ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55004

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 7, 10, 19, 10, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.016, 0.022, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.022 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.017, 0.026, 0.035, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.026 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.017, 0.028, 0.040, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.028 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.027, 0.040, 0.053, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.040 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.022, 0.036, 0.050, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.036 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.010, 0.026, 0.042, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.026 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.018, 0.036, 0.054, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.036 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.028, 0.046, 0.064, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.046 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.036, 0.055, 0.075, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.055 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.037, 0.058, 0.080, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.058 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.055, 0.078, 0.101, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.078 std_dev=0.023
P B 0, 0.662, 0.884, 1.106, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.884 std_dev=0.222
OP2 B 0, 0.756, 0.981, 1.206, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.981 std_dev=0.225
OP1 B 0, 1.117, 1.480, 1.843, 2.138 max_d=2.138 avg_d=1.480 std_dev=0.363
O5' B 0, 2.545, 3.047, 3.550, 3.647 max_d=3.647 avg_d=3.047 std_dev=0.503
O4' A 0, 1.501, 2.200, 2.899, 2.686 max_d=2.686 avg_d=2.200 std_dev=0.699
C5' B 0, 3.622, 4.325, 5.029, 5.090 max_d=5.090 avg_d=4.325 std_dev=0.704
C2' A 0, 1.617, 2.324, 3.031, 2.805 max_d=2.805 avg_d=2.324 std_dev=0.707
C3' A 0, 1.256, 2.087, 2.918, 3.481 max_d=3.481 avg_d=2.087 std_dev=0.831
C4' A 0, 1.579, 2.415, 3.251, 3.235 max_d=3.235 avg_d=2.415 std_dev=0.836
O3' A 0, 1.148, 1.990, 2.832, 3.513 max_d=3.513 avg_d=1.990 std_dev=0.842
N7 B 0, 5.809, 6.786, 7.763, 7.303 max_d=7.303 avg_d=6.786 std_dev=0.977
C8 B 0, 5.892, 6.893, 7.894, 7.508 max_d=7.508 avg_d=6.893 std_dev=1.001
C4' B 0, 6.086, 7.163, 8.240, 8.016 max_d=8.016 avg_d=7.163 std_dev=1.077
O2' A 0, 2.637, 3.837, 5.037, 4.756 max_d=4.756 avg_d=3.837 std_dev=1.200
O4' B 0, 7.126, 8.350, 9.575, 9.325 max_d=9.325 avg_d=8.350 std_dev=1.225
C3' B 0, 7.175, 8.432, 9.689, 9.377 max_d=9.377 avg_d=8.432 std_dev=1.257
C5 B 0, 8.023, 9.357, 10.691, 9.974 max_d=9.974 avg_d=9.357 std_dev=1.334
N6 B 0, 8.032, 9.373, 10.714, 10.054 max_d=10.054 avg_d=9.373 std_dev=1.341
N9 B 0, 7.997, 9.340, 10.683, 10.032 max_d=10.032 avg_d=9.340 std_dev=1.343
O3' B 0, 7.835, 9.241, 10.646, 10.426 max_d=10.426 avg_d=9.241 std_dev=1.405
C1' B 0, 8.700, 10.173, 11.645, 11.017 max_d=11.017 avg_d=10.173 std_dev=1.472
C6 B 0, 9.089, 10.598, 12.106, 11.289 max_d=11.289 avg_d=10.598 std_dev=1.508
C4 B 0, 9.378, 10.937, 12.496, 11.574 max_d=11.574 avg_d=10.937 std_dev=1.559
C2' B 0, 9.266, 10.844, 12.421, 11.727 max_d=11.727 avg_d=10.844 std_dev=1.578
C5' A 0, 3.281, 4.861, 6.441, 6.191 max_d=6.191 avg_d=4.861 std_dev=1.580
O2' B 0, 10.882, 12.729, 14.577, 13.760 max_d=13.760 avg_d=12.729 std_dev=1.847
N1 B 0, 11.329, 13.203, 15.078, 13.989 max_d=13.989 avg_d=13.203 std_dev=1.875
N3 B 0, 11.603, 13.526, 15.449, 14.249 max_d=14.249 avg_d=13.526 std_dev=1.923
C2 B 0, 12.409, 14.461, 16.513, 15.254 max_d=15.254 avg_d=14.461 std_dev=2.052
O5' A 0, 3.257, 5.793, 8.328, 7.627 max_d=7.627 avg_d=5.793 std_dev=2.535
P A 0, 4.294, 7.900, 11.507, 10.399 max_d=10.399 avg_d=7.900 std_dev=3.607
OP2 A 0, 5.847, 9.633, 13.419, 12.280 max_d=12.280 avg_d=9.633 std_dev=3.786
OP1 A 0, 4.495, 8.286, 12.076, 11.755 max_d=11.755 avg_d=8.286 std_dev=3.790

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.08 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.33 0.01 0.21 0.73 0.23 0.29
C2 0.04 0.00 0.29 0.36 0.01 0.57 0.01 1.13 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.38 0.28 0.42 1.47 1.22 2.21 1.58
C2' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.15 0.01 0.08 0.21 0.13 0.15 0.22 0.30 0.09 0.10 0.03 0.00 0.03 0.02 0.52 0.52 0.53 0.46
C3' 0.02 0.36 0.00 0.00 0.26 0.01 0.37 0.03 0.36 0.48 0.34 0.34 0.42 0.49 0.26 0.02 0.01 0.02 0.29 0.51 0.35 0.26
C4 0.02 0.01 0.15 0.26 0.00 0.25 0.00 0.49 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.29 0.14 0.22 0.64 0.78 0.97 0.46
C4' 0.02 0.57 0.01 0.01 0.25 0.00 0.16 0.01 0.26 0.38 0.44 0.55 0.21 0.29 0.11 0.28 0.03 0.00 0.02 0.31 0.24 0.14
C5 0.01 0.01 0.08 0.37 0.00 0.16 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.12 0.10 0.43 1.05 0.85 0.17
C5' 0.08 1.13 0.21 0.03 0.49 0.01 0.28 0.00 0.50 0.59 0.88 1.03 0.38 0.44 0.13 0.09 0.20 0.02 0.01 0.19 0.41 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.36 0.01 0.26 0.01 0.50 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.37 0.13 0.20 0.66 0.87 1.20 0.43
C8 0.02 0.02 0.15 0.48 0.01 0.38 0.01 0.59 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.28 0.18 0.23 0.86 1.77 1.05 1.10
N1 0.03 0.00 0.22 0.34 0.01 0.44 0.01 0.88 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.39 0.17 0.33 1.14 0.93 1.84 1.14
N3 0.04 0.01 0.30 0.34 0.00 0.55 0.01 1.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.34 0.33 0.41 1.36 1.09 1.85 1.37
N6 0.02 0.01 0.09 0.42 0.01 0.21 0.01 0.38 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.39 0.20 0.14 0.54 1.03 1.14 0.25
N7 0.01 0.02 0.10 0.49 0.01 0.29 0.01 0.44 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.32 0.23 0.12 0.71 1.71 1.06 0.93
N9 0.00 0.01 0.03 0.26 0.00 0.11 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.20 0.08 0.02 0.29 1.00 0.44 0.30
O2' 0.02 0.38 0.00 0.02 0.29 0.28 0.33 0.09 0.37 0.28 0.39 0.34 0.39 0.32 0.20 0.00 0.06 0.21 0.49 0.46 0.64 0.43
O3' 0.33 0.28 0.03 0.01 0.14 0.03 0.12 0.20 0.13 0.18 0.17 0.33 0.20 0.23 0.08 0.06 0.00 0.24 0.32 0.86 0.49 0.49
O4' 0.01 0.42 0.02 0.02 0.22 0.00 0.10 0.02 0.20 0.23 0.33 0.41 0.14 0.12 0.02 0.21 0.24 0.00 0.09 0.78 0.22 0.35
O5' 0.21 1.47 0.52 0.29 0.64 0.02 0.43 0.01 0.66 0.86 1.14 1.36 0.54 0.71 0.29 0.49 0.32 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.73 1.22 0.52 0.51 0.78 0.31 1.05 0.19 0.87 1.77 0.93 1.09 1.03 1.71 1.00 0.46 0.86 0.78 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 2.21 0.53 0.35 0.97 0.24 0.85 0.41 1.20 1.05 1.84 1.85 1.14 1.06 0.44 0.64 0.49 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.29 1.58 0.46 0.26 0.46 0.14 0.17 0.02 0.43 1.10 1.14 1.37 0.25 0.93 0.30 0.43 0.49 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.24 0.30 0.28 0.18 0.14 0.19 0.14 0.23 0.18 0.27 0.21 0.26 0.17 0.17 0.29 0.35 0.18 0.15 0.20 0.18 0.17
C2 0.17 0.16 0.31 0.34 0.15 0.18 0.16 0.21 0.18 0.16 0.18 0.15 0.22 0.16 0.16 0.28 0.43 0.23 0.20 0.25 0.21 0.20
C2' 0.20 0.36 0.23 0.23 0.26 0.18 0.26 0.17 0.34 0.20 0.39 0.30 0.37 0.21 0.21 0.22 0.27 0.22 0.18 0.20 0.18 0.19
C3' 0.70 0.97 0.75 0.73 0.81 0.63 0.81 0.54 0.93 0.66 1.01 0.88 0.97 0.70 0.72 0.75 0.78 0.65 0.53 0.41 0.40 0.42
C4 0.15 0.17 0.27 0.27 0.15 0.14 0.15 0.15 0.18 0.16 0.19 0.15 0.21 0.15 0.15 0.25 0.34 0.19 0.16 0.20 0.18 0.17
C4' 0.41 0.89 0.46 0.48 0.59 0.33 0.60 0.30 0.81 0.37 0.96 0.72 0.90 0.42 0.44 0.46 0.58 0.38 0.32 0.36 0.34 0.32
C5 0.15 0.16 0.24 0.23 0.15 0.13 0.15 0.13 0.17 0.16 0.18 0.15 0.20 0.15 0.15 0.22 0.28 0.17 0.15 0.18 0.17 0.16
C5' 0.61 1.42 0.57 0.56 0.92 0.47 0.91 0.46 1.27 0.51 1.53 1.15 1.37 0.59 0.66 0.60 0.65 0.54 0.48 0.65 0.62 0.57
C6 0.14 0.15 0.24 0.25 0.14 0.14 0.15 0.15 0.17 0.14 0.17 0.14 0.20 0.14 0.14 0.21 0.30 0.18 0.16 0.20 0.18 0.17
C8 0.19 0.24 0.25 0.22 0.21 0.15 0.21 0.13 0.24 0.19 0.26 0.22 0.26 0.19 0.20 0.25 0.25 0.19 0.14 0.17 0.17 0.15
N1 0.16 0.16 0.28 0.31 0.15 0.18 0.16 0.20 0.18 0.16 0.17 0.15 0.21 0.15 0.15 0.25 0.38 0.22 0.20 0.23 0.20 0.20
N3 0.15 0.17 0.30 0.32 0.14 0.16 0.15 0.18 0.18 0.16 0.19 0.15 0.22 0.15 0.15 0.28 0.41 0.21 0.19 0.23 0.20 0.19
N6 0.14 0.18 0.20 0.21 0.15 0.13 0.17 0.13 0.19 0.14 0.19 0.16 0.21 0.15 0.14 0.18 0.24 0.17 0.14 0.17 0.17 0.16
N7 0.18 0.20 0.23 0.20 0.19 0.15 0.19 0.12 0.20 0.19 0.21 0.19 0.22 0.19 0.19 0.23 0.22 0.19 0.13 0.16 0.17 0.15
N9 0.16 0.22 0.27 0.26 0.18 0.14 0.18 0.13 0.21 0.17 0.24 0.19 0.24 0.17 0.17 0.26 0.31 0.18 0.15 0.19 0.18 0.16
O2' 0.27 0.33 0.30 0.31 0.26 0.33 0.26 0.41 0.30 0.27 0.35 0.29 0.32 0.26 0.26 0.30 0.33 0.30 0.43 0.59 0.55 0.52
O3' 0.52 0.81 0.68 0.64 0.64 0.46 0.63 0.35 0.75 0.46 0.85 0.72 0.78 0.50 0.54 0.67 0.73 0.43 0.35 0.31 0.28 0.25
O4' 0.20 0.56 0.35 0.40 0.31 0.19 0.32 0.20 0.51 0.20 0.63 0.41 0.60 0.20 0.21 0.33 0.52 0.21 0.25 0.32 0.32 0.29
O5' 0.94 1.84 0.86 0.75 1.29 0.71 1.28 0.63 1.67 0.80 1.96 1.55 1.77 0.90 0.99 0.91 0.77 0.83 0.63 0.80 0.77 0.72
OP1 1.96 3.18 1.74 1.38 2.47 1.45 2.44 1.16 2.93 1.72 3.29 2.82 3.00 1.91 2.05 1.84 1.21 1.78 1.06 0.79 0.86 0.89
OP2 1.73 2.88 1.73 1.56 2.15 1.47 2.08 1.38 2.57 1.50 3.00 2.50 2.59 1.58 1.77 1.79 1.59 1.52 1.35 1.59 1.47 1.44
P 1.24 2.58 1.09 0.76 1.79 0.72 1.75 0.44 2.29 0.96 2.71 2.18 2.37 1.15 1.32 1.20 0.70 1.00 0.36 0.62 0.58 0.48

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.08 0.12 0.10 0.11
C2 0.03 0.00 0.30 0.26 0.01 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.36 0.20 0.18 0.31 0.19 0.31
C2' 0.00 0.30 0.00 0.00 0.17 0.01 0.11 0.02 0.18 0.11 0.26 0.29 0.15 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.08 0.20 0.12 0.10
C3' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.15 0.00 0.12 0.02 0.18 0.10 0.24 0.23 0.16 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.08 0.24 0.15 0.13
C4 0.02 0.01 0.17 0.15 0.00 0.03 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.13 0.19 0.11 0.15 0.22 0.16 0.23
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.03 0.04 0.03 0.00 0.02 0.11 0.04 0.03
C5 0.01 0.01 0.11 0.12 0.00 0.04 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.09 0.16 0.07 0.16 0.23 0.19 0.25
C5' 0.03 0.15 0.02 0.02 0.11 0.01 0.12 0.00 0.14 0.10 0.16 0.13 0.14 0.12 0.07 0.04 0.04 0.02 0.01 0.09 0.03 0.01
C6 0.02 0.01 0.18 0.18 0.01 0.05 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.15 0.25 0.11 0.18 0.27 0.21 0.30
C8 0.01 0.01 0.11 0.10 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.09 0.11 0.10 0.13 0.14 0.15 0.14
N1 0.03 0.01 0.26 0.24 0.01 0.05 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.33 0.17 0.19 0.31 0.21 0.33
N3 0.04 0.01 0.29 0.23 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.31 0.19 0.16 0.26 0.16 0.26
N6 0.03 0.01 0.15 0.16 0.02 0.05 0.02 0.14 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.13 0.23 0.09 0.18 0.27 0.22 0.31
N7 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.08 0.04 0.15 0.18 0.19 0.20
N9 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.01 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.12 0.15 0.13 0.15
O2' 0.02 0.27 0.00 0.02 0.13 0.04 0.09 0.04 0.15 0.09 0.22 0.25 0.13 0.04 0.02 0.00 0.05 0.03 0.05 0.18 0.09 0.06
O3' 0.02 0.36 0.02 0.01 0.19 0.03 0.16 0.04 0.25 0.11 0.33 0.31 0.23 0.08 0.05 0.05 0.00 0.02 0.11 0.37 0.22 0.21
O4' 0.01 0.20 0.01 0.01 0.11 0.00 0.07 0.02 0.11 0.10 0.17 0.19 0.09 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.08 0.13 0.15 0.14
O5' 0.08 0.18 0.08 0.08 0.15 0.02 0.16 0.01 0.18 0.13 0.19 0.16 0.18 0.15 0.12 0.05 0.11 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.31 0.20 0.24 0.22 0.11 0.23 0.09 0.27 0.14 0.31 0.26 0.27 0.18 0.15 0.18 0.37 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.19 0.12 0.15 0.16 0.04 0.19 0.03 0.21 0.15 0.21 0.16 0.22 0.19 0.13 0.09 0.22 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.31 0.10 0.13 0.23 0.03 0.25 0.01 0.30 0.14 0.33 0.26 0.31 0.20 0.15 0.06 0.21 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00