ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55014

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.015, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.010, 0.017, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.017 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.015, 0.025, 0.034, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.025 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.021 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.018, 0.029, 0.040, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.029 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.012, 0.024, 0.036, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.024 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.001, 0.014, 0.028, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.025, 0.041, 0.057, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.041 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.020, 0.037, 0.054, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.037 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.006, 0.024, 0.041, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.024 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.030, 0.048, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.048 std_dev=0.018
O5' B 0, 0.122, 0.352, 0.583, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.352 std_dev=0.231
C4' B 0, 0.137, 0.382, 0.627, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.382 std_dev=0.245
P B 0, 0.155, 0.432, 0.709, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.432 std_dev=0.277
O4' B 0, 0.187, 0.490, 0.792, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.490 std_dev=0.302
OP2 B 0, 0.130, 0.468, 0.806, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.468 std_dev=0.338
OP1 B 0, 0.139, 0.541, 0.942, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.541 std_dev=0.401
C5' B 0, -0.029, 0.434, 0.898, 1.596 max_d=1.596 avg_d=0.434 std_dev=0.464
O3' B 0, 0.033, 0.514, 0.996, 1.789 max_d=1.789 avg_d=0.514 std_dev=0.482
C3' B 0, -0.114, 0.574, 1.262, 2.437 max_d=2.437 avg_d=0.574 std_dev=0.688
C1' B 0, -0.167, 0.647, 1.461, 2.754 max_d=2.754 avg_d=0.647 std_dev=0.814
N9 B 0, -0.150, 0.687, 1.524, 2.550 max_d=2.550 avg_d=0.687 std_dev=0.837
C4 B 0, -0.154, 0.722, 1.597, 2.376 max_d=2.376 avg_d=0.722 std_dev=0.876
C8 B 0, -0.147, 0.731, 1.609, 2.499 max_d=2.499 avg_d=0.731 std_dev=0.878
N3 B 0, -0.149, 0.736, 1.621, 2.393 max_d=2.393 avg_d=0.736 std_dev=0.885
O4' A 0, -0.132, 0.809, 1.750, 2.557 max_d=2.557 avg_d=0.809 std_dev=0.941
N7 B 0, -0.166, 0.780, 1.726, 2.722 max_d=2.722 avg_d=0.780 std_dev=0.946
C5 B 0, -0.173, 0.773, 1.719, 2.766 max_d=2.766 avg_d=0.773 std_dev=0.946
C2 B 0, -0.185, 0.796, 1.778, 2.953 max_d=2.953 avg_d=0.796 std_dev=0.981
C2' A 0, -0.218, 0.807, 1.832, 2.716 max_d=2.716 avg_d=0.807 std_dev=1.025
C6 B 0, -0.209, 0.833, 1.875, 3.273 max_d=3.273 avg_d=0.833 std_dev=1.042
N1 B 0, -0.217, 0.843, 1.904, 3.340 max_d=3.340 avg_d=0.843 std_dev=1.061
N6 B 0, -0.243, 0.901, 2.045, 3.735 max_d=3.735 avg_d=0.901 std_dev=1.144
C2' B 0, -0.375, 0.797, 1.969, 3.965 max_d=3.965 avg_d=0.797 std_dev=1.172
C4' A 0, -0.401, 0.831, 2.063, 3.349 max_d=3.349 avg_d=0.831 std_dev=1.232
O3' A 0, -0.427, 0.897, 2.222, 3.697 max_d=3.697 avg_d=0.897 std_dev=1.325
C3' A 0, -0.463, 0.876, 2.215, 3.406 max_d=3.406 avg_d=0.876 std_dev=1.339
O2' A 0, -0.173, 1.321, 2.815, 4.089 max_d=4.089 avg_d=1.321 std_dev=1.494
O2' B 0, -0.528, 1.130, 2.789, 5.644 max_d=5.644 avg_d=1.130 std_dev=1.658
C5' A 0, -0.813, 1.571, 3.956, 6.219 max_d=6.219 avg_d=1.571 std_dev=2.385
O5' A 0, -1.240, 1.795, 4.829, 7.549 max_d=7.549 avg_d=1.795 std_dev=3.035
P A 0, -1.736, 2.536, 6.808, 10.661 max_d=10.661 avg_d=2.536 std_dev=4.272
OP1 A 0, -1.748, 2.708, 7.165, 11.233 max_d=11.233 avg_d=2.708 std_dev=4.457
OP2 A 0, -1.859, 2.861, 7.582, 12.071 max_d=12.071 avg_d=2.861 std_dev=4.720

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.27 0.00 0.06 0.25 0.21 0.14
C2 0.04 0.00 0.35 0.36 0.01 0.44 0.00 0.86 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.33 0.35 0.32 1.12 1.20 1.53 1.34
C2' 0.00 0.35 0.00 0.00 0.16 0.01 0.03 0.14 0.11 0.27 0.25 0.36 0.05 0.18 0.04 0.00 0.02 0.03 0.27 0.35 0.30 0.27
C3' 0.02 0.36 0.00 0.00 0.06 0.00 0.17 0.02 0.07 0.52 0.18 0.37 0.18 0.45 0.17 0.01 0.00 0.01 0.04 0.37 0.29 0.23
C4 0.02 0.01 0.16 0.06 0.00 0.16 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.23 0.20 0.17 0.35 0.37 0.41 0.38
C4' 0.00 0.44 0.01 0.00 0.16 0.00 0.05 0.00 0.11 0.36 0.30 0.43 0.06 0.27 0.08 0.19 0.01 0.01 0.02 0.20 0.14 0.10
C5 0.01 0.00 0.03 0.17 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.24 0.06 0.07 0.20 0.34 0.39 0.26
C5' 0.02 0.86 0.14 0.02 0.32 0.00 0.12 0.00 0.28 0.55 0.62 0.80 0.17 0.42 0.10 0.06 0.18 0.02 0.01 0.09 0.03 0.01
C6 0.02 0.01 0.11 0.07 0.01 0.11 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.11 0.14 0.28 0.34 0.38 0.33
C8 0.01 0.02 0.27 0.52 0.01 0.36 0.01 0.55 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.22 0.15 0.18 0.88 1.04 1.28 1.06
N1 0.03 0.00 0.25 0.18 0.01 0.30 0.01 0.62 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.31 0.24 0.25 0.76 0.83 1.05 0.92
N3 0.04 0.00 0.36 0.37 0.00 0.43 0.00 0.80 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.30 0.37 0.32 1.05 1.04 1.30 1.17
N6 0.02 0.01 0.05 0.18 0.00 0.06 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.28 0.04 0.10 0.22 0.33 0.39 0.27
N7 0.00 0.01 0.18 0.45 0.00 0.27 0.00 0.42 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.24 0.13 0.09 0.75 0.93 1.18 0.94
N9 0.01 0.02 0.04 0.17 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.12 0.01 0.23 0.39 0.42 0.31
O2' 0.02 0.33 0.00 0.01 0.23 0.19 0.24 0.06 0.28 0.22 0.31 0.30 0.28 0.24 0.15 0.00 0.03 0.12 0.23 0.35 0.36 0.25
O3' 0.27 0.35 0.02 0.00 0.20 0.01 0.06 0.18 0.11 0.15 0.24 0.37 0.04 0.13 0.12 0.03 0.00 0.16 0.20 0.64 0.51 0.46
O4' 0.00 0.32 0.03 0.01 0.17 0.01 0.07 0.02 0.14 0.18 0.25 0.32 0.10 0.09 0.01 0.12 0.16 0.00 0.10 0.19 0.17 0.12
O5' 0.06 1.12 0.27 0.04 0.35 0.02 0.20 0.01 0.28 0.88 0.76 1.05 0.22 0.75 0.23 0.23 0.20 0.10 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.25 1.20 0.35 0.37 0.37 0.20 0.34 0.09 0.34 1.04 0.83 1.04 0.33 0.93 0.39 0.35 0.64 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 1.53 0.30 0.29 0.41 0.14 0.39 0.03 0.38 1.28 1.05 1.30 0.39 1.18 0.42 0.36 0.51 0.17 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.14 1.34 0.27 0.23 0.38 0.10 0.26 0.01 0.33 1.06 0.92 1.17 0.27 0.94 0.31 0.25 0.46 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.37 0.61 0.35 0.36 0.29 0.20 0.27 0.16 0.30 0.54 0.61 0.42 0.21 0.51 0.37 0.35 0.17 0.22 0.09 0.19 0.33 0.17
C2 0.62 0.35 0.56 0.40 0.38 0.22 0.43 0.19 0.16 0.79 0.24 0.25 0.25 0.72 0.63 0.74 0.26 0.30 0.10 0.10 0.28 0.13
C2' 0.37 1.33 0.18 0.23 0.62 0.36 0.47 0.36 0.86 0.19 1.35 1.00 0.74 0.12 0.33 0.22 0.39 0.36 0.09 0.11 0.38 0.15
C3' 0.16 1.07 0.24 0.19 0.29 0.13 0.09 0.15 0.47 0.49 1.03 0.73 0.31 0.47 0.15 0.23 0.10 0.13 0.19 0.39 0.69 0.40
C4 0.39 0.64 0.32 0.32 0.26 0.19 0.24 0.17 0.30 0.61 0.64 0.42 0.20 0.55 0.39 0.35 0.17 0.24 0.08 0.16 0.31 0.15
C4' 0.33 0.50 0.49 0.35 0.18 0.07 0.42 0.16 0.16 0.80 0.38 0.27 0.40 0.87 0.43 0.57 0.19 0.09 0.14 0.29 0.52 0.27
C5 0.26 0.76 0.12 0.22 0.31 0.17 0.26 0.17 0.54 0.44 0.78 0.54 0.47 0.33 0.24 0.12 0.12 0.21 0.07 0.17 0.31 0.16
C5' 0.40 0.58 0.67 0.44 0.29 0.25 0.62 0.30 0.37 1.02 0.35 0.37 0.72 1.15 0.55 0.83 0.40 0.24 0.26 0.38 0.66 0.36
C6 0.29 0.68 0.12 0.20 0.26 0.17 0.19 0.18 0.42 0.48 0.66 0.51 0.34 0.31 0.25 0.19 0.13 0.24 0.07 0.13 0.29 0.14
C8 0.19 0.80 0.09 0.22 0.37 0.16 0.37 0.17 0.69 0.30 0.89 0.57 0.73 0.23 0.19 0.08 0.09 0.18 0.07 0.21 0.33 0.18
N1 0.52 0.48 0.39 0.31 0.17 0.20 0.19 0.20 0.12 0.68 0.40 0.30 0.12 0.53 0.49 0.55 0.21 0.30 0.09 0.10 0.27 0.13
N3 0.55 0.44 0.52 0.40 0.38 0.22 0.44 0.18 0.14 0.76 0.34 0.33 0.21 0.73 0.58 0.64 0.24 0.27 0.09 0.13 0.29 0.14
N6 0.14 0.72 0.15 0.08 0.43 0.15 0.39 0.19 0.55 0.24 0.70 0.60 0.49 0.16 0.17 0.11 0.09 0.19 0.05 0.13 0.29 0.14
N7 0.15 0.84 0.10 0.16 0.45 0.15 0.47 0.17 0.77 0.24 0.92 0.63 0.78 0.21 0.19 0.14 0.07 0.17 0.07 0.20 0.32 0.18
N9 0.31 0.69 0.25 0.30 0.27 0.18 0.23 0.17 0.43 0.49 0.74 0.46 0.38 0.44 0.31 0.23 0.14 0.21 0.08 0.19 0.32 0.17
O2' 0.73 1.60 0.59 0.57 1.02 0.65 0.94 0.60 1.32 0.47 1.70 1.31 1.30 0.53 0.73 0.68 0.79 0.66 0.39 0.27 0.20 0.23
O3' 0.22 1.16 0.03 0.07 0.48 0.24 0.35 0.28 0.73 0.17 1.18 0.85 0.68 0.12 0.17 0.04 0.26 0.25 0.06 0.21 0.46 0.22
O4' 0.46 0.25 0.54 0.44 0.36 0.15 0.58 0.13 0.38 0.86 0.16 0.13 0.59 0.94 0.56 0.62 0.29 0.21 0.12 0.22 0.37 0.20
O5' 0.42 1.07 0.73 0.49 0.35 0.39 0.51 0.36 0.28 1.04 0.80 0.78 0.51 1.15 0.51 0.87 0.53 0.39 0.35 0.54 0.94 0.53
OP1 0.44 1.31 0.73 0.52 0.43 0.54 0.43 0.46 0.29 0.98 0.97 1.01 0.42 1.07 0.47 0.87 0.65 0.53 0.42 0.65 1.15 0.66
OP2 0.62 1.72 0.88 0.68 0.67 0.73 0.44 0.58 0.47 1.02 1.30 1.39 0.33 1.09 0.55 1.01 0.87 0.72 0.49 0.75 1.36 0.78
P 0.46 1.30 0.78 0.54 0.41 0.53 0.47 0.45 0.27 1.06 0.93 1.00 0.48 1.16 0.50 0.94 0.64 0.52 0.39 0.62 1.13 0.62

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.21 0.00 0.18 0.27 0.35 0.24
C2 0.01 0.00 0.31 0.13 0.01 0.25 0.00 0.38 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.38 0.12 0.40 0.47 0.39 0.55 0.48
C2' 0.01 0.31 0.00 0.00 0.15 0.01 0.07 0.15 0.14 0.18 0.24 0.30 0.10 0.10 0.02 0.00 0.04 0.02 0.50 0.63 0.81 0.63
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.13 0.00 0.17 0.03 0.19 0.16 0.17 0.10 0.21 0.18 0.11 0.01 0.01 0.01 0.25 0.40 0.44 0.36
C4 0.01 0.01 0.15 0.13 0.00 0.09 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.10 0.21 0.35 0.30 0.48 0.38
C4' 0.03 0.25 0.01 0.00 0.09 0.00 0.05 0.01 0.08 0.22 0.17 0.24 0.06 0.16 0.05 0.16 0.02 0.01 0.03 0.06 0.05 0.02
C5 0.01 0.00 0.07 0.17 0.00 0.05 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.14 0.05 0.09 0.31 0.26 0.47 0.36
C5' 0.04 0.38 0.15 0.03 0.21 0.01 0.20 0.00 0.24 0.29 0.32 0.35 0.23 0.26 0.13 0.07 0.18 0.02 0.02 0.13 0.08 0.04
C6 0.01 0.00 0.14 0.19 0.01 0.08 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.05 0.17 0.36 0.29 0.50 0.41
C8 0.01 0.00 0.18 0.16 0.00 0.22 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.42 0.05 0.22 0.14 0.17 0.35 0.21
N1 0.02 0.00 0.24 0.17 0.01 0.17 0.01 0.32 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.07 0.30 0.44 0.35 0.54 0.47
N3 0.02 0.00 0.30 0.10 0.00 0.24 0.00 0.35 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.38 0.15 0.40 0.44 0.38 0.52 0.45
N6 0.02 0.01 0.10 0.21 0.01 0.06 0.01 0.23 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.15 0.04 0.10 0.33 0.26 0.48 0.39
N7 0.01 0.00 0.10 0.18 0.00 0.16 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.36 0.05 0.12 0.20 0.19 0.39 0.27
N9 0.00 0.01 0.02 0.11 0.00 0.05 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.14 0.11 0.01 0.23 0.25 0.40 0.29
O2' 0.00 0.38 0.00 0.01 0.12 0.16 0.14 0.07 0.13 0.42 0.26 0.38 0.15 0.36 0.14 0.00 0.08 0.10 0.37 0.59 0.83 0.55
O3' 0.21 0.12 0.04 0.01 0.10 0.02 0.05 0.18 0.05 0.05 0.07 0.15 0.04 0.05 0.11 0.08 0.00 0.15 0.05 0.11 0.21 0.08
O4' 0.00 0.40 0.02 0.01 0.21 0.01 0.09 0.02 0.17 0.22 0.30 0.40 0.10 0.12 0.01 0.10 0.15 0.00 0.13 0.10 0.15 0.13
O5' 0.18 0.47 0.50 0.25 0.35 0.03 0.31 0.02 0.36 0.14 0.44 0.44 0.33 0.20 0.23 0.37 0.05 0.13 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.27 0.39 0.63 0.40 0.30 0.06 0.26 0.13 0.29 0.17 0.35 0.38 0.26 0.19 0.25 0.59 0.11 0.10 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 0.55 0.81 0.44 0.48 0.05 0.47 0.08 0.50 0.35 0.54 0.52 0.48 0.39 0.40 0.83 0.21 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.24 0.48 0.63 0.36 0.38 0.02 0.36 0.04 0.41 0.21 0.47 0.45 0.39 0.27 0.29 0.55 0.08 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00