ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55005

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 3, 14, 11, 15, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.044, 0.053, 0.061, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.053 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.066, 0.081, 0.096, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.081 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.072, 0.088, 0.105, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.088 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.055, 0.072, 0.089, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.072 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.079, 0.099, 0.118, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.099 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.113, 0.135, 0.157, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.135 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.121, 0.144, 0.167, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.144 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.097, 0.121, 0.145, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.121 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.141, 0.169, 0.198, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.169 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.138, 0.169, 0.199, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.169 std_dev=0.031
N6 A 0, 0.199, 0.239, 0.279, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.239 std_dev=0.040
P B 0, 0.406, 0.607, 0.808, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.607 std_dev=0.201
OP2 B 0, 0.630, 0.878, 1.125, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.878 std_dev=0.247
OP1 B 0, 0.783, 1.072, 1.361, 1.684 max_d=1.684 avg_d=1.072 std_dev=0.289
O4' A 0, 2.067, 2.413, 2.758, 2.510 max_d=2.510 avg_d=2.413 std_dev=0.346
C2' A 0, 2.244, 2.628, 3.011, 2.801 max_d=2.801 avg_d=2.628 std_dev=0.384
C4' A 0, 2.073, 2.472, 2.871, 2.814 max_d=2.814 avg_d=2.472 std_dev=0.399
O3' A 0, 1.908, 2.415, 2.922, 3.070 max_d=3.070 avg_d=2.415 std_dev=0.507
O2' A 0, 3.790, 4.460, 5.131, 4.830 max_d=4.830 avg_d=4.460 std_dev=0.671
C3' A 0, 1.478, 2.191, 2.904, 3.137 max_d=3.137 avg_d=2.191 std_dev=0.713
C5' A 0, 4.447, 5.237, 6.026, 5.721 max_d=5.721 avg_d=5.237 std_dev=0.790
O5' A 0, 5.553, 6.536, 7.520, 7.135 max_d=7.135 avg_d=6.536 std_dev=0.983
O5' B 0, 0.904, 1.994, 3.084, 3.207 max_d=3.207 avg_d=1.994 std_dev=1.090
P A 0, 8.038, 9.419, 10.800, 10.078 max_d=10.078 avg_d=9.419 std_dev=1.381
C5' B 0, 1.654, 3.111, 4.567, 5.046 max_d=5.046 avg_d=3.111 std_dev=1.457
OP2 A 0, 9.389, 10.993, 12.597, 11.731 max_d=11.731 avg_d=10.993 std_dev=1.604
OP1 A 0, 8.382, 10.045, 11.708, 11.308 max_d=11.308 avg_d=10.045 std_dev=1.663
N6 B 0, 8.093, 10.131, 12.169, 11.729 max_d=11.729 avg_d=10.131 std_dev=2.038
C2 B 0, 7.367, 9.454, 11.542, 11.202 max_d=11.202 avg_d=9.454 std_dev=2.088
N1 B 0, 7.799, 9.890, 11.981, 11.381 max_d=11.381 avg_d=9.890 std_dev=2.091
C6 B 0, 7.152, 9.411, 11.670, 11.379 max_d=11.379 avg_d=9.411 std_dev=2.259
N3 B 0, 5.813, 8.440, 11.067, 11.003 max_d=11.003 avg_d=8.440 std_dev=2.627
C4' B 0, 1.937, 4.656, 7.376, 7.531 max_d=7.531 avg_d=4.656 std_dev=2.719
O3' B 0, 3.140, 5.873, 8.606, 8.850 max_d=8.850 avg_d=5.873 std_dev=2.733
C5 B 0, 5.503, 8.367, 11.230, 11.144 max_d=11.144 avg_d=8.367 std_dev=2.864
N7 B 0, 4.908, 8.090, 11.273, 11.102 max_d=11.102 avg_d=8.090 std_dev=3.182
C3' B 0, 2.050, 5.257, 8.464, 8.569 max_d=8.569 avg_d=5.257 std_dev=3.207
C4 B 0, 4.606, 7.821, 11.036, 10.982 max_d=10.982 avg_d=7.821 std_dev=3.215
O4' B 0, 2.052, 5.468, 8.884, 9.009 max_d=9.009 avg_d=5.468 std_dev=3.416
C8 B 0, 3.425, 7.291, 11.157, 10.982 max_d=10.982 avg_d=7.291 std_dev=3.866
N9 B 0, 2.700, 6.867, 11.033, 10.876 max_d=10.876 avg_d=6.867 std_dev=4.166
O2' B 0, 4.079, 8.501, 12.922, 12.922 max_d=12.922 avg_d=8.501 std_dev=4.422
C2' B 0, 2.372, 6.858, 11.343, 11.303 max_d=11.303 avg_d=6.858 std_dev=4.485
C1' B 0, 1.496, 6.311, 11.126, 10.955 max_d=10.955 avg_d=6.311 std_dev=4.815

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.37 0.01 0.20 0.89 0.13 0.32
C2 0.03 0.00 0.20 0.14 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.44 0.12 0.16 1.24 0.52 0.32
C2' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.11 0.02 0.07 0.24 0.11 0.10 0.17 0.20 0.10 0.07 0.03 0.00 0.05 0.03 0.51 0.80 0.36 0.59
C3' 0.02 0.14 0.00 0.00 0.20 0.01 0.32 0.02 0.31 0.38 0.23 0.10 0.37 0.41 0.23 0.02 0.01 0.02 0.06 0.14 0.10 0.08
C4 0.02 0.01 0.11 0.20 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.26 0.27 0.07 0.17 1.23 0.49 0.32
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.08 0.18 0.05 0.06 0.11 0.17 0.08 0.31 0.04 0.00 0.02 0.19 0.19 0.05
C5 0.01 0.01 0.07 0.32 0.00 0.10 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.17 0.04 0.22 1.35 0.71 0.34
C5' 0.09 0.09 0.24 0.02 0.08 0.01 0.11 0.00 0.11 0.16 0.09 0.10 0.14 0.17 0.08 0.11 0.24 0.02 0.01 0.13 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.31 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.34 0.20 0.07 0.22 1.38 0.78 0.34
C8 0.02 0.01 0.10 0.38 0.01 0.18 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.30 0.22 0.08 0.25 1.31 0.61 0.35
N1 0.03 0.00 0.17 0.23 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.31 0.10 0.18 1.33 0.68 0.33
N3 0.03 0.01 0.20 0.10 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.48 0.12 0.16 1.16 0.40 0.32
N6 0.02 0.01 0.10 0.37 0.01 0.11 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.37 0.19 0.06 0.27 1.43 0.93 0.36
N7 0.01 0.01 0.07 0.41 0.01 0.17 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.35 0.24 0.05 0.29 1.40 0.82 0.36
N9 0.01 0.01 0.03 0.23 0.00 0.08 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.21 0.18 0.01 0.17 1.15 0.38 0.32
O2' 0.02 0.28 0.00 0.02 0.26 0.31 0.33 0.11 0.34 0.30 0.31 0.25 0.37 0.35 0.21 0.00 0.08 0.22 0.39 0.65 0.32 0.49
O3' 0.37 0.44 0.05 0.01 0.27 0.04 0.17 0.24 0.20 0.22 0.31 0.48 0.19 0.24 0.18 0.08 0.00 0.25 0.23 0.50 0.28 0.32
O4' 0.01 0.12 0.03 0.02 0.07 0.00 0.04 0.02 0.07 0.08 0.10 0.12 0.06 0.05 0.01 0.22 0.25 0.00 0.06 0.69 0.13 0.16
O5' 0.20 0.16 0.51 0.06 0.17 0.02 0.22 0.01 0.22 0.25 0.18 0.16 0.27 0.29 0.17 0.39 0.23 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.89 1.24 0.80 0.14 1.23 0.19 1.35 0.13 1.38 1.31 1.33 1.16 1.43 1.40 1.15 0.65 0.50 0.69 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.52 0.36 0.10 0.49 0.19 0.71 0.40 0.78 0.61 0.68 0.40 0.93 0.82 0.38 0.32 0.28 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.32 0.32 0.59 0.08 0.32 0.05 0.34 0.02 0.34 0.35 0.33 0.32 0.36 0.36 0.32 0.49 0.32 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.91 2.81 0.71 0.52 2.06 0.66 2.53 0.60 3.25 1.38 3.31 2.21 3.82 2.12 1.39 1.18 0.61 1.01 0.36 0.15 0.16 0.15
C2 1.21 1.53 1.74 1.33 1.26 1.15 1.42 0.94 1.74 0.88 1.72 1.35 2.04 1.23 1.05 2.21 1.36 1.17 0.63 0.17 0.19 0.16
C2' 0.70 2.42 0.82 0.58 1.64 0.65 2.03 0.64 2.75 0.94 2.87 1.84 3.29 1.58 1.01 1.35 0.62 0.83 0.38 0.18 0.19 0.23
C3' 0.75 2.56 0.81 0.61 1.72 0.67 2.10 0.69 2.85 0.99 3.02 1.95 3.38 1.62 1.08 1.28 0.65 0.84 0.46 0.37 0.34 0.39
C4 0.83 2.31 0.76 0.53 1.81 0.65 2.29 0.60 2.82 1.36 2.75 1.85 3.32 2.06 1.27 1.17 0.57 0.96 0.36 0.13 0.15 0.15
C4' 1.11 3.32 0.56 0.44 2.39 0.68 2.83 0.57 3.66 1.56 3.83 2.64 4.24 2.30 1.64 0.92 0.51 1.14 0.36 0.19 0.19 0.17
C5 0.99 2.53 0.33 0.28 2.11 0.56 2.65 0.49 3.12 1.76 2.98 2.09 3.61 2.51 1.58 0.55 0.30 1.04 0.33 0.16 0.15 0.15
C5' 1.44 3.92 0.56 0.49 2.88 0.76 3.33 0.55 4.23 1.94 4.46 3.17 4.83 2.73 2.04 0.52 0.46 1.36 0.38 0.23 0.20 0.18
C6 0.77 1.92 0.45 0.28 1.67 0.52 2.16 0.50 2.48 1.54 2.30 1.58 2.88 2.18 1.28 0.72 0.29 0.89 0.32 0.14 0.15 0.15
C8 1.38 3.43 0.52 0.54 2.73 0.73 3.28 0.53 3.99 2.09 3.97 2.84 4.61 2.90 2.03 0.33 0.52 1.30 0.40 0.19 0.16 0.15
N1 0.89 1.30 1.31 0.96 1.10 0.89 1.41 0.78 1.68 0.91 1.57 1.10 2.02 1.37 0.88 1.66 0.93 0.97 0.52 0.15 0.18 0.16
N3 1.04 1.90 1.46 1.10 1.46 0.98 1.77 0.82 2.23 0.99 2.22 1.55 2.62 1.51 1.07 1.97 1.17 1.06 0.53 0.15 0.17 0.15
N6 1.08 2.09 0.38 0.50 1.98 0.60 2.47 0.45 2.66 2.03 2.44 1.82 2.97 2.62 1.67 0.26 0.57 1.05 0.40 0.19 0.16 0.17
N7 1.52 3.39 0.69 0.71 2.82 0.82 3.40 0.55 4.00 2.30 3.89 2.86 4.57 3.12 2.18 0.43 0.71 1.38 0.46 0.21 0.16 0.16
N9 0.97 2.83 0.47 0.35 2.18 0.60 2.69 0.54 3.35 1.59 3.33 2.27 3.93 2.35 1.53 0.83 0.39 1.04 0.33 0.15 0.15 0.15
O2' 0.80 2.36 0.92 0.58 1.61 0.71 1.95 0.64 2.62 0.92 2.76 1.82 3.10 1.51 1.03 1.53 0.63 0.95 0.36 0.40 0.36 0.29
O3' 0.85 2.50 0.84 0.55 1.70 0.69 2.00 0.61 2.69 0.98 2.88 1.95 3.14 1.53 1.11 1.34 0.63 0.94 0.36 0.27 0.29 0.23
O4' 1.23 3.42 0.56 0.43 2.57 0.72 3.07 0.59 3.86 1.81 3.96 2.76 4.47 2.60 1.82 0.85 0.48 1.26 0.40 0.18 0.19 0.19
O5' 1.50 4.00 0.65 0.64 2.96 0.75 3.42 0.49 4.33 2.02 4.55 3.24 4.95 2.82 2.12 0.39 0.61 1.33 0.36 0.39 0.29 0.28
OP1 3.42 6.00 2.64 2.53 4.88 2.51 5.27 2.02 6.22 3.78 6.52 5.23 6.77 4.54 4.00 2.34 2.49 3.10 1.94 1.27 1.39 1.48
OP2 1.47 4.22 0.68 0.49 2.99 0.52 3.42 0.52 4.42 1.93 4.77 3.37 5.01 2.72 2.08 0.52 0.49 1.12 0.49 1.25 1.02 0.97
P 2.22 4.92 1.42 1.29 3.75 1.27 4.19 0.81 5.18 2.69 5.48 4.10 5.79 3.49 2.84 1.14 1.27 1.89 0.70 0.35 0.31 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.29 0.01 0.19 0.16 0.31 0.19
C2 0.04 0.00 0.49 0.30 0.01 0.37 0.01 0.55 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.45 0.22 0.55 0.17 0.39 0.61 0.22
C2' 0.01 0.49 0.00 0.01 0.27 0.03 0.15 0.16 0.25 0.23 0.40 0.48 0.19 0.11 0.04 0.00 0.03 0.03 0.31 0.30 0.42 0.33
C3' 0.02 0.30 0.01 0.00 0.32 0.01 0.43 0.02 0.44 0.41 0.38 0.24 0.49 0.47 0.29 0.02 0.01 0.03 0.15 0.16 0.22 0.14
C4 0.02 0.01 0.27 0.32 0.00 0.12 0.00 0.26 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.13 0.30 0.32 0.18 0.76 0.35
C4' 0.02 0.37 0.03 0.01 0.12 0.00 0.09 0.01 0.09 0.38 0.24 0.37 0.09 0.31 0.11 0.34 0.04 0.01 0.02 0.12 0.08 0.03
C5 0.02 0.01 0.15 0.43 0.00 0.09 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.21 0.21 0.14 0.58 0.46 1.16 0.65
C5' 0.08 0.55 0.16 0.02 0.26 0.01 0.23 0.00 0.25 0.54 0.41 0.52 0.25 0.46 0.19 0.20 0.21 0.03 0.01 0.17 0.12 0.02
C6 0.02 0.01 0.25 0.44 0.01 0.09 0.01 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.14 0.23 0.26 0.50 0.36 1.17 0.58
C8 0.02 0.01 0.23 0.41 0.01 0.38 0.01 0.54 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.59 0.23 0.28 0.90 0.88 1.26 0.97
N1 0.03 0.01 0.40 0.38 0.02 0.24 0.01 0.41 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.21 0.43 0.28 0.24 0.90 0.33
N3 0.04 0.01 0.48 0.24 0.00 0.37 0.01 0.52 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.45 0.23 0.55 0.16 0.36 0.49 0.19
N6 0.03 0.01 0.19 0.49 0.01 0.09 0.02 0.25 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.22 0.30 0.18 0.64 0.56 1.42 0.76
N7 0.01 0.01 0.11 0.47 0.01 0.31 0.00 0.46 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.51 0.30 0.14 0.90 0.90 1.49 1.03
N9 0.01 0.02 0.04 0.29 0.00 0.11 0.01 0.19 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.22 0.09 0.02 0.45 0.35 0.74 0.48
O2' 0.02 0.45 0.00 0.02 0.12 0.34 0.21 0.20 0.14 0.59 0.26 0.45 0.22 0.51 0.22 0.00 0.08 0.23 0.16 0.20 0.44 0.18
O3' 0.29 0.22 0.03 0.01 0.13 0.04 0.21 0.21 0.23 0.23 0.21 0.23 0.30 0.30 0.09 0.08 0.00 0.19 0.19 0.32 0.20 0.20
O4' 0.01 0.55 0.03 0.03 0.30 0.01 0.14 0.03 0.26 0.28 0.43 0.55 0.18 0.14 0.02 0.23 0.19 0.00 0.27 0.20 0.39 0.28
O5' 0.19 0.17 0.31 0.15 0.32 0.02 0.58 0.01 0.50 0.90 0.28 0.16 0.64 0.90 0.45 0.16 0.19 0.27 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.16 0.39 0.30 0.16 0.18 0.12 0.46 0.17 0.36 0.88 0.24 0.36 0.56 0.90 0.35 0.20 0.32 0.20 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.61 0.42 0.22 0.76 0.08 1.16 0.12 1.17 1.26 0.90 0.49 1.42 1.49 0.74 0.44 0.20 0.39 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.22 0.33 0.14 0.35 0.03 0.65 0.02 0.58 0.97 0.33 0.19 0.76 1.03 0.48 0.18 0.20 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00