ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55007

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 8, 3, 7, 3, 0, 0, 0, 6, 8, 5, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.003, 0.019, 0.035, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.019 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.008, 0.028, 0.048, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.028 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.006, 0.027, 0.048, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.027 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.003, 0.024, 0.046, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.024 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.001, 0.025, 0.049, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.025 std_dev=0.024
C2 A 0, -0.013, 0.011, 0.035, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.011 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.008, 0.034, 0.061, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.034 std_dev=0.026
N6 A 0, 0.009, 0.037, 0.064, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.037 std_dev=0.028
C1' A 0, -0.009, 0.019, 0.047, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.019 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.013, 0.042, 0.071, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.042 std_dev=0.029
O4' A 0, -0.019, 0.110, 0.239, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.110 std_dev=0.129
C2' A 0, -0.052, 0.141, 0.334, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.141 std_dev=0.193
C4' A 0, -0.059, 0.156, 0.372, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.156 std_dev=0.216
O2' A 0, -0.062, 0.237, 0.536, 1.568 max_d=1.568 avg_d=0.237 std_dev=0.299
OP1 B 0, 0.216, 0.532, 0.849, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.532 std_dev=0.316
C3' A 0, -0.125, 0.192, 0.509, 1.624 max_d=1.624 avg_d=0.192 std_dev=0.317
P B 0, 0.201, 0.564, 0.928, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.564 std_dev=0.363
OP2 B 0, 0.252, 0.675, 1.099, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.675 std_dev=0.423
O3' A 0, -0.186, 0.254, 0.694, 2.222 max_d=2.222 avg_d=0.254 std_dev=0.440
C5' A 0, -0.138, 0.309, 0.756, 2.288 max_d=2.288 avg_d=0.309 std_dev=0.447
P A 0, 0.174, 0.794, 1.414, 1.988 max_d=1.988 avg_d=0.794 std_dev=0.620
O5' A 0, 0.179, 1.013, 1.848, 2.210 max_d=2.210 avg_d=1.013 std_dev=0.834
OP1 A 0, -0.071, 0.908, 1.888, 4.583 max_d=4.583 avg_d=0.908 std_dev=0.979
O5' B 0, 0.192, 1.581, 2.970, 3.451 max_d=3.451 avg_d=1.581 std_dev=1.389
OP2 A 0, 0.180, 1.581, 2.982, 3.567 max_d=3.567 avg_d=1.581 std_dev=1.401
C5' B 0, 0.131, 1.840, 3.549, 4.045 max_d=4.045 avg_d=1.840 std_dev=1.709
C8 B 0, 0.104, 2.775, 5.445, 6.033 max_d=6.033 avg_d=2.775 std_dev=2.671
N7 B 0, 0.114, 2.823, 5.532, 6.138 max_d=6.138 avg_d=2.823 std_dev=2.709
C4' B 0, 0.078, 2.823, 5.569, 6.498 max_d=6.498 avg_d=2.823 std_dev=2.746
O4' B 0, 0.052, 2.980, 5.908, 7.574 max_d=7.574 avg_d=2.980 std_dev=2.928
C3' B 0, 0.065, 3.434, 6.802, 7.706 max_d=7.706 avg_d=3.434 std_dev=3.369
N9 B 0, 0.057, 3.484, 6.911, 7.743 max_d=7.743 avg_d=3.484 std_dev=3.427
C5 B 0, 0.064, 3.625, 7.187, 7.762 max_d=7.762 avg_d=3.625 std_dev=3.561
C1' B 0, 0.051, 3.711, 7.370, 8.746 max_d=8.746 avg_d=3.711 std_dev=3.659
N6 B 0, 0.095, 3.777, 7.458, 8.032 max_d=8.032 avg_d=3.777 std_dev=3.682
O3' B 0, 0.087, 4.062, 8.036, 9.450 max_d=9.450 avg_d=4.062 std_dev=3.974
C2' B 0, 0.071, 4.180, 8.289, 9.301 max_d=9.301 avg_d=4.180 std_dev=4.109
C6 B 0, 0.052, 4.164, 8.276, 8.856 max_d=8.856 avg_d=4.164 std_dev=4.112
C4 B 0, 0.026, 4.154, 8.282, 8.848 max_d=8.848 avg_d=4.154 std_dev=4.128
O2' B 0, 0.091, 5.074, 10.056, 11.908 max_d=11.908 avg_d=5.074 std_dev=4.983
N1 B 0, 0.005, 5.235, 10.466, 11.068 max_d=11.068 avg_d=5.235 std_dev=5.231
N3 B 0, -0.016, 5.237, 10.490, 11.160 max_d=11.160 avg_d=5.237 std_dev=5.253
C2 B 0, -0.025, 5.716, 11.456, 12.053 max_d=12.053 avg_d=5.716 std_dev=5.740

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.05 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.00 0.16 0.25 0.47 0.08
C2 0.05 0.00 0.14 0.14 0.01 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.32 0.05 0.23 0.28 0.85 0.11
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.06 0.02 0.02 0.08 0.05 0.10 0.11 0.14 0.03 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.47 0.31 0.10 0.20
C3' 0.02 0.14 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.03 0.12 0.09 0.14 0.03 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.38 0.23 0.24 0.17
C4 0.02 0.01 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.19 0.03 0.23 0.29 0.82 0.10
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.01 0.03 0.06 0.06 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.15 0.07 0.05
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.13 0.03 0.29 0.34 0.94 0.14
C5' 0.03 0.08 0.08 0.03 0.08 0.01 0.12 0.00 0.13 0.10 0.10 0.06 0.16 0.13 0.07 0.07 0.03 0.01 0.01 0.19 0.33 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.18 0.04 0.30 0.35 0.99 0.17
C8 0.02 0.00 0.10 0.12 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.05 0.03 0.27 0.37 0.85 0.10
N1 0.05 0.00 0.11 0.09 0.02 0.01 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.27 0.04 0.26 0.32 0.95 0.15
N3 0.05 0.01 0.14 0.14 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.31 0.05 0.20 0.26 0.77 0.09
N6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.06 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.14 0.14 0.04 0.33 0.37 1.05 0.22
N7 0.01 0.00 0.07 0.10 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.31 0.38 0.97 0.15
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.10 0.01 0.22 0.30 0.73 0.08
O2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.15 0.01 0.11 0.07 0.17 0.07 0.24 0.25 0.14 0.05 0.04 0.00 0.03 0.01 0.51 0.35 0.11 0.23
O3' 0.11 0.32 0.02 0.01 0.19 0.02 0.13 0.03 0.18 0.05 0.27 0.31 0.14 0.05 0.10 0.03 0.00 0.08 0.22 0.21 0.18 0.10
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.08 0.00 0.15 0.25 0.50 0.17
O5' 0.16 0.23 0.47 0.38 0.23 0.02 0.29 0.01 0.30 0.27 0.26 0.20 0.33 0.31 0.22 0.51 0.22 0.15 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.25 0.28 0.31 0.23 0.29 0.15 0.34 0.19 0.35 0.37 0.32 0.26 0.37 0.38 0.30 0.35 0.21 0.25 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.47 0.85 0.10 0.24 0.82 0.07 0.94 0.33 0.99 0.85 0.95 0.77 1.05 0.97 0.73 0.11 0.18 0.50 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.11 0.20 0.17 0.10 0.05 0.14 0.01 0.17 0.10 0.15 0.09 0.22 0.15 0.08 0.23 0.10 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.86 1.97 1.69 1.48 1.92 1.63 1.77 1.37 1.72 1.61 1.83 2.02 1.42 1.55 1.83 1.81 1.40 1.91 0.94 0.13 0.36 0.17
C2 2.26 2.63 1.93 1.58 2.27 1.90 1.61 1.44 1.57 1.23 2.12 2.75 0.86 0.91 2.02 2.16 1.49 2.32 1.19 0.14 0.42 0.20
C2' 1.59 1.66 1.38 1.19 1.58 1.45 1.40 1.26 1.34 1.32 1.49 1.71 1.05 1.21 1.52 1.51 1.08 1.74 0.86 0.15 0.31 0.19
C3' 1.75 1.94 1.58 1.36 1.81 1.55 1.68 1.32 1.70 1.53 1.84 1.93 1.52 1.48 1.71 1.73 1.27 1.82 0.89 0.13 0.32 0.17
C4 1.83 1.76 1.61 1.41 1.75 1.64 1.38 1.37 1.18 1.33 1.43 1.91 0.61 1.07 1.71 1.72 1.32 1.95 0.98 0.11 0.38 0.16
C4' 1.75 1.73 1.68 1.50 1.77 1.58 1.73 1.35 1.69 1.68 1.67 1.78 1.60 1.67 1.74 1.78 1.44 1.78 0.87 0.10 0.36 0.11
C5 1.34 0.79 1.19 1.14 0.96 1.38 0.53 1.27 0.23 0.83 0.42 1.06 0.42 0.40 1.12 1.25 1.07 1.61 0.84 0.12 0.37 0.14
C5' 1.37 0.92 1.36 1.29 1.21 1.37 1.21 1.28 0.99 1.43 0.84 1.09 0.90 1.37 1.35 1.40 1.24 1.49 0.74 0.15 0.33 0.14
C6 1.33 0.84 1.14 1.09 0.87 1.41 0.30 1.27 0.12 0.46 0.41 1.10 0.52 0.17 0.99 1.24 1.03 1.66 0.91 0.11 0.40 0.14
C8 1.11 0.34 1.05 1.07 0.72 1.23 0.51 1.20 0.16 1.00 0.10 0.63 0.48 0.72 0.98 1.06 1.01 1.37 0.71 0.15 0.33 0.13
N1 1.87 1.80 1.58 1.35 1.60 1.71 0.91 1.37 0.79 0.75 1.28 2.00 0.18 0.34 1.52 1.76 1.28 2.09 1.14 0.12 0.43 0.18
N3 2.25 2.70 1.95 1.62 2.38 1.87 1.89 1.45 1.87 1.50 2.31 2.75 1.20 1.27 2.12 2.15 1.52 2.27 1.12 0.12 0.40 0.18
N6 0.64 0.11 0.58 0.67 0.09 1.01 0.62 1.09 0.79 0.38 0.47 0.21 1.21 0.95 0.18 0.66 0.67 1.09 0.70 0.15 0.38 0.13
N7 0.85 0.15 0.81 0.90 0.28 1.09 0.15 1.13 0.57 0.59 0.49 0.22 1.10 0.20 0.62 0.82 0.86 1.19 0.64 0.16 0.32 0.13
N9 1.64 1.42 1.48 1.34 1.53 1.52 1.32 1.32 1.09 1.39 1.17 1.58 0.66 1.21 1.56 1.56 1.27 1.77 0.88 0.12 0.36 0.15
O2' 1.69 2.00 1.37 1.13 1.73 1.48 1.46 1.25 1.48 1.24 1.78 1.99 1.12 1.12 1.58 1.56 0.99 1.85 0.96 0.27 0.33 0.34
O3' 2.17 2.77 1.97 1.64 2.38 1.82 2.21 1.47 2.40 1.83 2.70 2.65 2.20 1.82 2.14 2.17 1.54 2.15 1.11 0.28 0.35 0.35
O4' 1.82 1.75 1.77 1.58 1.84 1.63 1.81 1.38 1.72 1.75 1.67 1.83 1.57 1.75 1.82 1.85 1.53 1.83 0.89 0.11 0.38 0.12
O5' 1.28 0.67 1.30 1.24 1.04 1.29 1.04 1.23 0.74 1.40 0.56 0.87 0.62 1.32 1.25 1.35 1.19 1.39 0.56 0.23 0.56 0.27
OP1 0.19 1.30 0.26 0.32 0.56 0.44 0.57 0.64 1.13 0.29 1.49 0.89 1.33 0.15 0.20 0.30 0.30 0.40 0.15 0.28 0.57 0.42
OP2 1.88 0.50 1.98 2.15 1.27 2.18 1.29 2.26 0.63 2.20 0.41 0.85 0.42 1.98 1.80 1.89 2.14 2.14 1.60 1.26 0.77 1.04
P 0.88 0.63 0.93 1.02 0.48 1.10 0.45 1.18 0.38 1.10 0.73 0.42 0.42 0.93 0.81 0.91 0.98 1.10 0.52 0.19 0.35 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.20 0.19 0.42 0.32
C2 0.03 0.00 0.30 0.29 0.01 0.07 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.32 0.21 0.18 0.18 0.64 0.32
C2' 0.00 0.30 0.00 0.01 0.17 0.02 0.09 0.05 0.14 0.12 0.23 0.30 0.10 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.31 0.12 0.52 0.32
C3' 0.02 0.29 0.01 0.00 0.23 0.00 0.24 0.02 0.28 0.13 0.30 0.26 0.29 0.19 0.14 0.02 0.01 0.02 0.42 0.10 0.48 0.34
C4 0.01 0.01 0.17 0.23 0.00 0.06 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.22 0.10 0.38 0.43 0.90 0.64
C4' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.06 0.00 0.16 0.00 0.13 0.29 0.05 0.09 0.20 0.28 0.12 0.11 0.02 0.00 0.01 0.23 0.14 0.03
C5 0.01 0.01 0.09 0.24 0.00 0.16 0.00 0.41 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.07 0.24 0.02 0.68 0.85 1.40 1.09
C5' 0.08 0.18 0.05 0.02 0.24 0.00 0.41 0.00 0.38 0.57 0.26 0.15 0.49 0.58 0.28 0.08 0.09 0.01 0.01 0.20 0.23 0.01
C6 0.01 0.00 0.14 0.28 0.01 0.13 0.01 0.38 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.29 0.07 0.60 0.82 1.38 1.02
C8 0.02 0.02 0.12 0.13 0.01 0.29 0.01 0.57 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.15 0.11 0.17 1.02 1.11 1.60 1.42
N1 0.02 0.01 0.23 0.30 0.01 0.05 0.01 0.26 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.33 0.15 0.33 0.46 1.00 0.64
N3 0.03 0.00 0.30 0.26 0.00 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.27 0.22 0.19 0.18 0.51 0.25
N6 0.02 0.01 0.10 0.29 0.01 0.20 0.02 0.49 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.09 0.30 0.04 0.78 1.11 1.70 1.30
N7 0.01 0.01 0.06 0.19 0.01 0.28 0.00 0.58 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.15 0.18 0.11 1.04 1.28 1.85 1.55
N9 0.00 0.01 0.03 0.14 0.00 0.12 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.12 0.02 0.51 0.52 0.94 0.77
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.04 0.11 0.07 0.08 0.06 0.15 0.07 0.15 0.09 0.15 0.06 0.00 0.04 0.09 0.16 0.29 0.32 0.12
O3' 0.02 0.32 0.01 0.01 0.22 0.02 0.24 0.09 0.29 0.11 0.33 0.27 0.30 0.18 0.12 0.04 0.00 0.04 0.35 0.23 0.37 0.18
O4' 0.00 0.21 0.01 0.02 0.10 0.00 0.02 0.01 0.07 0.17 0.15 0.22 0.04 0.11 0.02 0.09 0.04 0.00 0.19 0.24 0.15 0.22
O5' 0.20 0.18 0.31 0.42 0.38 0.01 0.68 0.01 0.60 1.02 0.33 0.19 0.78 1.04 0.51 0.16 0.35 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.19 0.18 0.12 0.10 0.43 0.23 0.85 0.20 0.82 1.11 0.46 0.18 1.11 1.28 0.52 0.29 0.23 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.42 0.64 0.52 0.48 0.90 0.14 1.40 0.23 1.38 1.60 1.00 0.51 1.70 1.85 0.94 0.32 0.37 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.32 0.32 0.32 0.34 0.64 0.03 1.09 0.01 1.02 1.42 0.64 0.25 1.30 1.55 0.77 0.12 0.18 0.22 0.00 0.01 0.01 0.00