ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55018

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.004, 0.007, 0.011, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.007 std_dev=0.003
N9 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N6 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.013
O3' A 0, 0.036, 0.071, 0.106, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.071 std_dev=0.035
OP1 B 0, 0.155, 0.414, 0.674, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.414 std_dev=0.259
C3' A 0, 0.327, 0.595, 0.864, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.595 std_dev=0.269
O4' A 0, 0.350, 0.636, 0.921, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.636 std_dev=0.286
C2' A 0, 0.375, 0.682, 0.989, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.682 std_dev=0.307
OP2 B 0, 0.384, 0.720, 1.056, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.720 std_dev=0.336
P B 0, 0.317, 0.675, 1.032, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.675 std_dev=0.358
C4 B 0, 0.336, 0.702, 1.067, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.702 std_dev=0.365
C4' A 0, 0.535, 0.970, 1.405, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.970 std_dev=0.435
C2' B 0, 0.411, 0.846, 1.282, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.846 std_dev=0.436
O2' B 0, 0.514, 0.997, 1.481, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.997 std_dev=0.483
C3' B 0, 0.386, 0.878, 1.369, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.878 std_dev=0.491
C6 B 0, 0.526, 1.020, 1.513, 1.391 max_d=1.391 avg_d=1.020 std_dev=0.494
O2' A 0, 0.627, 1.146, 1.665, 1.497 max_d=1.497 avg_d=1.146 std_dev=0.519
C1' B 0, 0.581, 1.120, 1.658, 1.568 max_d=1.568 avg_d=1.120 std_dev=0.538
O5' B 0, 0.618, 1.192, 1.767, 1.680 max_d=1.680 avg_d=1.192 std_dev=0.575
C4' B 0, 0.568, 1.161, 1.755, 1.707 max_d=1.707 avg_d=1.161 std_dev=0.593
O3' B 0, 0.427, 1.023, 1.619, 1.593 max_d=1.593 avg_d=1.023 std_dev=0.596
O4' B 0, 0.639, 1.240, 1.841, 1.758 max_d=1.758 avg_d=1.240 std_dev=0.601
C5 B 0, 0.717, 1.337, 1.957, 1.753 max_d=1.753 avg_d=1.337 std_dev=0.620
N6 B 0, 0.750, 1.385, 2.020, 1.809 max_d=1.809 avg_d=1.385 std_dev=0.635
C5' B 0, 0.669, 1.318, 1.967, 1.876 max_d=1.876 avg_d=1.318 std_dev=0.649
N9 B 0, 0.813, 1.511, 2.209, 1.996 max_d=1.996 avg_d=1.511 std_dev=0.698
C5' A 0, 0.950, 1.722, 2.494, 2.109 max_d=2.109 avg_d=1.722 std_dev=0.772
O5' A 0, 1.056, 1.913, 2.771, 2.346 max_d=2.346 avg_d=1.913 std_dev=0.858
N3 B 0, 1.272, 2.303, 3.335, 2.877 max_d=2.877 avg_d=2.303 std_dev=1.031
P A 0, 1.328, 2.411, 3.493, 3.004 max_d=3.004 avg_d=2.411 std_dev=1.082
N1 B 0, 1.373, 2.486, 3.599, 3.052 max_d=3.052 avg_d=2.486 std_dev=1.113
OP2 A 0, 1.387, 2.522, 3.656, 3.209 max_d=3.209 avg_d=2.522 std_dev=1.135
OP1 A 0, 1.399, 2.539, 3.678, 3.179 max_d=3.179 avg_d=2.539 std_dev=1.139
C2 B 0, 1.795, 3.248, 4.701, 3.957 max_d=3.957 avg_d=3.248 std_dev=1.453
N7 B 0, 1.811, 3.281, 4.751, 4.025 max_d=4.025 avg_d=3.281 std_dev=1.470
C8 B 0, 1.863, 3.378, 4.893, 4.178 max_d=4.178 avg_d=3.378 std_dev=1.515

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.07 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.08 0.08 0.10 0.08 0.08
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.08 0.05
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.06 0.05
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.04 0.08 0.08 0.06
C4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.06 0.06 0.07 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.03
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.05 0.08 0.10 0.07
C5' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.12 0.07 0.09 0.04 0.10 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.08 0.10 0.07
C8 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.02 0.04 0.13 0.11 0.12 0.12
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.06 0.07 0.08 0.08 0.07
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.08 0.07 0.10 0.08 0.08
N6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.06 0.08 0.11 0.08
N7 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.02 0.03 0.11 0.11 0.13 0.12
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.05 0.08 0.08 0.06
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.11 0.03 0.06 0.05 0.09 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.09 0.11 0.06
O3' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.10 0.07 0.05
O4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.06 0.08 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.06 0.05 0.04
O5' 0.02 0.08 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.13 0.07 0.07 0.06 0.11 0.05 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.07 0.10 0.08 0.09 0.08 0.06 0.08 0.03 0.08 0.11 0.08 0.10 0.08 0.11 0.08 0.09 0.10 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.06 0.08 0.08 0.06 0.08 0.03 0.10 0.01 0.10 0.12 0.08 0.08 0.11 0.13 0.08 0.11 0.07 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.08 0.05 0.05 0.06 0.03 0.07 0.00 0.07 0.12 0.07 0.08 0.08 0.12 0.06 0.06 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.56 0.08 0.05 0.08 0.05 0.11 0.04 0.13 0.49 0.44 0.40 0.11 0.45 0.18 0.14 0.04 0.10 0.03 0.06 0.06 0.04
C2 0.16 0.59 0.10 0.09 0.06 0.11 0.14 0.09 0.09 0.55 0.45 0.42 0.10 0.52 0.21 0.15 0.09 0.14 0.09 0.11 0.11 0.09
C2' 0.12 0.56 0.08 0.05 0.11 0.05 0.09 0.03 0.18 0.44 0.46 0.41 0.12 0.39 0.16 0.14 0.03 0.10 0.02 0.05 0.05 0.03
C3' 0.12 0.56 0.08 0.05 0.10 0.05 0.10 0.03 0.15 0.45 0.45 0.40 0.11 0.41 0.16 0.13 0.03 0.09 0.02 0.07 0.05 0.04
C4 0.14 0.56 0.08 0.05 0.07 0.06 0.12 0.04 0.12 0.51 0.44 0.41 0.10 0.47 0.19 0.14 0.05 0.11 0.04 0.06 0.07 0.04
C4' 0.13 0.55 0.09 0.06 0.08 0.06 0.12 0.04 0.12 0.49 0.42 0.40 0.12 0.46 0.18 0.13 0.05 0.10 0.05 0.10 0.06 0.06
C5 0.13 0.55 0.08 0.04 0.08 0.05 0.12 0.05 0.13 0.50 0.42 0.40 0.11 0.46 0.18 0.13 0.04 0.10 0.04 0.05 0.06 0.04
C5' 0.10 0.56 0.06 0.04 0.11 0.04 0.10 0.03 0.14 0.45 0.44 0.42 0.11 0.42 0.15 0.11 0.04 0.08 0.04 0.10 0.05 0.06
C6 0.14 0.56 0.08 0.05 0.07 0.06 0.12 0.05 0.11 0.52 0.43 0.41 0.11 0.49 0.20 0.14 0.04 0.12 0.04 0.05 0.07 0.04
C8 0.13 0.53 0.08 0.05 0.10 0.05 0.11 0.07 0.15 0.45 0.42 0.39 0.12 0.41 0.17 0.13 0.05 0.09 0.05 0.05 0.05 0.05
N1 0.16 0.58 0.10 0.08 0.06 0.10 0.14 0.08 0.09 0.55 0.44 0.42 0.11 0.52 0.21 0.15 0.07 0.14 0.08 0.08 0.11 0.08
N3 0.15 0.58 0.10 0.07 0.06 0.09 0.13 0.07 0.10 0.53 0.45 0.41 0.10 0.50 0.20 0.15 0.07 0.13 0.07 0.09 0.09 0.08
N6 0.14 0.54 0.08 0.04 0.07 0.05 0.13 0.06 0.11 0.52 0.41 0.40 0.11 0.47 0.19 0.13 0.05 0.11 0.06 0.07 0.06 0.06
N7 0.13 0.52 0.08 0.06 0.10 0.05 0.12 0.08 0.14 0.46 0.41 0.38 0.12 0.42 0.17 0.13 0.06 0.09 0.07 0.05 0.06 0.06
N9 0.13 0.55 0.08 0.04 0.09 0.05 0.11 0.04 0.13 0.48 0.43 0.40 0.11 0.44 0.18 0.13 0.04 0.10 0.03 0.05 0.06 0.04
O2' 0.15 0.55 0.10 0.06 0.09 0.07 0.08 0.04 0.17 0.43 0.46 0.38 0.12 0.38 0.17 0.17 0.05 0.12 0.04 0.06 0.07 0.05
O3' 0.14 0.55 0.09 0.05 0.07 0.06 0.10 0.04 0.12 0.48 0.43 0.39 0.08 0.44 0.18 0.14 0.05 0.11 0.05 0.09 0.07 0.06
O4' 0.15 0.53 0.10 0.07 0.06 0.07 0.15 0.05 0.10 0.53 0.40 0.38 0.13 0.50 0.21 0.15 0.06 0.12 0.06 0.10 0.07 0.07
O5' 0.09 0.57 0.07 0.05 0.14 0.04 0.10 0.04 0.19 0.40 0.46 0.43 0.14 0.36 0.13 0.11 0.02 0.07 0.05 0.10 0.05 0.06
OP1 0.10 0.59 0.08 0.08 0.20 0.07 0.15 0.07 0.25 0.36 0.50 0.45 0.20 0.32 0.13 0.08 0.06 0.08 0.07 0.10 0.06 0.07
OP2 0.12 0.61 0.11 0.12 0.25 0.12 0.18 0.13 0.30 0.30 0.53 0.48 0.25 0.26 0.14 0.09 0.12 0.11 0.13 0.12 0.12 0.12
P 0.08 0.59 0.07 0.06 0.19 0.06 0.12 0.07 0.24 0.35 0.49 0.45 0.18 0.31 0.11 0.09 0.05 0.07 0.07 0.09 0.07 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.11 0.16 0.09
C2 0.01 0.00 0.06 0.13 0.00 0.25 0.00 0.42 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.07 0.21 0.52 0.58 0.57 0.58
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.06 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.11 0.06
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.03 0.15 0.07 0.14 0.06 0.14 0.06 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.08 0.04
C4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.09 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.02 0.11 0.16 0.08 0.13 0.12
C4' 0.01 0.25 0.01 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.07 0.17 0.17 0.25 0.02 0.13 0.03 0.05 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.03
C5 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.04 0.03 0.18 0.14 0.12
C5' 0.01 0.42 0.01 0.01 0.14 0.00 0.02 0.00 0.11 0.27 0.29 0.39 0.04 0.21 0.05 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.09 0.12 0.09 0.17 0.12
C8 0.00 0.00 0.02 0.15 0.00 0.17 0.00 0.27 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.13 0.12 0.36 0.55 0.53 0.50
N1 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.17 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.02 0.16 0.36 0.38 0.43 0.40
N3 0.01 0.00 0.06 0.14 0.00 0.25 0.00 0.39 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.08 0.22 0.48 0.45 0.44 0.47
N6 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.05 0.04 0.16 0.13 0.10
N7 0.00 0.00 0.02 0.14 0.00 0.13 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.14 0.07 0.30 0.54 0.44 0.45
N9 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.20 0.21 0.17
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.06 0.05 0.03 0.05 0.06 0.08 0.11 0.14 0.05 0.06 0.01 0.00 0.03 0.05 0.03 0.06 0.14 0.06
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.02 0.06 0.13 0.02 0.08 0.10 0.14 0.05 0.03 0.00 0.01 0.04 0.06 0.06 0.03
O4' 0.00 0.21 0.01 0.01 0.11 0.00 0.04 0.01 0.09 0.12 0.16 0.22 0.05 0.07 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.08 0.13 0.08
O5' 0.03 0.52 0.03 0.03 0.16 0.00 0.03 0.00 0.12 0.36 0.36 0.48 0.04 0.30 0.08 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.11 0.58 0.07 0.05 0.08 0.03 0.18 0.00 0.09 0.55 0.38 0.45 0.16 0.54 0.20 0.06 0.06 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.57 0.11 0.08 0.13 0.08 0.14 0.02 0.17 0.53 0.43 0.44 0.13 0.44 0.21 0.14 0.06 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.58 0.06 0.04 0.12 0.03 0.12 0.01 0.12 0.50 0.40 0.47 0.10 0.45 0.17 0.06 0.03 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00