ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55024

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C6 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C5 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
N9 A 0, 0.000, 0.031, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.031
N1 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C4 A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
N7 A 0, 0.000, 0.051, 0.101, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.051 std_dev=0.051
C8 A 0, 0.000, 0.051, 0.103, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.051 std_dev=0.051
N6 A 0, 0.000, 0.068, 0.135, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.068 std_dev=0.068
O4' A 0, 0.000, 0.341, 0.682, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.341 std_dev=0.341
C2' A 0, 0.000, 0.446, 0.891, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.446 std_dev=0.446
C4' A 0, 0.000, 0.530, 1.061, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.530 std_dev=0.530
O2' A 0, 0.000, 0.570, 1.139, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.570 std_dev=0.570
OP1 B 0, 0.000, 0.579, 1.158, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.579 std_dev=0.579
C3' A 0, 0.000, 0.636, 1.271, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.636 std_dev=0.636
P B 0, 0.000, 0.711, 1.421, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.711 std_dev=0.711
OP2 B 0, 0.000, 0.738, 1.477, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.738 std_dev=0.738
O3' A 0, 0.000, 0.933, 1.865, 1.865 max_d=1.865 avg_d=0.933 std_dev=0.933
C5' A 0, 0.000, 0.939, 1.879, 1.879 max_d=1.879 avg_d=0.939 std_dev=0.939
O5' B 0, 0.000, 1.133, 2.265, 2.265 max_d=2.265 avg_d=1.133 std_dev=1.133
OP1 A 0, 0.000, 1.164, 2.328, 2.328 max_d=2.328 avg_d=1.164 std_dev=1.164
OP2 A 0, 0.000, 1.314, 2.627, 2.627 max_d=2.627 avg_d=1.314 std_dev=1.314
P A 0, 0.000, 1.340, 2.681, 2.681 max_d=2.681 avg_d=1.340 std_dev=1.340
O5' A 0, 0.000, 1.380, 2.759, 2.759 max_d=2.759 avg_d=1.380 std_dev=1.380
C5' B 0, 0.000, 1.814, 3.628, 3.628 max_d=3.628 avg_d=1.814 std_dev=1.814
C3' B 0, 0.000, 2.324, 4.648, 4.648 max_d=4.648 avg_d=2.324 std_dev=2.324
C4' B 0, 0.000, 2.558, 5.116, 5.116 max_d=5.116 avg_d=2.558 std_dev=2.558
O3' B 0, 0.000, 2.879, 5.758, 5.758 max_d=5.758 avg_d=2.879 std_dev=2.879
C2' B 0, 0.000, 3.200, 6.400, 6.400 max_d=6.400 avg_d=3.200 std_dev=3.200
O4' B 0, 0.000, 3.527, 7.055, 7.055 max_d=7.055 avg_d=3.527 std_dev=3.527
O2' B 0, 0.000, 3.737, 7.474, 7.474 max_d=7.474 avg_d=3.737 std_dev=3.737
C1' B 0, 0.000, 4.006, 8.012, 8.012 max_d=8.012 avg_d=4.006 std_dev=4.006
C8 B 0, 0.000, 4.290, 8.580, 8.580 max_d=8.580 avg_d=4.290 std_dev=4.290
N9 B 0, 0.000, 4.662, 9.324, 9.324 max_d=9.324 avg_d=4.662 std_dev=4.662
N7 B 0, 0.000, 5.278, 10.557, 10.557 max_d=10.557 avg_d=5.278 std_dev=5.278
C4 B 0, 0.000, 5.928, 11.856, 11.856 max_d=11.856 avg_d=5.928 std_dev=5.928
C5 B 0, 0.000, 6.305, 12.610, 12.610 max_d=12.610 avg_d=6.305 std_dev=6.305
N3 B 0, 0.000, 6.693, 13.387, 13.387 max_d=13.387 avg_d=6.693 std_dev=6.693
C6 B 0, 0.000, 7.632, 15.264, 15.264 max_d=15.264 avg_d=7.632 std_dev=7.632
C2 B 0, 0.000, 7.875, 15.751, 15.751 max_d=15.751 avg_d=7.875 std_dev=7.875
N6 B 0, 0.000, 8.209, 16.419, 16.419 max_d=16.419 avg_d=8.209 std_dev=8.209
N1 B 0, 0.000, 8.396, 16.793, 16.793 max_d=16.793 avg_d=8.396 std_dev=8.396

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.07 0.02 0.01 0.23 0.19 0.25 0.05
C2 0.03 0.00 0.24 0.23 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.26 0.29 0.03 0.48 0.35 0.12 0.24
C2' 0.00 0.24 0.00 0.02 0.13 0.01 0.08 0.00 0.13 0.06 0.20 0.23 0.09 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.29 0.44 0.00 0.15
C3' 0.03 0.23 0.02 0.00 0.13 0.00 0.07 0.00 0.11 0.07 0.19 0.22 0.07 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.30 0.56 0.04 0.24
C4 0.01 0.01 0.13 0.13 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.15 0.01 0.54 0.37 0.09 0.26
C4' 0.03 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.07 0.07 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.00 0.03 0.18 0.39 0.15
C5 0.01 0.00 0.08 0.07 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.09 0.01 0.70 0.49 0.27 0.44
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.04 0.08 0.01 0.02 0.06 0.09 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.23 0.43 0.06
C6 0.03 0.00 0.13 0.11 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.15 0.01 0.70 0.50 0.34 0.47
C8 0.00 0.01 0.06 0.07 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.08 0.07 0.73 0.47 0.15 0.40
N1 0.04 0.00 0.20 0.19 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.22 0.25 0.01 0.60 0.43 0.25 0.36
N3 0.02 0.02 0.23 0.22 0.00 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.26 0.04 0.41 0.30 0.02 0.16
N6 0.02 0.01 0.09 0.07 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.10 0.03 0.78 0.57 0.46 0.57
N7 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.80 0.54 0.35 0.54
N9 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.51 0.34 0.02 0.20
O2' 0.07 0.26 0.00 0.02 0.11 0.06 0.07 0.03 0.13 0.07 0.22 0.22 0.10 0.01 0.01 0.00 0.05 0.14 0.12 0.37 0.07 0.04
O3' 0.02 0.29 0.02 0.00 0.15 0.02 0.09 0.02 0.15 0.08 0.25 0.26 0.10 0.03 0.04 0.05 0.00 0.02 0.13 0.63 0.08 0.23
O4' 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.04 0.03 0.06 0.02 0.14 0.02 0.00 0.03 0.01 0.55 0.28
O5' 0.23 0.48 0.29 0.30 0.54 0.03 0.70 0.01 0.70 0.73 0.60 0.41 0.78 0.80 0.51 0.12 0.13 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.19 0.35 0.44 0.56 0.37 0.18 0.49 0.23 0.50 0.47 0.43 0.30 0.57 0.54 0.34 0.37 0.63 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00
OP2 0.25 0.12 0.00 0.04 0.09 0.39 0.27 0.43 0.34 0.15 0.25 0.02 0.46 0.35 0.02 0.07 0.08 0.55 0.01 0.05 0.00 0.00
P 0.05 0.24 0.15 0.24 0.26 0.15 0.44 0.06 0.47 0.40 0.36 0.16 0.57 0.54 0.20 0.04 0.23 0.28 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.25 2.95 0.80 0.16 2.38 0.12 2.80 0.29 3.37 1.87 3.38 2.45 3.86 2.51 1.81 0.93 0.16 0.85 0.14 0.15 0.31 0.22
C2 0.67 1.58 0.23 0.16 1.34 0.07 1.60 0.42 1.86 1.12 1.82 1.34 2.11 1.51 1.03 0.23 0.11 0.51 0.23 0.16 0.31 0.31
C2' 1.00 2.71 0.66 0.00 2.13 0.12 2.57 0.49 3.15 1.64 3.16 2.21 3.65 2.29 1.57 0.84 0.04 0.55 0.32 0.30 0.41 0.36
C3' 1.18 3.13 0.86 0.11 2.45 0.06 2.92 0.45 3.60 1.86 3.64 2.55 4.16 2.57 1.81 1.08 0.05 0.66 0.28 0.29 0.38 0.32
C4 1.10 2.48 0.63 0.07 2.08 0.10 2.48 0.30 2.89 1.73 2.84 2.09 3.28 2.30 1.62 0.69 0.08 0.80 0.15 0.14 0.31 0.23
C4' 1.44 3.50 1.02 0.27 2.75 0.16 3.22 0.28 3.93 2.10 4.01 2.89 4.49 2.82 2.07 1.23 0.25 0.93 0.13 0.17 0.31 0.21
C5 1.25 2.60 0.75 0.16 2.26 0.21 2.68 0.19 3.06 1.94 2.97 2.24 3.42 2.54 1.80 0.79 0.16 0.95 0.07 0.10 0.29 0.16
C5' 1.70 3.98 1.28 0.46 3.13 0.33 3.61 0.13 4.41 2.38 4.54 3.30 5.00 3.14 2.38 1.52 0.44 1.14 0.00 0.07 0.22 0.10
C6 1.05 2.09 0.54 0.06 1.87 0.16 2.21 0.21 2.45 1.68 2.36 1.82 2.70 2.16 1.52 0.53 0.08 0.86 0.09 0.09 0.29 0.17
C8 1.53 3.34 1.04 0.33 2.78 0.31 3.27 0.12 3.86 2.25 3.81 2.82 4.39 2.98 2.16 1.16 0.31 1.10 0.02 0.08 0.27 0.11
N1 0.72 1.55 0.25 0.12 1.36 0.00 1.62 0.35 1.82 1.19 1.76 1.33 2.03 1.56 1.08 0.23 0.07 0.60 0.18 0.13 0.31 0.27
N3 0.84 2.00 0.40 0.08 1.66 0.03 1.99 0.41 2.34 1.36 2.30 1.68 2.67 1.84 1.27 0.44 0.05 0.60 0.22 0.17 0.32 0.30
N6 1.16 2.06 0.62 0.13 1.93 0.29 2.25 0.07 2.41 1.85 2.30 1.85 2.59 2.28 1.64 0.56 0.14 1.01 0.01 0.01 0.25 0.07
N7 1.55 3.21 1.04 0.34 2.75 0.35 3.25 0.06 3.75 2.31 3.65 2.75 4.21 3.02 2.18 1.12 0.32 1.16 0.01 0.05 0.26 0.08
N9 1.29 2.93 0.83 0.18 2.42 0.17 2.86 0.24 3.39 1.96 3.36 2.47 3.87 2.61 1.87 0.93 0.18 0.92 0.10 0.13 0.30 0.19
O2' 0.83 2.46 0.52 0.11 1.90 0.23 2.30 0.60 2.85 1.42 2.88 1.98 3.33 2.02 1.36 0.69 0.14 0.40 0.40 0.35 0.45 0.44
O3' 1.05 3.04 0.79 0.03 2.33 0.19 2.80 0.56 3.48 1.73 3.55 2.44 4.05 2.43 1.68 1.06 0.04 0.49 0.37 0.37 0.43 0.40
O4' 1.45 3.37 0.96 0.26 2.69 0.23 3.14 0.22 3.79 2.09 3.85 2.81 4.31 2.78 2.06 1.11 0.27 1.02 0.08 0.12 0.30 0.18
O5' 2.60 4.88 2.19 1.37 4.03 1.22 4.52 0.76 5.31 3.27 5.44 4.21 5.90 4.02 3.28 2.44 1.34 2.02 0.84 0.73 0.53 0.71
OP1 2.68 5.22 2.29 1.40 4.20 1.22 4.67 0.76 5.55 3.32 5.80 4.45 6.12 4.09 3.37 2.59 1.37 2.05 0.76 0.60 0.39 0.63
OP2 2.73 5.19 2.34 1.46 4.24 1.28 4.71 0.82 5.58 3.36 5.77 4.46 6.15 4.13 3.42 2.62 1.42 2.10 0.78 0.58 0.36 0.63
P 2.73 5.21 2.32 1.46 4.23 1.29 4.69 0.80 5.56 3.34 5.78 4.47 6.13 4.11 3.41 2.60 1.45 2.12 0.80 0.63 0.39 0.64

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.06 0.02 0.01 0.25 0.48 0.30 0.02
C2 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.07 0.01 0.11 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.17 0.01 0.10 0.41 0.67 0.62 0.13
C2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.04 0.11 0.01 0.02 0.06 0.08 0.05 0.00 0.03 0.04 0.50 0.07 0.66 0.29
C3' 0.04 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.07 0.02 0.06 0.11 0.04 0.02 0.08 0.10 0.07 0.00 0.00 0.01 0.34 0.16 0.41 0.23
C4 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.10 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.00 0.04 0.38 0.70 0.55 0.10
C4' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.08 0.08 0.08 0.05 0.08 0.08 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.02
C5 0.02 0.01 0.05 0.07 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.04 0.42 0.78 0.62 0.12
C5' 0.04 0.11 0.01 0.02 0.10 0.00 0.13 0.00 0.14 0.15 0.13 0.09 0.16 0.15 0.09 0.01 0.01 0.02 0.00 0.17 0.02 0.04
C6 0.03 0.00 0.04 0.06 0.02 0.08 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.06 0.02 0.07 0.44 0.79 0.69 0.15
C8 0.01 0.03 0.11 0.11 0.00 0.08 0.01 0.15 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.06 0.06 0.00 0.39 0.77 0.51 0.09
N1 0.04 0.01 0.01 0.04 0.03 0.08 0.02 0.13 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.12 0.00 0.09 0.43 0.74 0.68 0.15
N3 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.18 0.02 0.08 0.37 0.63 0.54 0.11
N6 0.03 0.01 0.06 0.08 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.06 0.45 0.81 0.73 0.16
N7 0.01 0.02 0.08 0.10 0.00 0.08 0.00 0.15 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.41 0.83 0.60 0.12
N9 0.00 0.04 0.05 0.07 0.01 0.05 0.02 0.09 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.35 0.66 0.45 0.07
O2' 0.06 0.17 0.00 0.00 0.09 0.02 0.04 0.01 0.06 0.06 0.12 0.18 0.02 0.04 0.02 0.00 0.06 0.08 0.58 0.04 0.87 0.40
O3' 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03 0.06 0.00 0.01 0.21 0.12 0.28 0.16
O4' 0.01 0.10 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.07 0.00 0.09 0.08 0.06 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.06 0.56 0.09 0.19
O5' 0.25 0.41 0.50 0.34 0.38 0.01 0.42 0.00 0.44 0.39 0.43 0.37 0.45 0.41 0.35 0.58 0.21 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.48 0.67 0.07 0.16 0.70 0.07 0.78 0.17 0.79 0.77 0.74 0.63 0.81 0.83 0.66 0.04 0.12 0.56 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.30 0.62 0.66 0.41 0.55 0.00 0.62 0.02 0.69 0.51 0.68 0.54 0.73 0.60 0.45 0.87 0.28 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.13 0.29 0.23 0.10 0.02 0.12 0.04 0.15 0.09 0.15 0.11 0.16 0.12 0.07 0.40 0.16 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00