ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55006

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 4, 2, 13, 5, 6, 6, 5, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C2 A 0, -0.003, 0.013, 0.030, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.013 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.004, 0.022, 0.041, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.022 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.008, 0.027, 0.045, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.027 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.008, 0.027, 0.046, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.027 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.008, 0.028, 0.048, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.028 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.011, 0.037, 0.063, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.037 std_dev=0.026
C4 A 0, 0.009, 0.035, 0.061, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.035 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.013, 0.048, 0.082, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.048 std_dev=0.035
N6 A 0, 0.016, 0.052, 0.089, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.052 std_dev=0.037
C8 A 0, 0.016, 0.058, 0.101, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.058 std_dev=0.043
O5' B 0, 0.366, 0.560, 0.753, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.560 std_dev=0.193
P B 0, 0.418, 0.616, 0.814, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.616 std_dev=0.198
OP2 B 0, 0.399, 0.602, 0.805, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.602 std_dev=0.203
C8 B 0, 0.365, 0.648, 0.930, 1.657 max_d=1.657 avg_d=0.648 std_dev=0.282
N7 B 0, 0.381, 0.667, 0.953, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.667 std_dev=0.286
C5' B 0, 0.419, 0.707, 0.995, 1.830 max_d=1.830 avg_d=0.707 std_dev=0.288
O4' A 0, -0.020, 0.352, 0.724, 2.509 max_d=2.509 avg_d=0.352 std_dev=0.372
OP1 B 0, 0.452, 0.829, 1.207, 1.594 max_d=1.594 avg_d=0.829 std_dev=0.378
C2' A 0, -0.022, 0.379, 0.779, 2.671 max_d=2.671 avg_d=0.379 std_dev=0.400
C4' A 0, 0.087, 0.498, 0.910, 2.601 max_d=2.601 avg_d=0.498 std_dev=0.412
C4' B 0, 0.419, 0.886, 1.354, 3.098 max_d=3.098 avg_d=0.886 std_dev=0.467
C3' A 0, 0.063, 0.548, 1.032, 2.204 max_d=2.204 avg_d=0.548 std_dev=0.484
N9 B 0, 0.542, 1.038, 1.533, 2.443 max_d=2.443 avg_d=1.038 std_dev=0.496
O4' B 0, 0.450, 0.962, 1.474, 3.052 max_d=3.052 avg_d=0.962 std_dev=0.512
C5 B 0, 0.588, 1.108, 1.628, 1.903 max_d=1.903 avg_d=1.108 std_dev=0.520
N6 B 0, 0.661, 1.252, 1.844, 2.023 max_d=2.023 avg_d=1.252 std_dev=0.592
C1' B 0, 0.502, 1.133, 1.765, 3.396 max_d=3.396 avg_d=1.133 std_dev=0.631
C4 B 0, 0.717, 1.356, 1.995, 2.515 max_d=2.515 avg_d=1.356 std_dev=0.639
C3' B 0, 0.321, 0.968, 1.615, 3.708 max_d=3.708 avg_d=0.968 std_dev=0.647
C6 B 0, 0.716, 1.383, 2.050, 2.289 max_d=2.289 avg_d=1.383 std_dev=0.667
O2' A 0, -0.034, 0.667, 1.367, 4.560 max_d=4.560 avg_d=0.667 std_dev=0.700
O3' A 0, -0.134, 0.650, 1.435, 3.398 max_d=3.398 avg_d=0.650 std_dev=0.784
C2' B 0, 0.405, 1.194, 1.984, 4.296 max_d=4.296 avg_d=1.194 std_dev=0.790
C5' A 0, 0.000, 0.801, 1.602, 5.406 max_d=5.406 avg_d=0.801 std_dev=0.801
O3' B 0, 0.360, 1.200, 2.040, 4.686 max_d=4.686 avg_d=1.200 std_dev=0.840
N3 B 0, 0.938, 1.830, 2.721, 3.223 max_d=3.223 avg_d=1.830 std_dev=0.891
N1 B 0, 0.931, 1.843, 2.755, 3.047 max_d=3.047 avg_d=1.843 std_dev=0.912
C2 B 0, 1.042, 2.036, 3.030, 3.391 max_d=3.391 avg_d=2.036 std_dev=0.994
O5' A 0, -0.151, 0.856, 1.862, 6.711 max_d=6.711 avg_d=0.856 std_dev=1.007
O2' B 0, 0.382, 1.453, 2.524, 6.173 max_d=6.173 avg_d=1.453 std_dev=1.071
P A 0, 0.784, 2.252, 3.720, 8.788 max_d=8.788 avg_d=2.252 std_dev=1.468
OP2 A 0, 1.259, 3.131, 5.004, 10.121 max_d=10.121 avg_d=3.131 std_dev=1.872
OP1 A 0, 1.803, 4.025, 6.246, 8.478 max_d=8.478 avg_d=4.025 std_dev=2.221

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.17 0.00 0.22 0.39 0.27 0.16
C2 0.04 0.00 0.22 0.21 0.01 0.15 0.00 0.27 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.36 0.24 0.16 0.42 0.58 0.84 0.42
C2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.11 0.01 0.07 0.13 0.11 0.11 0.18 0.21 0.09 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.41 0.50 0.53 0.35
C3' 0.02 0.21 0.01 0.00 0.17 0.00 0.22 0.03 0.23 0.25 0.22 0.19 0.26 0.27 0.15 0.02 0.01 0.01 0.21 0.80 0.38 0.34
C4 0.01 0.01 0.11 0.17 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.23 0.13 0.09 0.30 0.69 0.53 0.23
C4' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.09 0.16 0.11 0.15 0.11 0.14 0.06 0.19 0.02 0.00 0.01 0.38 0.17 0.10
C5 0.01 0.00 0.07 0.22 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.12 0.05 0.36 1.04 0.58 0.37
C5' 0.06 0.27 0.13 0.03 0.12 0.01 0.14 0.00 0.15 0.29 0.20 0.26 0.18 0.26 0.11 0.09 0.12 0.01 0.01 0.22 0.42 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.23 0.01 0.09 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.15 0.09 0.36 1.02 0.67 0.35
C8 0.02 0.01 0.11 0.25 0.01 0.16 0.01 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.18 0.16 0.10 0.51 1.23 0.54 0.61
N1 0.03 0.00 0.18 0.22 0.01 0.11 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.19 0.13 0.37 0.78 0.78 0.34
N3 0.03 0.01 0.21 0.19 0.00 0.15 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.33 0.25 0.16 0.39 0.48 0.73 0.36
N6 0.02 0.01 0.09 0.26 0.01 0.11 0.01 0.18 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.26 0.17 0.08 0.40 1.23 0.70 0.45
N7 0.01 0.01 0.07 0.27 0.01 0.14 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.20 0.18 0.07 0.49 1.38 0.62 0.62
N9 0.00 0.01 0.02 0.15 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.13 0.06 0.02 0.30 0.72 0.39 0.28
O2' 0.02 0.36 0.01 0.02 0.23 0.19 0.22 0.09 0.27 0.18 0.33 0.33 0.26 0.20 0.13 0.00 0.05 0.13 0.38 0.62 0.67 0.39
O3' 0.17 0.24 0.02 0.01 0.13 0.02 0.12 0.12 0.15 0.16 0.19 0.25 0.17 0.18 0.06 0.05 0.00 0.13 0.18 1.01 0.44 0.45
O4' 0.00 0.16 0.02 0.01 0.09 0.00 0.05 0.01 0.09 0.10 0.13 0.16 0.08 0.07 0.02 0.13 0.13 0.00 0.04 0.44 0.08 0.18
O5' 0.22 0.42 0.41 0.21 0.30 0.01 0.36 0.01 0.36 0.51 0.37 0.39 0.40 0.49 0.30 0.38 0.18 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.39 0.58 0.50 0.80 0.69 0.38 1.04 0.22 1.02 1.23 0.78 0.48 1.23 1.38 0.72 0.62 1.01 0.44 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.84 0.53 0.38 0.53 0.17 0.58 0.42 0.67 0.54 0.78 0.73 0.70 0.62 0.39 0.67 0.44 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.42 0.35 0.34 0.23 0.10 0.37 0.02 0.35 0.61 0.34 0.36 0.45 0.62 0.28 0.39 0.45 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.22 0.30 0.24 0.21 0.22 0.21 0.22 0.22 0.20 0.23 0.22 0.24 0.20 0.21 0.37 0.28 0.26 0.19 0.24 0.22 0.21
C2 0.14 0.15 0.26 0.23 0.12 0.14 0.12 0.16 0.15 0.11 0.15 0.13 0.17 0.11 0.12 0.29 0.28 0.17 0.14 0.27 0.21 0.17
C2' 0.27 0.36 0.38 0.30 0.28 0.22 0.27 0.18 0.32 0.20 0.36 0.33 0.36 0.21 0.25 0.48 0.35 0.23 0.15 0.14 0.12 0.13
C3' 0.44 0.52 0.53 0.45 0.46 0.39 0.44 0.35 0.48 0.39 0.51 0.50 0.48 0.39 0.43 0.60 0.49 0.40 0.32 0.27 0.26 0.27
C4 0.17 0.15 0.27 0.22 0.14 0.18 0.15 0.19 0.17 0.15 0.16 0.14 0.20 0.15 0.15 0.33 0.27 0.20 0.17 0.25 0.23 0.20
C4' 0.41 0.46 0.39 0.31 0.41 0.35 0.38 0.33 0.41 0.34 0.45 0.44 0.39 0.33 0.39 0.47 0.32 0.42 0.28 0.31 0.28 0.30
C5 0.17 0.13 0.27 0.22 0.13 0.19 0.14 0.20 0.16 0.16 0.15 0.13 0.20 0.16 0.15 0.32 0.26 0.19 0.18 0.24 0.23 0.21
C5' 0.62 0.75 0.54 0.43 0.65 0.51 0.61 0.46 0.66 0.52 0.74 0.71 0.62 0.51 0.60 0.62 0.40 0.60 0.40 0.39 0.37 0.41
C6 0.14 0.11 0.26 0.22 0.10 0.16 0.11 0.18 0.14 0.11 0.13 0.10 0.17 0.11 0.11 0.30 0.26 0.15 0.16 0.24 0.23 0.20
C8 0.25 0.22 0.30 0.24 0.22 0.23 0.23 0.23 0.24 0.22 0.23 0.22 0.29 0.22 0.23 0.37 0.26 0.26 0.21 0.23 0.23 0.23
N1 0.13 0.13 0.26 0.23 0.11 0.14 0.12 0.15 0.14 0.10 0.14 0.12 0.17 0.10 0.10 0.28 0.28 0.15 0.15 0.26 0.22 0.18
N3 0.15 0.15 0.27 0.23 0.13 0.15 0.13 0.17 0.16 0.13 0.16 0.14 0.18 0.13 0.13 0.31 0.28 0.18 0.15 0.26 0.22 0.18
N6 0.14 0.11 0.26 0.22 0.09 0.17 0.11 0.19 0.14 0.11 0.13 0.09 0.18 0.11 0.10 0.29 0.25 0.15 0.17 0.23 0.23 0.21
N7 0.23 0.18 0.29 0.23 0.20 0.23 0.21 0.23 0.21 0.21 0.19 0.19 0.26 0.22 0.21 0.36 0.26 0.24 0.21 0.23 0.23 0.23
N9 0.21 0.19 0.28 0.23 0.19 0.21 0.19 0.21 0.20 0.19 0.20 0.19 0.24 0.19 0.19 0.35 0.27 0.23 0.19 0.24 0.23 0.21
O2' 0.28 0.39 0.42 0.37 0.29 0.27 0.30 0.27 0.37 0.23 0.41 0.34 0.43 0.25 0.26 0.52 0.45 0.24 0.27 0.28 0.27 0.27
O3' 0.36 0.48 0.48 0.41 0.39 0.31 0.38 0.26 0.44 0.31 0.49 0.44 0.46 0.33 0.35 0.56 0.47 0.31 0.22 0.20 0.18 0.17
O4' 0.34 0.34 0.30 0.24 0.31 0.31 0.29 0.32 0.31 0.29 0.34 0.33 0.30 0.27 0.31 0.37 0.25 0.38 0.27 0.34 0.32 0.32
O5' 0.78 0.97 0.74 0.63 0.85 0.67 0.81 0.61 0.89 0.69 0.98 0.92 0.88 0.70 0.77 0.81 0.59 0.73 0.57 0.55 0.55 0.56
OP1 2.30 2.67 2.17 1.98 2.43 2.05 2.34 1.86 2.50 2.07 2.67 2.58 2.42 2.07 2.28 2.26 1.90 2.19 1.72 1.40 1.37 1.51
OP2 0.96 1.44 0.92 0.79 1.11 0.78 1.03 0.71 1.21 0.81 1.44 1.29 1.16 0.83 0.95 1.00 0.79 0.86 0.69 0.77 0.74 0.70
P 1.26 1.65 1.16 0.98 1.39 1.05 1.32 0.91 1.47 1.08 1.65 1.54 1.42 1.08 1.25 1.25 0.91 1.17 0.81 0.62 0.60 0.69

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.07 0.11 0.09
C2 0.02 0.00 0.13 0.16 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.19 0.05 0.07 0.10 0.18 0.14
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.07 0.02 0.05 0.02 0.08 0.08 0.11 0.13 0.07 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.18 0.15 0.09
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.11 0.01 0.11 0.02 0.14 0.08 0.16 0.15 0.13 0.09 0.07 0.02 0.01 0.01 0.07 0.23 0.15 0.11
C4 0.01 0.01 0.07 0.11 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.12 0.03 0.06 0.10 0.17 0.14
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.06 0.03 0.08 0.02 0.00 0.01 0.10 0.06 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.13 0.03 0.08 0.13 0.21 0.17
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.01 0.07 0.00 0.07 0.07 0.06 0.03 0.09 0.08 0.04 0.07 0.06 0.01 0.01 0.07 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.14 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.17 0.04 0.09 0.14 0.22 0.17
C8 0.01 0.01 0.08 0.08 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.07 0.09 0.03 0.07 0.11 0.18 0.15
N1 0.02 0.01 0.11 0.16 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.19 0.04 0.08 0.12 0.20 0.16
N3 0.02 0.00 0.13 0.15 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.16 0.05 0.06 0.09 0.16 0.13
N6 0.02 0.01 0.07 0.13 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.18 0.04 0.11 0.16 0.23 0.19
N7 0.01 0.01 0.06 0.09 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.11 0.03 0.09 0.14 0.22 0.18
N9 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.05 0.08 0.15 0.13
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.05 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.09 0.09 0.07 0.07 0.03 0.00 0.05 0.06 0.04 0.18 0.14 0.07
O3' 0.03 0.19 0.02 0.01 0.12 0.02 0.13 0.06 0.17 0.09 0.19 0.16 0.18 0.11 0.06 0.05 0.00 0.02 0.11 0.32 0.22 0.17
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.06 0.02 0.00 0.07 0.08 0.12 0.12
O5' 0.05 0.07 0.06 0.07 0.06 0.01 0.08 0.01 0.09 0.07 0.08 0.06 0.11 0.09 0.05 0.04 0.11 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.07 0.10 0.18 0.23 0.10 0.10 0.13 0.07 0.14 0.11 0.12 0.09 0.16 0.14 0.08 0.18 0.32 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.18 0.15 0.15 0.17 0.06 0.21 0.03 0.22 0.18 0.20 0.16 0.23 0.22 0.15 0.14 0.22 0.12 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.14 0.09 0.11 0.14 0.03 0.17 0.01 0.17 0.15 0.16 0.13 0.19 0.18 0.13 0.07 0.17 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00