Doublet Group distance statistics: 55022

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C5	A	0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N1	A	0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C2	A	0, -0.001, 0.010, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.011
N3	A	0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N7	A	0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C1'	A	0, 0.002, 0.016, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.014
C4	A	0, 0.006, 0.021, 0.035, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N9	A	0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C8	A	0, 0.008, 0.027, 0.046, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.027 std_dev=0.019
N6	A	0, 0.008, 0.031, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.031 std_dev=0.023
O4'	A	0, 0.058, 0.199, 0.339, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.199 std_dev=0.141
C2'	A	0, 0.025, 0.198, 0.372, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.198 std_dev=0.173
OP2	B	0, 0.028, 0.340, 0.652, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.340 std_dev=0.312
P	B	0, 0.037, 0.475, 0.913, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.475 std_dev=0.438
OP1	B	0, 0.039, 0.480, 0.921, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.480 std_dev=0.441
N7	B	0, 0.129, 0.585, 1.040, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.585 std_dev=0.456
C8	B	0, 0.087, 0.569, 1.051, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.569 std_dev=0.482
O5'	B	0, 0.047, 0.534, 1.021, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.534 std_dev=0.487
C4'	A	0, -0.025, 0.513, 1.051, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.513 std_dev=0.538
O2'	A	0, 0.099, 0.678, 1.258, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.678 std_dev=0.579
C5	B	0, 0.109, 0.721, 1.333, 1.496 max_d=1.496 avg_d=0.721 std_dev=0.612
C5'	A	0, 0.140, 0.764, 1.387, 1.526 max_d=1.526 avg_d=0.764 std_dev=0.623
O5'	A	0, 0.219, 0.867, 1.515, 1.557 max_d=1.557 avg_d=0.867 std_dev=0.648
N9	B	0, 0.023, 0.687, 1.352, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.687 std_dev=0.664
C5'	B	0, 0.007, 0.689, 1.372, 1.619 max_d=1.619 avg_d=0.689 std_dev=0.682
N6	B	0, 0.172, 0.859, 1.547, 1.682 max_d=1.682 avg_d=0.859 std_dev=0.687
C6	B	0, 0.127, 0.837, 1.547, 1.735 max_d=1.735 avg_d=0.837 std_dev=0.710
C4	B	0, 0.040, 0.773, 1.506, 1.757 max_d=1.757 avg_d=0.773 std_dev=0.733
O4'	B	0, -0.022, 0.716, 1.454, 1.732 max_d=1.732 avg_d=0.716 std_dev=0.738
C3'	A	0, -0.003, 0.784, 1.570, 1.860 max_d=1.860 avg_d=0.784 std_dev=0.787
C1'	B	0, -0.060, 0.761, 1.581, 1.900 max_d=1.900 avg_d=0.761 std_dev=0.821
C4'	B	0, -0.087, 0.735, 1.556, 1.881 max_d=1.881 avg_d=0.735 std_dev=0.821
C3'	B	0, -0.155, 0.706, 1.568, 1.919 max_d=1.919 avg_d=0.706 std_dev=0.862
N1	B	0, 0.084, 0.968, 1.853, 2.138 max_d=2.138 avg_d=0.968 std_dev=0.884
N3	B	0, -0.011, 0.910, 1.831, 2.173 max_d=2.173 avg_d=0.910 std_dev=0.921
C2	B	0, 0.021, 0.987, 1.952, 2.298 max_d=2.298 avg_d=0.987 std_dev=0.966
C2'	B	0, -0.191, 0.804, 1.800, 2.208 max_d=2.208 avg_d=0.804 std_dev=0.996
O3'	B	0, -0.182, 0.865, 1.912, 2.339 max_d=2.339 avg_d=0.865 std_dev=1.047
O2'	B	0, -0.262, 0.976, 2.214, 2.723 max_d=2.723 avg_d=0.976 std_dev=1.238
P	A	0, 0.573, 1.958, 3.343, 2.999 max_d=2.999 avg_d=1.958 std_dev=1.385
O3'	A	0, -0.118, 1.299, 2.715, 3.269 max_d=3.269 avg_d=1.299 std_dev=1.417
OP1	A	0, 0.703, 2.678, 4.652, 4.703 max_d=4.703 avg_d=2.678 std_dev=1.975
OP2	A	0, 0.853, 2.970, 5.088, 4.787 max_d=4.787 avg_d=2.970 std_dev=2.118

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.00	0.02	0.29	0.00	0.17	0.71	0.14	0.22
C2	0.02	0.00	0.12	0.10	0.00	0.02	0.00	0.06	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.29	0.41	0.10	0.04	0.96	0.41	0.19
C2'	0.00	0.12	0.00	0.00	0.07	0.00	0.04	0.17	0.06	0.06	0.10	0.13	0.05	0.04	0.01	0.01	0.01	0.02	0.32	0.65	0.39	0.38
C3'	0.01	0.10	0.00	0.00	0.18	0.00	0.31	0.01	0.29	0.38	0.19	0.07	0.36	0.40	0.21	0.01	0.01	0.00	0.13	0.05	0.27	0.12
C4	0.01	0.00	0.07	0.18	0.00	0.06	0.00	0.13	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.28	0.22	0.05	0.06	0.95	0.35	0.21
C4'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.06	0.00	0.16	0.00	0.14	0.27	0.05	0.05	0.19	0.26	0.12	0.22	0.02	0.00	0.02	0.11	0.17	0.03
C5	0.00	0.00	0.04	0.31	0.00	0.16	0.00	0.25	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.34	0.05	0.01	0.19	1.02	0.60	0.34
C5'	0.03	0.06	0.17	0.01	0.13	0.00	0.25	0.00	0.25	0.32	0.16	0.03	0.33	0.36	0.14	0.03	0.15	0.01	0.01	0.17	0.34	0.03
C6	0.01	0.01	0.06	0.29	0.00	0.14	0.00	0.25	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.37	0.10	0.03	0.21	1.03	0.70	0.36
C8	0.01	0.00	0.06	0.38	0.00	0.27	0.00	0.32	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.27	0.16	0.09	0.19	0.98	0.46	0.33
N1	0.01	0.00	0.10	0.19	0.00	0.05	0.01	0.16	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.34	0.27	0.06	0.13	1.00	0.59	0.28
N3	0.02	0.00	0.13	0.07	0.00	0.05	0.00	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.24	0.44	0.10	0.03	0.92	0.28	0.16
N6	0.00	0.00	0.05	0.36	0.01	0.19	0.01	0.33	0.00	0.02	0.00	0.00	0.00	0.02	0.01	0.40	0.04	0.02	0.30	1.04	0.88	0.47
N7	0.01	0.01	0.04	0.40	0.00	0.26	0.00	0.36	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.34	0.16	0.06	0.28	1.04	0.71	0.43
N9	0.00	0.00	0.01	0.21	0.00	0.12	0.00	0.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.22	0.10	0.01	0.03	0.90	0.22	0.21
O2'	0.02	0.29	0.01	0.01	0.28	0.22	0.34	0.03	0.37	0.27	0.34	0.24	0.40	0.34	0.22	0.00	0.04	0.16	0.23	0.53	0.50	0.34
O3'	0.29	0.41	0.01	0.01	0.22	0.02	0.05	0.15	0.10	0.16	0.27	0.44	0.04	0.16	0.10	0.04	0.00	0.19	0.35	0.26	0.42	0.34
O4'	0.00	0.10	0.02	0.00	0.05	0.00	0.01	0.01	0.03	0.09	0.06	0.10	0.02	0.06	0.01	0.16	0.19	0.00	0.14	0.59	0.24	0.21
O5'	0.17	0.04	0.32	0.13	0.06	0.02	0.19	0.01	0.21	0.19	0.13	0.03	0.30	0.28	0.03	0.23	0.35	0.14	0.00	0.01	0.00	0.00
OP1	0.71	0.96	0.65	0.05	0.95	0.11	1.02	0.17	1.03	0.98	1.00	0.92	1.04	1.04	0.90	0.53	0.26	0.59	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.14	0.41	0.39	0.27	0.35	0.17	0.60	0.34	0.70	0.46	0.59	0.28	0.88	0.71	0.22	0.50	0.42	0.24	0.00	0.01	0.00	0.00
P	0.22	0.19	0.38	0.12	0.21	0.03	0.34	0.03	0.36	0.33	0.28	0.16	0.47	0.43	0.21	0.34	0.34	0.21	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.26	0.61	0.33	0.18	0.44	0.07	0.48	0.17	0.62	0.28	0.67	0.50	0.70	0.37	0.33	0.35	0.19	0.10	0.19	0.17	0.16	0.18
C2	0.03	0.30	0.05	0.08	0.21	0.20	0.28	0.34	0.37	0.12	0.36	0.23	0.44	0.23	0.12	0.03	0.12	0.11	0.33	0.25	0.26	0.30
C2'	0.29	0.72	0.37	0.18	0.50	0.05	0.52	0.20	0.70	0.27	0.79	0.59	0.77	0.36	0.35	0.40	0.19	0.09	0.23	0.29	0.27	0.28
C3'	0.03	0.30	0.03	0.16	0.12	0.27	0.13	0.43	0.26	0.06	0.34	0.20	0.30	0.01	0.02	0.08	0.17	0.18	0.47	0.49	0.47	0.46
C4	0.20	0.48	0.25	0.12	0.36	0.07	0.41	0.20	0.52	0.23	0.53	0.40	0.59	0.33	0.26	0.25	0.12	0.06	0.22	0.18	0.17	0.19
C4'	0.16	0.46	0.20	0.04	0.30	0.07	0.30	0.23	0.42	0.14	0.50	0.37	0.46	0.19	0.20	0.26	0.05	0.03	0.29	0.28	0.27	0.26
C5	0.23	0.45	0.29	0.16	0.37	0.08	0.40	0.14	0.47	0.25	0.48	0.40	0.51	0.32	0.28	0.29	0.16	0.11	0.16	0.14	0.11	0.13
C5'	0.07	0.36	0.12	0.06	0.18	0.16	0.17	0.32	0.29	0.04	0.39	0.27	0.31	0.06	0.09	0.20	0.05	0.10	0.38	0.38	0.36	0.35
C6	0.14	0.30	0.18	0.08	0.25	0.07	0.27	0.18	0.32	0.17	0.33	0.26	0.33	0.23	0.19	0.17	0.08	0.04	0.20	0.14	0.12	0.15
C8	0.35	0.64	0.43	0.28	0.50	0.16	0.52	0.09	0.64	0.32	0.69	0.56	0.70	0.38	0.39	0.47	0.29	0.20	0.12	0.12	0.09	0.11
N1	0.03	0.24	0.05	0.07	0.17	0.17	0.22	0.30	0.28	0.10	0.28	0.18	0.33	0.18	0.10	0.02	0.11	0.09	0.31	0.21	0.22	0.25
N3	0.11	0.41	0.15	0.04	0.30	0.14	0.36	0.29	0.47	0.18	0.48	0.32	0.55	0.29	0.19	0.13	0.06	0.05	0.29	0.23	0.24	0.26
N6	0.16	0.21	0.19	0.11	0.19	0.07	0.17	0.11	0.18	0.14	0.20	0.20	0.14	0.14	0.17	0.18	0.12	0.08	0.13	0.08	0.06	0.08
N7	0.35	0.57	0.41	0.28	0.47	0.17	0.48	0.09	0.57	0.31	0.60	0.52	0.60	0.37	0.38	0.45	0.29	0.21	0.10	0.10	0.07	0.09
N9	0.27	0.58	0.34	0.19	0.44	0.08	0.48	0.15	0.60	0.28	0.64	0.49	0.68	0.36	0.33	0.36	0.20	0.12	0.18	0.16	0.15	0.16
O2'	0.60	0.95	0.72	0.58	0.78	0.39	0.81	0.24	0.93	0.60	0.99	0.85	0.99	0.69	0.66	0.72	0.61	0.41	0.25	0.23	0.24	0.22
O3'	0.26	0.42	0.25	0.13	0.33	0.12	0.34	0.16	0.40	0.26	0.44	0.37	0.41	0.28	0.28	0.29	0.12	0.18	0.18	0.16	0.15	0.16
O4'	0.30	0.60	0.36	0.21	0.46	0.10	0.48	0.11	0.61	0.30	0.66	0.51	0.67	0.38	0.35	0.40	0.21	0.15	0.15	0.12	0.11	0.12
O5'	0.16	0.47	0.21	0.05	0.27	0.10	0.24	0.26	0.37	0.08	0.49	0.37	0.37	0.10	0.17	0.30	0.04	0.06	0.33	0.38	0.34	0.32
OP1	1.40	1.49	1.41	1.27	1.44	1.25	1.41	1.12	1.46	1.32	1.49	1.48	1.44	1.31	1.39	1.50	1.26	1.31	1.05	0.97	0.99	1.03
OP2	0.52	0.55	0.51	0.65	0.50	0.67	0.51	0.83	0.50	0.58	0.54	0.51	0.51	0.58	0.53	0.48	0.64	0.59	0.92	1.04	0.94	0.91
P	0.47	0.67	0.48	0.38	0.53	0.40	0.49	0.43	0.56	0.41	0.67	0.60	0.54	0.41	0.47	0.57	0.35	0.43	0.45	0.47	0.42	0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.03	0.03	0.18	0.10
C2	0.01	0.00	0.06	0.01	0.00	0.01	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.13	0.03	0.02	0.03	0.07	0.17	0.07
C2'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.05	0.04	0.06	0.01	0.04	0.01	0.00	0.02	0.01	0.06	0.10	0.17	0.07
C3'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.03	0.00	0.08	0.01	0.06	0.12	0.02	0.02	0.08	0.12	0.06	0.01	0.01	0.00	0.07	0.14	0.11	0.02
C4	0.00	0.00	0.02	0.03	0.00	0.04	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.07	0.03	0.02	0.05	0.07	0.16	0.07
C4'	0.01	0.01	0.01	0.00	0.04	0.00	0.07	0.00	0.06	0.11	0.03	0.00	0.08	0.11	0.05	0.03	0.02	0.00	0.03	0.08	0.07	0.02
C5	0.00	0.00	0.01	0.08	0.00	0.07	0.00	0.11	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.05	0.08	0.03	0.12	0.10	0.12	0.03
C5'	0.01	0.04	0.00	0.01	0.06	0.00	0.11	0.00	0.10	0.14	0.07	0.02	0.13	0.16	0.07	0.03	0.01	0.01	0.00	0.06	0.00	0.02
C6	0.00	0.00	0.02	0.06	0.00	0.06	0.00	0.10	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.08	0.06	0.03	0.11	0.11	0.11	0.02
C8	0.02	0.00	0.05	0.12	0.00	0.11	0.00	0.14	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.13	0.04	0.15	0.09	0.12	0.03
N1	0.00	0.00	0.04	0.02	0.00	0.03	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.11	0.02	0.02	0.07	0.09	0.14	0.05
N3	0.01	0.00	0.06	0.02	0.00	0.00	0.00	0.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.13	0.03	0.01	0.02	0.06	0.18	0.08
N6	0.01	0.01	0.01	0.08	0.01	0.08	0.01	0.13	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.07	0.08	0.03	0.15	0.12	0.07	0.01
N7	0.01	0.00	0.04	0.12	0.00	0.11	0.00	0.16	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.13	0.04	0.18	0.12	0.08	0.02
N9	0.00	0.00	0.01	0.06	0.00	0.05	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.06	0.02	0.05	0.06	0.17	0.08
O2'	0.01	0.13	0.00	0.01	0.07	0.03	0.05	0.03	0.08	0.02	0.11	0.13	0.07	0.00	0.02	0.00	0.05	0.02	0.04	0.15	0.13	0.03
O3'	0.02	0.03	0.02	0.01	0.03	0.02	0.08	0.01	0.06	0.13	0.02	0.03	0.08	0.13	0.06	0.05	0.00	0.02	0.07	0.21	0.07	0.03
O4'	0.00	0.02	0.01	0.00	0.02	0.00	0.03	0.01	0.03	0.04	0.02	0.01	0.03	0.04	0.02	0.02	0.02	0.00	0.02	0.01	0.15	0.10
O5'	0.03	0.03	0.06	0.07	0.05	0.03	0.12	0.00	0.11	0.15	0.07	0.02	0.15	0.18	0.05	0.04	0.07	0.02	0.00	0.01	0.02	0.01
OP1	0.03	0.07	0.10	0.14	0.07	0.08	0.10	0.06	0.11	0.09	0.09	0.06	0.12	0.12	0.06	0.15	0.21	0.01	0.01	0.00	0.02	0.00
OP2	0.18	0.17	0.17	0.11	0.16	0.07	0.12	0.00	0.11	0.12	0.14	0.18	0.07	0.08	0.17	0.13	0.07	0.15	0.02	0.02	0.00	0.01
P	0.10	0.07	0.07	0.02	0.07	0.02	0.03	0.02	0.02	0.03	0.05	0.08	0.01	0.02	0.08	0.03	0.03	0.10	0.01	0.00	0.01	0.00