0.513, 1.025, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.513 std_dev=0.513
C6 B 0, 0.000, 0.533, 1.066, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.533 std_dev=0.533
C5 B 0, 0.000, 0.554, 1.108, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.554 std_dev=0.554
C2' B 0, 0.000, 0.567, 1.134, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.567 std_dev=0.567
C1' B 0, 0.000, 0.568, 1.137, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.568 std_dev=0.568
O2' B 0, 0.000, 0.581, 1.161, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.581 std_dev=0.581
N1 B 0, 0.000, 0.596, 1.192, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.596 std_dev=0.596
C4 B 0, 0.000, 0.621, 1.242, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.621 std_dev=0.621
O4 B 0, 0.000, 0.649, 1.297, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.649 std_dev=0.649
C2 B 0, 0.000, 0.665, 1.330, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.665 std_dev=0.665
N3 B 0, 0.000, 0.675, 1.350, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.675 std_dev=0.675
O2 B 0, 0.000, 0.725, 1.449, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.725 std_dev=0.725

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.06 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.03 0.02
C2 0.06 0.00 0.06 0.13 0.01 0.16 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.14 0.14 0.02 0.09 0.07
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.07 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.03 0.02
C3' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.13 0.11 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.02
C4 0.03 0.01 0.03 0.06 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.05 0.06 0.03 0.00
C4' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.08 0.00 0.06 0.01 0.09 0.00 0.15 0.15 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01
C5 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.09 0.01 0.04
C5' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.11 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.20 0.19 0.11 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01
C6 0.03 0.01 0.04 0.08 0.01 0.09 0.00 0.14 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.08 0.05 0.05 0.01 0.01
C8 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.13 0.03 0.07
N1 0.06 0.01 0.07 0.13 0.03 0.15 0.01 0.20 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.11 0.13 0.11 0.01 0.06 0.05
N3 0.05 0.01 0.04 0.11 0.00 0.15 0.01 0.19 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.13 0.12 0.00 0.09 0.06
N6 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.06 0.02 0.11 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.08 0.04 0.04
N7 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.13 0.04 0.07
N9 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.11 0.01 0.04
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.08 0.01
O3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.07 0.02 0.11 0.08 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.04 0.06 0.02
O4' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.08 0.00 0.06 0.01 0.08 0.00 0.13 0.13 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.04
O5' 0.00 0.14 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.00 0.05 0.04 0.11 0.12 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.08 0.02 0.09 0.07 0.06 0.02 0.09 0.03 0.05 0.13 0.01 0.00 0.08 0.13 0.11 0.06 0.04 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.09 0.03 0.02 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.09 0.04 0.04 0.01 0.08 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.05 0.06 0.04 0.07 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.05 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.03 0.03 0.05 0.06 0.05
C2 0.13 0.16 0.10 0.10 0.16 0.11 0.16 0.11 0.16 0.16 0.16 0.16 0.06 0.06 0.15 0.14 0.16 0.19 0.19 0.19
C2' 0.05 0.08 0.02 0.01 0.06 0.03 0.06 0.02 0.07 0.08 0.07 0.08 0.01 0.03 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.06
C3' 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05 0.02 0.02 0.02 0.05 0.04 0.04
C4 0.05 0.08 0.02 0.01 0.08 0.03 0.08 0.03 0.08 0.08 0.08 0.08 0.02 0.02 0.08 0.06 0.07 0.09 0.10 0.09
C4' 0.04 0.01 0.07 0.07 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.11 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00
C5 0.02 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.03 0.05 0.08 0.05
C5' 0.10 0.07 0.13 0.13 0.07 0.11 0.07 0.10 0.07 0.07 0.08 0.08 0.17 0.16 0.07 0.09 0.07 0.03 0.03 0.04
C6 0.02 0.05 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.06 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.06 0.02 0.04 0.08 0.11 0.08
C8 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.02 0.03 0.04 0.06 0.04
N1 0.10 0.13 0.08 0.08 0.13 0.08 0.14 0.09 0.14 0.14 0.13 0.13 0.04 0.05 0.13 0.10 0.14 0.19 0.19 0.18
N3 0.11 0.14 0.08 0.07 0.13 0.08 0.13 0.09 0.14 0.14 0.14 0.14 0.03 0.03 0.13 0.12 0.13 0.15 0.16 0.15
N6 0.06 0.03 0.07 0.07 0.02 0.09 0.01 0.09 0.02 0.03 0.02 0.04 0.11 0.09 0.01 0.07 0.05 0.02 0.05 0.01
N7 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.07 0.06 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02
N9 0.03 0.06 0.00 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.06 0.06 0.06 0.06 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.06 0.07 0.06
O2' 0.09 0.12 0.05 0.04 0.11 0.05 0.11 0.05 0.11 0.12 0.12 0.12 0.02 0.01 0.11 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09
O3' 0.04 0.07 0.01 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.06 0.06 0.07 0.02 0.04 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05
O4' 0.04 0.01 0.07 0.07 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.11 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01
O5' 0.03 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.08 0.01 0.01 0.02 0.05 0.06 0.04
OP1 0.04 0.06 0.01 0.02 0.08 0.04 0.08 0.06 0.08 0.07 0.07 0.06 0.05 0.02 0.08 0.06 0.10 0.14 0.14 0.13
OP2 0.02 0.04 0.01 0.00 0.05 0.02 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.06 0.03 0.05 0.03 0.06 0.09 0.09 0.08
P 0.02 0.05 0.00 0.01 0.06 0.02 0.06 0.04 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.03 0.06 0.04 0.07 0.11 0.11 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
C2 0.02 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
C3' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01
C5' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01
N3 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
O2 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01
O2' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.06 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.05 0.03 0.03
O3' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03
O4 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
O5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00