ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55019

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C8 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.011
O4' A 0, 0.053, 0.139, 0.224, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.139 std_dev=0.085
C2' A 0, 0.041, 0.129, 0.217, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.129 std_dev=0.088
C3' A 0, 0.067, 0.172, 0.277, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.172 std_dev=0.105
O3' A 0, 0.061, 0.193, 0.325, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.193 std_dev=0.132
O5' B 0, 0.063, 0.211, 0.359, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.211 std_dev=0.148
OP1 B 0, 0.070, 0.225, 0.380, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.225 std_dev=0.155
P B 0, 0.042, 0.209, 0.377, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.209 std_dev=0.168
C5' B 0, 0.060, 0.235, 0.410, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.235 std_dev=0.175
O2' A 0, 0.030, 0.211, 0.391, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.211 std_dev=0.180
OP2 B 0, 0.070, 0.263, 0.457, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.263 std_dev=0.194
C4' A 0, 0.050, 0.247, 0.443, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.247 std_dev=0.196
O3' B 0, 0.129, 0.334, 0.540, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.334 std_dev=0.205
C4' B 0, 0.077, 0.302, 0.527, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.302 std_dev=0.225
OP2 A 0, 0.162, 0.399, 0.637, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.399 std_dev=0.237
C3' B 0, 0.088, 0.342, 0.596, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.342 std_dev=0.254
O4' B 0, 0.066, 0.355, 0.645, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.355 std_dev=0.289
C5' A 0, 0.093, 0.417, 0.740, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.417 std_dev=0.323
C2' B 0, 0.078, 0.411, 0.744, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.411 std_dev=0.333
C1' B 0, 0.057, 0.405, 0.752, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.405 std_dev=0.347
O2' B 0, 0.095, 0.446, 0.797, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.446 std_dev=0.351
C8 B 0, 0.029, 0.382, 0.735, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.382 std_dev=0.353
N9 B 0, 0.037, 0.412, 0.788, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.412 std_dev=0.376
N7 B 0, 0.013, 0.419, 0.824, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.419 std_dev=0.406
P A 0, 0.052, 0.469, 0.886, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.469 std_dev=0.417
OP1 A 0, 0.052, 0.474, 0.896, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.474 std_dev=0.422
C4 B 0, 0.025, 0.466, 0.907, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.466 std_dev=0.441
C5 B 0, 0.011, 0.478, 0.945, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.478 std_dev=0.467
N3 B 0, 0.032, 0.508, 0.985, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.508 std_dev=0.477
C2 B 0, 0.026, 0.568, 1.110, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.568 std_dev=0.542
C6 B 0, 0.004, 0.553, 1.103, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.553 std_dev=0.550
N1 B 0, 0.013, 0.595, 1.176, 1.585 max_d=1.585 avg_d=0.595 std_dev=0.582
N6 B 0, -0.002, 0.604, 1.209, 1.656 max_d=1.656 avg_d=0.604 std_dev=0.606
O5' A 0, -0.049, 0.718, 1.486, 2.204 max_d=2.204 avg_d=0.718 std_dev=0.767

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.25 0.35 0.08 0.08
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.12 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.17 0.10 0.16 0.26 0.07 0.04
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.22 0.25 0.11 0.05
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.04 0.06 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.22 0.05 0.02
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.11 0.05 0.33 0.37 0.07 0.11
C4' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.12 0.08 0.11 0.02 0.09 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.25 0.09 0.03
C5 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.02 0.47 0.41 0.09 0.20
C5' 0.03 0.06 0.01 0.01 0.05 0.00 0.12 0.00 0.09 0.24 0.02 0.07 0.13 0.22 0.11 0.01 0.03 0.01 0.00 0.13 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.12 0.04 0.41 0.37 0.07 0.17
C8 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.12 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.04 0.06 0.64 0.48 0.14 0.29
N1 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.08 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.15 0.08 0.26 0.30 0.06 0.08
N3 0.02 0.00 0.04 0.06 0.00 0.11 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.16 0.10 0.15 0.28 0.08 0.04
N6 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.10 0.02 0.48 0.39 0.09 0.21
N7 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.09 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.03 0.63 0.48 0.14 0.30
N9 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.43 0.41 0.09 0.16
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.08 0.09 0.11 0.04 0.06 0.02 0.00 0.03 0.01 0.21 0.27 0.11 0.04
O3' 0.07 0.17 0.03 0.01 0.11 0.02 0.10 0.03 0.12 0.04 0.15 0.16 0.10 0.06 0.07 0.03 0.00 0.03 0.05 0.25 0.07 0.02
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.08 0.10 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.16 0.34 0.08 0.07
O5' 0.25 0.16 0.22 0.05 0.33 0.01 0.47 0.00 0.41 0.64 0.26 0.15 0.48 0.63 0.43 0.21 0.05 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.35 0.26 0.25 0.22 0.37 0.25 0.41 0.13 0.37 0.48 0.30 0.28 0.39 0.48 0.41 0.27 0.25 0.34 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.07 0.11 0.05 0.07 0.09 0.09 0.06 0.07 0.14 0.06 0.08 0.09 0.14 0.09 0.11 0.07 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.04 0.05 0.02 0.11 0.03 0.20 0.01 0.17 0.29 0.08 0.04 0.21 0.30 0.16 0.04 0.02 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.08 0.06 0.06 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.06 0.05 0.09 0.09 0.13 0.11 0.09
C2 0.12 0.10 0.13 0.12 0.11 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.11 0.10 0.13 0.12 0.11 0.13 0.13 0.11 0.10 0.15 0.16 0.12
C2' 0.09 0.09 0.07 0.07 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.09 0.11 0.11 0.10 0.06 0.06 0.10 0.11 0.12 0.12 0.10
C3' 0.07 0.05 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.06 0.06 0.08 0.08 0.07 0.06 0.07 0.09 0.08 0.12 0.11 0.09
C4 0.08 0.08 0.07 0.06 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.08 0.10 0.10 0.08 0.07 0.06 0.09 0.09 0.13 0.12 0.09
C4' 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.06 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.09 0.08 0.14 0.12 0.09
C5 0.07 0.08 0.06 0.05 0.08 0.07 0.08 0.06 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.09 0.08 0.08 0.05 0.08 0.07 0.11 0.09 0.08
C5' 0.11 0.08 0.07 0.07 0.10 0.12 0.11 0.14 0.10 0.14 0.08 0.08 0.11 0.14 0.12 0.07 0.07 0.15 0.15 0.14 0.14 0.14
C6 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.07 0.08 0.06 0.05 0.08 0.08 0.06 0.08 0.07 0.05 0.06 0.12 0.10 0.08
C8 0.10 0.11 0.08 0.07 0.11 0.10 0.11 0.07 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11 0.11 0.05 0.11 0.07 0.10 0.08 0.07
N1 0.09 0.07 0.10 0.10 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.08 0.07 0.10 0.10 0.09 0.11 0.11 0.09 0.08 0.15 0.14 0.11
N3 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11 0.11 0.09 0.12 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.14 0.15 0.11
N6 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.04 0.06 0.08 0.06 0.06 0.07 0.08 0.06 0.10 0.09 0.06 0.03 0.08 0.06 0.06
N7 0.10 0.10 0.09 0.07 0.11 0.09 0.10 0.07 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11 0.12 0.05 0.11 0.06 0.09 0.06 0.06
N9 0.08 0.09 0.07 0.06 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.08 0.05 0.10 0.09 0.12 0.10 0.08
O2' 0.10 0.13 0.09 0.09 0.12 0.10 0.12 0.10 0.12 0.12 0.13 0.12 0.13 0.12 0.11 0.09 0.09 0.11 0.12 0.10 0.11 0.08
O3' 0.09 0.08 0.11 0.11 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.10 0.08 0.12 0.11 0.09 0.10 0.13 0.08 0.07 0.20 0.19 0.15
O4' 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.06 0.08 0.08 0.08 0.06 0.07 0.09 0.08 0.15 0.13 0.10
O5' 0.24 0.15 0.15 0.18 0.23 0.29 0.26 0.36 0.24 0.33 0.18 0.16 0.26 0.33 0.27 0.11 0.08 0.33 0.38 0.36 0.37 0.40
OP1 0.28 0.21 0.25 0.28 0.26 0.32 0.28 0.35 0.26 0.32 0.23 0.22 0.28 0.32 0.29 0.21 0.24 0.33 0.36 0.34 0.35 0.37
OP2 0.11 0.10 0.08 0.06 0.11 0.10 0.12 0.10 0.11 0.14 0.10 0.10 0.12 0.13 0.12 0.09 0.04 0.14 0.11 0.13 0.12 0.11
P 0.16 0.12 0.11 0.11 0.16 0.17 0.18 0.20 0.16 0.21 0.13 0.13 0.18 0.21 0.18 0.10 0.05 0.21 0.21 0.19 0.20 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.06 0.03 0.06 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.09 0.06 0.02
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.08 0.03
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.05 0.03 0.04 0.06
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.04 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.05 0.06 0.07 0.07
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.05 0.06 0.07 0.08
C8 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.06 0.07 0.08 0.08
N1 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.06 0.04 0.06 0.07
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.06 0.02 0.04 0.06
N6 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.05 0.08 0.08 0.08
N7 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.08 0.10 0.09
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.04 0.03 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.10 0.06 0.02
O3' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.04 0.05 0.03 0.04 0.02 0.04 0.00 0.02 0.05 0.12 0.09 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02
O5' 0.02 0.06 0.03 0.04 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.04 0.03 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.03 0.09 0.10 0.03 0.06 0.06 0.04 0.06 0.07 0.04 0.02 0.08 0.08 0.04 0.10 0.12 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.06 0.06 0.08 0.04 0.04 0.07 0.02 0.07 0.08 0.06 0.04 0.08 0.10 0.03 0.06 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.07 0.02 0.03 0.06 0.01 0.07 0.01 0.08 0.08 0.07 0.06 0.08 0.09 0.05 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00