ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55025

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N6 A 0, 0.000, 0.046, 0.092, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.046 std_dev=0.046
OP2 B 0, 0.000, 0.152, 0.304, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.152 std_dev=0.152
P B 0, 0.000, 0.234, 0.468, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.234 std_dev=0.234
O4' A 0, 0.000, 0.266, 0.531, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.266 std_dev=0.266
O3' A 0, 0.000, 0.286, 0.573, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.286 std_dev=0.286
C2' A 0, 0.000, 0.317, 0.633, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.317 std_dev=0.317
C3' A 0, 0.000, 0.347, 0.694, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.347 std_dev=0.347
C4' A 0, 0.000, 0.358, 0.716, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.358 std_dev=0.358
O2' A 0, 0.000, 0.493, 0.987, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.493 std_dev=0.493
C5' A 0, 0.000, 0.678, 1.355, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.678 std_dev=0.678
O5' A 0, 0.000, 0.686, 1.373, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.686 std_dev=0.686
P A 0, 0.000, 0.761, 1.522, 1.522 max_d=1.522 avg_d=0.761 std_dev=0.761
OP2 A 0, 0.000, 0.821, 1.642, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.821 std_dev=0.821
O5' B 0, 0.000, 1.060, 2.120, 2.120 max_d=2.120 avg_d=1.060 std_dev=1.060
C5' B 0, 0.000, 1.210, 2.420, 2.420 max_d=2.420 avg_d=1.210 std_dev=1.210
OP1 B 0, 0.000, 1.363, 2.726, 2.726 max_d=2.726 avg_d=1.363 std_dev=1.363
OP1 A 0, 0.000, 1.462, 2.924, 2.924 max_d=2.924 avg_d=1.462 std_dev=1.462
C4' B 0, 0.000, 2.476, 4.953, 4.953 max_d=4.953 avg_d=2.476 std_dev=2.476
O3' B 0, 0.000, 2.750, 5.500, 5.500 max_d=5.500 avg_d=2.750 std_dev=2.750
C3' B 0, 0.000, 3.016, 6.031, 6.031 max_d=6.031 avg_d=3.016 std_dev=3.016
O4' B 0, 0.000, 3.398, 6.795, 6.795 max_d=6.795 avg_d=3.398 std_dev=3.398
C8 B 0, 0.000, 4.026, 8.052, 8.052 max_d=8.052 avg_d=4.026 std_dev=4.026
C2' B 0, 0.000, 4.403, 8.806, 8.806 max_d=8.806 avg_d=4.403 std_dev=4.403
C1' B 0, 0.000, 4.431, 8.862, 8.862 max_d=8.862 avg_d=4.431 std_dev=4.431
N7 B 0, 0.000, 4.660, 9.319, 9.319 max_d=9.319 avg_d=4.660 std_dev=4.660
N9 B 0, 0.000, 4.769, 9.538, 9.538 max_d=9.538 avg_d=4.769 std_dev=4.769
O2' B 0, 0.000, 4.925, 9.851, 9.851 max_d=9.851 avg_d=4.925 std_dev=4.925
C5 B 0, 0.000, 5.870, 11.740, 11.740 max_d=11.740 avg_d=5.870 std_dev=5.870
C4 B 0, 0.000, 5.951, 11.903, 11.903 max_d=11.903 avg_d=5.951 std_dev=5.951
N3 B 0, 0.000, 6.999, 13.998, 13.998 max_d=13.998 avg_d=6.999 std_dev=6.999
C6 B 0, 0.000, 7.005, 14.009, 14.009 max_d=14.009 avg_d=7.005 std_dev=7.005
N6 B 0, 0.000, 7.096, 14.192, 14.192 max_d=14.192 avg_d=7.096 std_dev=7.096
C2 B 0, 0.000, 7.989, 15.978, 15.978 max_d=15.978 avg_d=7.989 std_dev=7.989
N1 B 0, 0.000, 8.059, 16.119, 16.119 max_d=16.119 avg_d=8.059 std_dev=8.059

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.60 0.27 0.07
C2 0.03 0.00 0.15 0.10 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.25 0.13 0.06 0.08 0.88 0.42 0.13
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.07 0.01 0.03 0.01 0.06 0.07 0.11 0.14 0.03 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.36 0.39 0.01
C3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.07 0.09 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.10 0.18 0.03
C4 0.01 0.01 0.07 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.07 0.04 0.05 0.86 0.42 0.10
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.19 0.05 0.02
C5 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.04 0.03 0.93 0.51 0.08
C5' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.04 0.01 0.07 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.24 0.01
C6 0.00 0.01 0.06 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.07 0.05 0.04 0.95 0.52 0.09
C8 0.01 0.02 0.07 0.06 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.07 0.02 0.03 0.00 0.92 0.47 0.07
N1 0.02 0.00 0.11 0.07 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.11 0.06 0.06 0.93 0.48 0.11
N3 0.03 0.00 0.14 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.23 0.12 0.06 0.08 0.82 0.38 0.12
N6 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.08 0.05 0.05 0.01 0.95 0.58 0.06
N7 0.00 0.02 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.96 0.53 0.07
N9 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.81 0.39 0.09
O2' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.12 0.00 0.06 0.01 0.12 0.07 0.20 0.23 0.08 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.36 0.49 0.01
O3' 0.02 0.13 0.02 0.00 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.11 0.12 0.05 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.05 0.09 0.14 0.03
O4' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.06 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.55 0.03 0.10
O5' 0.03 0.08 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.08 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.60 0.88 0.36 0.10 0.86 0.19 0.93 0.04 0.95 0.92 0.93 0.82 0.95 0.96 0.81 0.36 0.09 0.55 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.27 0.42 0.39 0.18 0.42 0.05 0.51 0.24 0.52 0.47 0.48 0.38 0.58 0.53 0.39 0.49 0.14 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.13 0.01 0.03 0.10 0.02 0.08 0.01 0.09 0.07 0.11 0.12 0.06 0.07 0.09 0.01 0.03 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.06 1.96 1.01 0.68 1.57 0.59 1.71 0.28 2.04 1.18 2.13 1.70 2.25 1.46 1.26 1.00 0.54 0.81 0.23 0.43 0.01 0.07
C2 0.24 0.49 0.25 0.16 0.39 0.15 0.44 0.07 0.53 0.29 0.54 0.41 0.60 0.39 0.30 0.22 0.12 0.19 0.01 0.58 0.06 0.08
C2' 1.12 2.13 1.13 0.80 1.70 0.62 1.87 0.30 2.24 1.29 2.33 1.83 2.49 1.62 1.36 1.09 0.66 0.83 0.32 0.54 0.05 0.15
C3' 1.14 2.20 1.13 0.78 1.72 0.63 1.87 0.30 2.26 1.27 2.39 1.88 2.49 1.58 1.36 1.12 0.64 0.85 0.28 0.48 0.01 0.11
C4 0.88 1.56 0.84 0.57 1.31 0.50 1.44 0.24 1.67 1.03 1.69 1.37 1.83 1.29 1.06 0.81 0.44 0.69 0.19 0.44 0.02 0.07
C4' 1.24 2.36 1.17 0.76 1.84 0.67 1.96 0.30 2.38 1.32 2.54 2.03 2.59 1.62 1.45 1.20 0.60 0.95 0.23 0.32 0.06 0.02
C5 1.11 1.85 1.04 0.71 1.60 0.63 1.78 0.31 2.00 1.32 2.00 1.65 2.16 1.63 1.33 1.00 0.55 0.88 0.27 0.36 0.00 0.07
C5' 1.48 2.82 1.40 0.90 2.18 0.78 2.33 0.34 2.82 1.55 3.04 2.42 3.07 1.91 1.72 1.44 0.71 1.12 0.27 0.23 0.09 0.01
C6 0.84 1.34 0.78 0.54 1.19 0.49 1.32 0.24 1.45 1.04 1.43 1.21 1.54 1.26 1.01 0.74 0.41 0.68 0.20 0.41 0.01 0.07
C8 1.48 2.63 1.39 0.94 2.17 0.82 2.39 0.39 2.79 1.68 2.84 2.30 3.06 2.08 1.76 1.39 0.74 1.14 0.35 0.28 0.02 0.06
N1 0.34 0.60 0.34 0.22 0.51 0.20 0.58 0.10 0.66 0.42 0.65 0.52 0.73 0.54 0.41 0.30 0.16 0.28 0.04 0.54 0.05 0.07
N3 0.49 0.92 0.48 0.31 0.75 0.28 0.83 0.13 0.99 0.57 1.01 0.79 1.10 0.73 0.59 0.45 0.24 0.38 0.08 0.53 0.05 0.07
N6 1.04 1.51 0.96 0.68 1.41 0.62 1.54 0.33 1.62 1.31 1.59 1.40 1.67 1.52 1.25 0.91 0.51 0.87 0.30 0.29 0.03 0.07
N7 1.52 2.58 1.42 0.97 2.21 0.84 2.44 0.41 2.78 1.77 2.79 2.30 3.01 2.19 1.82 1.40 0.76 1.18 0.37 0.24 0.02 0.06
N9 1.14 2.06 1.08 0.73 1.69 0.63 1.85 0.30 2.17 1.30 2.23 1.79 2.39 1.62 1.36 1.07 0.57 0.88 0.25 0.38 0.01 0.07
O2' 0.93 1.80 0.99 0.74 1.44 0.53 1.61 0.28 1.93 1.12 1.98 1.54 2.15 1.41 1.15 0.91 0.64 0.67 0.34 0.70 0.12 0.23
O3' 0.97 1.84 0.96 0.67 1.44 0.56 1.56 0.29 1.88 1.06 1.99 1.58 2.06 1.31 1.14 0.94 0.56 0.74 0.26 0.57 0.05 0.16
O4' 1.20 2.22 1.10 0.70 1.75 0.65 1.87 0.29 2.25 1.27 2.39 1.92 2.45 1.56 1.39 1.14 0.54 0.93 0.19 0.29 0.08 0.00
O5' 1.67 3.14 1.63 1.12 2.47 0.92 2.65 0.44 3.19 1.81 3.39 2.70 3.48 2.21 1.97 1.65 0.92 1.26 0.43 0.33 0.01 0.10
OP1 2.93 4.55 2.82 2.21 3.82 2.04 4.00 1.47 4.60 3.04 4.83 4.08 4.90 3.48 3.25 2.88 1.95 2.47 1.42 1.08 0.97 1.00
OP2 1.51 3.44 1.45 0.79 2.52 0.53 2.72 0.08 3.42 1.64 3.76 2.86 3.75 2.13 1.87 1.50 0.55 0.96 0.09 0.43 0.53 0.53
P 1.99 3.67 1.92 1.33 2.89 1.11 3.08 0.56 3.71 2.12 3.96 3.17 4.02 2.57 2.32 1.96 1.09 1.51 0.53 0.27 0.07 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.09 0.10 0.26 0.06
C2 0.02 0.00 0.07 0.09 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.12 0.01 0.10 0.38 0.15 0.09
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.16 0.06
C3' 0.03 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.08 0.09 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.09 0.08 0.01
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.09 0.36 0.16 0.09
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.16 0.29 0.04
C5 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.07 0.52 0.12 0.13
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.29 0.26 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.03 0.06 0.58 0.10 0.14
C8 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.06 0.46 0.17 0.14
N1 0.02 0.00 0.05 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.10 0.01 0.09 0.49 0.11 0.11
N3 0.02 0.00 0.07 0.09 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.11 0.01 0.11 0.29 0.17 0.07
N6 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.70 0.08 0.18
N7 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.60 0.10 0.16
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.09 0.30 0.19 0.08
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.06 0.21 0.03
O3' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.06 0.01 0.04 0.00 0.06 0.02 0.10 0.11 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.00 0.04 0.25 0.02 0.03
O4' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.09 0.02 0.38 0.07
O5' 0.09 0.10 0.01 0.01 0.09 0.02 0.07 0.00 0.06 0.06 0.09 0.11 0.03 0.05 0.09 0.02 0.04 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.10 0.38 0.05 0.09 0.36 0.16 0.52 0.29 0.58 0.46 0.49 0.29 0.70 0.60 0.30 0.06 0.25 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.26 0.15 0.16 0.08 0.16 0.29 0.12 0.26 0.10 0.17 0.11 0.17 0.08 0.10 0.19 0.21 0.02 0.38 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.06 0.09 0.06 0.01 0.09 0.04 0.13 0.00 0.14 0.14 0.11 0.07 0.18 0.16 0.08 0.03 0.03 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00