ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55017

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.012, 0.029, 0.046, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.029 std_dev=0.017
C5 A 0, -0.001, 0.027, 0.054, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.009, 0.041, 0.073, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.041 std_dev=0.032
N1 A 0, 0.008, 0.048, 0.087, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.048 std_dev=0.039
C2 A 0, 0.004, 0.050, 0.096, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.050 std_dev=0.046
N3 A 0, 0.015, 0.063, 0.111, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.063 std_dev=0.048
C4 A 0, 0.003, 0.053, 0.104, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.053 std_dev=0.051
C8 A 0, 0.014, 0.064, 0.115, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.064 std_dev=0.051
N9 A 0, 0.015, 0.069, 0.124, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.069 std_dev=0.054
C1' A 0, 0.003, 0.067, 0.130, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.067 std_dev=0.064
N6 A 0, 0.004, 0.077, 0.151, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.077 std_dev=0.074
P B 0, 0.113, 0.343, 0.572, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.343 std_dev=0.229
OP2 B 0, 0.079, 0.320, 0.561, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.320 std_dev=0.241
OP1 B 0, 0.132, 0.527, 0.922, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.527 std_dev=0.395
O5' B 0, 0.068, 0.526, 0.984, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.526 std_dev=0.458
C5' B 0, 0.148, 0.636, 1.124, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.636 std_dev=0.488
C4' B 0, 0.078, 0.678, 1.279, 1.709 max_d=1.709 avg_d=0.678 std_dev=0.601
O4' B 0, 0.175, 0.847, 1.520, 1.864 max_d=1.864 avg_d=0.847 std_dev=0.673
C3' B 0, 0.178, 1.047, 1.917, 2.444 max_d=2.444 avg_d=1.047 std_dev=0.870
O3' A 0, 0.075, 1.059, 2.043, 2.556 max_d=2.556 avg_d=1.059 std_dev=0.984
C1' B 0, 0.141, 1.140, 2.140, 2.804 max_d=2.804 avg_d=1.140 std_dev=0.999
C2' B 0, 0.219, 1.286, 2.353, 2.767 max_d=2.767 avg_d=1.286 std_dev=1.067
O4' A 0, 0.121, 1.222, 2.324, 2.573 max_d=2.573 avg_d=1.222 std_dev=1.101
O3' B 0, 0.178, 1.280, 2.382, 2.969 max_d=2.969 avg_d=1.280 std_dev=1.102
C3' A 0, -0.017, 1.158, 2.333, 2.905 max_d=2.905 avg_d=1.158 std_dev=1.175
C4' A 0, 0.132, 1.334, 2.536, 2.946 max_d=2.946 avg_d=1.334 std_dev=1.202
O2' B 0, 0.198, 1.431, 2.663, 3.103 max_d=3.103 avg_d=1.431 std_dev=1.233
C2' A 0, 0.019, 1.290, 2.561, 2.767 max_d=2.767 avg_d=1.290 std_dev=1.271
N9 B 0, -0.031, 1.643, 3.317, 4.721 max_d=4.721 avg_d=1.643 std_dev=1.674
C8 B 0, -0.129, 1.703, 3.536, 4.935 max_d=4.935 avg_d=1.703 std_dev=1.832
O2' A 0, 0.038, 2.119, 4.200, 4.708 max_d=4.708 avg_d=2.119 std_dev=2.081
C5' A 0, 0.281, 2.700, 5.119, 5.803 max_d=5.803 avg_d=2.700 std_dev=2.419
C4 B 0, -0.317, 2.297, 4.911, 6.939 max_d=6.939 avg_d=2.297 std_dev=2.614
N7 B 0, -0.457, 2.218, 4.894, 6.828 max_d=6.828 avg_d=2.218 std_dev=2.676
N3 B 0, -0.363, 2.674, 5.711, 7.951 max_d=7.951 avg_d=2.674 std_dev=3.037
C5 B 0, -0.601, 2.584, 5.769, 8.121 max_d=8.121 avg_d=2.584 std_dev=3.185
O5' A 0, -0.021, 3.311, 6.643, 7.360 max_d=7.360 avg_d=3.311 std_dev=3.332
C2 B 0, -0.712, 3.345, 7.403, 10.271 max_d=10.271 avg_d=3.345 std_dev=4.058
C6 B 0, -0.962, 3.274, 7.509, 10.492 max_d=10.492 avg_d=3.274 std_dev=4.235
N1 B 0, -1.003, 3.643, 8.290, 11.541 max_d=11.541 avg_d=3.643 std_dev=4.647
P A 0, -0.298, 4.564, 9.427, 10.413 max_d=10.413 avg_d=4.564 std_dev=4.862
N6 B 0, -1.221, 3.666, 8.554, 11.846 max_d=11.846 avg_d=3.666 std_dev=4.887
OP2 A 0, -0.411, 5.111, 10.632, 11.709 max_d=11.709 avg_d=5.111 std_dev=5.522
OP1 A 0, -0.217, 5.373, 10.962, 12.113 max_d=12.113 avg_d=5.373 std_dev=5.590

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.14 0.01 0.05 0.06 0.04 0.04 0.08 0.06 0.06 0.11 0.14 0.05 0.02 0.01 0.03 0.40 0.01 0.28 0.46 0.16 0.27
C2 0.14 0.00 0.12 0.13 0.03 0.38 0.02 0.80 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.25 0.18 0.38 1.40 2.53 1.13 1.72
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.06 0.04 0.08 0.23 0.07 0.19 0.08 0.14 0.09 0.16 0.06 0.01 0.04 0.04 0.32 0.43 0.31 0.43
C3' 0.05 0.13 0.01 0.00 0.11 0.01 0.22 0.02 0.18 0.40 0.10 0.15 0.24 0.38 0.19 0.02 0.01 0.05 0.25 0.35 0.21 0.18
C4 0.06 0.03 0.06 0.11 0.00 0.13 0.02 0.28 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.16 0.22 0.19 0.68 1.29 0.37 0.73
C4' 0.04 0.38 0.04 0.01 0.13 0.00 0.11 0.00 0.09 0.42 0.23 0.39 0.13 0.34 0.11 0.27 0.03 0.01 0.03 0.18 0.22 0.03
C5 0.04 0.02 0.08 0.22 0.02 0.11 0.00 0.26 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.30 0.20 0.08 0.42 0.90 0.75 0.43
C5' 0.08 0.80 0.23 0.02 0.28 0.00 0.26 0.00 0.25 0.79 0.52 0.78 0.31 0.69 0.22 0.10 0.23 0.02 0.01 0.30 0.37 0.04
C6 0.06 0.01 0.07 0.18 0.02 0.09 0.01 0.25 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.26 0.17 0.14 0.58 1.36 0.58 0.64
C8 0.06 0.04 0.19 0.40 0.01 0.42 0.04 0.79 0.05 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.45 0.26 0.29 0.87 0.60 1.54 1.01
N1 0.11 0.01 0.08 0.10 0.03 0.23 0.02 0.52 0.00 0.05 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.21 0.15 0.27 1.03 2.11 0.67 1.26
N3 0.14 0.01 0.14 0.15 0.01 0.39 0.02 0.78 0.04 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.25 0.21 0.40 1.36 2.23 1.07 1.59
N6 0.05 0.02 0.09 0.24 0.01 0.13 0.03 0.31 0.01 0.09 0.02 0.03 0.00 0.09 0.05 0.35 0.20 0.11 0.45 1.09 0.91 0.49
N7 0.02 0.02 0.16 0.38 0.03 0.34 0.00 0.69 0.04 0.01 0.04 0.03 0.09 0.00 0.02 0.45 0.24 0.20 0.74 0.51 1.58 0.91
N9 0.01 0.04 0.06 0.19 0.02 0.11 0.02 0.22 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.02 0.00 0.22 0.26 0.05 0.35 0.55 0.55 0.34
O2' 0.03 0.25 0.01 0.02 0.16 0.27 0.30 0.10 0.26 0.45 0.21 0.25 0.35 0.45 0.22 0.00 0.07 0.18 0.25 0.34 0.37 0.41
O3' 0.40 0.18 0.04 0.01 0.22 0.03 0.20 0.23 0.17 0.26 0.15 0.21 0.20 0.24 0.26 0.07 0.00 0.22 0.39 0.73 0.32 0.39
O4' 0.01 0.38 0.04 0.05 0.19 0.01 0.08 0.02 0.14 0.29 0.27 0.40 0.11 0.20 0.05 0.18 0.22 0.00 0.35 0.45 0.19 0.27
O5' 0.28 1.40 0.32 0.25 0.68 0.03 0.42 0.01 0.58 0.87 1.03 1.36 0.45 0.74 0.35 0.25 0.39 0.35 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.46 2.53 0.43 0.35 1.29 0.18 0.90 0.30 1.36 0.60 2.11 2.23 1.09 0.51 0.55 0.34 0.73 0.45 0.03 0.00 0.04 0.01
OP2 0.16 1.13 0.31 0.21 0.37 0.22 0.75 0.37 0.58 1.54 0.67 1.07 0.91 1.58 0.55 0.37 0.32 0.19 0.03 0.04 0.00 0.01
P 0.27 1.72 0.43 0.18 0.73 0.03 0.43 0.04 0.64 1.01 1.26 1.59 0.49 0.91 0.34 0.41 0.39 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.51 2.50 0.42 0.34 1.79 0.18 2.31 0.39 3.01 1.19 3.02 1.90 3.61 1.96 1.11 0.82 0.65 0.38 0.24 0.18 0.11 0.16
C2 0.68 2.55 0.45 0.27 2.04 0.07 2.65 0.32 3.20 1.56 3.05 2.04 3.73 2.44 1.38 0.79 0.57 0.48 0.36 0.19 0.17 0.24
C2' 0.31 2.29 0.44 0.40 1.53 0.26 1.99 0.45 2.70 0.86 2.78 1.69 3.27 1.58 0.85 0.87 0.66 0.24 0.22 0.16 0.09 0.14
C3' 0.44 2.51 0.42 0.33 1.67 0.20 2.12 0.42 2.87 0.95 3.00 1.88 3.43 1.66 0.97 0.81 0.58 0.27 0.30 0.23 0.20 0.23
C4 0.60 2.35 0.44 0.24 1.82 0.11 2.38 0.30 2.94 1.39 2.84 1.84 3.50 2.17 1.22 0.76 0.49 0.44 0.30 0.18 0.14 0.20
C4' 1.00 3.20 0.49 0.21 2.33 0.36 2.81 0.29 3.59 1.57 3.72 2.53 4.19 2.34 1.59 0.70 0.34 0.80 0.49 0.21 0.25 0.34
C5 0.55 1.96 0.43 0.20 1.60 0.11 2.14 0.27 2.56 1.38 2.41 1.55 3.05 2.07 1.13 0.68 0.40 0.41 0.28 0.20 0.16 0.21
C5' 1.63 3.95 1.10 0.74 3.00 0.83 3.45 0.50 4.28 2.14 4.47 3.25 4.86 2.90 2.21 1.13 0.52 1.32 0.81 0.33 0.45 0.54
C6 0.54 1.80 0.42 0.18 1.54 0.10 2.07 0.27 2.40 1.45 2.21 1.43 2.83 2.11 1.13 0.63 0.38 0.40 0.28 0.19 0.15 0.21
C8 0.54 2.04 0.43 0.21 1.59 0.14 2.09 0.26 2.59 1.29 2.49 1.58 3.11 1.95 1.09 0.70 0.40 0.42 0.28 0.22 0.18 0.22
N1 0.63 2.11 0.44 0.22 1.80 0.08 2.37 0.29 2.73 1.60 2.54 1.71 3.15 2.37 1.30 0.69 0.47 0.46 0.34 0.18 0.16 0.24
N3 0.65 2.66 0.44 0.27 2.02 0.08 2.61 0.32 3.27 1.44 3.19 2.08 3.88 2.30 1.32 0.81 0.58 0.46 0.34 0.19 0.17 0.23
N6 0.42 1.33 0.38 0.15 1.22 0.11 1.71 0.26 1.92 1.34 1.69 1.05 2.29 1.86 0.95 0.52 0.31 0.31 0.22 0.20 0.16 0.18
N7 0.51 1.78 0.43 0.19 1.46 0.13 1.96 0.25 2.36 1.30 2.21 1.39 2.83 1.91 1.04 0.65 0.35 0.39 0.26 0.22 0.19 0.21
N9 0.58 2.34 0.44 0.24 1.77 0.13 2.30 0.30 2.89 1.31 2.83 1.81 3.46 2.05 1.17 0.77 0.49 0.43 0.29 0.19 0.14 0.20
O2' 0.37 2.10 0.53 0.52 1.38 0.41 1.81 0.53 2.48 0.76 2.56 1.54 3.02 1.42 0.76 0.96 0.79 0.44 0.18 0.33 0.29 0.27
O3' 0.44 2.39 0.35 0.25 1.59 0.13 1.99 0.31 2.69 0.89 2.83 1.80 3.20 1.55 0.93 0.78 0.51 0.34 0.31 0.26 0.24 0.26
O4' 1.06 3.20 0.50 0.17 2.42 0.38 2.95 0.30 3.69 1.75 3.74 2.56 4.31 2.54 1.70 0.68 0.29 0.88 0.52 0.28 0.28 0.40
O5' 2.16 4.33 1.79 1.46 3.40 1.44 3.81 1.13 4.63 2.54 4.83 3.66 5.20 3.24 2.65 1.83 1.30 1.81 1.24 0.71 0.79 0.94
OP1 3.98 6.31 3.61 3.15 5.23 3.08 5.51 2.56 6.41 4.15 6.76 5.61 6.84 4.77 4.41 3.66 2.96 3.51 2.61 1.76 1.85 2.10
OP2 2.16 4.58 1.90 1.37 3.43 1.24 3.74 0.79 4.66 2.36 5.04 3.83 5.13 3.04 2.60 2.02 1.17 1.63 0.94 0.66 0.70 0.68
P 2.80 5.17 2.46 2.01 4.09 1.92 4.44 1.46 5.34 3.07 5.66 4.44 5.86 3.76 3.27 2.51 1.83 2.33 1.54 0.79 0.93 1.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.23 0.01 0.15 0.22 0.20 0.18
C2 0.04 0.00 0.46 0.37 0.01 0.28 0.01 0.35 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.33 0.44 0.44 0.13 0.34 0.54 0.17
C2' 0.01 0.46 0.00 0.01 0.30 0.02 0.24 0.07 0.31 0.19 0.40 0.44 0.28 0.15 0.13 0.01 0.07 0.02 0.31 0.32 0.24 0.26
C3' 0.04 0.37 0.01 0.00 0.35 0.02 0.43 0.05 0.46 0.34 0.43 0.32 0.50 0.42 0.27 0.03 0.01 0.03 0.27 0.28 0.17 0.14
C4 0.02 0.01 0.30 0.35 0.00 0.10 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.35 0.22 0.30 0.24 0.68 0.34
C4' 0.03 0.28 0.02 0.02 0.10 0.00 0.15 0.01 0.11 0.37 0.18 0.28 0.16 0.33 0.15 0.23 0.02 0.00 0.03 0.17 0.25 0.06
C5 0.02 0.01 0.24 0.43 0.01 0.15 0.00 0.24 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.17 0.39 0.08 0.56 0.49 1.08 0.65
C5' 0.04 0.35 0.07 0.05 0.12 0.01 0.24 0.00 0.18 0.55 0.22 0.34 0.26 0.51 0.20 0.14 0.18 0.03 0.00 0.24 0.38 0.04
C6 0.02 0.02 0.31 0.46 0.01 0.11 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.10 0.45 0.18 0.47 0.37 1.10 0.56
C8 0.02 0.02 0.19 0.34 0.01 0.37 0.02 0.55 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.49 0.26 0.26 0.85 0.88 1.15 0.95
N1 0.04 0.01 0.40 0.43 0.02 0.18 0.01 0.22 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.18 0.46 0.35 0.24 0.19 0.83 0.30
N3 0.04 0.00 0.44 0.32 0.01 0.28 0.02 0.34 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.34 0.39 0.44 0.13 0.34 0.40 0.16
N6 0.02 0.03 0.28 0.50 0.01 0.16 0.02 0.26 0.01 0.04 0.03 0.03 0.00 0.05 0.02 0.16 0.49 0.12 0.62 0.56 1.36 0.76
N7 0.03 0.02 0.15 0.42 0.01 0.33 0.01 0.51 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.00 0.02 0.42 0.36 0.15 0.87 0.91 1.40 1.01
N9 0.02 0.01 0.13 0.27 0.00 0.15 0.01 0.20 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.18 0.25 0.02 0.42 0.39 0.64 0.46
O2' 0.03 0.33 0.01 0.03 0.08 0.23 0.17 0.14 0.10 0.49 0.18 0.34 0.16 0.42 0.18 0.00 0.12 0.16 0.15 0.18 0.26 0.14
O3' 0.23 0.44 0.07 0.01 0.35 0.02 0.39 0.18 0.45 0.26 0.46 0.39 0.49 0.36 0.25 0.12 0.00 0.11 0.25 0.27 0.34 0.16
O4' 0.01 0.44 0.02 0.03 0.22 0.00 0.08 0.03 0.18 0.26 0.35 0.44 0.12 0.15 0.02 0.16 0.11 0.00 0.06 0.16 0.23 0.14
O5' 0.15 0.13 0.31 0.27 0.30 0.03 0.56 0.00 0.47 0.85 0.24 0.13 0.62 0.87 0.42 0.15 0.25 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.22 0.34 0.32 0.28 0.24 0.17 0.49 0.24 0.37 0.88 0.19 0.34 0.56 0.91 0.39 0.18 0.27 0.16 0.02 0.00 0.04 0.01
OP2 0.20 0.54 0.24 0.17 0.68 0.25 1.08 0.38 1.10 1.15 0.83 0.40 1.36 1.40 0.64 0.26 0.34 0.23 0.02 0.04 0.00 0.01
P 0.18 0.17 0.26 0.14 0.34 0.06 0.65 0.04 0.56 0.95 0.30 0.16 0.76 1.01 0.46 0.14 0.16 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00