Doublet Group distance statistics: 55020

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C5	A	0, 0.007, 0.019, 0.030, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N9	A	0, 0.012, 0.030, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.030 std_dev=0.018
C4	A	0, 0.003, 0.023, 0.042, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.023 std_dev=0.020
C8	A	0, 0.016, 0.038, 0.060, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.038 std_dev=0.022
N7	A	0, 0.014, 0.037, 0.059, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.037 std_dev=0.022
N3	A	0, 0.014, 0.038, 0.063, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.038 std_dev=0.025
C2	A	0, 0.012, 0.038, 0.065, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.038 std_dev=0.027
C1'	A	0, 0.015, 0.042, 0.069, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.042 std_dev=0.027
N1	A	0, 0.007, 0.035, 0.063, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.035 std_dev=0.028
N6	A	0, 0.007, 0.038, 0.070, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.038 std_dev=0.032
P	B	0, 0.181, 0.453, 0.725, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.453 std_dev=0.272
O4'	A	0, 0.363, 0.860, 1.356, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.860 std_dev=0.496
OP1	B	0, 0.358, 0.910, 1.461, 1.488 max_d=1.488 avg_d=0.910 std_dev=0.552
C2'	A	0, 0.404, 0.974, 1.543, 1.375 max_d=1.375 avg_d=0.974 std_dev=0.569
O5'	A	0, 0.424, 1.066, 1.709, 1.687 max_d=1.687 avg_d=1.066 std_dev=0.643
C4'	A	0, 0.587, 1.397, 2.207, 1.962 max_d=1.962 avg_d=1.397 std_dev=0.810
C3'	A	0, 0.602, 1.432, 2.262, 2.008 max_d=2.008 avg_d=1.432 std_dev=0.830
OP2	A	0, 0.625, 1.491, 2.356, 2.130 max_d=2.130 avg_d=1.491 std_dev=0.866
O2'	A	0, 0.641, 1.519, 2.397, 2.073 max_d=2.073 avg_d=1.519 std_dev=0.878
OP2	B	0, 0.676, 1.610, 2.543, 2.226 max_d=2.226 avg_d=1.610 std_dev=0.934
P	A	0, 0.742, 1.756, 2.770, 2.375 max_d=2.375 avg_d=1.756 std_dev=1.014
C5'	A	0, 0.742, 1.768, 2.794, 2.469 max_d=2.469 avg_d=1.768 std_dev=1.026
O3'	A	0, 0.855, 2.028, 3.202, 2.805 max_d=2.805 avg_d=2.028 std_dev=1.173
O5'	B	0, 0.916, 2.176, 3.437, 3.002 max_d=3.002 avg_d=2.176 std_dev=1.260
N7	B	0, 1.066, 2.541, 4.017, 3.607 max_d=3.607 avg_d=2.541 std_dev=1.476
C8	B	0, 1.285, 3.050, 4.816, 4.262 max_d=4.262 avg_d=3.050 std_dev=1.766
N6	B	0, 1.446, 3.448, 5.449, 4.854 max_d=4.854 avg_d=3.448 std_dev=2.001
C5'	B	0, 1.501, 3.565, 5.629, 4.921 max_d=4.921 avg_d=3.565 std_dev=2.064
OP1	A	0, 1.666, 3.942, 6.219, 5.263 max_d=5.263 avg_d=3.942 std_dev=2.276
C5	B	0, 1.737, 4.124, 6.511, 5.720 max_d=5.720 avg_d=4.124 std_dev=2.387
C6	B	0, 1.910, 4.536, 7.163, 6.297 max_d=6.297 avg_d=4.536 std_dev=2.626
N9	B	0, 2.083, 4.934, 7.785, 6.766 max_d=6.766 avg_d=4.934 std_dev=2.851
C4'	B	0, 2.160, 5.115, 8.070, 6.948 max_d=6.948 avg_d=5.115 std_dev=2.955
O4'	B	0, 2.243, 5.312, 8.382, 7.215 max_d=7.215 avg_d=5.312 std_dev=3.070
C4	B	0, 2.366, 5.605, 8.844, 7.676 max_d=7.676 avg_d=5.605 std_dev=3.239
C3'	B	0, 2.383, 5.643, 8.904, 7.715 max_d=7.715 avg_d=5.643 std_dev=3.261
C1'	B	0, 2.559, 6.060, 9.560, 8.256 max_d=8.256 avg_d=6.060 std_dev=3.500
N1	B	0, 2.642, 6.266, 9.889, 8.616 max_d=8.616 avg_d=6.266 std_dev=3.623
O3'	B	0, 2.775, 6.572, 10.369, 8.939 max_d=8.939 avg_d=6.572 std_dev=3.797
C2'	B	0, 2.871, 6.799, 10.727, 9.269 max_d=9.269 avg_d=6.799 std_dev=3.928
N3	B	0, 3.118, 7.384, 11.650, 10.051 max_d=10.051 avg_d=7.384 std_dev=4.266
C2	B	0, 3.182, 7.537, 11.893, 10.293 max_d=10.293 avg_d=7.537 std_dev=4.355
O2'	B	0, 3.560, 8.430, 13.300, 11.462 max_d=11.462 avg_d=8.430 std_dev=4.870

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.07	0.00	0.01	0.03	0.00	0.02	0.06	0.04	0.03	0.07	0.07	0.03	0.02	0.01	0.02	0.15	0.00	0.22	0.39	0.14	0.23
C2	0.07	0.00	0.24	0.22	0.01	0.10	0.01	0.14	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.13	0.15	0.09	0.30	0.65	0.10	0.34
C2'	0.00	0.24	0.00	0.00	0.12	0.02	0.07	0.11	0.12	0.09	0.20	0.23	0.09	0.04	0.01	0.00	0.02	0.01	0.39	0.42	0.30	0.40
C3'	0.01	0.22	0.00	0.00	0.17	0.00	0.18	0.00	0.21	0.12	0.23	0.19	0.21	0.16	0.11	0.01	0.01	0.01	0.20	0.19	0.18	0.16
C4	0.03	0.01	0.12	0.17	0.00	0.07	0.01	0.11	0.01	0.01	0.03	0.00	0.01	0.01	0.01	0.06	0.08	0.05	0.31	0.65	0.11	0.35
C4'	0.00	0.10	0.02	0.00	0.07	0.00	0.07	0.01	0.08	0.07	0.10	0.09	0.08	0.08	0.05	0.15	0.02	0.00	0.02	0.19	0.10	0.04
C5	0.02	0.01	0.07	0.18	0.01	0.07	0.00	0.13	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.12	0.08	0.03	0.34	0.80	0.11	0.41
C5'	0.06	0.14	0.11	0.00	0.11	0.01	0.13	0.00	0.13	0.11	0.15	0.13	0.14	0.12	0.10	0.03	0.11	0.02	0.00	0.10	0.12	0.01
C6	0.04	0.01	0.12	0.21	0.01	0.08	0.01	0.13	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.02	0.12	0.11	0.04	0.35	0.83	0.11	0.42
C8	0.03	0.01	0.09	0.12	0.01	0.07	0.00	0.11	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.18	0.04	0.05	0.35	0.77	0.12	0.41
N1	0.07	0.00	0.20	0.23	0.03	0.10	0.01	0.15	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.04	0.11	0.14	0.07	0.33	0.75	0.10	0.39
N3	0.07	0.01	0.23	0.19	0.00	0.09	0.02	0.13	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.12	0.14	0.09	0.29	0.58	0.10	0.31
N6	0.03	0.01	0.09	0.21	0.01	0.08	0.01	0.14	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.15	0.12	0.04	0.36	0.91	0.11	0.46
N7	0.02	0.01	0.04	0.16	0.01	0.08	0.00	0.12	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.18	0.07	0.03	0.36	0.87	0.12	0.45
N9	0.01	0.02	0.01	0.11	0.01	0.05	0.02	0.10	0.02	0.00	0.04	0.02	0.02	0.01	0.00	0.09	0.04	0.01	0.30	0.60	0.12	0.33
O2'	0.02	0.13	0.00	0.01	0.06	0.15	0.12	0.03	0.12	0.18	0.11	0.12	0.15	0.18	0.09	0.00	0.02	0.12	0.23	0.28	0.22	0.26
O3'	0.15	0.15	0.02	0.01	0.08	0.02	0.08	0.11	0.11	0.04	0.14	0.14	0.12	0.07	0.04	0.02	0.00	0.11	0.07	0.25	0.20	0.06
O4'	0.00	0.09	0.01	0.01	0.05	0.00	0.03	0.02	0.04	0.05	0.07	0.09	0.04	0.03	0.01	0.12	0.11	0.00	0.08	0.24	0.11	0.06
O5'	0.22	0.30	0.39	0.20	0.31	0.02	0.34	0.00	0.35	0.35	0.33	0.29	0.36	0.36	0.30	0.23	0.07	0.08	0.00	0.00	0.01	0.01
OP1	0.39	0.65	0.42	0.19	0.65	0.19	0.80	0.10	0.83	0.77	0.75	0.58	0.91	0.87	0.60	0.28	0.25	0.24	0.00	0.00	0.01	0.01
OP2	0.14	0.10	0.30	0.18	0.11	0.10	0.11	0.12	0.11	0.12	0.10	0.10	0.11	0.12	0.12	0.22	0.20	0.11	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.23	0.34	0.40	0.16	0.35	0.04	0.41	0.01	0.42	0.41	0.39	0.31	0.46	0.45	0.33	0.26	0.06	0.06	0.01	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.99	1.23	0.92	0.80	1.03	0.82	0.83	0.66	0.84	0.66	1.07	1.22	0.55	0.57	0.92	1.03	0.79	0.92	0.47	0.05	0.24	0.10
C2	1.11	0.88	0.97	0.86	0.88	1.00	0.58	0.84	0.47	0.63	0.64	1.01	0.17	0.39	0.93	1.10	0.84	1.15	0.54	0.19	0.28	0.10
C2'	1.06	1.12	0.95	0.84	0.98	0.94	0.73	0.80	0.67	0.67	0.90	1.17	0.35	0.52	0.93	1.09	0.84	1.04	0.56	0.13	0.24	0.20
C3'	0.96	1.08	0.88	0.79	0.93	0.87	0.73	0.75	0.71	0.65	0.92	1.09	0.46	0.54	0.86	0.99	0.79	0.95	0.56	0.13	0.24	0.22
C4	0.89	0.84	0.78	0.70	0.83	0.78	0.61	0.66	0.52	0.60	0.66	0.92	0.23	0.45	0.81	0.86	0.68	0.89	0.47	0.08	0.22	0.08
C4'	0.74	1.03	0.71	0.62	0.80	0.63	0.64	0.51	0.70	0.48	0.92	0.97	0.51	0.43	0.68	0.79	0.62	0.69	0.37	0.07	0.25	0.07
C5	0.59	0.42	0.49	0.48	0.47	0.58	0.32	0.54	0.20	0.41	0.29	0.51	0.06	0.25	0.52	0.54	0.45	0.65	0.39	0.06	0.21	0.10
C5'	0.47	0.67	0.44	0.40	0.50	0.41	0.41	0.35	0.45	0.32	0.60	0.62	0.33	0.29	0.43	0.49	0.40	0.45	0.25	0.13	0.33	0.14
C6	0.54	0.28	0.43	0.43	0.34	0.57	0.17	0.56	0.09	0.32	0.16	0.38	0.17	0.12	0.43	0.48	0.41	0.64	0.40	0.09	0.22	0.10
C8	0.53	0.50	0.46	0.45	0.50	0.51	0.40	0.47	0.34	0.40	0.41	0.54	0.14	0.33	0.49	0.49	0.43	0.56	0.36	0.05	0.22	0.11
N1	0.82	0.53	0.69	0.65	0.57	0.81	0.33	0.74	0.21	0.46	0.34	0.65	0.03	0.22	0.66	0.79	0.63	0.92	0.49	0.16	0.29	0.11
N3	1.15	1.08	1.02	0.89	1.03	0.98	0.73	0.80	0.64	0.70	0.83	1.18	0.31	0.50	1.01	1.15	0.87	1.13	0.53	0.15	0.24	0.08
N6	0.19	0.20	0.11	0.17	0.11	0.30	0.21	0.38	0.31	0.06	0.28	0.12	0.41	0.17	0.10	0.14	0.16	0.34	0.28	0.10	0.19	0.12
N7	0.37	0.23	0.29	0.31	0.27	0.40	0.18	0.41	0.13	0.27	0.18	0.28	0.18	0.17	0.31	0.31	0.30	0.44	0.32	0.07	0.21	0.11
N9	0.82	0.89	0.74	0.66	0.82	0.71	0.66	0.60	0.61	0.57	0.75	0.93	0.35	0.48	0.76	0.81	0.64	0.80	0.43	0.04	0.23	0.09
O2'	1.18	1.34	1.07	0.89	1.10	0.99	0.79	0.78	0.76	0.68	1.06	1.37	0.40	0.52	1.01	1.26	0.89	1.13	0.49	0.08	0.31	0.11
O3'	0.90	1.10	0.82	0.71	0.88	0.77	0.66	0.63	0.68	0.54	0.92	1.09	0.42	0.44	0.79	0.96	0.71	0.86	0.41	0.07	0.29	0.09
O4'	0.74	1.11	0.73	0.62	0.85	0.59	0.71	0.46	0.81	0.49	1.03	1.03	0.61	0.45	0.71	0.80	0.62	0.65	0.33	0.14	0.25	0.06
O5'	0.31	0.53	0.29	0.23	0.35	0.24	0.29	0.16	0.33	0.23	0.48	0.46	0.26	0.24	0.29	0.34	0.23	0.28	0.09	0.33	0.50	0.31
OP1	0.59	0.44	0.63	0.64	0.58	0.60	0.65	0.61	0.62	0.70	0.48	0.48	0.69	0.73	0.63	0.61	0.64	0.58	0.69	0.91	0.97	0.89
OP2	0.12	0.17	0.10	0.15	0.12	0.17	0.11	0.22	0.11	0.10	0.15	0.15	0.10	0.10	0.11	0.06	0.15	0.16	0.20	0.13	0.20	0.10
P	0.07	0.10	0.10	0.10	0.05	0.08	0.11	0.10	0.07	0.18	0.06	0.05	0.15	0.20	0.09	0.10	0.10	0.06	0.17	0.42	0.50	0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.03	0.03	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.00	0.01	0.09	0.13	0.11
C2	0.03	0.00	0.09	0.08	0.01	0.04	0.02	0.06	0.02	0.02	0.01	0.00	0.02	0.02	0.02	0.10	0.10	0.06	0.09	0.15	0.23	0.18
C2'	0.00	0.09	0.00	0.01	0.04	0.01	0.02	0.01	0.03	0.07	0.06	0.09	0.02	0.05	0.01	0.00	0.03	0.00	0.01	0.12	0.03	0.04
C3'	0.01	0.08	0.01	0.00	0.04	0.00	0.05	0.01	0.05	0.11	0.07	0.07	0.05	0.09	0.04	0.01	0.00	0.01	0.02	0.16	0.08	0.05
C4	0.01	0.01	0.04	0.04	0.00	0.03	0.01	0.06	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.05	0.05	0.03	0.08	0.14	0.20	0.17
C4'	0.01	0.04	0.01	0.00	0.03	0.00	0.04	0.01	0.04	0.05	0.05	0.03	0.04	0.05	0.03	0.02	0.01	0.01	0.01	0.12	0.01	0.02
C5	0.01	0.02	0.02	0.05	0.01	0.04	0.00	0.08	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.03	0.06	0.02	0.10	0.17	0.22	0.18
C5'	0.00	0.06	0.01	0.01	0.06	0.01	0.08	0.00	0.08	0.07	0.08	0.05	0.07	0.08	0.05	0.02	0.02	0.01	0.00	0.10	0.01	0.00
C6	0.02	0.02	0.03	0.05	0.01	0.04	0.00	0.08	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.04	0.05	0.03	0.11	0.18	0.24	0.19
C8	0.01	0.02	0.07	0.11	0.01	0.05	0.01	0.07	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.00	0.00	0.05	0.12	0.03	0.09	0.15	0.17	0.16
N1	0.03	0.01	0.06	0.07	0.02	0.05	0.01	0.08	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.08	0.08	0.06	0.11	0.17	0.24	0.19
N3	0.03	0.00	0.09	0.07	0.00	0.03	0.02	0.05	0.02	0.01	0.00	0.00	0.02	0.01	0.01	0.10	0.09	0.06	0.08	0.14	0.20	0.16
N6	0.01	0.02	0.02	0.05	0.01	0.04	0.01	0.07	0.00	0.02	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.03	0.05	0.02	0.11	0.19	0.25	0.19
N7	0.00	0.02	0.05	0.09	0.01	0.05	0.01	0.08	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.03	0.10	0.01	0.11	0.18	0.20	0.18
N9	0.01	0.02	0.01	0.04	0.00	0.03	0.01	0.05	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.05	0.01	0.06	0.13	0.17	0.15
O2'	0.02	0.10	0.00	0.01	0.05	0.02	0.03	0.02	0.04	0.05	0.08	0.10	0.03	0.03	0.02	0.00	0.05	0.00	0.02	0.17	0.03	0.02
O3'	0.02	0.10	0.03	0.00	0.05	0.01	0.06	0.02	0.05	0.12	0.08	0.09	0.05	0.10	0.05	0.05	0.00	0.01	0.05	0.25	0.16	0.11
O4'	0.00	0.06	0.00	0.01	0.03	0.01	0.02	0.01	0.03	0.03	0.06	0.06	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.03	0.10	0.16	0.13
O5'	0.01	0.09	0.01	0.02	0.08	0.01	0.10	0.00	0.11	0.09	0.11	0.08	0.11	0.11	0.06	0.02	0.05	0.03	0.00	0.02	0.01	0.00
OP1	0.09	0.15	0.12	0.16	0.14	0.12	0.17	0.10	0.18	0.15	0.17	0.14	0.19	0.18	0.13	0.17	0.25	0.10	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.13	0.23	0.03	0.08	0.20	0.01	0.22	0.01	0.24	0.17	0.24	0.20	0.25	0.20	0.17	0.03	0.16	0.16	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.11	0.18	0.04	0.05	0.17	0.02	0.18	0.00	0.19	0.16	0.19	0.16	0.19	0.18	0.15	0.02	0.11	0.13	0.00	0.01	0.00	0.00