ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55008

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 3, 7, 4, 2, 0, 0, 1, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.007, 0.018, 0.030, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.006, 0.023, 0.039, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.023 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.006, 0.027, 0.047, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.027 std_dev=0.020
C5 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.010, 0.037, 0.064, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.037 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.012, 0.044, 0.076, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.044 std_dev=0.032
N7 A 0, 0.008, 0.040, 0.073, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.040 std_dev=0.032
OP1 B 0, 0.152, 0.335, 0.519, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.335 std_dev=0.184
O4' A 0, -0.081, 0.186, 0.452, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.186 std_dev=0.266
C4' A 0, -0.085, 0.225, 0.535, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.225 std_dev=0.310
C2' A 0, -0.097, 0.214, 0.524, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.214 std_dev=0.311
OP2 B 0, 0.028, 0.349, 0.670, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.349 std_dev=0.321
P B 0, 0.050, 0.418, 0.786, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.418 std_dev=0.368
C3' A 0, -0.199, 0.366, 0.931, 2.281 max_d=2.281 avg_d=0.366 std_dev=0.565
O2' A 0, -0.181, 0.427, 1.034, 2.196 max_d=2.196 avg_d=0.427 std_dev=0.608
C5' A 0, -0.238, 0.461, 1.160, 3.037 max_d=3.037 avg_d=0.461 std_dev=0.699
O3' A 0, -0.315, 0.626, 1.568, 3.631 max_d=3.631 avg_d=0.626 std_dev=0.941
O5' A 0, -0.305, 0.723, 1.751, 4.077 max_d=4.077 avg_d=0.723 std_dev=1.028
O5' B 0, -0.426, 0.961, 2.348, 4.051 max_d=4.051 avg_d=0.961 std_dev=1.387
P A 0, -0.526, 0.932, 2.390, 5.433 max_d=5.433 avg_d=0.932 std_dev=1.458
OP1 A 0, -0.497, 1.108, 2.712, 6.001 max_d=6.001 avg_d=1.108 std_dev=1.604
OP2 A 0, -0.564, 1.094, 2.753, 5.582 max_d=5.582 avg_d=1.094 std_dev=1.659
C5' B 0, -0.611, 1.249, 3.109, 5.790 max_d=5.790 avg_d=1.249 std_dev=1.860
C8 B 0, -1.039, 1.603, 4.245, 8.498 max_d=8.498 avg_d=1.603 std_dev=2.642
C4' B 0, -1.021, 1.726, 4.474, 8.250 max_d=8.250 avg_d=1.726 std_dev=2.748
N7 B 0, -1.107, 1.674, 4.456, 9.259 max_d=9.259 avg_d=1.674 std_dev=2.782
O4' B 0, -1.094, 1.733, 4.560, 8.623 max_d=8.623 avg_d=1.733 std_dev=2.827
N9 B 0, -1.325, 1.921, 5.167, 9.735 max_d=9.735 avg_d=1.921 std_dev=3.246
C3' B 0, -1.287, 1.988, 5.264, 9.381 max_d=9.381 avg_d=1.988 std_dev=3.275
C5 B 0, -1.377, 2.005, 5.388, 10.668 max_d=10.668 avg_d=2.005 std_dev=3.382
C1' B 0, -1.404, 2.082, 5.568, 10.147 max_d=10.147 avg_d=2.082 std_dev=3.486
O3' B 0, -1.439, 2.230, 5.898, 10.322 max_d=10.322 avg_d=2.230 std_dev=3.668
N6 B 0, -1.472, 2.208, 5.888, 12.084 max_d=12.084 avg_d=2.208 std_dev=3.680
C4 B 0, -1.558, 2.183, 5.924, 11.168 max_d=11.168 avg_d=2.183 std_dev=3.741
C6 B 0, -1.539, 2.253, 6.046, 11.952 max_d=11.952 avg_d=2.253 std_dev=3.793
C2' B 0, -1.579, 2.371, 6.321, 11.292 max_d=11.292 avg_d=2.371 std_dev=3.950
N1 B 0, -1.846, 2.619, 7.084, 13.448 max_d=13.448 avg_d=2.619 std_dev=4.465
N3 B 0, -1.904, 2.608, 7.120, 13.012 max_d=13.012 avg_d=2.608 std_dev=4.512
O2' B 0, -1.846, 2.826, 7.497, 13.435 max_d=13.435 avg_d=2.826 std_dev=4.671
C2 B 0, -2.025, 2.773, 7.570, 13.940 max_d=13.940 avg_d=2.773 std_dev=4.798

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.26 0.00 0.17 0.52 0.36 0.06
C2 0.03 0.00 0.19 0.11 0.01 0.09 0.02 0.16 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.39 0.45 0.15 0.17 0.62 0.75 0.27
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.09 0.02 0.04 0.18 0.07 0.13 0.14 0.19 0.05 0.09 0.02 0.00 0.02 0.02 0.42 0.52 0.43 0.34
C3' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.09 0.00 0.17 0.02 0.14 0.29 0.10 0.12 0.19 0.27 0.13 0.02 0.01 0.01 0.19 0.29 0.31 0.19
C4 0.02 0.01 0.09 0.09 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.25 0.26 0.08 0.18 0.68 0.67 0.22
C4' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.08 0.06 0.08 0.08 0.08 0.07 0.04 0.22 0.02 0.00 0.01 0.20 0.20 0.12
C5 0.01 0.02 0.04 0.17 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.24 0.14 0.04 0.23 0.81 0.80 0.30
C5' 0.07 0.16 0.18 0.02 0.11 0.01 0.12 0.00 0.14 0.12 0.16 0.13 0.15 0.12 0.08 0.07 0.18 0.01 0.01 0.15 0.25 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.14 0.01 0.08 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.29 0.20 0.07 0.24 0.80 0.87 0.34
C8 0.02 0.02 0.13 0.29 0.01 0.06 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.18 0.17 0.09 0.25 0.92 0.65 0.29
N1 0.02 0.01 0.14 0.10 0.01 0.08 0.02 0.16 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.35 0.34 0.12 0.21 0.71 0.84 0.32
N3 0.03 0.00 0.19 0.12 0.01 0.08 0.02 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.36 0.45 0.15 0.15 0.58 0.65 0.22
N6 0.01 0.02 0.05 0.19 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.28 0.14 0.06 0.27 0.86 0.95 0.38
N7 0.01 0.03 0.09 0.27 0.01 0.07 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.20 0.15 0.06 0.26 0.95 0.81 0.34
N9 0.00 0.01 0.02 0.13 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.14 0.15 0.01 0.19 0.69 0.54 0.17
O2' 0.02 0.39 0.00 0.02 0.25 0.22 0.24 0.07 0.29 0.18 0.35 0.36 0.28 0.20 0.14 0.00 0.06 0.14 0.32 0.46 0.52 0.27
O3' 0.26 0.45 0.02 0.01 0.26 0.02 0.14 0.18 0.20 0.17 0.34 0.45 0.14 0.15 0.15 0.06 0.00 0.19 0.26 0.31 0.45 0.28
O4' 0.00 0.15 0.02 0.01 0.08 0.00 0.04 0.01 0.07 0.09 0.12 0.15 0.06 0.06 0.01 0.14 0.19 0.00 0.12 0.46 0.29 0.19
O5' 0.17 0.17 0.42 0.19 0.18 0.01 0.23 0.01 0.24 0.25 0.21 0.15 0.27 0.26 0.19 0.32 0.26 0.12 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.52 0.62 0.52 0.29 0.68 0.20 0.81 0.15 0.80 0.92 0.71 0.58 0.86 0.95 0.69 0.46 0.31 0.46 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.75 0.43 0.31 0.67 0.20 0.80 0.25 0.87 0.65 0.84 0.65 0.95 0.81 0.54 0.52 0.45 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.27 0.34 0.19 0.22 0.12 0.30 0.02 0.34 0.29 0.32 0.22 0.38 0.34 0.17 0.27 0.28 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.08 1.25 1.01 0.84 1.19 1.00 1.35 0.82 1.45 1.18 1.32 1.23 1.72 1.41 1.10 1.14 0.83 1.12 0.51 0.22 0.22 0.15
C2 1.64 1.68 1.48 1.22 1.55 1.45 1.31 1.11 1.26 1.20 1.40 1.80 1.21 1.23 1.46 1.67 1.21 1.67 0.80 0.23 0.28 0.18
C2' 1.07 1.26 0.97 0.80 1.18 1.00 1.33 0.82 1.45 1.16 1.34 1.22 1.73 1.39 1.09 1.12 0.79 1.13 0.46 0.18 0.20 0.12
C3' 1.09 1.29 1.01 0.85 1.16 1.06 1.25 0.89 1.38 1.07 1.33 1.25 1.63 1.26 1.06 1.19 0.85 1.17 0.59 0.21 0.19 0.22
C4 1.03 1.00 0.92 0.78 1.00 0.99 1.10 0.82 1.12 1.05 0.96 1.06 1.38 1.26 0.97 1.04 0.77 1.13 0.53 0.22 0.23 0.16
C4' 0.99 1.22 0.97 0.83 1.12 0.97 1.30 0.83 1.45 1.10 1.34 1.15 1.76 1.34 1.02 1.11 0.84 1.04 0.58 0.25 0.22 0.22
C5 0.55 0.36 0.49 0.45 0.53 0.67 0.92 0.61 0.99 0.90 0.62 0.40 1.42 1.23 0.56 0.54 0.45 0.74 0.35 0.21 0.21 0.16
C5' 0.73 0.77 0.73 0.66 0.78 0.83 1.02 0.77 1.16 0.90 0.96 0.74 1.53 1.13 0.74 0.85 0.69 0.87 0.59 0.37 0.34 0.34
C6 0.58 0.34 0.51 0.47 0.46 0.72 0.80 0.64 0.84 0.85 0.49 0.42 1.23 1.16 0.50 0.58 0.48 0.79 0.40 0.21 0.23 0.16
C8 0.38 0.44 0.38 0.36 0.59 0.50 1.05 0.52 1.22 0.94 0.86 0.31 1.71 1.28 0.57 0.35 0.34 0.54 0.25 0.21 0.19 0.18
N1 1.20 1.01 1.06 0.91 0.95 1.18 0.84 0.94 0.79 0.90 0.78 1.15 0.97 1.01 0.96 1.22 0.91 1.33 0.68 0.22 0.28 0.17
N3 1.55 1.73 1.41 1.15 1.59 1.36 1.47 1.04 1.47 1.28 1.55 1.78 1.46 1.38 1.45 1.59 1.14 1.56 0.73 0.23 0.25 0.17
N6 0.24 0.53 0.30 0.30 0.64 0.33 1.11 0.37 1.15 1.08 0.82 0.40 1.47 1.46 0.59 0.16 0.29 0.32 0.19 0.19 0.20 0.18
N7 0.31 0.65 0.35 0.32 0.70 0.37 1.20 0.43 1.38 1.00 1.04 0.46 1.86 1.41 0.61 0.24 0.29 0.40 0.19 0.20 0.19 0.19
N9 0.83 0.80 0.76 0.65 0.87 0.84 1.10 0.72 1.16 1.03 0.91 0.82 1.53 1.28 0.84 0.85 0.64 0.94 0.44 0.22 0.21 0.16
O2' 1.26 1.64 1.14 0.92 1.46 1.05 1.60 0.81 1.76 1.37 1.71 1.54 1.98 1.60 1.31 1.31 0.89 1.23 0.39 0.42 0.48 0.28
O3' 1.15 1.63 1.09 0.86 1.36 0.97 1.45 0.74 1.65 1.19 1.69 1.50 1.86 1.41 1.18 1.27 0.85 1.11 0.44 0.46 0.40 0.32
O4' 0.96 1.18 0.95 0.82 1.11 0.94 1.30 0.79 1.45 1.11 1.30 1.12 1.77 1.36 1.01 1.07 0.83 1.01 0.56 0.27 0.23 0.22
O5' 0.57 0.32 0.55 0.52 0.45 0.75 0.76 0.74 0.90 0.72 0.62 0.36 1.33 0.95 0.50 0.71 0.54 0.79 0.58 0.44 0.44 0.42
OP1 0.92 1.19 0.88 0.87 1.05 0.89 1.25 0.88 1.46 1.07 1.38 1.07 1.78 1.27 0.96 0.95 0.86 0.90 0.75 0.81 0.83 0.87
OP2 0.92 0.70 0.87 0.91 0.50 1.20 0.38 1.26 0.58 0.54 0.68 0.73 0.91 0.52 0.61 1.09 0.97 1.18 1.20 1.15 1.17 1.10
P 0.57 0.64 0.51 0.52 0.42 0.79 0.64 0.81 0.91 0.50 0.84 0.54 1.31 0.73 0.38 0.74 0.56 0.79 0.67 0.59 0.58 0.57

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.21 0.23 0.37 0.23
C2 0.04 0.00 0.22 0.23 0.01 0.06 0.02 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.19 0.25 0.15 0.32 0.42 0.67 0.43
C2' 0.00 0.22 0.00 0.01 0.12 0.01 0.07 0.02 0.11 0.11 0.18 0.22 0.09 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.21 0.23 0.26 0.13
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.19 0.00 0.21 0.02 0.23 0.18 0.24 0.21 0.25 0.20 0.13 0.02 0.01 0.01 0.25 0.25 0.19 0.14
C4 0.02 0.01 0.12 0.19 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.17 0.08 0.45 0.50 0.72 0.55
C4' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.07 0.15 0.04 0.06 0.10 0.15 0.07 0.10 0.02 0.01 0.01 0.16 0.23 0.09
C5 0.01 0.02 0.07 0.21 0.01 0.08 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.20 0.04 0.65 0.74 0.99 0.82
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.11 0.00 0.19 0.00 0.18 0.28 0.11 0.06 0.23 0.29 0.14 0.09 0.03 0.01 0.01 0.17 0.20 0.01
C6 0.02 0.01 0.11 0.23 0.01 0.07 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.24 0.07 0.63 0.75 1.02 0.80
C8 0.02 0.02 0.11 0.18 0.01 0.15 0.00 0.28 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.11 0.18 0.09 0.80 0.82 1.03 0.95
N1 0.03 0.00 0.18 0.24 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.16 0.26 0.12 0.47 0.58 0.84 0.61
N3 0.03 0.01 0.22 0.21 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.18 0.22 0.15 0.27 0.36 0.59 0.36
N6 0.02 0.02 0.09 0.25 0.01 0.10 0.01 0.23 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.12 0.26 0.05 0.74 0.91 1.21 0.97
N7 0.01 0.02 0.07 0.20 0.01 0.15 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.11 0.20 0.05 0.84 0.95 1.23 1.06
N9 0.01 0.02 0.03 0.13 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.10 0.01 0.49 0.50 0.66 0.56
O2' 0.01 0.19 0.00 0.02 0.11 0.10 0.10 0.09 0.13 0.11 0.16 0.18 0.12 0.11 0.06 0.00 0.05 0.09 0.09 0.26 0.22 0.07
O3' 0.03 0.25 0.02 0.01 0.17 0.02 0.20 0.03 0.24 0.18 0.26 0.22 0.26 0.20 0.10 0.05 0.00 0.02 0.24 0.39 0.16 0.23
O4' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.09 0.12 0.15 0.05 0.05 0.01 0.09 0.02 0.00 0.16 0.24 0.35 0.19
O5' 0.21 0.32 0.21 0.25 0.45 0.01 0.65 0.01 0.63 0.80 0.47 0.27 0.74 0.84 0.49 0.09 0.24 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.23 0.42 0.23 0.25 0.50 0.16 0.74 0.17 0.75 0.82 0.58 0.36 0.91 0.95 0.50 0.26 0.39 0.24 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.37 0.67 0.26 0.19 0.72 0.23 0.99 0.20 1.02 1.03 0.84 0.59 1.21 1.23 0.66 0.22 0.16 0.35 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.43 0.13 0.14 0.55 0.09 0.82 0.01 0.80 0.95 0.61 0.36 0.97 1.06 0.56 0.07 0.23 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00