ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55023

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.000, 0.026, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C2 A 0, 0.000, 0.032, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.032 std_dev=0.032
N3 A 0, 0.000, 0.034, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C1' A 0, 0.000, 0.045, 0.090, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.045 std_dev=0.045
OP2 A 0, 0.000, 0.144, 0.289, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.144 std_dev=0.144
O4' A 0, 0.000, 0.191, 0.383, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.191 std_dev=0.191
C2' A 0, 0.000, 0.267, 0.534, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.267 std_dev=0.267
O5' B 0, 0.000, 0.271, 0.542, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.271 std_dev=0.271
P A 0, 0.000, 0.287, 0.573, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.287 std_dev=0.287
C5' B 0, 0.000, 0.314, 0.628, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.314 std_dev=0.314
O2' A 0, 0.000, 0.318, 0.637, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.318 std_dev=0.318
P B 0, 0.000, 0.323, 0.645, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.323 std_dev=0.323
O5' A 0, 0.000, 0.331, 0.661, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.331 std_dev=0.331
C4' A 0, 0.000, 0.332, 0.664, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.332 std_dev=0.332
OP1 A 0, 0.000, 0.360, 0.719, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.360 std_dev=0.360
C3' A 0, 0.000, 0.377, 0.754, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.377 std_dev=0.377
OP1 B 0, 0.000, 0.377, 0.755, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.377 std_dev=0.377
OP2 B 0, 0.000, 0.384, 0.768, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.384 std_dev=0.384
C4' B 0, 0.000, 0.447, 0.893, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.447 std_dev=0.447
C3' B 0, 0.000, 0.497, 0.993, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.497 std_dev=0.497
O3' B 0, 0.000, 0.501, 1.002, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.501 std_dev=0.501
C5' A 0, 0.000, 0.510, 1.020, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.510 std_dev=0.510
O4' B 0, 0.000, 0.531, 1.061, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.531 std_dev=0.531
O3' A 0, 0.000, 0.534, 1.067, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.534 std_dev=0.534
N7 B 0, 0.000, 0.596, 1.192, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.596 std_dev=0.596
C8 B 0, 0.000, 0.596, 1.192, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.596 std_dev=0.596
N6 B 0, 0.000, 0.607, 1.213, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.607 std_dev=0.607
N9 B 0, 0.000, 0.625, 1.251, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.625 std_dev=0.625
C1' B 0, 0.000, 0.626, 1.253, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.626 std_dev=0.626
C2' B 0, 0.000, 0.628, 1.257, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.628 std_dev=0.628
C5 B 0, 0.000, 0.633, 1.266, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.633 std_dev=0.633
C6 B 0, 0.000, 0.648, 1.296, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.648 std_dev=0.648
C4 B 0, 0.000, 0.671, 1.343, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.671 std_dev=0.671
O2' B 0, 0.000, 0.692, 1.384, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.692 std_dev=0.692
N1 B 0, 0.000, 0.706, 1.412, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.706 std_dev=0.706
N3 B 0, 0.000, 0.741, 1.482, 1.482 max_d=1.482 avg_d=0.741 std_dev=0.741
C2 B 0, 0.000, 0.746, 1.492, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.746 std_dev=0.746

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.06 0.07
C2 0.05 0.00 0.18 0.17 0.01 0.08 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.19 0.21 0.02 0.10 0.10 0.10 0.12
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.10 0.01 0.07 0.00 0.11 0.04 0.15 0.17 0.09 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.05 0.03
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.09 0.00 0.06 0.00 0.10 0.05 0.14 0.16 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.13 0.11 0.08
C4 0.03 0.01 0.10 0.09 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.11 0.00 0.08 0.09 0.10 0.11
C4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.06 0.08 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C5 0.02 0.00 0.07 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.08 0.00 0.06 0.09 0.09 0.09
C5' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.07 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.03 0.00 0.11 0.10 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.13 0.00 0.07 0.10 0.09 0.09
C8 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.06 0.09 0.09
N1 0.04 0.00 0.15 0.14 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.16 0.18 0.00 0.08 0.10 0.09 0.10
N3 0.05 0.00 0.17 0.16 0.00 0.08 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.17 0.19 0.02 0.10 0.10 0.11 0.12
N6 0.03 0.00 0.09 0.08 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.11 0.00 0.06 0.10 0.08 0.09
N7 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.09 0.08
N9 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.06 0.06 0.09 0.10
O2' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.09 0.01 0.07 0.01 0.11 0.02 0.16 0.17 0.10 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.11 0.05 0.03
O3' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.11 0.01 0.08 0.00 0.13 0.04 0.18 0.19 0.11 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.09 0.20 0.16 0.13
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.06 0.09 0.10
O5' 0.04 0.10 0.02 0.06 0.08 0.00 0.06 0.00 0.07 0.04 0.08 0.10 0.06 0.04 0.06 0.03 0.09 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.02 0.10 0.08 0.13 0.09 0.02 0.09 0.02 0.10 0.06 0.10 0.10 0.10 0.08 0.06 0.11 0.20 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.10 0.05 0.11 0.10 0.01 0.09 0.01 0.09 0.09 0.09 0.11 0.08 0.09 0.09 0.05 0.16 0.09 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.12 0.03 0.08 0.11 0.01 0.09 0.00 0.09 0.09 0.10 0.12 0.09 0.08 0.10 0.03 0.13 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.12 0.06 0.04 0.13 0.08 0.13 0.08 0.13 0.13 0.13 0.12 0.12 0.14 0.12 0.03 0.03 0.13 0.11 0.16 0.10 0.10
C2 0.15 0.16 0.12 0.11 0.16 0.14 0.17 0.14 0.16 0.16 0.16 0.15 0.15 0.17 0.15 0.09 0.05 0.17 0.17 0.20 0.13 0.14
C2' 0.06 0.04 0.01 0.02 0.06 0.03 0.05 0.03 0.04 0.06 0.04 0.05 0.02 0.06 0.06 0.01 0.08 0.08 0.03 0.10 0.02 0.03
C3' 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.09 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00
C4 0.12 0.12 0.07 0.06 0.13 0.10 0.14 0.10 0.13 0.13 0.13 0.12 0.12 0.14 0.12 0.04 0.01 0.14 0.14 0.18 0.11 0.12
C4' 0.06 0.05 0.02 0.00 0.06 0.04 0.06 0.04 0.05 0.06 0.05 0.05 0.03 0.07 0.06 0.01 0.05 0.07 0.06 0.13 0.05 0.05
C5 0.09 0.09 0.05 0.03 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.09 0.02 0.03 0.11 0.12 0.15 0.08 0.09
C5' 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.06 0.03 0.04 0.11 0.03 0.03
C6 0.08 0.08 0.05 0.04 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.08 0.03 0.01 0.11 0.12 0.15 0.06 0.08
C8 0.09 0.09 0.04 0.02 0.10 0.07 0.11 0.08 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.12 0.10 0.01 0.04 0.11 0.11 0.15 0.09 0.10
N1 0.11 0.11 0.09 0.08 0.12 0.12 0.12 0.12 0.11 0.11 0.12 0.11 0.10 0.12 0.11 0.06 0.03 0.14 0.15 0.18 0.08 0.11
N3 0.15 0.16 0.11 0.10 0.17 0.13 0.18 0.13 0.17 0.17 0.17 0.16 0.16 0.18 0.16 0.08 0.03 0.17 0.17 0.20 0.14 0.14
N6 0.04 0.03 0.02 0.01 0.04 0.05 0.04 0.06 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.04 0.04 0.00 0.03 0.06 0.09 0.09 0.00 0.03
N7 0.07 0.07 0.03 0.01 0.08 0.05 0.08 0.06 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.01 0.05 0.09 0.10 0.13 0.07 0.08
N9 0.11 0.12 0.06 0.04 0.12 0.09 0.13 0.09 0.13 0.13 0.13 0.12 0.12 0.14 0.12 0.03 0.03 0.13 0.12 0.17 0.11 0.11
O2' 0.07 0.07 0.02 0.01 0.07 0.04 0.07 0.03 0.06 0.07 0.06 0.07 0.04 0.08 0.07 0.00 0.09 0.09 0.04 0.10 0.03 0.04
O3' 0.01 0.06 0.05 0.08 0.04 0.03 0.05 0.04 0.08 0.03 0.07 0.04 0.11 0.05 0.03 0.07 0.12 0.00 0.05 0.05 0.06 0.04
O4' 0.10 0.11 0.06 0.04 0.12 0.08 0.13 0.08 0.12 0.12 0.12 0.11 0.12 0.14 0.11 0.02 0.02 0.12 0.12 0.17 0.11 0.11
O5' 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.10 0.02 0.01 0.08 0.00 0.01
OP1 0.05 0.06 0.09 0.11 0.04 0.08 0.04 0.07 0.05 0.03 0.06 0.06 0.06 0.03 0.04 0.13 0.16 0.04 0.04 0.03 0.02 0.03
OP2 0.01 0.03 0.06 0.08 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.09 0.14 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01
P 0.02 0.04 0.06 0.08 0.02 0.05 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.01 0.02 0.10 0.13 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.03 0.01
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.03 0.06 0.05 0.02 0.01
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.01 0.02
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.05 0.02 0.05 0.03 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.03 0.04
C4 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.06 0.04 0.03 0.00
C4' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.06 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.06 0.03 0.04 0.00
C5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.06 0.03 0.06 0.03 0.03 0.01
C8 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.08 0.04 0.03 0.00
N1 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.03 0.05 0.04 0.03 0.00
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.03 0.06 0.06 0.03 0.00
N6 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.06 0.03 0.02 0.02
N7 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.02 0.04 0.00
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.05 0.03 0.00
O2' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.01 0.06 0.05 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.13 0.02 0.04
O3' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.06 0.03 0.07 0.04 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.18 0.08 0.08
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.02 0.05 0.03
O5' 0.05 0.06 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.06 0.08 0.05 0.06 0.06 0.06 0.07 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.06 0.05 0.10 0.12 0.04 0.06 0.03 0.05 0.03 0.04 0.04 0.06 0.03 0.02 0.05 0.13 0.18 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.08 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.08 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00