ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55012

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 4, 4, 3, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.005, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.005 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.006, 0.010, 0.015, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C8 A 0, 0.011, 0.019, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.008, 0.017, 0.027, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.009
O4' A 0, 0.040, 0.117, 0.194, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.117 std_dev=0.077
C2' A 0, 0.026, 0.108, 0.190, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.108 std_dev=0.082
C4' A 0, 0.056, 0.144, 0.231, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.144 std_dev=0.088
C3' A 0, 0.029, 0.140, 0.251, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.140 std_dev=0.111
O2' A 0, 0.060, 0.189, 0.319, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.189 std_dev=0.130
O3' A 0, 0.028, 0.166, 0.303, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.166 std_dev=0.137
O5' A 0, 0.059, 0.221, 0.383, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.221 std_dev=0.162
C5' A 0, 0.062, 0.240, 0.418, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.240 std_dev=0.178
OP1 B 0, 0.183, 0.365, 0.547, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.365 std_dev=0.182
P B 0, 0.168, 0.353, 0.539, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.353 std_dev=0.186
OP2 A 0, 0.101, 0.289, 0.477, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.289 std_dev=0.188
OP2 B 0, 0.170, 0.366, 0.561, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.366 std_dev=0.195
P A 0, 0.075, 0.274, 0.474, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.274 std_dev=0.200
O5' B 0, 0.170, 0.395, 0.621, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.395 std_dev=0.226
OP1 A 0, 0.091, 0.324, 0.557, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.324 std_dev=0.233
C5' B 0, 0.186, 0.427, 0.669, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.427 std_dev=0.241
C4' B 0, 0.195, 0.465, 0.735, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.465 std_dev=0.270
C8 B 0, 0.213, 0.500, 0.786, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.500 std_dev=0.287
N7 B 0, 0.307, 0.598, 0.888, 1.371 max_d=1.371 avg_d=0.598 std_dev=0.291
C3' B 0, 0.178, 0.469, 0.760, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.469 std_dev=0.291
O4' B 0, 0.203, 0.501, 0.798, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.501 std_dev=0.297
O3' B 0, 0.216, 0.514, 0.812, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.514 std_dev=0.298
C2' B 0, 0.214, 0.536, 0.858, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.536 std_dev=0.322
O2' B 0, 0.282, 0.609, 0.936, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.609 std_dev=0.327
C1' B 0, 0.197, 0.528, 0.858, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.528 std_dev=0.331
N9 B 0, 0.173, 0.512, 0.850, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.512 std_dev=0.339
C5 B 0, 0.265, 0.623, 0.981, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.623 std_dev=0.358
C4 B 0, 0.203, 0.596, 0.989, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.596 std_dev=0.393
N6 B 0, 0.395, 0.790, 1.185, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.790 std_dev=0.395
C6 B 0, 0.305, 0.715, 1.126, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.715 std_dev=0.410
N3 B 0, 0.245, 0.702, 1.159, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.702 std_dev=0.457
N1 B 0, 0.260, 0.759, 1.259, 1.513 max_d=1.513 avg_d=0.759 std_dev=0.499
C2 B 0, 0.248, 0.761, 1.275, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.761 std_dev=0.513

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.11 0.05 0.10 0.09 0.12 0.10
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.05 0.04
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.07 0.03 0.08 0.07 0.10 0.08
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.10 0.10 0.12 0.10
C5' 0.02 0.09 0.03 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.10 0.06 0.10 0.08 0.10 0.08 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.03 0.11 0.12 0.15 0.12
C8 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.08 0.06 0.07 0.05
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.09 0.04 0.11 0.11 0.14 0.12
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.11 0.06 0.08 0.07 0.10 0.08
N6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.12 0.14 0.16 0.13
N7 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.10 0.10 0.11 0.09
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.05 0.07 0.04
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.03 0.05 0.04 0.08 0.09 0.05 0.03 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.09 0.07 0.06
O3' 0.04 0.11 0.01 0.01 0.07 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.09 0.11 0.05 0.02 0.04 0.04 0.00 0.03 0.03 0.06 0.04 0.03
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.05 0.09 0.07
O5' 0.04 0.10 0.04 0.03 0.08 0.00 0.10 0.00 0.11 0.08 0.11 0.08 0.12 0.10 0.06 0.05 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.09 0.07 0.06 0.07 0.04 0.10 0.04 0.12 0.06 0.11 0.07 0.14 0.10 0.05 0.09 0.06 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.12 0.05 0.04 0.10 0.04 0.12 0.01 0.15 0.07 0.14 0.10 0.16 0.11 0.07 0.07 0.04 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.10 0.04 0.03 0.08 0.02 0.10 0.01 0.12 0.05 0.12 0.08 0.13 0.09 0.04 0.06 0.03 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.12 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11 0.12 0.11 0.13 0.11 0.13 0.11 0.11 0.09 0.10 0.12 0.10 0.17 0.10 0.11
C2 0.07 0.13 0.09 0.07 0.10 0.09 0.12 0.13 0.15 0.07 0.15 0.11 0.17 0.10 0.07 0.07 0.08 0.10 0.10 0.21 0.07 0.12
C2' 0.11 0.12 0.11 0.09 0.11 0.10 0.12 0.10 0.13 0.11 0.13 0.12 0.14 0.12 0.11 0.08 0.10 0.12 0.09 0.15 0.10 0.11
C3' 0.10 0.10 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.11 0.09 0.09 0.07 0.09 0.12 0.09 0.16 0.09 0.11
C4 0.09 0.11 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.11 0.11 0.08 0.11 0.10 0.12 0.09 0.09 0.08 0.10 0.11 0.08 0.17 0.06 0.10
C4' 0.12 0.12 0.12 0.11 0.11 0.12 0.11 0.13 0.12 0.11 0.12 0.11 0.13 0.11 0.11 0.10 0.12 0.13 0.11 0.18 0.10 0.12
C5 0.10 0.12 0.12 0.11 0.11 0.10 0.12 0.11 0.13 0.10 0.13 0.11 0.14 0.11 0.11 0.09 0.13 0.12 0.08 0.14 0.06 0.09
C5' 0.15 0.14 0.16 0.16 0.14 0.16 0.13 0.17 0.14 0.14 0.14 0.14 0.14 0.13 0.14 0.14 0.17 0.16 0.15 0.20 0.13 0.15
C6 0.09 0.13 0.12 0.11 0.11 0.09 0.12 0.11 0.14 0.10 0.14 0.12 0.15 0.12 0.10 0.09 0.13 0.11 0.07 0.15 0.07 0.07
C8 0.13 0.14 0.13 0.13 0.14 0.12 0.14 0.12 0.15 0.14 0.15 0.14 0.16 0.14 0.13 0.11 0.13 0.14 0.11 0.14 0.09 0.11
N1 0.07 0.14 0.10 0.08 0.11 0.08 0.13 0.12 0.15 0.08 0.16 0.13 0.17 0.12 0.09 0.08 0.10 0.10 0.09 0.19 0.07 0.09
N3 0.07 0.11 0.09 0.07 0.08 0.09 0.09 0.12 0.12 0.06 0.12 0.09 0.14 0.08 0.07 0.07 0.09 0.10 0.10 0.20 0.07 0.11
N6 0.12 0.15 0.15 0.15 0.14 0.11 0.15 0.12 0.16 0.13 0.16 0.14 0.17 0.14 0.13 0.12 0.17 0.12 0.09 0.12 0.12 0.09
N7 0.13 0.14 0.14 0.14 0.14 0.12 0.15 0.13 0.15 0.14 0.15 0.14 0.16 0.15 0.14 0.12 0.15 0.14 0.11 0.13 0.09 0.11
N9 0.11 0.12 0.11 0.10 0.11 0.10 0.12 0.11 0.13 0.11 0.13 0.12 0.13 0.11 0.11 0.09 0.11 0.12 0.10 0.16 0.08 0.11
O2' 0.10 0.12 0.09 0.07 0.11 0.08 0.11 0.08 0.12 0.10 0.12 0.11 0.13 0.11 0.10 0.07 0.07 0.12 0.08 0.14 0.10 0.10
O3' 0.05 0.08 0.05 0.05 0.06 0.06 0.07 0.07 0.09 0.05 0.09 0.07 0.11 0.06 0.05 0.05 0.07 0.08 0.06 0.14 0.07 0.08
O4' 0.11 0.13 0.12 0.11 0.12 0.11 0.12 0.12 0.13 0.11 0.13 0.12 0.14 0.11 0.11 0.10 0.12 0.13 0.11 0.17 0.10 0.12
O5' 0.17 0.15 0.17 0.17 0.15 0.17 0.15 0.18 0.15 0.15 0.15 0.15 0.15 0.15 0.16 0.16 0.18 0.18 0.16 0.20 0.14 0.16
OP1 0.20 0.18 0.19 0.19 0.18 0.20 0.18 0.20 0.18 0.18 0.18 0.19 0.18 0.18 0.19 0.18 0.20 0.21 0.17 0.20 0.14 0.17
OP2 0.21 0.20 0.20 0.20 0.20 0.21 0.19 0.21 0.19 0.20 0.19 0.20 0.19 0.19 0.20 0.19 0.21 0.22 0.18 0.20 0.15 0.18
P 0.19 0.18 0.19 0.19 0.18 0.19 0.17 0.20 0.17 0.18 0.17 0.18 0.17 0.17 0.18 0.18 0.19 0.21 0.17 0.20 0.14 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.02 0.05 0.09 0.10 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.06 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.10 0.07 0.06
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.04 0.04 0.06 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.11 0.07 0.06
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.08 0.08 0.06
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.06 0.08 0.09 0.07
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.06 0.09 0.10 0.08
C8 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.02 0.06 0.07 0.08 0.07
N1 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.06 0.09 0.10 0.08
N3 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.02 0.05 0.09 0.09 0.06
N6 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.08 0.02 0.07 0.09 0.11 0.09
N7 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.02 0.07 0.08 0.09 0.08
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.07 0.07 0.05
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.03 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.05 0.07 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.09 0.06 0.04
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.08 0.05 0.06 0.08 0.09 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.14 0.09 0.08
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.04
O5' 0.03 0.05 0.03 0.03 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.07 0.05 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.09 0.10 0.11 0.08 0.05 0.08 0.02 0.09 0.07 0.09 0.09 0.09 0.08 0.07 0.09 0.14 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.10 0.07 0.07 0.08 0.02 0.09 0.01 0.10 0.08 0.10 0.09 0.11 0.09 0.07 0.06 0.09 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.06 0.06 0.06 0.01 0.07 0.01 0.08 0.07 0.08 0.06 0.09 0.08 0.05 0.04 0.08 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00